单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25941	2024-08-09	Resolving medulloblastoma cellular architecture by single-cell genomics 2019-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1434-6 PMID:31341285	研究论文	本文利用单细胞转录组学研究了25例跨越所有分子亚组的髓母细胞瘤的肿瘤内和肿瘤间异质性	首次通过单细胞转录组学揭示了髓母细胞瘤不同分子亚组间的细胞多样性及其与生物学和临床行为的关联	NA	探究髓母细胞瘤细胞多样性与其生物学和临床行为的关系	髓母细胞瘤的不同分子亚组	数字病理学	儿童脑肿瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	25例髓母细胞瘤样本
25942	2024-08-09	Atheroprotective roles of smooth muscle cell phenotypic modulation and the TCF21 disease gene as revealed by single-cell analysis 2019-08, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-019-0512-5 PMID:31359001	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面描述了在动脉粥样硬化病变中体内调节的血管平滑肌细胞的转录组表型，并探讨了TCF21基因在冠状动脉疾病风险中的作用。	首次揭示了在动脉粥样硬化中，血管平滑肌细胞转化为独特的纤维母细胞样细胞（称为'纤维肌细胞'），而不是经典的巨噬细胞表型，并证明了TCF21基因在抑制血管平滑肌细胞表型调节中的保护作用。	NA	研究血管平滑肌细胞表型调节及其在动脉粥样硬化中的作用，以及TCF21基因在冠状动脉疾病风险中的影响。	血管平滑肌细胞、TCF21基因、动脉粥样硬化病变、冠状动脉疾病风险。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠和人类的动脉粥样硬化病变样本
25943	2024-08-09	A validated single-cell-based strategy to identify diagnostic and therapeutic targets in complex diseases 2019-07-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-019-0657-3 PMID:31358043	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，利用网络工具构建多细胞疾病模型，以识别复杂疾病的诊断标志物和治疗靶点	首次系统分析了单细胞RNA测序数据中的通路、潜在标志物和药物靶点，并提出了一种基于网络模型的优先排序策略	NA	识别复杂疾病的诊断标志物和治疗靶点	关节炎的小鼠模型和人类类风湿性关节炎	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	多细胞疾病模型	单细胞RNA测序数据	包括13种不同疾病的患者和关节炎的小鼠模型
25944	2024-08-09	Single cell analysis of human foetal liver captures the transcriptional profile of hepatobiliary hybrid progenitors 2019-07-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11266-x PMID:31350390	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析人类胎儿肝脏，揭示了肝胆混合前体细胞（HHyP）的存在及其独特的转录特征	首次在人类胎儿肝脏中发现肝胆混合前体细胞（HHyP），并证实这些细胞在人类中的存在与小鼠中的发现相似	NA	探讨人类胎儿肝脏中肝胆混合前体细胞的存在及其转录特征	人类胎儿肝脏中的肝胆混合前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
25945	2024-08-09	Single-cell RNA-seq of esophageal squamous cell carcinoma cell line with fractionated irradiation reveals radioresistant gene expression patterns 2019-Jul-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5970-0 PMID:31345182	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞系在分次照射（FIR）后的基因表达模式，揭示了放射抵抗性的相关基因和通路	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了ESCC细胞在分次照射后的基因表达动态变化，并验证了与放射抵抗性相关的关键基因和通路	研究仅限于特定的ESCC细胞系，可能需要进一步的实验来验证这些发现是否适用于其他类型的癌细胞或其他照射条件	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示食管鳞状细胞癌细胞在分次照射后的基因表达差异，并探索与放射抵抗性相关的基因和通路	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞系在分次照射后的基因表达模式	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	共218个单细胞RNA测序文库，来自88个接受12 Gy照射的细胞，89个接受30 Gy照射的细胞，以及41个未接受FIR照射的亲本KYSE-180细胞
25946	2024-08-09	Genome-wide analysis of androgen receptor binding and transcriptomic analysis in mesenchymal subsets during prostate development 2019-07-25, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.039297 PMID:31350272	研究论文	本文通过染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）和转录组分析，研究了雄激素受体（AR）在男性和女性间质细胞中的基因组结合情况及其在前列腺发育中的作用	本文首次在单细胞分辨率下研究了AR及其靶基因在男性和女性间质细胞中的分布，并发现了性二态性的AR靶基因	文章中提到的AR结合与靶基因表达之间的弱相关性可能限制了对AR功能全面理解	探讨雄激素受体在前列腺发育中的基因组结合和转录调控作用	雄激素受体在男性和女性间质细胞中的基因组结合及其靶基因	数字病理学	前列腺癌	ChIP-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据, 转录组数据	男性和女性的间质细胞样本
