单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-09-20	Choroid Plexus Fibroblast-ILC2 Niche Promotes Adult Hippocampal Neurogenesis after Traumatic Brain Injury 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415984 PMID:40605604	研究论文	研究揭示创伤性脑损伤后脉络丛中ILC2细胞的积累及其通过调节免疫微环境和促进神经发生改善预后的机制	首次发现脉络丛成纤维细胞与ILC2形成的生态位在TBI后促进成人海马神经发生，并阐明IL33-VCAM-1/Integrin α4β7-AREG/EGFR信号轴机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床适用性需进一步验证	探究创伤性脑损伤后脉络丛的结构变化和免疫细胞浸润特征及其对神经再生的影响	创伤性脑损伤小鼠模型，脉络丛组织，海马体	神经免疫学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序，单核RNA测序，组织学分析	NA	基因表达数据，组织切片图像	小鼠模型（具体数量未明确说明）
242	2025-09-20	Cathepsin K Aggravates Pulmonary Fibrosis Through Promoting Fibroblast Glutamine Metabolism and Collagen Synthesis 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413017 PMID:40605618	研究论文	研究发现组织蛋白酶K（CTSK）通过促进成纤维细胞谷氨酰胺代谢和胶原合成加剧肺纤维化	首次揭示CTSK通过SNX9介导的内吞作用参与TGF-β1/SMAD3信号通路，调控GLS1上调和谷氨酰胺代谢，从而促进胶原合成	NA	探究肺纤维化中成纤维细胞异常活化的触发因素及CTSK在其中的作用机制	肺纤维化小鼠模型和患者样本	分子病理学	肺纤维化	蛋白质组学、单细胞测序	NA	分子生物学数据、临床数据	小鼠模型和人类患者血清样本（具体数量未明确说明）
243	2025-09-20	Enhanced Media Optimize Bovine Myogenesis in 2D and 3D Models for Cultivated Meat Applications 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413998 PMID:40720723	研究论文	本研究通过多组学分析和小分子调控优化了牛肌源性祖细胞的分化培养基，在2D和3D培养模型中增强肌生成效率，用于培养肉应用	首次通过多组学方法系统解析牛MPC分化分子图谱，并开发出能同时促进肌细胞分化和维持祖细胞特性的增强培养基	研究仍处于体外实验阶段，未涉及大规模生产验证或体内功能评估	优化培养肉生产中的肌细胞分化效率	牛肌源性祖细胞（MPCs）	组织工程	NA	多组学分析（转录组学、蛋白质组学）、单细胞测序、2D/3D细胞培养	NA	基因组数据、蛋白质组数据	未明确样本数量，使用牛MPC细胞进行体外实验
244	2025-09-20	Response to Antiangiogenic Therapy Is Associated with AIMP Protein Family Expression in Glioblastoma and Lower-Grade Gliomas 2025-Sep-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0170 PMID:40874786	研究论文	本研究探讨AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测生物标志物的潜力	首次揭示AIMP蛋白家族与胶质瘤血管生成的关联，并发现AIMP2高表达亚组对抗血管生成治疗反应更佳	回顾性研究设计，需前瞻性验证	探索AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及治疗预测价值	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本	肿瘤生物学	胶质瘤	转录组学、表观遗传学、蛋白质组学、单细胞转录组分析	Cox比例风险模型	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据	来自TCGA、CGGA、REMBRANDT等多个数据库的胶质瘤样本及四个单细胞转录组数据集
245	2025-09-20	Identifying Myeloid-Derived Suppressor Cells and Lipocalin-2 as Therapeutic Targets for Intervertebral Disc Degeneration 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500505 PMID:40570207	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和GWAS整合分析，揭示了髓源性抑制细胞和脂质运载蛋白-2在椎间盘退变早期阶段的免疫保护作用	首次将scDRS方法应用于椎间盘退变研究，发现LCN2 MDSCs在早期退变中的关键免疫调节功能	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚待进行	探索椎间盘退变的免疫细胞机制并识别治疗靶点	椎间盘退变过程中的免疫细胞亚群	数字病理学	椎间盘退变疾病	scRNA-seq, GWAS, scDRS, 基因敲除模型	NA	单细胞转录组数据	基于Pfirrmann分期的阶段特异性分析（具体样本数未明确说明）
