单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25901	2024-08-09	Accurate detection of mosaic variants in sequencing data without matched controls 2020-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0368-8 PMID:31907404	研究论文	本文介绍了一种名为MosaicForecast的机器学习方法，用于在无匹配对照的测序数据中准确检测嵌合变异	MosaicForecast利用基于读取的相位和读取级别特征，与现有算法相比，显著提高了检测嵌合单核苷酸变异和插入缺失的特异性	NA	开发一种新的方法来检测嵌合体突变，并探讨其在疾病起源和发展中的作用	人类大脑全基因组测序数据中的嵌合单核苷酸变异和插入缺失	机器学习	NA	单细胞测序和靶向测序	机器学习方法	测序数据	人类大脑全基因组测序数据
25902	2024-08-09	Inhibition of lysine-specific histone demethylase 1A results in meiotic aberration during oocyte maturation in vitro in goats 2020-Feb, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2019.12.011 PMID:31881434	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术探讨山羊卵母细胞体外成熟过程中组蛋白去甲基化酶LSD1的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了山羊卵母细胞成熟过程中LSD1的功能及其对卵母细胞成熟的影响	研究主要集中在体外实验，未来需要进一步的体内实验验证	探讨组蛋白甲基化在山羊卵母细胞成熟中的作用机制	山羊的卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	4516个差异表达基因
25903	2024-08-09	Critical Role of Cytosolic DNA and Its Sensing Adaptor STING in Aortic Degeneration, Dissection, and Rupture 2020-01-07, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.119.041460 PMID:31887080	研究论文	本文研究了细胞质DNA及其感应适配器STING在主动脉退化、撕裂和破裂中的关键作用	首次揭示了细胞质DNA和STING信号通路在主动脉退化和散发型主动脉夹层形成中的关键机制	NA	识别驱动主动脉退化的机制，以开发有效的药物治疗预防疾病进展	主动脉平滑肌细胞和巨噬细胞中的细胞质DNA及STING通路的激活	NA	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	组织样本	来自散发型升主动脉夹层患者的主动脉组织样本及Stinggt/gt小鼠模型
25904	2024-08-09	Arterial Sca1+ Vascular Stem Cells Generate De Novo Smooth Muscle for Artery Repair and Regeneration 2020-01-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.11.010 PMID:31883835	研究论文	本文通过细胞命运图谱和单细胞RNA测序技术，识别了动脉壁外膜层的Sca1血管干细胞（VSCs），并研究了其在严重损伤后迁移至中膜层并生成新的平滑肌细胞（SMCs）的过程。	首次提供了遗传学证据，证明Sca1 VSCs能够生成SMCs，并在血管修复中发挥关键作用。	NA	研究血管干细胞在动脉修复和再生中的作用。	动脉壁中的Sca1血管干细胞及其在损伤后的行为。	NA	NA	细胞命运图谱，单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25905	2024-08-09	Outer Radial Glia-like Cancer Stem Cells Contribute to Heterogeneity of Glioblastoma 2020-01-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.11.015 PMID:31901251	研究论文	本研究通过单细胞转录组学创建了胶质母细胞瘤肿瘤细胞图谱，并发现肿瘤内存在多种癌症干细胞（GSC）亚型，其中包括类似外侧放射状胶质细胞（oRG）的侵袭性细胞群。	首次发现胶质母细胞瘤中的oRG样细胞表现出特征性的有丝分裂体细胞转移行为，并揭示了PTPRZ1在有丝分裂体细胞转移和胶质母细胞瘤侵袭中的作用。	NA	旨在揭示胶质母细胞瘤异质性的驱动因素及其与肿瘤侵袭的关系。	胶质母细胞瘤及其癌症干细胞亚型。	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
25906	2024-08-09	Single-cell Digital Twins for Cancer Preclinical Investigation 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0159-4_15 PMID:31893381	研究论文	本文介绍了一种名为单细胞通量平衡分析（scFBA）的新计算框架，旨在建立数字代谢双胞胎，以更好地利用实验室患者细胞模型	提出了scFBA框架，能够量化单细胞水平的通量，并结合单细胞RNA-seq数据，描绘单细胞代谢表型，并识别代谢亚群	目前仅限于描述细胞样本中的总体通量分布，忽略了可能的异质性行为	旨在通过量化单细胞水平的通量来分层癌症异质性亚群	癌症异质性亚群的代谢表型	生物信息学	癌症	单细胞RNA-seq	scFBA	单细胞数据	未具体说明
25907	2024-08-09	Neuron-glia interaction through Serotonin-BDNF-NGFR axis enables regenerative neurogenesis in Alzheimer's model of adult zebrafish brain 2020-01, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000585 PMID:31905199	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析，揭示了在阿尔茨海默病模型中，血清素-脑源性神经营养因子-神经生长因子受体轴在成年斑马鱼大脑神经再生中的作用	发现了血清素通过下调脑源性神经营养因子的表达抑制神经干细胞增殖，而脑源性神经营养因子通过神经生长因子受体A/核因子κB信号增强神经干细胞可塑性和神经发生	研究仅在斑马鱼模型中进行，尚未在哺乳动物模型中验证	探讨阿尔茨海默病中神经再生的分子机制	成年斑马鱼大脑中的神经干细胞和神经发生	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	成年斑马鱼大脑样本
