单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25901	2024-08-09	Genomic encoding of transcriptional burst kinetics 2019-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0836-1 PMID:30602787	研究论文	本文利用等位基因敏感的单细胞RNA测序技术，研究了小鼠和人类基因组中转录爆发的频率和大小，并揭示了增强子和核心启动子元素对转录爆发动力学的影响	首次使用等位基因敏感的单细胞RNA测序技术，全面分析了内源性基因的转录爆发频率和大小，并发现了增强子和核心启动子元素在转录爆发动力学中的协同作用	NA	探究哺乳动物基因表达中的转录爆发动力学，并确定增强子和核心启动子元素在其中的作用	小鼠和人类基因组中的转录爆发频率和大小	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠和人类基因组
25902	2024-08-09	Identification of cancer subtypes from single-cell RNA-seq data using a consensus clustering method 2018-Dec-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-018-0433-z PMID:30598115	研究论文	本文介绍了一种共识聚类框架conCluster，用于从单细胞RNA测序数据中识别癌症亚型	conCluster通过集成策略融合多个基本分区以达成共识聚类，能更准确地检测癌症亚型	NA	研究旨在通过单细胞RNA测序数据识别癌症亚型	人类癌症的细胞异质性及其分子特征	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	共识聚类	基因表达数据	涉及多个真实的癌症scRNA-seq数据集
25903	2024-08-09	Single-Cell Ssequencing in Cancer: Recent Applications to Immunogenomics and Multi-omics Tools 2018-Dec, Genomics & informatics DOI:10.5808/GI.2018.16.4.e17 PMID:30602078	综述	本文综述了单细胞测序技术在癌症研究中的最新应用，特别是在免疫基因组学和多组学工具方面	单细胞多组学方法的应用突破了传统批量测序方法在数据分辨率上的限制，提供了对肿瘤进化动态、免疫逃避、转移和治疗抵抗的更细致理解	NA	探讨单细胞多组学方法在肿瘤研究中的应用及其在免疫治疗领域的最新发现	癌症肿瘤的异质性及其进化动态、免疫逃避、转移和治疗抵抗	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据	NA
25904	2024-08-09	Comparison of clustering tools in R for medium-sized 10x Genomics single-cell RNA-sequencing data 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15809.2 PMID:30228881	研究论文	本文比较了R语言中多种聚类工具对中等规模的10x Genomics单细胞RNA测序数据的性能	首次系统地评估了多种聚类方法在10x Genomics单细胞RNA测序数据上的准确性、运行时间和鲁棒性	研究结果表明不同方法的聚类结果差异较大，选择合适的聚类工具对数据解读至关重要	评估不同聚类工具在10x Genomics单细胞RNA测序数据上的性能	10x Genomics单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类方法	基因表达数据	包括一个黄金标准数据集和多个白银标准数据集
25905	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of the Pancreatic Islets--a Promise Not yet Fulfilled? 2019-03-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2018.11.016 PMID:30581120	研究论文	本文综述了过去三年中单细胞RNA测序技术在胰腺胰岛细胞研究中的应用及其进展	单细胞RNA测序技术首次实现了对罕见内分泌细胞类型的转录定义，如生长激素释放肽产生的ɛ细胞	关于细胞类型特异性基因表达变化在2型糖尿病中的结论可能需要在大样本量可用时重新审视	探讨单细胞RNA测序技术在胰腺胰岛细胞类型鉴定和疾病状态下的应用	胰腺胰岛细胞，特别是α细胞和β细胞及其在疾病中的变化	数字病理学	代谢性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠和人的胰腺胰岛细胞
25906	2024-08-09	The genomic organization and expression pattern of the low-affinity Fc gamma receptors (FcγR) in the Göttingen minipig 2019-02, Immunogenetics IF:2.9Q3 DOI:10.1007/s00251-018-01099-1 PMID:30564855	研究论文	本文研究了Göttingen小型猪中低亲和力Fcγ受体（FcγR）的基因组结构和表达模式	首次在Göttingen小型猪中鉴定出新的FcγRIIa基因，并分析了其在血小板上的表达	文章未提及具体的局限性	探讨Göttingen小型猪中Fcγ受体的基因组结构和表达模式，以促进其在治疗性抗体预临床研究中的应用	Göttingen小型猪的Fcγ受体基因及其表达模式	生物医学研究	NA	基因组分析、测序、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA序列数据	涉及Göttingen小型猪的外周血单核细胞（PBMCs）和全血样本
25907	2024-08-09	Tumor Suppressor PTEN Regulates Negatively Sertoli Cell Proliferation, Testis Size, and Sperm Production In Vivo 2019-02-01, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/en.2018-00892 PMID:30576429	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和基因敲除小鼠模型，探讨了IGFs在睾丸中的来源及其通过IGF/PTEN/PI3K途径促进未成熟Sertoli细胞增殖的机制	首次揭示了IGFs在睾丸间质类固醇生成前体细胞中的表达，并通过PTEN基因敲除小鼠模型验证了IGF/PTEN/PI3K途径在未成熟Sertoli细胞增殖中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明IGFs在睾丸中的来源及其通过IGF/PTEN/PI3K途径促进未成熟Sertoli细胞增殖的机制	未成熟Sertoli细胞的增殖、睾丸大小和精子产量	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA	小鼠胚胎睾丸细胞