246	2025-09-20	Region-specific gene expression and sex inform about disease susceptibility in the aorta 2025-Sep, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00692-4 PMID:40841834	研究论文	通过单细胞转录组学分析大血管不同区域的基因表达差异，揭示位置和性别特异性对疾病易感性的影响	首次系统比较颈动脉、主动脉弓、胸腹主动脉的区域特异性转录谱，并关联GWAS和eQTL数据鉴定疾病候选基因	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究大血管疾病易感性的区域和性别特异性分子机制	颈动脉、主动脉弓、胸主动脉和腹主动脉	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠和人类主动脉样本（具体数量未明确说明）
247	2025-09-20	Tumour Single-Cell Bioinformatics: From Immune Profiling to Molecular Dynamics 2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70783 PMID:40954554	综述	本文系统总结了单细胞RNA测序在解析肿瘤微环境中的应用进展及其对精准肿瘤学的意义	整合scRNA-seq与临床信息，揭示肿瘤微环境异质性和细胞间信号网络，推动个性化癌症治疗策略	NA	解析肿瘤微环境以改善患者分层、生物标志物发现和治疗靶点识别	肿瘤微环境中的免疫细胞、癌症相关成纤维细胞和细胞外基质成分	生物信息学	癌症	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
248	2025-09-20	Genetic associations between serotonin receptor 1F (HTR1F) regulatory variation and sleep apnoea in non-obese individuals: insights from GWAS and eQTL analyses 2025-Sep, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01778-2024 PMID:40571323	研究论文	本研究通过GWAS和eQTL分析揭示了非肥胖人群中血清素受体1F（HTR1F）基因调控变异与睡眠呼吸暂停的遗传关联	首次在非肥胖人群中识别HTR1F基因座与睡眠呼吸暂停的显著关联，并通过多组织共定位和单细胞测序验证其神经元特异性调控机制	研究主要基于芬兰和爱沙尼亚人群，结果可能受人群特异性限制，需要更多样化人群验证	阐明非肥胖个体睡眠呼吸暂停的遗传风险因素	非肥胖（BMI<30 kg/m²）个体，包括20,413名睡眠呼吸暂停患者和443,463名健康对照	遗传学	睡眠呼吸暂停	GWAS, eQTL分析, 单细胞测序, 表型全关联研究	NA	基因型数据, 表达数据, 临床诊断数据	芬兰队列463,876人（病例20,413，对照443,463），爱沙尼亚生物样本库验证队列
249	2025-09-20	Role of Tunneling Nanotubes in Arachidonic Acid Transfer and Macrophage Function Reprogramming in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500148 PMID:40552574	研究论文	本研究探讨隧道纳米管（TNTs）在肝内胆管癌中通过转移花生四烯酸重编程肿瘤相关巨噬细胞功能的作用机制	首次揭示TNTs是肿瘤源性脂肪酸（特别是花生四烯酸）向巨噬细胞转移的主要途径，并阐明其通过PI3K-AKT通路驱动巨噬细胞极化的分子机制	研究主要基于体外和异种移植模型，人类体内验证尚需进一步研究	探究TNTs在肿瘤微环境中塑造巨噬细胞表型和功能的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和隧道纳米管（TNTs）	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序、脂质组学、代谢组学、转录组分析	NA	测序数据、实验验证数据	体外细胞实验和体内异种移植模型
