单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2025-06-06	Highlighting fibroblast plasticity in lung fibrosis: the WI-38 cell line as a model for investigating the myofibroblast and lipofibroblast switch 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93519 PMID:38948058	research paper	该研究探讨了WI-38细胞系作为研究肌成纤维细胞（MYF）和脂成纤维细胞（LIF）转换的模型，及其在特发性肺纤维化（IPF）中的相关性	首次使用WI-38细胞系模拟LIF和MYF的可逆转换，并与IPF患者的成纤维细胞转录组数据关联	研究仅基于体外细胞模型，未涉及体内实验验证	探究成纤维细胞向MYF或LIF表型分化的机制及其在肺纤维化中的作用	WI-38细胞系和IPF患者来源的肺成纤维细胞（LF-IPF）	细胞生物学	特发性肺纤维化（IPF）	免疫荧光（IF）、定量PCR（qPCR）、bulk RNA测序、单细胞转录组分析	体外细胞模型	转录组数据、图像数据	WI-38细胞系和IPF患者来源的肺成纤维细胞
242	2025-06-06	Mechanosensitive protein polycystin-1 promotes periosteal stem/progenitor cells osteochondral differentiation in fracture healing 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93269 PMID:38646641	研究论文	本研究探讨了机械敏感蛋白polycystin-1在骨折愈合过程中促进骨膜干细胞/祖细胞骨软骨分化的关键作用	揭示了PC1-TAZ轴在机械力感知和骨折愈合中的新机制，并提出了针对该轴的药物治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用仍需进一步验证	探究机械力调控骨折愈合的分子机制	骨膜干细胞/祖细胞(PSPCs)	骨生物学	骨折愈合障碍	单细胞RNA测序、谱系追踪小鼠模型、条件性敲除小鼠模型	小鼠骨折模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用多种小鼠模型
243	2025-06-06	Cancer-associated fibroblast spatial heterogeneity and EMILIN1 expression in the tumor microenvironment modulate TGF-β activity and CD8+ T-cell infiltration in breast cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.90627 PMID:38505604	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组数据，探索了乳腺癌中不同癌症相关成纤维细胞（CAF）群体与免疫细胞排斥之间的关系，并首次揭示了不同CAF群体在乳腺癌中的空间组织程度	首次揭示了不同CAF群体在乳腺癌中的空间组织程度，并发现EMILIN1作为TGF-β抑制剂在调节T细胞浸润中的新功能	研究样本量相对较小（N=75），且主要基于乳腺癌，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	探索肿瘤微环境中CAF空间异质性与TGF-β活性及CD8+ T细胞浸润的关系	乳腺癌肿瘤微环境中的CAF群体和CD8+ T细胞	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组、免疫组织化学分析	NA	基因表达数据、空间转录组数据、组织学图像数据	75例乳腺癌患者肿瘤样本
244	2025-06-06	G protein subunit alpha i2's pivotal role in angiogenesis 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.92909 PMID:38505600	研究论文	本文探讨了Gαi2在内皮细胞功能和血管生成中的潜在作用	揭示了Gαi2在NFAT激活、内皮细胞活化和血管生成中的关键作用，为调控这些过程提供了潜在治疗策略的新见解	NA	研究Gαi2在内皮细胞功能和血管生成中的作用	内皮细胞和视网膜血管生成	分子生物学	糖尿病视网膜病变	shRNA, CRISPR/Cas9, 显性负突变, 过表达, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	实验小鼠（包括对照组和STZ诱导的糖尿病视网膜病变小鼠）
245	2025-06-06	Dynamic pathological analysis reveals a protective role against skin fibrosis for TREM2-dependent macrophages 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.94121 PMID:38505612	research paper	该研究通过建立小鼠疾病模型和单细胞RNA测序，揭示了TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中的保护作用	首次发现TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中具有保护作用，并揭示了其与胎儿皮肤巨噬细胞的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证有限	探究巨噬细胞异质性在皮肤纤维化中的作用及其机制	小鼠模型和人类系统性硬化症(SSc)患者的皮肤样本	digital pathology	systemic sclerosis	scRNA-seq	knockout mice	RNA-seq data	小鼠模型和人类SSc患者的皮肤样本
