单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 25861 - 25880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25861 | 2024-08-09 |
rCASC: reproducible classification analysis of single-cell sequencing data
2019-09-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giz105
PMID:31494672
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研究论文 | rCASC是一个模块化工作流程，利用Docker容器化技术提供从计数生成到细胞亚群识别的集成分析环境，以实现数据分析的功能性和计算可重复性 | rCASC引入了新的度量标准“细胞稳定性得分”（CSS），用于评估聚类质量，并提供了识别聚类特异性基因标记的工具 | NA | 开发一个模块化工作流程，帮助研究人员定义细胞亚群并检测亚群特异性标记 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 25862 | 2024-08-09 |
Heterogeneity of human pancreatic β-cells
2019-09, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2019.06.015
PMID:31500834
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序结合伪时间分析发现的人类胰腺β细胞异质性，表现为动态可互换的功能状态 | 首次详细讨论了β细胞异质性可能反映的是动态可互换的状态，而非固定的亚群 | NA | 探讨β细胞异质性的生理意义及其在糖尿病发展和进展中的潜在影响 | 人类胰腺β细胞的异质性 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | RNA序列数据 | NA |
| 25863 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing edges into clinical trials
2019-09, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/d41591-019-00017-6
PMID:31501596
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25864 | 2024-08-09 |
ascend: R package for analysis of single-cell RNA-seq data
2019-08-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giz087
PMID:31505654
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研究论文 | ascend是一个R包，旨在简化并加速单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的初步分析 | ascend包整合了多种分析方法，提供了灵活的生物信息学工具和R函数集成，同时支持快速并行计算和高效内存管理 | NA | 开发一个强大、快速且灵活的工具包，用于单细胞RNA测序数据的分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 大量单细胞样本 |
| 25865 | 2024-08-09 |
Minnow: a principled framework for rapid simulation of dscRNA-seq data at the read level
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz351
PMID:31510649
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研究论文 | 本文介绍了一个名为Minnow的全面序列级液滴单细胞RNA测序（dscRNA-seq）实验模拟框架 | Minnow考虑了实验scRNA-seq数据的重要序列级特征，并模拟了聚合酶链反应扩增、细胞条形码（CB）和UMI选择以及序列碎片化和测序等效应 | NA | 探索常见处理流程从液滴基scRNA-seq数据生成基因-细胞计数矩阵的性能 | dscRNA-seq数据的模拟和处理流程评估 | 数字病理学 | NA | dscRNA-seq | NA | 序列数据 | NA |
| 25866 | 2024-08-09 |
Comprehensive evaluation of transcriptome-based cell-type quantification methods for immuno-oncology
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz363
PMID:31510660
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研究论文 | 本文开发了一种系统方法来评估基于转录组的细胞类型量化方法在免疫肿瘤学中的准确性 | 首次系统评估了七种计算方法在九种不同免疫和基质细胞类型上的性能 | 文章指出未来应致力于改进细胞群定义和寻找可靠的细胞类型特征 | 评估不同计算方法从bulk RNA测序数据中估计免疫细胞组成的准确性 | 九种不同的免疫和基质细胞类型 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 约1800个样本，包括模拟和真实世界数据 |
| 25867 | 2024-08-09 |
Block HSIC Lasso: model-free biomarker detection for ultra-high dimensional data
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz333
PMID:31510671
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研究论文 | 本文提出了一种名为block HSIC Lasso的非线性特征选择方法，用于超高维数据的生物标志物检测 | block HSIC Lasso克服了现有方法的缺点，如缺乏简洁性、非凸性和计算开销 | NA | 旨在发现生物分子与生物结果之间的非线性关系 | 基因表达微阵列、单细胞RNA测序和全基因组关联研究数据 | 生物信息学 | NA | block HSIC Lasso | NA | 基因组数据 | 涉及三种常见的基因组数据类型 |
| 25868 | 2024-08-09 |
