单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-06-22	nf-core/marsseq: systematic preprocessing pipeline for MARS-seq experiments 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf089 PMID:40438146	research paper	介绍了一个用于MARS-seq实验的系统预处理管道nf-core/marsseq，旨在标准化MARS-seq分析并提高其适用性	基于nf-core框架改进了MARS-seq2.0管道，简化了执行流程，增加了透明度和可扩展性，并实现了RNA速度估计的自定义工作流程	未明确提及具体限制，但暗示了数据格式可能限制了分析的广度	标准化MARS-seq分析并提高其适用性，特别是对RNA速度的研究	MARS-seq实验数据	生物信息学	NA	MARS-seq2.0, RNA速度估计	NA	scRNA-seq数据	NA
242	2025-06-22	ReSort enhances reference-based cell type deconvolution for spatial transcriptomics through regional information integration 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf091 PMID:40510374	research paper	本文提出了一种名为ReSort的方法，通过整合区域信息增强基于参考的空间转录组细胞类型去卷积分析	ReSort利用空间转录组的区域级数据减少对参考数据的依赖，缓解批次/平台差异带来的技术问题	NA	提高空间转录组数据中细胞类型分布的解析精度	空间转录组数据和参考数据	生物信息学	乳腺癌	空间转录组技术	ReSort	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型
243	2025-06-22	Zileuton protects against arachidonic acid/5-lipoxygenase/leukotriene axis-mediated neuroinflammation in experimental traumatic brain injury 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1516836 PMID:40538546	research paper	该研究探讨了5-脂氧合酶（5-LOX）在创伤性脑损伤（TBI）中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了5-LOX在TBI中的具体作用机制，并验证了zileuton通过抑制5-LOX减轻神经炎症和脑损伤的效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究5-LOX在TBI病理生理学中的作用及其治疗潜力	创伤性脑损伤（TBI）小鼠模型	神经科学	创伤性脑损伤	RNA-seq分析、RT-PCR、免疫细胞化学、Western blotting、单细胞测序、液相色谱质谱/质谱、酶联免疫吸附试验	小鼠TBI模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、代谢物数据	未明确说明样本数量，但使用了假手术组和TBI组的小鼠脑组织样本
244	2025-06-22	EPHX2 overexpression deters the advancement of clear cell renal cell carcinoma via lipid metabolism reprogramming 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1541429 PMID:40538850	研究论文	本研究探讨了EPHX2在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)进展中的机制作用及其通过脂质代谢重编程抑制肿瘤生长的潜力	首次整合机器学习方法分析EPHX2在ccRCC中的作用，并通过实验验证其过表达对肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭能力的抑制作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内动物模型验证	阐明EPHX2在ccRCC进展中的机制作用	透明细胞肾细胞癌(ccRCC)细胞系786-O和ACHN	肿瘤学	肾癌	转录组分析、慢病毒转染技术	机器学习模型	转录组数据	TCGA和GEO数据库中的ccRCC样本数据，以及786-O和ACHN细胞系
245	2025-06-22	Single Cell and Transcriptomic Analysis of Regulatory Mechanisms of Key Genes in Systemic Lupus Erythematosus 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S522871 PMID:40539001	研究论文	该研究通过整合单细胞和转录组数据，识别出系统性红斑狼疮（SLE）发病机制中的六个关键基因，并强调了记忆B细胞的核心作用	整合单细胞和转录组数据识别关键基因，揭示了记忆B细胞在SLE中的核心作用	样本量较小（6名SLE患者和6名对照）	理解系统性红斑狼疮的发病机制	系统性红斑狼疮患者和对照组的血液样本	生物信息学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, 转录组分析, ssGSEA, 甲基化分析, PPI网络构建	NA	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	6名SLE患者和6名对照