246	2025-06-06	An advanced comprehensive muti-cell-type-specific model for predicting anti-PD-1 therapeutic effect in melanoma 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.91626 PMID:38505619	research paper	该研究开发了一个多细胞类型特异性模型，用于预测黑色素瘤中抗PD-1治疗的效果	识别了四个与抗PD-1治疗效果密切相关的细胞亚群，并开发了一个基于这些亚群的预测模型	需要进一步验证模型的广泛适用性	研究抗PD-1治疗在晚期黑色素瘤中的效果预测	晚期黑色素瘤患者的肿瘤组织	digital pathology	melanoma	single-nucleus sequencing, multicolor immunofluorescence staining	NA	RNA sequencing data, immunofluorescence data	NA
247	2025-06-06	Fibroblasts facilitate lymphatic vessel formation in transplanted heart 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.92103 PMID:38505621	研究论文	本研究探讨了移植心脏中淋巴管形成的关键机制，特别是成纤维细胞在其中的作用	揭示了移植心脏中新形成的淋巴管主要来源于受体LYVE1细胞，并发现活化的成纤维细胞通过多种信号通路促进淋巴管内皮细胞的管形成	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究移植心脏中淋巴管形成的来源和机制	移植心脏中的淋巴管和成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	scRNA-seq, Elisa检测, Western blotting, Q-PCR, 免疫组化染色, 三维重建	小鼠移植模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据	多种基因型小鼠的移植心脏样本
248	2025-06-06	Aryl hydrocarbon receptor confers protection against macrophage pyroptosis and intestinal inflammation through regulating polyamine biosynthesis 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.95749 PMID:39113799	研究论文	研究芳烃受体（AhR）在调节巨噬细胞焦亡和肠道炎症中的作用及其机制	揭示了AhR通过调节多胺生物合成抑制巨噬细胞焦亡的新机制，并提出了AhR/ODC1/多胺轴在维持肠道稳态中的功能作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的相关性分析有限	探索AhR在炎症性肠病发病机制中的作用	巨噬细胞和肠道炎症	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、RNA-seq、RT-qPCR、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀、免疫荧光染色	DSS诱导的小鼠结肠炎模型	基因表达数据、蛋白质数据	小鼠模型和溃疡性结肠炎患者的肠黏膜活检样本
249	2025-06-06	Single-cell RNA sequencing highlights the immunosuppression of IDO1+ macrophages in the malignant transformation of oral leukoplakia 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99112 PMID:39239507	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了IDO1+巨噬细胞在口腔白斑恶性转化中的免疫抑制作用	首次在口腔癌变过程中鉴定出具有免疫抑制功能的Macro-IDO1巨噬细胞亚群，并揭示其通过IFN-γ-JAK-STAT通路上调IDO1的机制	样本量较小（仅3例患者），且主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证	探究口腔癌变过程中免疫抑制性肿瘤微环境的形成机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)、癌前口腔白斑(preca-OLK)和癌旁组织(PCA)	digital pathology	oral cancer	single-cell RNA sequencing, multicolor immunofluorescence staining	NA	single-cell transcriptome data	3例患者（同时包含OSCC、preca-OLK和PCA组织）和4NQO诱导的小鼠口腔癌模型
250	2025-06-06	Single cell RNA-sequencing delineates CD8+ tissue resident memory T cells maintaining rejection in liver transplantation 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.96928 PMID:39239518	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等多组学方法，分析了人和小鼠肝移植样本中的组织驻留记忆T细胞（TRMs）在移植排斥中的作用	揭示了CD8+ TRMs在移植排斥中的显著增加及其独特的表达谱，包括组织驻留标记、免疫检查点、细胞毒性标记和增殖标记的上调，以及转录因子EOMES和RUNX3的高表达	样本量相对较小（人类17例，小鼠16例），可能限制统计效力	探索肝移植中与免疫机制相关的组织驻留记忆T细胞的作用	人和小鼠的肝移植样本	免疫学	肝移植	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫学技术	NA	RNA测序数据	人类17例，小鼠16例，共计235,116个细胞