250	2025-09-20	Maximizing Efficacy of Cancer Nanovaccines and Immune Cells Landscape in Responders and Non-Responders to Immunotherapy 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416756 PMID:40574416	研究论文	本研究通过优化癌症纳米疫苗的尺寸和佐剂组合，并利用单细胞测序分析免疫细胞景观，旨在最大化疫苗疗效并区分免疫治疗应答者与非应答者	确定了≤400 nm和2.5 µm为纳米/微米疫苗的最佳尺寸，并发现治愈小鼠中CD8 TCR、CD4 TCR和BCR多样性更高，同时鉴定了包括KLRG1、S100A4等新型生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的有效性尚需进一步验证	最大化癌症疫苗疗效并探索免疫治疗应答机制	肿瘤抗原、纳米/微米疫苗、免疫细胞（T细胞、B细胞）、小鼠模型（黑色素瘤、肺癌、胰腺癌等）及癌症患者样本	免疫治疗	癌症（黑色素瘤、肺癌、胰腺癌等）	单细胞测序、肿瘤抗原处理（收集、裂解、纯化、氧化）	NA	测序数据、免疫细胞数据	21个样本（包括小鼠和患者样本）
251	2025-09-20	Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma 2025-Sep-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001191 PMID:40833995	研究论文	本研究通过整合全外显子组测序和单细胞RNA测序，揭示了多灶性肝细胞癌中肿瘤微环境的异质性	首次在单细胞分辨率下对比分析了肝内转移和多中心发生的肿瘤微环境差异，并鉴定出与预后相关的免疫细胞亚群	样本量较小（7例患者23个样本），需要在更大队列中验证	阐明多灶性肝细胞癌的基因组和肿瘤微环境异质性	多灶性肝细胞癌患者组织样本	肿瘤基因组学	肝细胞癌	全外显子组测序，单细胞RNA测序，免疫组化	NA	基因组数据，单细胞转录组数据	7例患者的23个样本，另有验证队列
252	2025-09-20	Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution 2025-Sep-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001182 PMID:40833994	研究论文	本研究通过单细胞分辨率分析肝细胞癌中静脉瘤栓的免疫微环境特征	首次在单细胞水平揭示PVTT中C5aR+ TAMs的免疫抑制作用及其临床预后价值	NA	探索肝细胞癌门静脉瘤栓(PVTT)的免疫微环境特征	肝细胞癌患者的门静脉瘤栓、原发肿瘤和血液样本	肿瘤免疫学	肝细胞癌	飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、多重荧光免疫组化染色	NA	单细胞数据、蛋白质表达数据、基因表达数据	NA
253	2025-09-20	Cancer subclone detection based on DNA copy number in single-cell and spatial omic sequencing data 2025-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02773-5 PMID:40954304	研究论文	提出一种基于DNA拷贝数变异的癌症亚克隆检测方法Clonalscope，适用于单细胞和空间组学数据	采用嵌套中式餐厅过程进行肿瘤亚克隆的从头识别，并可整合匹配的批量DNA测序数据先验信息	NA	检测癌症亚克隆以解析肿瘤异质性和空间分布	胃肠道肿瘤及其他原发/转移肿瘤的单细胞和空间转录组数据	计算生物学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ATAC-seq, 空间转录组学	nested Chinese Restaurant Process	基因组拷贝数数据, 空间转录组数据	多种原发和转移肿瘤样本（具体数量未明确说明）
254	2025-09-20	Targeting the hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2 Axis: Unveiling CCT-018159's Role in Halting Osteosarcoma Progression 2025-Sep, Journal of biochemical and molecular toxicology IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jbt.70464 PMID:40970417	研究论文	本研究探讨了hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2轴在骨肉瘤进展中的调控作用及CCT-018159的治疗潜力	首次揭示hsa_circ_0000253/miR-7/COL5A2轴作为骨肉瘤恶性进展的关键驱动因素，并通过分子对接鉴定CCT-018159作为潜在治疗药物	需要进一步的体内验证和临床探索	研究骨肉瘤的分子调控机制和潜在治疗方法	骨肉瘤细胞	肿瘤生物学	骨肉瘤	差异表达分析、ceRNA网络分析、功能实验、单细胞转录组学、分子对接	NA	基因表达数据	未明确样本数量（骨肉瘤细胞研究）
