单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25941	2024-08-09	Myelodysplastic syndrome progression to acute myeloid leukemia at the stem cell level 2019-01, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-018-0267-4 PMID:30510255	研究论文	研究探讨了骨髓增生异常综合征（MDS）向急性髓系白血病（AML）进展过程中干细胞水平的变化	通过靶向深度测序结合单细胞测序，揭示了MDS阶段干细胞具有更高的亚克隆复杂性，并含有大量与衰老相关的变异	NA	确定MDS向AML进展的细胞起源和机制	MDS进展至AML患者的纵向样本中的高度分馏干细胞群体	数字病理学	骨髓增生异常综合征	靶向深度测序，单细胞测序	NA	细胞	MDS进展至AML患者的纵向样本
25942	2024-08-09	Visualizing and Interpreting Single-Cell Gene Expression Datasets with Similarity Weighted Nonnegative Embedding 2018-12-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2018.10.015 PMID:30528274	研究论文	本文介绍了一种名为相似性加权非负嵌入（SWNE）的新方法，用于可视化和解释单细胞基因表达数据集	SWNE方法通过非负矩阵分解将基因表达矩阵分解为生物学相关因子，并在2D可视化中嵌入细胞、基因和因子，同时使用相似性矩阵平滑嵌入，从而增强了数据集的解释性	NA	开发一种新的方法来可视化和解释单细胞基因表达数据集，以更好地理解细胞类型和发育轨迹	单细胞基因表达数据集，特别是造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	非负矩阵分解	相似性加权非负嵌入（SWNE）	基因表达数据	造血祖细胞和人类脑细胞的单细胞RNA测序数据
25943	2024-08-09	Spatial Analysis of Single Fiber Cells of the Developing Ocular Lens Reveals Regulated Heterogeneity of Gene Expression 2018-Dec-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2018.11.024 PMID:30508719	研究论文	研究了发育中的眼晶状体中单个纤维细胞的空间转录组学，揭示了基因表达的调控异质性	首次在单细胞水平上研究了17种已知晶体蛋白和77种非晶体蛋白基因在不同分化阶段的表达	NA	探究基因活性与眼晶状体纤维细胞形态之间的关系	眼晶状体中的单个纤维细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	来自三个不同分化状态/区域的单个纤维细胞
25944	2024-08-09	Extensive cellular heterogeneity of X inactivation revealed by single-cell allele-specific expression in human fibroblasts 2018-12-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1806811115 PMID:30510006	研究论文	本文通过结合深度单细胞RNA测序和全基因组测序，研究了人类成纤维细胞中X染色体失活（XCI）的单细胞分辨率下的等位基因特异性表达	本文开发了一种新方法来识别和排除细胞双联体，并发现了一种新的XCI细胞异质性，即“失活”细胞和“逃逸”细胞	NA	研究X染色体失活（XCI）在单细胞水平上的细胞异质性	人类成纤维细胞和淋巴母细胞单细胞	NA	NA	单细胞RNA测序，全基因组测序	NA	基因表达数据	935个成纤维细胞和48个淋巴母细胞单细胞，来自五个女性个体
25945	2024-08-09	Human bone marrow assessment by single-cell RNA sequencing, mass cytometry, and flow cytometry 2018-12-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.124928 PMID:30518681	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和流式细胞术对人类骨髓细胞进行了综合评估	首次证明了这些单细胞分析技术在多样本人群样本中交叉验证和重复识别生物变异的能力	技术重复性较好，但生物重复性存在变异	评估单细胞分析技术在人类骨髓细胞中的应用	人类骨髓细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, 流式细胞术	NA	单细胞RNA数据	20名健康成年捐赠者
25946	2024-08-09	Human Intestinal Organoids Maintain Self-Renewal Capacity and Cellular Diversity in Niche-Inspired Culture Condition 2018-12-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.11.016 PMID:30526881	研究论文	本文研究了在特定培养条件下维持人类肠道类器官自我更新能力和细胞多样性的方法	通过结合胰岛素样生长因子1（IGF-1）和成纤维细胞生长因子2（FGF-2），提高了人类肠道干细胞的克隆能力和CRISPR基因编辑效率，并实现了长期培养多种肠道类器官	NA	探索维持人类肠道类器官细胞多样性和自我更新能力的培养条件	人类肠道类器官及其细胞多样性和自我更新能力	NA	NA	CRISPR-基因编辑技术，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	包括人类和小鼠的小肠类器官
25947	2024-08-09	Single-cell mutation identification via phylogenetic inference 2018-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07627-7 PMID:30514897	研究论文	本文开发了一种新的方法SCIΦ，通过利用细胞间的进化关系，在单个肿瘤细胞中进行突变检测，并估计这些细胞的肿瘤系统发育	SCIΦ方法能够联合调用单个细胞中的突变并估计肿瘤系统发育，即使在高丢失率和缺失数据的情况下也能可靠地调用突变	NA	重建肿瘤进化是识别适当癌症治疗的关键方面	单个肿瘤细胞中的突变检测和肿瘤系统发育估计	数字病理学	乳腺癌，急性淋巴细胞白血病	单细胞测序	Markov Chain Monte Carlo	基因组数据	包括乳腺癌和急性淋巴细胞白血病的真实世界数据集