251	2025-06-06	Activation of Toll-like receptor 2 promotes mesenchymal stem/stromal cell-mediated immunoregulation and angiostasis through AKR1C1 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.100327 PMID:39239520	研究论文	本研究探讨了Toll样受体2（TLR2）激活如何通过AKR1C1促进间充质干细胞/基质细胞（MSCs）的免疫调节和血管生成抑制作用	首次揭示了TLR2-AKR1C1信号通路在MSCs中的免疫调节和血管生成抑制作用，并发现AKR1C1能保护MSCs免于铁死亡	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究TLRs是否影响MSCs在损伤后的稳态功能	间充质干细胞/基质细胞（MSCs）、单核细胞/巨噬细胞、小鼠无菌损伤诱导的炎症性角膜血管生成模型	细胞生物学	炎症性疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
252	2025-06-06	DAB2 + macrophages support FAP + fibroblasts in shaping tumor barrier and inducing poor clinical outcomes in liver cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99046 PMID:39239526	research paper	该研究通过整合单细胞、批量和空间转录组分析及多重免疫荧光技术，揭示了肝细胞癌和肝内胆管癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其与肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的相互作用	首次全面解析了CAFs在肝细胞癌和肝内胆管癌中的异质性及其与TAMs的相互作用，揭示了这种相互作用在形成免疫屏障和影响临床结果中的关键作用	研究样本量相对有限（90例HCC患者），且部分发现需要进一步验证	探索CAFs在肝细胞癌和肝内胆管癌中的异质性及其与TAMs的相互作用，以提高免疫治疗效果和改善临床结果	肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	digital pathology	liver cancer	single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, spatial transcriptome profiling, multiplexed immunofluorescence	NA	transcriptomic data, immunofluorescence data	235个肝癌单细胞RNA-seq样本（超过120万个细胞）和90例HCC患者的临床队列
253	2025-06-06	Oncofetal TRIM71 drives liver cancer carcinogenesis through remodeling CEBPA-mediated serine/glycine metabolism 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99633 PMID:39267787	研究论文	该研究揭示了TRIM71通过重塑CEBPA介导的丝氨酸/甘氨酸代谢驱动肝癌发生的机制	首次发现TRIM71在肝癌中特异性表达，并通过m6A依赖的方式稳定CEBPA mRNA，促进丝氨酸/甘氨酸代谢通路	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床转化需要进一步验证	探索肝癌维持恶性特征的核心调控因子	肝癌细胞及其微环境	癌症生物学	肝癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	小鼠模型	RNA测序数据	胎儿肝脏、正常肝脏、肝肿瘤及其邻近组织的样本
254	2025-06-06	MCT1-mediated endothelial cell lactate shuttle as a target for promoting axon regeneration after spinal cord injury 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.96374 PMID:39310103	研究论文	本研究探讨了脊髓损伤(SCI)后内皮细胞与神经元间的乳酸穿梭机制及其对轴突再生的影响	发现了MCT1介导的内皮细胞-神经元乳酸穿梭在脊髓损伤修复中的新作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究脊髓损伤后代谢改变对神经组织重塑和功能恢复的影响	脊髓损伤小鼠模型中的内皮细胞和神经元	神经科学	脊髓损伤	代谢组学分析、单细胞RNA测序、腺相关病毒(AAV)载体技术	NA	代谢组数据、基因表达数据	未明确说明数量的SCI小鼠模型
