单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25921	2024-08-09	A Gene Rank Based Approach for Single Cell Similarity Assessment and Clustering 2021 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2019.2931582 PMID:31369384	研究论文	本文介绍了一种基于基因排序的单细胞相似性评估和聚类方法BioRank	BioRank是一种新的细胞相似性评估方法，基于注释基因集和基因排序，能够更好地进行单细胞聚类	scRNA-seq数据分析面临高噪声、高维度和稀疏性的挑战，且多个潜在因素对基因表达异质性和细胞类型识别能力的影响尚不明确	旨在克服scRNA-seq数据分析中的挑战，准确识别不同的细胞类型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	12个公共scRNA-seq数据集
25922	2024-08-09	ACTINN: automated identification of cell types in single cell RNA sequencing 2020-01-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz592 PMID:31359028	研究论文	本文介绍了一种名为ACTINN的自动化细胞类型识别方法，该方法使用具有三个隐藏层的神经网络，通过预定义细胞类型的数据集进行训练，并基于训练参数预测其他数据集的细胞类型	ACTINN采用神经网络自动识别细胞类型，避免了传统方法中的人工查找和标记物不足的问题	NA	开发一种自动化的细胞类型识别方法，以改进单细胞RNA测序中的细胞类型分配	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	文本	包括小鼠细胞类型图谱（Tabula Muris Atlas）和人类免疫细胞数据集
25923	2024-08-09	VirtualCytometry: a webserver for evaluating immune cell differentiation using single-cell RNA sequencing data 2020-01-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz610 PMID:31373613	研究论文	介绍了一个名为VirtualCytometry的网络计算平台，用于利用单细胞RNA测序数据评估免疫细胞分化	利用单细胞RNA测序数据，通过细胞间基因表达的变异来识别不同功能状态的细胞亚群，从而更全面地理解免疫细胞分化	NA	开发一种新的分析方法，用于研究免疫细胞分化	免疫细胞分化过程中的细胞亚群和关键信号分子及转录因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过226个单细胞RNA测序数据集，涵盖正常和疾病组织中的多种人和小鼠免疫细胞类型
25924	2024-08-09	Human kidney organoids: progress and remaining challenges 2019-10, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-019-0176-x PMID:31383997	research paper	本文综述了人类肾脏类器官的研究进展及其面临的挑战	成功使用肾脏类器官模拟肾小球和肾小管疾病，并利用单细胞RNA测序技术识别了多种细胞类型	类器官的成熟度是一个主要挑战，需要更详细的单细胞水平分析	研究正常和疾病状态下人类肾脏的发育	人类肾脏类器官及其在疾病模型中的应用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	多种细胞类型
25925	2024-08-09	Targeted sequencing aids in identifying clonality in chronic myelomonocytic leukemia 2019-09, Leukemia research IF:2.1Q3 DOI:10.1016/j.leukres.2019.106190 PMID:31377458	研究论文	本研究通过分子和细胞遗传学分析以及单细胞测序技术，探讨了慢性粒单核细胞白血病（CMML）中克隆性的鉴定	首次在韩国CMML患者中使用单细胞测序技术，发现与先前在白种人研究中不同的突变频率和类型	研究样本仅限于韩国患者，可能限制了结果的普遍性	确定CMML的克隆性，并探讨其分子和细胞遗传学特征	慢性粒单核细胞白血病患者	数字病理学	血液疾病	靶向测序	NA	基因数据	35名CMML患者，41份骨髓样本，2例单细胞分析
25926	2024-08-09	SingleCellNet: A Computational Tool to Classify Single Cell RNA-Seq Data Across Platforms and Across Species 2019-08-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.06.004 PMID:31377170	研究论文	介绍了一种名为SingleCellNet的计算工具，用于跨平台和跨物种的单细胞RNA-seq数据分类	SingleCellNet能够定量地利用其他单细胞RNA-seq研究数据，提高了分类的敏感性和特异性，并能跨平台和跨物种进行分类	NA	开发一种新的工具来改进单细胞RNA-seq数据的分类	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
25927	2024-08-09	Immuno-PET identifies the myeloid compartment as a key contributor to the outcome of the antitumor response under PD-1 blockade 2019-08-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1905005116 PMID:31375632	研究论文	研究使用免疫正电子发射断层扫描（immuno-PET）和单细胞RNA测序技术，探讨了PD-1阻断治疗下MC38结肠直肠小鼠腺癌模型中肿瘤内CD8 T细胞和CD11b髓系细胞的动态分布及其与治疗反应的关系	首次通过immuno-PET和单细胞RNA测序技术，揭示了PD-1阻断治疗对肿瘤内髓系细胞的影响，并发现CD11b髓系细胞的分布变化可作为评估抗PD-1治疗效果的生物标志物	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证这些发现	探讨PD-1阻断治疗对肿瘤内免疫细胞分布的影响及其与治疗反应的关系	MC38结肠直肠小鼠腺癌模型中的CD8 T细胞和CD11b髓系细胞	数字病理学	结肠直肠癌	免疫正电子发射断层扫描（immuno-PET），单细胞RNA测序	NA	图像，RNA	小鼠模型中的肿瘤样本