25947	2024-08-09	Deep single-cell RNA sequencing data of individual T cells from treatment-naïve colorectal cancer patients 2019-07-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-019-0131-5 PMID:31341169	研究论文	本研究使用Smart-seq2协议生成了一组来自未经治疗的结直肠癌患者的单细胞RNA测序数据，包含11,138个从外周血、邻近正常和肿瘤组织中分离的T细胞。	开发了一个基于网络的应用程序，用于系统性地查询和定制功能，以促进T细胞数据集的数据挖掘。	NA	揭示肿瘤浸润T细胞（TILs）的基本特性，如功能状态、迁移能力和克隆扩增。	来自12名结直肠癌患者的T细胞，包括4名微卫星不稳定性（MSI）患者。	数字病理学	结直肠癌	Smart-seq2	NA	RNA测序数据	11,138个T细胞
25948	2024-08-09	Cellular heterogeneity during mouse pancreatic ductal adenocarcinoma progression at single-cell resolution 2019-07-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.129212 PMID:31335328	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对遗传工程小鼠模型中胰腺导管腺癌（PDA）进展不同阶段的细胞异质性进行了全面分析	研究首次系统描述了PDA进展过程中细胞异质性的全景，并揭示了癌细胞和成纤维细胞可能受表观遗传机制动态调控	NA	旨在剖析PDA进展过程中癌细胞和基质细胞的异质性及其表型变化	小鼠胰腺导管腺癌（PDA）进展中的细胞异质性	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	遗传工程小鼠模型中不同阶段的PDA样本
25949	2024-08-09	DMSO cryopreservation is the method of choice to preserve cells for droplet-based single-cell RNA sequencing 2019-07-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-46932-z PMID:31337793	研究论文	本文通过对比分析不同细胞保存方法对单细胞RNA测序（scRNA-seq）结果的影响，发现二甲基亚砜（DMSO）冷冻保存法在保持细胞完整性和降低背景RNA方面表现最佳	首次系统比较了DMSO冷冻保存、甲醇固定和CellCover试剂三种细胞保存方法对scRNA-seq结果的影响，证明了DMSO冷冻保存法的优越性	研究仅限于特定的细胞系和免疫细胞，未涵盖所有类型的细胞	评估不同细胞保存方法对单细胞RNA测序结果的影响	不同保存方法下的细胞及其RNA测序结果	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括多种细胞系、单核细胞衍生的巨噬细胞和免疫细胞
25950	2024-08-09	Predicting bacterial infection outcomes using single cell RNA-sequencing analysis of human immune cells 2019-07-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11257-y PMID:31332193	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析人类免疫细胞，开发了一种反卷积算法，用于从批量测序数据中推断特定细胞类型的感染反应，并应用于健康个体和结核病患者群体中，揭示了与体外感染表型和临床疾病阶段相关的细胞类型特异性免疫反应。	开发了一种新的反卷积算法，用于从批量RNA测序数据中推断特定细胞类型的感染反应，并揭示了与体外感染表型和临床疾病阶段相关的细胞类型特异性免疫反应。	文章未明确提及局限性。	开发一种新的反卷积算法，用于预测细菌感染的结果。	人类外周血细胞感染沙门氏菌后的免疫反应。	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	反卷积算法	RNA测序数据	包括健康个体和不同疾病阶段的结核病患者。
25951	2024-08-09	Unravelling the Role of Trophoblastic-Derived Extracellular Vesicles in Regulatory T Cell Differentiation 2019-Jul-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms20143457 PMID:31337116	研究论文	研究揭示滋养层细胞衍生的外泌体在调节T细胞分化中的作用	首次证明HSPE1相关滋养层细胞系衍生的外泌体促进T细胞分化，并使用单细胞转录组分析区分了七种T细胞亚型	NA	探讨滋养层细胞衍生的外泌体在调节T细胞分化中的作用	滋养层细胞衍生的外泌体及其在T细胞分化中的作用	免疫学	NA	CRISPR-Cas9, 下一代测序, 单细胞转录组分析	NA	miRNA, 转录组	NA
25952	2024-08-09	The Unmixing Problem: A Guide to Applying Single-Cell RNA Sequencing to Bone 2019-07, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1002/jbmr.3802 PMID:31336008	研究论文	本文介绍了如何应用单细胞RNA测序技术来解析骨骼中的细胞混合问题	单细胞测序技术作为理解骨骼代谢和发育的细胞基础的关键补充技术	单细胞测序方法存在细胞分离的转录效应和转录组稀疏采样等重要限制	探讨如何利用单细胞RNA测序技术更好地理解骨骼的细胞基础	骨骼中的细胞类型及其功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25953	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing-Based Computational Analysis to Describe Disease Heterogeneity 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00629 PMID:31354786	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在疾病异质性研究中的应用	介绍了scRNA-seq技术在不同条件下对分子特征识别的稳健性及其在科研和临床应用中的潜力	NA	探讨scRNA-seq技术在疾病异质性研究中的应用及其分析框架的性能稳健性	单细胞RNA测序技术和其分析框架	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