255	2025-06-06	Conditional ablation of DIS3L2 ribonuclease in pre-meiotic germ cells causes defective spermatogenesis and infertility in male mice 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.98620 PMID:39310107	research paper	该研究通过建立条件性敲除小鼠模型，揭示了DIS3L2核糖核酸酶在雄性生殖细胞发育中的关键作用	首次揭示了DIS3L2在雄性生殖细胞发育中的功能，发现其缺失会导致精子发生缺陷和雄性不育	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究DIS3L2核糖核酸酶在雄性生殖细胞发育和精子发生过程中的功能	条件性敲除DIS3L2的小鼠模型	生殖生物学	不育症	bulk RNA-seq, scRNA-seq	条件性基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	条件性敲除小鼠睾丸组织
256	2025-06-06	Hepatocyte-specific Smad4 deficiency inhibits hepatocarcinogenesis by promoting CXCL10/CXCR3-dependent CD8+- T cell-mediated anti-tumor immunity 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.97276 PMID:39346534	研究论文	本研究探讨了肝细胞特异性Smad4缺失通过促进CXCL10/CXCR3依赖的CD8+ T细胞介导的抗肿瘤免疫抑制肝癌发生的机制	揭示了Smad4在肝细胞中通过调控CXCL10/mTOR/LDHA通路增强CD8 T细胞糖酵解活性的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明Smad4在肝细胞中调控肝癌发生的具体作用机制	肝细胞特异性Smad4缺失小鼠模型和HCC患者样本	肿瘤免疫学	肝癌	免疫荧光、FACS、单细胞RNA测序	小鼠肝癌模型	基因表达数据、免疫细胞分析数据	未明确说明样本数量，包括基因工程小鼠和HCC患者样本
257	2025-06-06	Single-cell RNA-Seq analysis of molecular changes during radiation-induced skin injury: the involvement of Nur77 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.100417 PMID:39346541	研究论文	通过单细胞RNA测序分析辐射诱导皮肤损伤过程中的分子变化及Nur77的参与	首次在单细胞水平上揭示了辐射诱导皮肤损伤的转录框架，并鉴定了关键分子Nur77的功能	研究样本量有限，仅包括核事故患者和辐射暴露大鼠的皮肤样本	阐明辐射诱导皮肤损伤的分子机制及潜在治疗靶点	人类皮肤样本和大鼠皮肤样本	数字病理	皮肤损伤	scRNA-Seq	NA	RNA序列数据	核事故患者的皮肤样本和辐射暴露大鼠的皮肤样本
258	2025-06-06	Spatial transcriptomic sequencing reveals immune microenvironment features of Mycobacterium tuberculosis granulomas in lung and omentum 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99038 PMID:39431015	研究论文	本研究通过空间转录组测序技术，揭示了肺部和网膜结核肉芽肿的免疫微环境特征	首次利用空间转录组学技术分析了结核肉芽肿中细胞群体的空间分布和转录组特征，并鉴定了与肉芽肿形成相关的关键基因	样本量较小（仅4例临床活检样本），且未涉及其他器官的结核肉芽肿研究	解析结核肉芽肿形成和发展的核心转录组特征	结核分枝杆菌感染的肺组织和网膜组织	数字病理	结核病	空间转录组测序	organoid-macrophage共培养模型	空间转录组数据	4例临床活检样本（2例结核感染，2例非结核对照）
259	2025-06-06	SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics 2023-Jul-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107124 PMID:37434694	研究论文	本文提出了一种名为SCING的新方法，用于从单细胞和空间转录组数据中推断稳健且可解释的基因调控网络	SCING结合了梯度提升和互信息方法，提高了基因调控网络推断的准确性和生物可解释性，并能校正批次效应	NA	改进单细胞和空间转录组数据中的基因调控网络推断方法	小鼠单细胞图谱、人类阿尔茨海默病和小鼠阿尔茨海默病空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学	梯度提升和互信息方法	单细胞和空间转录组数据	整个小鼠单细胞图谱数据
260	2025-06-05	Cross-disease integration of single-cell RNA sequencing data from lung myeloid cells reveals TAM signature in in vitro model 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2502278 PMID:40448976	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，整合跨疾病的肺髓系细胞数据，揭示了体外模型中肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的特征	研究验证了3D人类细胞培养模型作为更接近体内环境的模型，可用于临床前测试靶向巨噬细胞的新药	研究受限于缺乏已验证的人类临床前模型	探索肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在癌症治疗中的潜在作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	3D人类细胞培养模型	RNA测序数据	NA