25928	2024-08-09	Circulating Tumour Cell Biomarkers in Head and Neck Cancer: Current Progress and Future Prospects 2019-Aug-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers11081115 PMID:31387228	综述	本文综述了头颈癌中循环肿瘤细胞（CTCs）作为生物标志物的当前进展和未来前景	介绍了微流控技术在CTC分离中的应用，以及单细胞测序在识别可操作突变和基因表达特征中的潜力	CTC分离方法的标准化和下游分析仍是一个主要障碍	探讨CTC作为生物标志物在头颈癌治疗决策中的应用，以改善患者预后并实现个性化治疗	头颈癌中的循环肿瘤细胞及其生物标志物	数字病理学	头颈癌	微流控技术，单细胞测序	NA	细胞	NA
25929	2024-08-09	Gene expression atlas of a developing tissue by single cell expression correlation analysis 2019-08, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0492-x PMID:31363221	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和基于基因表达相关性的分析方法，构建了果蝇翅盘组织的基因表达图谱	开发了一种基于基因表达相关性的scRNA-seq数据分析方法，能够计算翅盘组织中所有检测到的基因的表达图谱，并发现具有空间限制表达模式的824个基因	NA	构建果蝇翅盘组织的完整基因表达图谱，并发现新的基因及其功能	果蝇翅盘组织的基因表达模式及其功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	824个具有空间限制表达模式的基因
25930	2024-08-09	A Single-Cell Window into Pancreas Cancer Fibroblast Heterogeneity 2019-Aug, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0576 PMID:31371323	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术解析了胰腺导管腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）异质性，并识别了一种新的抗原呈递CAF群体	本文首次识别了一种新的抗原呈递CAF群体	NA	解析胰腺导管腺癌中CAF的异质性	癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
25931	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of the Developing Cardiac Outflow Tract Reveals Convergent Development of the Vascular Smooth Muscle Cells 2019-07-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.06.092 PMID:31365875	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了发育中的心脏流出道细胞，揭示了血管平滑肌细胞的趋同发育	本研究首次通过单细胞转录组测序揭示了心脏流出道发育过程中血管平滑肌细胞的趋同发育路径，并发现了可能调控细胞转化的转录因子	NA	深入理解正常心脏流出道发育的细胞多样性、转变和调控网络，以解开流出道畸形的病因	小鼠心脏流出道细胞	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	55,611个小鼠心脏流出道细胞，来自三个发育阶段
25932	2024-08-09	Single-cell RNA Sequencing and Analysis of Human Pancreatic Islets 2019-07-18, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/59866 PMID:31380847	研究论文	本文描述了一种使用基于液滴的微流控单细胞RNA测序技术生成高质量、大规模转录组数据的方法，用于分析人类胰腺胰岛中的内分泌细胞类型。	采用基于液滴的微流控单细胞RNA测序技术，能够生成每个内分泌细胞类型的高质量转录组数据。	需要仔细处理、准确测量和严格的质量控制。	生成高质量、大规模的转录组数据，以构建正常或特定条件下每个内分泌细胞类型的基因表达谱。	人类胰腺胰岛中的内分泌细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约20,000个人类单个胰岛细胞
25933	2024-08-09	Characteristics of a novel cell line ZJU-0430 established from human gallbladder carcinoma 2019, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-019-0911-1 PMID:31367188	研究论文	本文介绍了从人胆囊癌中建立的新型细胞系ZJU-0430的特性	建立了新的胆囊癌细胞系ZJU-0430，并对其进行了全面的体外和体内特性分析	NA	建立胆囊癌细胞系以研究胆囊癌的分子发病机制	胆囊癌细胞系ZJU-0430	NA	胆囊癌	单细胞RNA测序, 光学和电子显微镜, DNA含量分析, 细胞遗传学分析, 短串联重复(STR)DNA指纹分析, 免疫表型特征分析, 异种移植	NA	细胞	NA