25954	2024-08-09	Single-cell transcriptomics in embryology: implications for cardiovascular science 2018-10-01, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvy193 PMID:31346599	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25955	2024-08-09	Alterations in Polyamine Metabolism in Patients With Lymphangioleiomyomatosis and Tuberous Sclerosis Complex 2-Deficient Cells 2019-12, Chest IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.chest.2019.05.038 PMID:31299246	研究论文	本研究分析了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者在接受西罗莫司和羟氯喹联合治疗前后的血浆代谢组学特征	首次揭示了西罗莫司和羟氯喹联合治疗通过影响多胺代谢途径，上调5'-甲硫腺苷和精氨酸水平，从而影响LAM患者的代谢	研究仅限于第一阶段临床试验，样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨西罗莫司和羟氯喹联合治疗对LAM患者代谢途径的影响	LAM患者及TSC2缺陷细胞	NA	淋巴管平滑肌瘤病	代谢组学分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物，RNA	临床试验涉及的LAM患者数量未明确提及
25956	2024-08-09	Early Detection of Peripheral Blood Cell Signature in Children Developing β-Cell Autoimmunity at a Young Age 2019-10, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db19-0287 PMID:31311800	研究论文	本研究通过mRNA测序分析了306份样本，包括从七名在幼年时期发展出β细胞自身免疫的儿童（病例对象）和匹配的对照对象中纵向收集的CD4和CD8 T细胞以及CD4CD8细胞分馏和未分馏的外周血单个核细胞样本，旨在早期检测与T1D相关的自身抗体出现前的免疫系统异常。	本研究首次识别了在T1D相关自身抗体出现前上调的转录本，包括白细胞介素32，并揭示了其在病例样本中主要由激活的T细胞和NK细胞贡献。	研究样本量较小，仅包括七名病例对象，可能影响结果的普遍性。	旨在发现新的生物标志物，预测自身免疫反应的开始，这些反应发生在自身抗体阳性之前或反映β细胞的渐进性破坏。	研究对象包括七名在幼年时期发展出β细胞自身免疫的儿童及其匹配的对照对象。	数字病理学	糖尿病	mRNA测序	NA	mRNA	306份样本，包括CD4和CD8 T细胞以及CD4CD8细胞分馏和未分馏的外周血单个核细胞样本
25957	2024-08-09	Generation of Human PSC-Derived Kidney Organoids with Patterned Nephron Segments and a De Novo Vascular Network 2019-09-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.06.009 PMID:31303547	研究论文	本文介绍了一种生成具有血管化三维（3D）肾脏类器官的多功能协议，并展示了其在疾病建模和药物验证中的应用	通过动态调节WNT信号通路，控制近端与远端肾单位的相对比例，并生成相关的血管内皮生长因子A（VEGFA）水平，定义了驻留的血管网络	NA	研究人类肾脏发育、疾病发病机制建模及患者特异性药物验证	人类多能干细胞衍生的肾脏类器官	NA	遗传性多囊肾病	单细胞RNA测序	NA	类器官	NA
25958	2024-08-09	Spatiotemporal Gene Coexpression and Regulation in Mouse Cardiomyocytes of Early Cardiac Morphogenesis 2019-08-06, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.119.012941 PMID:31322043	研究论文	本文通过构建基因共表达网络，利用单细胞RNA测序数据，研究了小鼠心肌细胞在心脏形态发生早期阶段的时空基因共表达和调控	本文发现了许多已知和新的重要转录因子及其调控的分子信号通路，这些通路在心脏环化过程中时空上活跃	NA	研究心脏形态发生早期阶段信号通路、转录因子和遗传网络的相互作用	小鼠心肌细胞在心脏形态发生早期阶段的基因共表达和调控	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因共表达网络	多个解剖区域和发育阶段的小鼠心肌细胞
25959	2024-08-09	Joint analysis of heterogeneous single-cell RNA-seq dataset collections 2019-08, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0466-z PMID:31308548	研究论文	本文开发了一种名为Conos的方法，用于分析异质性单细胞RNA测序数据集集合，通过构建全局图来连接所有测量的细胞，以识别复发性细胞亚群并跨数据集传播信息	Conos方法通过多个可能的样本间映射构建全局图，能够识别复发性细胞集群并跨数据集传播信息	NA	开发一种方法来分析包含多个个体、条件或组织的异质性单细胞RNA测序数据集集合	异质性单细胞RNA测序数据集集合	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	图模型	RNA测序数据	多个个体、条件或组织的细胞样本
25960	2024-08-09	Uncovering the mouse olfactory long non-coding transcriptome with a novel machine-learning model 2019-Aug-01, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes IF:3.9Q1 DOI:10.1093/dnares/dsz015 PMID:31321403	研究论文	本研究利用计算机模拟和体外实验方法，揭示了小鼠嗅觉感觉上皮中的长非编码RNA（lncRNA）的全面目录，并研究了它们在小鼠嗅觉器官中的表达	本研究采用了一种新颖的机器学习lncRNA分类器，发现了数百种已注释和未注释的lncRNA	NA	解码哺乳动物嗅觉感觉上皮中的非编码转录组，探讨lncRNA在嗅觉分化和嗅觉受体基因选择中的作用	小鼠嗅觉感觉上皮中的长非编码RNA（lncRNA）	机器学习	NA	RNA测序	机器学习模型	RNA序列数据	数百种已注释和未注释的lncRNA，以及成熟的嗅觉神经元和祖细胞