25908	2024-08-09	A Single Cell but Many Different Transcripts: A Journey into the World of Long Non-Coding RNAs 2020-Jan-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21010302 PMID:31906285	综述	本文综述了长非编码RNA（lncRNAs）的分类及其在单细胞分析中的新发现	介绍了单细胞RNA测序和荧光放大技术在lncRNA功能研究中的应用	NA	收集关于lncRNA分类的最新信息及其在单细胞分析中的功能新发现	长非编码RNA（lncRNAs）及其在细胞中的表达和亚细胞定位	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25909	2024-08-09	scRNA-seq assessment of the human lung, spleen, and esophagus tissue stability after cold preservation 2019-12-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1906-x PMID:31892341	研究论文	本研究评估了冷保存对新鲜健康脾脏、食管和肺组织的影响，通过单细胞RNA测序分析了这些组织在72小时内的稳定性。	研究提供了24小时内组织保存的稳健协议，这对Human Cell Atlas或临床研究的样本收集物流大有裨益。	研究观察到72小时后肺T细胞比例下降，线粒体读数百分比增加，以及脾脏中背景环境RNA读数的污染增加，这些是细胞类型特异性的。	评估冷保存对人类脾脏、食管和肺组织稳定性的影响，并为Human Cell Atlas提供高质量的单细胞转录组数据。	新鲜健康的脾脏、食管和肺组织。	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	240,000个高质量单细胞转录组，来自至少5个供体的全基因组序列
25910	2024-08-09	Cloud accelerated alignment and assembly of full-length single-cell RNA-seq data using Falco 2019-Dec-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-6341-6 PMID:31888474	研究论文	本文介绍了Falco框架，该框架利用现代云平台的并行和分布式计算环境，加速全长批量RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据的读取对齐和转录本组装	Falco框架引入了两种新模式：仅对齐和转录本组装，能够显著加速全长scRNA-seq数据的对齐和组装过程	NA	开发一个能够扩展并加速全长scRNA-seq数据对齐和组装的云端大数据处理框架	全长批量RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	文本	两个公开的scRNA-seq数据集
25911	2024-08-09	Using transfer learning from prior reference knowledge to improve the clustering of single-cell RNA-Seq data 2019-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-56911-z PMID:31889137	研究论文	本文提出了一种利用先验知识从大型参考数据集进行迁移学习以改进单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据聚类的方法	本文首次将迁移学习应用于无监督聚类问题，并通过单细胞RNA测序数据验证了其有效性	NA	改进小规模疾病或组织特异性数据集的聚类效果，特别是罕见细胞类型的识别	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	使用模拟数据和公开可用数据进行验证
25912	2024-08-09	S100a4 upregulation in Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre-driven mammary tumors promotes metastasis 2019-12-27, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-019-1238-5 PMID:31881983	研究论文	本研究通过生成Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre双突变小鼠乳腺癌模型，探讨了PIK3CA和TP53突变在乳腺肿瘤发生中的协同作用及S100a4在转移中的作用。	首次揭示了Pik3caH1047R和Trp53R270H在乳腺肿瘤发生中的协同作用，并发现S100a4在肿瘤转移中的关键作用。	NA	研究PIK3CA和TP53突变在乳腺肿瘤发生中的协同作用及S100a4在转移中的作用。	Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre双突变小鼠乳腺癌模型。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个乳腺肿瘤样本
25913	2024-08-09	Discovering Rare Genes Contributing to Cancer Stemness and Invasive Potential by GBM Single-Cell Transcriptional Analysis 2019-Dec-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers11122025 PMID:31888172	研究论文	本研究利用公开的单细胞RNA测序数据，发现并全面解析了存在于少数胶质母细胞瘤（GBM）细胞中的稀有基因，并设计了一个框架系统地识别了51个稀有蛋白质编码基因（PCGs）和47个稀有长非编码RNAs（lncRNAs）。	本研究通过单细胞RNA测序技术，深入探索了少数细胞中的分子机制，并发现了与GBM进展和预后相关的稀有基因。	NA	探索胶质母细胞瘤（GBM）中稀有基因的作用及其在癌症进展和预后中的潜在影响。	胶质母细胞瘤（GBM）细胞中的稀有基因。	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	51个稀有蛋白质编码基因和47个稀有长非编码RNAs