Inference of clonal selection in cancer populations using single-cell sequencing data
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz392
PMID:31510696
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCIFIL的计算工具，用于从单细胞测序数据中推断异质性癌症克隆群体的适应性景观 | SCIFIL工具能够估计克隆变体的最大似然适应性，测量它们的选优势并确定其出现顺序，通过将进化模型拟合到肿瘤系统发育中 | NA | 旨在理解和量化驱动癌症的进化机制 | 癌症克隆群体的进化动态 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序（scSeq） | 进化模型 | 单细胞测序数据 | NA |
| 25869 | 2024-08-09 |
Single-cell data-driven mathematical model reveals possible molecular mechanisms of embryonic stem-cell differentiation
2019-06-24, Mathematical biosciences and engineering : MBE
DOI:10.3934/mbe.2019294
PMID:31499743
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研究论文 | 本文开发了一种数学模型，用于详细探索KLF8在人类胚胎干细胞分化过程中的分子机制 | 首次利用单细胞RNA测序数据和粒子群优化算法构建数学模型，揭示了KLF8与CDH1和ZEB1之间的动态关系及其在胚胎干细胞分化中的作用 | NA | 探索KLF8在人类胚胎干细胞分化过程中的分子机制 | KLF8、CDH1和ZEB1基因在人类胚胎干细胞分化中的作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 数学模型 | 基因表达数据 | NA |
| 25870 | 2024-08-09 |
Postoperative metastasis prediction based on portal vein circulating tumor cells detected by flow cytometry in periampullary or pancreatic cancer
2019, Cancer management and research
IF:2.5Q3
DOI:10.2147/CMAR.S210332
PMID:31496801
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研究论文 | 本研究评估了通过流式细胞术检测门静脉循环肿瘤细胞在预测术后转移中的价值 | 本研究首次采用流式细胞术结合激光共聚焦显微镜和单细胞测序技术，验证了门静脉循环肿瘤细胞在预测胰腺或壶腹部肿瘤术后转移中的作用 | NA | 评估流式细胞术检测门静脉循环肿瘤细胞在预测术后转移中的价值 | 39名胰腺或壶腹部肿瘤患者的门静脉血和外周血样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 流式细胞术 | NA | 血液样本 | 39名患者 |
| 25871 | 2024-08-09 |
Cnidofest 2018: the future is bright for cnidarian research
2019, EvoDevo
IF:4.1Q1
DOI:10.1186/s13227-019-0134-5
PMID:31508195
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研究论文 | 本文报道了2018年珊瑚虫模型系统会议（Cnidofest）的内容，涵盖了珊瑚虫生物学的多个方面及现代研究技术的进展 | 会议强调了微流控技术和单细胞转录组学在珊瑚虫模型中的应用 | NA | 提供Cnidofest 2018会议中展示的令人兴奋的研究概述，并讨论未来研究的机会 | 珊瑚虫生物学的多个方面，包括基因组学、发育、神经生物学、免疫学、共生、生态学和进化 | NA | NA | 微流控技术、单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 25872 | 2024-08-09 |
Interleukin 1 beta and Matrix Metallopeptidase 3 Contribute to Development of Epidermal Growth Factor Receptor-Dependent Serrated Polyps in Mouse Cecum
2019-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2019.08.025
PMID:31470007
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研究论文 | 研究了白细胞介素1β（IL1B）和基质金属蛋白酶3（MMP3）在表皮生长因子受体（EGFR）依赖性锯齿状息肉发展中的作用 | 发现IL1B激活的PDGFRA+纤维母细胞产生的MMP3对锯齿状息肉的发展至关重要 | 研究仅限于小鼠模型，可能与人类疾病存在差异 | 探究IL1B和MMP3在EGFR依赖性锯齿状息肉发展中的机制 | 小鼠结肠中的锯齿状息肉 | NA | NA | 逆转录聚合酶链反应, 酶联免疫吸附试验, 免疫荧光, 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | C57BL/6（对照）和HBUS小鼠 |
| 25873 | 2024-08-09 |
Cardiomyocyte dedifferentiation and remodeling in 3D scaffolds to generate the cellular diversity of engineering cardiac tissues
2019-Nov-01, Biomaterials science
IF:5.8Q1
DOI:10.1039/c9bm01003c
PMID:31455969
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研究论文 | 本研究探讨了心肌细胞在三维支架微环境中的细胞命运及其在工程心脏组织细胞多样性生成中的作用 | 首次展示了细胞在三维支架微环境中为生存而进行的适应性去分化，生成异质性组织 | NA | 确定心肌细胞在三维支架微环境中的细胞命运及其在生成工程心脏组织细胞多样性中的作用 | 心肌细胞在三维支架中的去分化和重塑过程 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序分析 | NA | 细胞 | 包含与心脏内源性类别相关的多种细胞类型 |