246	2025-06-22	High-expression of BCL10 inhibits cell-mediated immunity within the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1616321 PMID:40539049	研究论文	本研究探讨了BCL10在肿瘤免疫微环境中对免疫细胞的影响及其与免疫抑制的关系	首次系统研究了BCL10在肿瘤免疫微环境中的作用，揭示了其通过NF-κB信号通路和PD-1上调导致CD8+T细胞耗竭的机制	研究主要基于生物信息学分析和小鼠模型，需要进一步人类临床试验验证	探究BCL10在肿瘤免疫微环境中的作用及其对免疫细胞功能的影响	BCL10蛋白、肿瘤免疫微环境中的免疫细胞(CD8+T细胞、CD4+Th1细胞、NK T细胞等)	肿瘤免疫学	宫颈鳞状细胞癌(CESC)	生物信息学分析(xCELL, CIBERSORT, QUANTISEQ, MCPcounter)、单细胞RNA测序、小鼠模型	植入性CESC小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	TCGA和GTEx数据库中的肿瘤样本、GEO数据库中的单细胞RNA测序数据、小鼠模型
247	2025-06-22	Integrated machine learning and single-cell RNA sequencing reveal COL4A2 and CXCL6 as oxidative stress-associated biomarkers in periodontitis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1598642 PMID:40539067	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞RNA测序技术，揭示了COL4A2和CXCL6作为牙周炎氧化应激相关生物标志物的潜在作用	首次结合机器学习和单细胞RNA测序技术鉴定牙周炎氧化应激相关生物标志物，并验证其在特定细胞亚群中的表达模式	研究主要基于生物信息学分析和动物模型验证，尚未进行临床样本的大规模验证	探索氧化应激与牙周炎发病机制的关联，并寻找潜在的诊断生物标志物和治疗靶点	牙周炎患者的牙龈组织转录组数据及大鼠牙周炎模型	生物信息学	牙周炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 基因集富集分析(GSEA)	机器学习算法(未指定具体模型)	RNA测序数据	未明确说明人类样本数量，包含大鼠模型数据
248	2025-06-22	Single-cell sequencing reveals dysregulated cell type perturbations and critical mediator communication remodelling in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557564 PMID:40539065	研究论文	通过单细胞测序技术揭示结直肠癌中细胞类型扰动和关键介质通讯重塑的失调	识别了具有增殖和侵袭特征的上皮亚群，以及髓系细胞的终末状态ActMono，并揭示了galectin信号在免疫调节中的关键作用	样本量相对较小（41例CRC样本），且仅基于转录组数据进行分析	研究结直肠癌的细胞异质性和免疫微环境，识别关键亚群、功能通路和预后生物标志物	结直肠癌（CRC）患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组测序	预后模型（CRS）	转录组数据	41例CRC样本
249	2025-06-22	Cellular hierarchy framework based on single-cell and bulk RNA sequencing reveals fatty acid metabolic biomarker MYDGF as a therapeutic target for ccRCC 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1615601 PMID:40539074	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序揭示脂肪酸代谢生物标志物MYDGF作为ccRCC治疗靶点的细胞层次框架	结合单细胞测序和空间转录组学，重新定义了与ccRCC中脂肪酸代谢增加相关的基因集，并发现MYDGF等四个候选基因与ccRCC进展相关	未明确说明样本量是否足够大以覆盖ccRCC的异质性	探索脂肪酸代谢重编程对ccRCC异质性和预后的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者和恶性上皮细胞	数字病理学	肾癌	单细胞测序, 空间转录组学, RNA-seq	机器学习算法	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