25934	2024-08-09	Single-cell transcriptome-based multilayer network biomarker for predicting prognosis and therapeutic response of gliomas 2020-05-21, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbz040 PMID:31329830	研究论文	本文结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和临床批量基因表达数据，开发了一种计算流程，用于识别连接癌细胞和微环境细胞的预后和预测标志物	提出了一种基于单细胞转录组的多层网络生物标志物（MNB）方法，用于预测胶质瘤患者的生存结果和治疗反应，该方法优于传统的基因生物标志物和其他方法	NA	阐明肿瘤细胞与肿瘤相关微环境之间的相互作用，并识别癌症患者的预后和预测标志物	胶质瘤患者的预后和治疗反应	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多层网络生物标志物（MNB）	基因表达数据	大型胶质瘤患者队列的公开临床数据集
25935	2024-08-09	RNA sequencing: the teenage years 2019-11, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-019-0150-2 PMID:31341269	研究论文	本文综述了RNA测序技术在过去十年中的发展及其在转录组广泛分析中的应用	介绍了RNA测序技术的新应用，如空间转录组学和长读长直接RNA测序技术，以及改进的数据分析工具	NA	探讨RNA测序技术在RNA生物学中的全面应用	RNA测序技术及其在基因表达、剪接、翻译和结构分析中的应用	基因组学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	NA
25936	2024-08-09	Differential Variation Analysis Enables Detection of Tumor Heterogeneity Using Single-Cell RNA-Sequencing Data 2019-10-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-3882 PMID:31337651	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据，使用差异变异分析算法EVA，量化肿瘤异质性	本研究改编了EVA算法，用于单细胞RNA测序数据的多元统计分析，以检测基因集中的表达差异变异	NA	评估单细胞RNA测序数据中基因表达在通路或基因集内的异质性	肿瘤异质性及其在癌症基因组学中的应用，如免疫原性、转移和癌症亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个公共领域的单细胞RNA测序肿瘤数据集
25937	2024-08-09	Epigenomics and Single-Cell Sequencing Define a Developmental Hierarchy in Langerhans Cell Histiocytosis 2019-10, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0138 PMID:31345789	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和表观基因组分析，揭示了朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）中的细胞、转录组和表观基因组异质性及其发展层次。	本研究首次结合单细胞转录组学和表观基因组分析，揭示了LCH细胞的广泛异质性和内在发展层次。	NA	探索LCH病理生理学的分子机制及其临床异质性。	LCH病变中的转录组和表观基因组多样性。	数字病理学	朗格汉斯细胞组织细胞增生症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个LCH病变活检样本
25938	2024-08-09	Single-cell transcriptomics as a framework and roadmap for understanding the brain 2019-10-01, Journal of neuroscience methods IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.jneumeth.2019.108353 PMID:31351971	research paper	本文讨论了单细胞RNA测序和单分子荧光原位杂交技术在理解大脑细胞类型特异性空间组织中的应用	本文探讨了新兴的空间转录组技术如何结合两种技术的优势，并将其与大脑结构和功能的高级特征相联系	NA	为神经科学提供一个解释和指导实验检查大脑的框架	大脑的细胞类型特异性空间组织	digital pathology	NA	单细胞RNA测序，单分子荧光原位杂交	NA	基因表达数据	NA
25939	2024-08-09	Smooth Muscle Cell Phenotypic Diversity 2019-09, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.119.312131 PMID:31340668	综述	本文综述了血管平滑肌细胞（SMC）的表型多样性及其在健康和疾病血管组织中的作用	利用体内命运图谱系统和单细胞RNA测序技术，深入探讨了SMC的表型特征及其在血管疾病中的作用	尚未完全揭示SMC表型转换的机制及其功能相关性	探讨SMC表型多样性及其在血管疾病中的作用，并讨论结合命运图谱和单细胞转录组学技术的机遇与挑战	血管平滑肌细胞及其在血管疾病中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组	NA
25940	2024-08-09	Single-cell analysis of cardiogenesis reveals basis for organ-level developmental defects 2019-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1414-x PMID:31341279	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析心脏发育过程中的早期心脏祖细胞，揭示了特定细胞亚群失调如何导致灾难性后果	首次揭示了Hand2在心脏发育中的具体作用，特别是在流出道的指定和右心室的形成中的作用	NA	揭示心脏发育过程中特定细胞亚群失调的分子机制	心脏祖细胞在正常和异常心脏发育过程中的转录变化	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	网络基础计算方法	转录组	NA