25914	2024-08-09	Single cell RNA-sequencing reveals cellular heterogeneity and trajectories of lineage specification during murine embryonic limb development 2020-07, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.matbio.2019.12.004 PMID:31874220	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠胚胎后肢发育过程中的细胞异质性和谱系指定轨迹	首次在单细胞水平上揭示了小鼠胚胎后肢发育过程中的细胞转录程序和细胞成熟连续性	NA	识别小鼠胚胎后肢发育过程中的细胞谱系指定轨迹	小鼠胚胎后肢发育过程中的细胞类型和细胞轨迹	数字病理学	NA	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠胚胎后肢在胚胎日11.5至18.5的样本
25915	2024-08-09	Causal network perturbations for instance-specific analysis of single cell and disease samples 2020-04-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz949 PMID:31873725	研究论文	本文介绍了一种名为ssNPA的新方法，用于基于基因网络失调对样本进行亚型分类	ssNPA直接从对照数据中学习因果图，并通过预测每个基因表达的误差来量化样本特定网络邻域的失调	NA	旨在通过分析个体样本中的通路扰动，改善诊断并实现个性化治疗	单细胞和疾病样本	生物信息学	NA	RNA-seq	因果图	基因表达数据	包括肝脏发育的单细胞RNA-seq数据和两个TCGA数据集
25916	2024-08-09	Design and application of single-cell RNA sequencing to study kidney immune cells in lupus nephritis 2020-04, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-019-0232-6 PMID:31853010	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了狼疮性肾炎中的肾脏免疫细胞	采用单细胞RNA测序技术对狼疮性肾炎患者的肾脏活检样本进行详细细胞群特征分析，并探讨了非侵入性监测肾脏免疫激活的可能性	NA	揭示狼疮性肾炎中导致组织损伤的免疫机制	狼疮性肾炎患者的肾脏免疫细胞和实质细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	生物样本	多个地点和不同人群的肾脏活检样本
25917	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Disease-Defining T-cell Subsets in the Tumor Microenvironment of Classic Hodgkin Lymphoma 2020-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0680 PMID:31857391	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，揭示了经典霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中定义疾病的T细胞亚群	首次在单细胞分辨率下对霍奇金淋巴瘤特异性免疫微环境进行表型分析，并发现了一种新的霍奇金淋巴瘤相关T细胞亚群，该亚群表达抑制性受体LAG3，具有免疫抑制功能	NA	研究霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中细胞成分及其空间关系，以理解细胞间的相互作用及治疗靶点	霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中的T细胞亚群	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	从22个霍奇金淋巴瘤组织样本和5个反应性淋巴结中获取超过127,000个细胞
25918	2024-08-09	Single-cell RNA-seq analysis identifies meniscus progenitors and reveals the progression of meniscus degeneration 2020-03, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2019-215926 PMID:31871141	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）识别膝关节半月板细胞的不同亚群，并揭示半月板退化的机制	首次通过scRNA-seq技术识别出半月板前体细胞，并揭示了半月板退化的新机制	NA	探究半月板细胞的异质性及其退化机制	人类健康及退化半月板细胞	数字病理学	关节疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括健康和退化的半月板细胞的多个样本
25919	2024-08-09	Highly multiplexed single-cell RNA-seq by DNA oligonucleotide tagging of cellular proteins 2020-01, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0372-z PMID:31873215	研究论文	本文描述了一种通用的单细胞RNA测序样本多重化方法，通过将识别DNA寡核苷酸附着到固定细胞的细胞蛋白上来进行化学标记	该方法能够揭示从大量实验或临床样本中细胞群体结构和转录状态的变化，这些变化无法通过整体测量来辨别	NA	建立一种高效的方法，用于从大型实验或临床样本中以单细胞RNA测序的深度和分辨率调查细胞群体	单细胞RNA测序中的细胞群体结构和转录状态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	96个多重化样本
25920	2024-08-09	Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial target in glioblastoma 2020-01, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-019-0694-x PMID:31873309	研究论文	本文通过质谱流式细胞术和单细胞RNA测序分析了94名代表五种不同癌症类型的患者，识别出胶质母细胞瘤中独特的CD73巨噬细胞群体，并探讨了CD73作为联合治疗靶点的重要性。	本文首次识别出胶质母细胞瘤中持续存在的CD73巨噬细胞群体，并通过反向转化研究证实CD73缺失可提高抗CTLA-4和抗PD-1治疗下的生存率。	临床试验中联合免疫检查点策略的机制合理性尚不明确，且研究仅限于特定肿瘤类型。	旨在识别肿瘤特异性免疫调节靶点，以改进免疫检查点疗法在胶质母细胞瘤中的应用。	94名代表五种不同癌症类型的患者，特别是胶质母细胞瘤、前列腺癌和结直肠癌患者。	数字病理学	脑癌	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	94名患者