25948	2024-08-09	Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing 2018-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-07582-3 PMID:30514914	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌相关成纤维细胞（CAFs）的三个不同亚群，并探讨了它们在肿瘤微环境中的空间分布和功能差异	首次通过单细胞RNA测序技术定义了乳腺癌相关成纤维细胞的三个不同亚群，并揭示了它们的不同起源和功能	研究主要基于遗传工程小鼠模型和实验模型，需要进一步在人类肿瘤中验证	揭示乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其在肿瘤微环境中的作用	乳腺癌相关成纤维细胞的亚群及其功能	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	768个间充质细胞的转录组
25949	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of Mouse Olfactory Bulb Reveals Cellular Heterogeneity and Activity-Dependent Molecular Census of Adult-Born Neurons 2018-12-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.034 PMID:30517858	研究论文	本文利用单细胞RNA测序和计算模型研究小鼠嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的活动依赖性分子普查	揭示了嗅球中不同神经元和非神经元细胞类型的转录异质性，并分析了成年新生中间神经元成熟过程中的分子变化	NA	研究嗅球中的细胞异质性和成年新生神经元的发育	小鼠嗅球中的神经元和非神经元细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	计算模型	基因表达数据	NA
25950	2024-08-09	Deep generative modeling for single-cell transcriptomics 2018-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0229-2 PMID:30504886	研究论文	介绍了一种用于单细胞转录组学的深度生成模型scVI，该模型利用随机优化和深度神经网络来整合相似细胞和基因的信息，并近似表达值的分布，同时考虑批次效应和有限敏感性	引入了单细胞变分推断（scVI）框架，这是一个可扩展的、用于单细胞基因表达概率表示和分析的工具	NA	开发一种能够处理单细胞转录组数据中技术噪声和偏差的模型	单细胞转录组数据	机器学习	NA	深度神经网络	深度生成模型	基因表达数据	NA
25951	2024-08-09	Inflammatory Cytokine TNFα Promotes the Long-Term Expansion of Primary Hepatocytes in 3D Culture 2018-11-29, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2018.11.012 PMID:30500539	研究论文	本文研究了炎症细胞因子TNFα在3D培养中促进原代肝细胞长期扩增的作用	首次展示了TNFα在体外3D培养中促进肝细胞长期扩增的能力，并实现了对受伤肝脏的显著再殖	NA	探究炎症细胞因子TNFα在3D培养中对肝细胞扩增的影响	原代肝细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25952	2024-08-09	Exploiting antigen receptor information to quantify index switching in single-cell transcriptome sequencing experiments 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0208484 PMID:30517183	研究论文	本文利用免疫细胞上抗原受体的多样性和高度细胞特异性表达，量化了单细胞转录组测序实验中的索引切换问题	采用排除扩增（ExAmp）与HiSeq 3000/HiSeq 4000/HiSeq X测序系统的图案化流动池技术相结合，量化了索引切换的发生率	未检测到某些索引比其他索引更容易切换的一致模式，表明索引切换是一个随机过程	量化单细胞转录组测序实验中的索引切换问题	单细胞RNA-seq数据中的索引切换	下一代测序	NA	单细胞RNA测序	NA	序列数据	55个不同孔的数据
25953	2024-08-09	Hypothalamic cell diversity: non-neuronal codes for long-distance volume transmission by neuropeptides 2019-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2018.10.012 PMID:30471413	研究论文	本文探讨了下丘脑神经肽通过非神经细胞进行长距离体积传输的机制	利用单细胞RNA测序数据发现tanycytes和室管膜作为神经活性物质的替代来源，以及通过神经元-室管膜耦合介导的相位体积传输	NA	研究下丘脑神经肽的长距离体积传输及其在神经精神疾病中的作用	下丘脑细胞多样性及神经肽的体积传输机制	神经科学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