25908	2024-08-09	Tissue Resident CCR2- and CCR2+ Cardiac Macrophages Differentially Orchestrate Monocyte Recruitment and Fate Specification Following Myocardial Injury 2019-01-18, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.118.314028 PMID:30582448	研究论文	本文研究了心肌损伤后组织驻留的CCR2-和CCR2+心脏巨噬细胞如何不同地调控单核细胞的招募和命运指定	首次揭示了组织驻留的CCR2+和CCR2-巨噬细胞在心肌损伤后对单核细胞招募和命运指定的不同调控机制	NA	测试组织驻留的CCR2-和CCR2+巨噬细胞在心肌损伤后对单核细胞招募和命运指定的不同调控作用的假设	组织驻留的CCR2-和CCR2+心脏巨噬细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	使用多种小鼠模型进行研究
25909	2024-08-09	Identification of Embryonic Neural Plate Border Stem Cells and Their Generation by Direct Reprogramming from Adult Human Blood Cells 2019-01-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2018.11.015 PMID:30581079	研究论文	本文报道了通过异位表达四个神经转录因子，将成人人类成纤维细胞和血液细胞直接重编程为诱导的神经板边界干细胞（iNBSCs），并探讨了其在再生医学中的应用潜力	首次报道了通过直接重编程技术生成人类iNBSCs，并展示了其在模拟人类疼痛综合症和再生医学中的应用	NA	探索神经发育机制并为再生医学提供神经干细胞来源	成人人类成纤维细胞和血液细胞，以及人类多能干细胞	再生医学	NA	直接重编程技术，单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
25910	2024-08-09	Metabolic heterogeneity underlies reciprocal fates of TH17 cell stemness and plasticity 2019-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-018-0806-7 PMID:30568299	研究论文	本文研究了T17细胞在自身免疫性疾病模型中的代谢异质性及其对细胞命运的影响	首次揭示了T17细胞中存在具有干细胞样特征的亚群和具有高代谢活性的亚群，并阐明了mTORC1信号通路在调控T17细胞命运决策中的关键作用	NA	探讨T17细胞在慢性炎症条件下的异质性及其对自身免疫性疾病的贡献	T17细胞的代谢异质性和细胞命运	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25911	2024-08-09	A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction 2019-01, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0254-1 PMID:30573817	研究论文	本文介绍了一种用于评估单细胞RNA测序批次效应校正的用户友好、稳健且敏感的k近邻批次效应测试（kBET）	提出了一个量化批次效应的kBET方法，用于评估批次回归和归一化方法的效果，并区分细胞类型特异性个体间变异与细胞群体相对比例的变化	NA	评估单细胞RNA测序中的批次效应校正方法	单细胞RNA测序数据中的批次效应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	k近邻批次效应测试（kBET）	单细胞转录组数据	外周血单个核细胞（PBMCs）来自健康捐赠者
25912	2024-08-09	SCOPE-Seq: a scalable technology for linking live cell imaging and single-cell RNA sequencing 2018-12-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1607-x PMID:30583733	研究论文	本文介绍了一种名为SCOPE-Seq的新技术，通过结合微流控技术和光学可解码珠，实现了活细胞成像与单细胞RNA测序的链接	SCOPE-Seq技术首次实现了活细胞表型分析与单细胞测序的结合，提高了测量的准确性和可扩展性	NA	验证SCOPE-Seq技术在结合活细胞成像与单细胞RNA测序中的准确性和可扩展性	活细胞和单细胞RNA	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	微流控技术	图像和RNA序列	NA
25913	2024-08-09	The International Conference on Intelligent Biology and Medicine (ICIBM) 2018: systems biology on diverse data types 2018-12-21, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-018-0648-9 PMID:30577731	research paper	本文描述了2018年国际智能生物与医学会议(ICIBM 2018)中关于系统生物学的十篇高质量论文	涵盖了多种数据类型的系统生物学进展，包括基因调控、环状RNA表达、单细胞RNA-Seq、染色体间相互作用、代谢组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学	NA	介绍ICIBM 2018会议中关于系统生物学的高质量研究成果	系统生物学领域的多种数据类型	系统生物学	NA	NA	NA	多种数据类型，包括基因调控、环状RNA表达、单细胞RNA-Seq、染色体间相互作用、代谢组学、蛋白质组学和磷酸蛋白质组学	NA