250	2025-06-22	Single-cell RNA seq data analysis reveals molecular markers and possible treatment targets for laryngeal squamous cell carcinoma (LSCC): an in-silico approach 2025, In silico pharmacology DOI:10.1007/s40203-025-00382-w PMID:40539082	研究论文	通过单细胞RNA测序数据分析揭示喉鳞状细胞癌的分子标志物和潜在治疗靶点	利用单细胞RNA测序技术揭示喉鳞状细胞癌的细胞异质性，并识别出与癌症进展相关的关键基因和通路	研究基于计算机模拟方法，需进一步实验验证	探索喉鳞状细胞癌的诊断和治疗靶点	喉鳞状细胞癌(LSCC)	数字病理学	喉癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	GSE252490数据集中的单细胞RNA测序数据
251	2025-06-22	Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416887121 PMID:39705305	研究论文	本研究探讨了HGF-Met信号在肾脏上皮小管相互连接中的作用	首次揭示了HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进小管吻合的机制，且这一过程独立于细胞增殖	研究仅在小鼠胚胎肾脏中进行，尚未在人体组织中验证	阐明上皮小管吻合的分子机制	小鼠胚胎肾脏上皮小管	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎肾脏样本
252	2025-06-22	Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.17.603936 PMID:39071425	meta-analysis	通过单细胞RNA测序元分析揭示基于趋化因子的细胞通讯在免疫疾病中的作用	揭示了疾病特异性和共有的免疫细胞趋化和外渗模式，为开发靶向治疗提供了新视角	依赖于公开可用的scRNA-seq数据，可能受限于数据的质量和覆盖范围	解析免疫细胞迁移中涉及的疾病特异性细胞间通讯	多种免疫疾病（如特应性皮炎、慢性阻塞性肺病等）及其影响的器官（皮肤、肺、结肠、肾脏）	生物信息学	免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	涵盖多种免疫疾病和组织的公开scRNA-seq数据集
253	2025-06-22	Diverse contribution of amniogenic somatopleural cells to cardiovascular development: With special reference to thyroid vasculature 2024-01, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.532 PMID:36038963	research paper	本研究探讨了羊膜生成体壁细胞（ASCs）在心血管发育中的多样化贡献，特别关注甲状腺血管系统的形成	揭示了ASCs不仅形成羊膜，还迁移至胚胎内分化为心肌细胞、平滑肌细胞、心脏间质细胞和血管内皮细胞，尤其在甲状腺血管形成中发挥选择性作用	iASCs的详细分化过程和最终分布仍不完全清楚	阐明ASCs在心血管发育中的作用机制，特别是对甲状腺血管系统的贡献	鹌鹑-鸡嵌合体中的羊膜生成体壁细胞（ASCs）及其在胚胎内的分化	developmental biology	NA	quail-chick chimera analysis, explant culture, single-cell transcriptome analysis	NA	transcriptomic data, imaging data	鹌鹑-鸡嵌合体模型
254	2025-06-22	Mitochondrial dysfunction induces ALK5-SMAD2-mediated hypovascularization and arteriovenous malformations in mouse retinas 2022-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-35262-w PMID:36496409	研究论文	本研究揭示了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路诱导视网膜血管畸变的新机制	发现了线粒体功能障碍通过ALK5-SMAD2信号通路导致视网膜血管生长迟缓和动静脉畸形的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疾病中验证	探究线粒体功能障碍对视网膜血管发育的影响及其分子机制	小鼠视网膜血管内皮细胞	血管生物学	视网膜血管疾病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	三种不同基因敲除小鼠的视网膜组织
255	2025-06-22	mTORC1 links pathology in experimental models of Still's disease and macrophage activation syndrome 2022-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34480-6 PMID:36443301	研究论文	该研究揭示了mTORC1在Still病和巨噬细胞活化综合征病理中的关键作用	首次证明mTORC1激活与Still病和巨噬细胞活化综合征的发病机制直接相关，并发现TSC1/TSC2表达下降与疾病活动性相关	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究mTORC1在Still病和巨噬细胞活化综合征发病机制中的作用	Still病患者和小鼠模型中的单核细胞/巨噬细胞	免疫学	Still病/巨噬细胞活化综合征	单细胞RNA测序、CRISPR/Cas基因编辑	小鼠疾病模型	转录组数据	小鼠模型和人类患者样本（具体数量未说明）