255	2025-09-20	Exploring the Oral Microbiome: Understanding its Impact on the Development of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Aug-16, Current microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00284-025-04377-w PMID:40819017	综述	探讨口腔微生物组与口腔鳞状细胞癌（OSCC）之间的相互作用及其在癌症发生、发展和治疗中的潜在作用	强调微生物组通过慢性炎症、基因毒性效应和免疫调节等机制促进癌变，并指出基于微生物组的策略为早期诊断和个性化治疗提供新途径	NA	分析口腔微生物组对OSCC发展的影响及其临床转化潜力	口腔微生物组与口腔鳞状细胞癌的相互作用	微生物组学与肿瘤学交叉领域	口腔鳞状细胞癌	下一代测序（NGS）、单细胞测序	NA	微生物基因组数据	NA
256	2025-09-20	Comparing Xenium 5K and Visium HD data from identical tissue slide at a pathological perspective 2025-Jul-26, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03479-4 PMID:40713820	研究论文	从病理学角度比较同一组织切片上Xenium 5K和Visium HD空间转录组数据的性能差异	首次使用同一组织切片生成的公开肺数据集，结合详细病理标注进行两种高分辨率空间转录组技术的真实比较	研究基于特定肺数据集，结果可能受组织类型和样本特性影响	比较Visium-HD和Xenium原位两种空间转录组技术的优劣，为不同研究场景选择合适方法提供依据	肺组织样本的空间转录组数据	空间转录组学	肺癌	Visium-HD测序技术, Xenium原位成像技术	NA	空间转录组数据, 病理标注数据	公开可用的肺数据集（具体样本数量未明确说明）
257	2025-09-20	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	提出一种名为DeepSAS的框架，利用深度图表示学习从单细胞RNA-seq数据中解析衰老细胞的异质性及其相关基因	结合深度图表示学习与实验验证，首次构建内禀-hoc框架用于衰老细胞异质性解析，并在多数据集上展示优越性能	NA	解析衰老细胞的异质性并识别衰老相关基因，以增进对衰老及年龄相关疾病的理解	衰老细胞及其相关基因	机器学习	年龄相关疾病	单细胞RNA-seq, Xenium空间转录组学	深度图表示学习	基因表达数据	健康眼细胞图谱数据和内部特发性肺纤维化数据集
258	2025-09-20	MORPH Predicts the Single-Cell Outcome of Genetic Perturbations Across Conditions and Data Modalities 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661992 PMID:40631143	研究论文	提出MORPH框架，用于预测遗传扰动在单细胞层面的跨条件和数据模态的结果	结合基于差异的变分自编码器和注意力机制，支持预测未见过的扰动、扰动组合及新细胞环境中的扰动	NA	建模细胞对遗传扰动的响应，支持跨数据类型的预测模型	单细胞转录组学和成像数据	计算生物学	NA	单细胞转录组学、成像技术	变分自编码器(VAE)、注意力机制	基因表达数据、图像数据	NA
259	2025-09-20	MuST: multiple-modality structure transformation for single-cell spatial transcriptomics 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf405 PMID:40874816	研究论文	提出一种名为MuST的多模态结构转换方法，用于整合单细胞空间转录组数据中的多模态信息	通过拓扑发现策略和拓扑融合损失函数解决多模态不一致性问题，有效缓解模态偏差现象	NA	解决空间转录组数据中的模态偏差问题，提升多模态数据整合效果	单细胞空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	深度学习	多模态数据（转录组、空间、形态学）	NA
260	2025-09-20	Single-cell transcriptome of retinal myeloid cells in response to transplantation of human neurons reveals reversibility of microglial activation 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654622 PMID:40475635	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了视网膜移植后宿主髓系细胞的激活状态及其可逆性	首次使用单细胞RNA测序技术解析视网膜移植后微胶质细胞/巨噬细胞的异质性和双向激活轨迹，证明其激活过程具有可逆性	研究仅关注移植后3天时间点的细胞状态，未评估长期动态变化；样本量相对有限	探究视网膜神经元移植后宿主髓系细胞的激活机制和细胞异质性	小鼠视网膜中的微胶质细胞和巨噬细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 10X Genomics Chromium, FACS, RNA Velocity分析	NA	单细胞转录组数据	每个样本最多10,000个分选的GFP阳性髓系细胞，来自3-6月龄基因敲入小鼠