25914	2024-08-09	scdNet: a computational tool for single-cell differential network analysis 2018-12-21, BMC systems biology DOI:10.1186/s12918-018-0652-0 PMID:30577836	研究论文	本文介绍了首个基于单细胞RNA测序（scRNA-Seq）的差异网络分析生物信息学工具scdNet，该工具具有基因-基因相关性的样本大小调整、状态间相关性的比较和差异网络构建等功能	scdNet是首个针对scRNA-Seq数据进行差异网络分析的工具，能够有效处理高度稀疏的数据矩阵，并具有较低的样本大小要求、高计算效率和对测序噪声的容忍度	NA	开发一种新的生物信息学工具，用于分析单细胞RNA测序数据中的差异基因调控网络	单细胞RNA测序数据，特别是循环肿瘤细胞（CTCs）和早期小鼠胚胎的数据	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	适用于小样本大小，具体数量未在摘要中提及
25915	2024-08-09	A Cellular Anatomy of the Normal Adult Human Prostate and Prostatic Urethra 2018-12-18, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2018.11.086 PMID:30566875	research paper	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术，提供了年轻成人前列腺和前列腺尿道的细胞图谱	使用单细胞RNA测序和流式细胞术，结合免疫组化技术，提供了前列腺和前列腺尿道的详细细胞图谱，并设计了新的细胞类型特异性标记物	NA	解决良性前列腺增生和前列腺癌的细胞起源问题	正常成人人类前列腺和前列腺尿道的细胞结构	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq, flow cytometry, immunohistochemistry	NA	细胞数据	约98,000个细胞
25916	2024-08-09	Understanding the Biology and Pathogenesis of the Kidney by Single-Cell Transcriptomic Analysis 2018-Nov, Kidney diseases (Basel, Switzerland) DOI:10.1159/000492470 PMID:30574498	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的历史、改进及其在肾脏研究领域的应用	scRNA-seq能够以单细胞分辨率进行基因表达分析，识别组织中的所有细胞类型和亚型，包括新发现的或数量较少的细胞类型	NA	探讨scRNA-seq在肾脏研究中的应用及其潜在用途	肾脏细胞及其在疾病中的分子动态	生物医学研究	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
25917	2024-08-09	VASC: Dimension Reduction and Visualization of Single-cell RNA-seq Data by Deep Variational Autoencoder 2018-10, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2018.08.003 PMID:30576740	研究论文	本文提出了一种基于深度变分自编码器的单细胞RNA测序数据降维和可视化方法（VASC）	VASC能够显式建模dropout事件，并找到原始数据的非线性层次特征表示	NA	研究单细胞RNA测序数据的降维和可视化	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器	RNA测序数据	超过20个数据集
25918	2024-08-09	Technical Advances in Single-Cell RNA Sequencing and Applications in Normal and Malignant Hematopoiesis 2018, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2018.00582 PMID:30581771	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在正常和恶性造血中的最新进展及其应用	scRNA-seq技术的发展改变了我们对许多生物现象的理解，包括器官发育和癌症发生	NA	旨在进一步理解造血层次结构，并阐明个性化治疗和精准医学方法在临床治疗血液恶性肿瘤中的应用	正常和恶性造血细胞	数字病理学	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
25919	2024-08-09	Single-nucleus and single-cell transcriptomes compared in matched cortical cell types 2018, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0209648 PMID:30586455	研究论文	本文比较了单核和单细胞转录组在匹配的皮质细胞类型中的应用	证明了单核RNA测序（snRNA-seq）在分析复杂组织转录组时相较于单细胞RNA测序（scRNA-seq）的优势，包括更少的细胞偏倚覆盖、不受细胞分离导致的转录伪影影响，以及可应用于冷冻存档样本	NA	比较单核和单细胞转录组在识别细胞类型方面的效果	小鼠视觉皮质的细胞类型	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	小鼠视觉皮质样本
25920	2024-08-09	Optimal Gene Filtering for Single-Cell data (OGFSC)-a gene filtering algorithm for single-cell RNA-seq data 2019-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty1016 PMID:30535000	研究论文	本文提出了一种名为Optimal Gene Filtering for Single-Cell data (OGFSC)的新算法，用于构建基于基因表达水平和相应方差的阈值曲线，以有效减少单细胞RNA-seq数据中的技术噪声	OGFSC算法通过构建基于基因表达水平和方差的阈值曲线，避免了传统固定阈值方法导致的过度严格或不足严格错误	NA	旨在提高单细胞RNA-seq数据中差异表达基因和细胞群的精确识别	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	多个模拟和已发表的实验数据集