25954	2024-08-09	Recovery and analysis of transcriptome subsets from pooled single-cell RNA-seq libraries 2019-02-28, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gky1204 PMID:30496484	研究论文	本文开发了一种策略，通过物理方法恢复池化单细胞RNA测序库中的转录组子集，以提取更集中的基因表达信息	本文提出的方法通过物理恢复DNA分子，使隔离的分子能够通过另一轮DNA测序进行更深入的分析	NA	提高单细胞RNA测序库中基因表达信息的提取效率	单细胞RNA测序库中的转录组子集	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	DNA序列	从复杂的淋巴细胞混合物中重新采样了罕见的单个巨核细胞转录组，并进行了第二轮DNA测序
25955	2024-08-09	Human Wharton's Jelly Mesenchymal Stem Cells Show Unique Gene Expression Compared with Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells Using Single-Cell RNA-Sequencing 2019-02-01, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2018.0132 PMID:30484393	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术比较了人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞的基因表达差异	首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞在基因表达上的显著差异	研究仅限于基因表达层面的比较，未涉及细胞功能的具体实验验证	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞的基因表达差异，以探索其在临床应用中的优势	人脐带华通胶间充质干细胞与骨髓间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	436个显著差异表达基因
25956	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Microglia throughout the Mouse Lifespan and in the Injured Brain Reveals Complex Cell-State Changes 2019-01-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.11.004 PMID:30471926	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠一生中及脑损伤后微胶质细胞的RNA表达模式，揭示了微胶质细胞的复杂细胞状态变化	本研究首次揭示了至少九种转录上不同的微胶质细胞状态，这些状态表达独特的基因集并使用特定标记定位于大脑	NA	旨在更好地理解微胶质细胞的功能，并识别和调控健康和疾病中的特定亚群	小鼠一生中及脑损伤后的微胶质细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	超过76,000个单独的微胶质细胞样本
25957	2024-08-09	Comparative Analysis of Droplet-Based Ultra-High-Throughput Single-Cell RNA-Seq Systems 2019-01-03, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2018.10.020 PMID:30472192	研究论文	本文对三种广泛使用的基于液滴的超高通量单细胞RNA测序系统（inDrop、Drop-seq和10X Genomics Chromium）进行了系统比较分析	首次对这些系统进行了直接比较，揭示了各自的特征和适用场景	NA	比较不同超高通量单细胞RNA测序系统的性能和应用	基于液滴的超高通量单细胞RNA测序系统	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	同一细胞系
25958	2024-08-09	A complex auxiliary: IL-17/Th17 signaling during type 1 diabetes progression 2019-01, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2018.11.007 PMID:30472513	综述	本文综述了IL-17/Th17信号在1型糖尿病进展中的辅助作用	通过重新分析最近发表的单细胞测序和排序细胞批量测序数据集中的关键因子，提供了IL-17信号装置在胰岛内分泌细胞中普遍存在的证据	需要解决多个问题以评估抗IL-17疗法在治疗1型糖尿病中的潜在适用性	探讨IL-17在1型糖尿病进展中的作用及其在糖尿病并发症中的影响	IL-17/Th17信号在1型糖尿病中的作用及其在远端组织并发症中的影响	NA	1型糖尿病	单细胞测序	NA	测序数据	NA
25959	2024-08-09	A Deep Dive into Immunotherapy Resistance 2019-01, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-ND2018-010 PMID:30487234	研究论文	通过单细胞RNA测序，两组研究人员揭示了CD8+ T细胞和肿瘤细胞在驱动免疫疗法抗性中的不同作用	研究确定了两种不同的T细胞状态以及肿瘤细胞促进的T细胞排除程序，这些可能影响患者对免疫检查点阻断的反应	NA	探讨免疫疗法抗性的机制	CD8+ T细胞和肿瘤细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25960	2024-08-09	KDM5 Histone Demethylase Activity Links Cellular Transcriptomic Heterogeneity to Therapeutic Resistance 2018-12-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2018.10.014 PMID:30472020	research paper	本文研究了KDM5组蛋白去甲基化酶活性与细胞转录组异质性及治疗抵抗之间的关系	揭示了KDM5A/B通过调节雌激素受体信号和减少细胞转录组异质性来增加对雌激素拮抗剂的敏感性	NA	探讨KDM5组蛋白去甲基化酶在治疗抵抗中的作用机制	KDM5A/B去甲基化酶活性及其与乳腺癌内分泌抵抗的关系	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	NA