256	2025-06-22	Tracing the origin of disseminated tumor cells in breast cancer using single-cell sequencing 2016-12-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-1109-7 PMID:27931250	研究论文	通过单细胞测序技术追踪乳腺癌中播散性肿瘤细胞的起源	首次应用单细胞测序技术识别并追踪乳腺癌中播散性肿瘤细胞的起源，揭示了这些细胞的分子特征及其与原发性肿瘤和淋巴结转移的关系	样本量较小（仅6名非转移性乳腺癌患者），且部分细胞的起源仍不明确	研究乳腺癌中播散性肿瘤细胞的起源及其分子特征	非转移性乳腺癌患者的骨髓上皮样细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	6名非转移性乳腺癌患者的63个单细胞
257	2025-06-21	A dual-targeting strategy to inhibit colorectal cancer liver metastasis via tumor cell ferroptosis and cancer-associated fibroblast reprogramming 2025-Oct, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.05.025 PMID:40530415	研究论文	本文提出了一种双靶向策略，通过诱导肿瘤细胞铁死亡和重编程癌症相关成纤维细胞来抑制结直肠癌肝转移	利用单细胞转录组学鉴定关键驱动因素，并设计了一种双靶向纳米系统，同时诱导肿瘤细胞铁死亡和重编程CAFs	NA	克服结直肠癌肝转移的治疗挑战	结直肠癌细胞和癌症相关成纤维细胞	肿瘤学	结直肠癌	单细胞转录组学	NA	NA	临床结直肠癌样本和患者来源的肿瘤异种移植人源化免疫小鼠模型
258	2025-06-21	Investigating the potential risk of cadmium exposure on Osteoporosis: An integrated multi-omics approach 2025-Aug, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118502 PMID:40517505	研究论文	本研究通过整合多组学方法探讨镉暴露对骨质疏松症的潜在风险	采用多组学数据分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化等多种方法，揭示了镉暴露与骨质疏松症的关系，并发现HMOX1作为潜在治疗靶点	研究主要基于NHANES的横断面分析，可能无法完全确定因果关系	探讨镉暴露在骨质疏松症发病机制中的作用	骨质疏松症患者及镉暴露相关基因	生物信息学	骨质疏松症	多组学分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接、分子动力学模拟	机器学习	多组学数据	NA
259	2025-06-21	Single-cell RNA sequencing analysis of intrahepatic cholangiocarcinoma reveals SPP1 facilitates disease progression via interaction with CD4+ T cells 2025-Aug, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2025.15135 PMID:40535101	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肝内胆管癌，揭示SPP1通过与CD4+ T细胞相互作用促进疾病进展	首次使用单细胞RNA测序技术探索肝内胆管癌肿瘤微环境的异质性，并发现SPP1-CD44轴在肿瘤细胞与免疫细胞相互作用中的关键作用	研究未涉及SPP1-CD44轴的具体作用机制，且样本量有限	探究肝内胆管癌肿瘤微环境中CD4 T细胞的作用及其与肿瘤进展的关系	肝内胆管癌肿瘤微环境中的CD4 T细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
260	2025-06-21	MHCIIhiLYVE1loCCR2hi Interstitial Macrophages Promote Medial Fibrosis in Pulmonary Arterioles and Contribute to Pulmonary Hypertension 2025-Jun-20, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326173 PMID:40357547	研究论文	本研究探讨了间质巨噬细胞（iMΦ）浸润与肺动脉纤维化在肺动脉高压（PH）中的关联及其分子机制	首次发现MHCIIhiLYVE1loCCR2hi iMΦs通过WNT11/PCP通路促进肺动脉平滑肌细胞向成纤维细胞样表型转化，导致肺动脉中膜纤维化	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本验证仍需进一步扩大	阐明肺动脉高压中肺动脉纤维化的细胞和分子机制	肺动脉高压患者和实验动物的肺组织样本、间质巨噬细胞和平滑肌细胞	病理生理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、谱系追踪、组织学分析、共培养实验、转基因动物实验	Sugen-5416联合低氧-常氧刺激的PH动物模型	基因表达数据、组织学图像	未明确说明具体样本数量，包括人类患者和实验动物样本