| 25874 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomic Map of the Human and Mouse Bladders
2019-11, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2019040335
PMID:31462402
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research paper | 本文通过单细胞RNA测序技术创建了人类和小鼠膀胱的单细胞转录组图谱 | 发现了两种新型的人类膀胱细胞类型，并验证了这些细胞在小鼠和老鼠膀胱中的存在 | NA | 为了理解良性膀胱疾病和膀胱癌的细胞起源，创建了正常人类膀胱的细胞解剖学综合图谱 | 人类和小鼠的膀胱细胞类型及其功能 | digital pathology | bladder cancer | scRNA-seq | NA | text | 12,423个人类膀胱细胞和12,884个小鼠膀胱细胞 |
| 25875 | 2024-08-09 |
Dissecting dynamic expression of autophagy-related genes during human fetal digestive tract development via single-cell RNA sequencing
2019-11, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2019.1656956
PMID:31470757
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了人类胎儿消化道发育过程中自噬相关基因的动态表达 | 首次揭示了自噬在早期人类胚胎消化道，特别是小肠发育中的重要作用 | NA | 研究自噬在人类胎儿消化道发育中的作用 | 人类胚胎消化道细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过5000个人类胚胎消化道细胞，时间跨度从6周到25周 |
| 25876 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics in Medulloblastoma Reveals Tumor-Initiating Progenitors and Oncogenic Cascades during Tumorigenesis and Relapse
2019-09-16, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2019.07.009
PMID:31474569
|
研究论文 | 利用单细胞转录组分析技术，研究了Sonic Hedgehog型髓母细胞瘤中的前体细胞异质性和肿瘤起始及复发机制 | 首次揭示了OLIG2表达的胶质前体细胞在髓母细胞瘤起始和复发中的作用，并识别了相关的致癌网络 | NA | 探索髓母细胞瘤中肿瘤起始前体细胞的异质性和身份，以及其在肿瘤发生和复发中的作用 | Sonic Hedgehog型髓母细胞瘤中的前体细胞 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 25877 | 2024-08-09 |
Heterogeneity of human bone marrow and blood natural killer cells defined by single-cell transcriptome
2019-09-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-11947-7
PMID:31477722
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序技术，定义了人骨髓和血液中自然杀伤细胞的异质性 | 首次通过单细胞转录组分析，揭示了人骨髓和血液中自然杀伤细胞的不同群体及其特征 | NA | 深入理解人自然杀伤细胞的异质性和发育过程 | 人骨髓和血液中的自然杀伤细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25878 | 2024-08-09 |
Spatial and temporal tools for building a human cell atlas
2019-09-01, Molecular biology of the cell
IF:3.1Q3
DOI:10.1091/mbc.E18-10-0667
PMID:31465255
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研究论文 | 本文讨论了利用高灵敏度、高内容和高通量的显微技术，以及深度和高通量的单细胞测序方法，结合计算和建模工具，构建时空细胞图谱的方法 | 提出了优化实验条件以全面观察组织，跨越多个时间尺度的分子分析，以及管理大数据集、提取数据模式和相关性、整合和可视化数据的新工具 | 需要进一步优化实验条件，扩展分子分析的时间尺度，并开发新的数据管理和分析工具 | 构建时空细胞图谱，以促进科学界的数据和工具共享 | 时空细胞图谱的构建方法和技术 | 生物信息学 | NA | 显微技术，单细胞测序 | NA | 图像，序列数据 | NA |
| 25879 | 2024-08-09 |
A hotspot for new genes
2019-08-29, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.50136
PMID:31464682
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研究论文 | 本文通过果蝇的单细胞RNA测序，揭示了新基因在精子形成过程中的表达情况 | 提供了关于新基因在精子形成过程中表达的详细和前所未有的图像 | NA | 探索新基因在果蝇精子形成过程中的表达 | 果蝇的单细胞RNA | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 25880 | 2024-08-09 |
Light-induced injury in mouse embryos revealed by single-cell RNA sequencing
2019-Aug-29, Biological research
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40659-019-0256-1
PMID:31466525
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了高强度光照对小鼠胚胎的影响 | 首次通过转录组学研究探索了光照诱导的损伤及其在着床前胚胎中的响应 | NA | 研究高强度光照对小鼠胚胎的影响及其潜在的修复响应 | 小鼠胚胎从2细胞阶段到囊胚阶段的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 不同光照条件下的多个小鼠胚胎样本 |