单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25841	2024-08-09	MicroRNA-155 coordinates the immunological landscape within murine melanoma and correlates with immunity in human cancers 2019-03-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.126543 PMID:30721153	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了在野生型和miR-155 T细胞条件性敲除小鼠中生长的B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤中CD45+免疫细胞群体的动态变化，揭示了miR-155在调节肿瘤内免疫细胞动态中的作用及其在人类癌症中的免疫相关性	首次详细分析了miR-155在实验性黑色素瘤肿瘤中免疫细胞类型和基因表达特征的作用，并阐明了其在哺乳动物肿瘤中协调抗肿瘤免疫反应的角色	NA	探讨miR-155在肿瘤内免疫细胞动态中的作用及其在人类癌症中的免疫相关性	B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤中的CD45+免疫细胞群体	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和miR-155 T细胞条件性敲除小鼠的B16F10小鼠黑色素瘤肿瘤样本，以及TCGA数据库中29种其他人类实体肿瘤的基因表达数据
25842	2024-08-09	Fast interpolation-based t-SNE for improved visualization of single-cell RNA-seq data 2019-03, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-018-0308-4 PMID:30742040	研究论文	本文提出了一种基于快速插值的t-SNE方法，用于改进单细胞RNA测序数据的可视化	本文显著加速了t-SNE算法，无需数据下采样，从而能够可视化稀有细胞群，并实现了一种基于一维t-SNE的热图样式可视化方法	NA	改进单细胞RNA测序数据的可视化方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	t-SNE	t-SNE	基因表达数据	大量单细胞样本
25843	2024-08-09	Specification of diverse cell types during early neurogenesis of the mouse cerebellum 2019-02-08, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.42388 PMID:30735127	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了胚胎期13.5天的小鼠小脑中约9400个细胞的全基因组表达情况，并通过迭代聚类和伪时间排序重建发育轨迹，揭示了小脑细胞类型和亚群的多样性及其调控机制。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了小脑发育过程中细胞命运指定的新转录程序，并发现了一些先前未知的亚群，这些亚群可能在小脑的形成和功能中起着关键作用。	NA	研究小鼠小脑早期神经发生过程中细胞类型的多样性及其分子调控机制。	小鼠胚胎期13.5天的小脑细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约9400个细胞
25844	2024-08-09	Lymphocyte innateness defined by transcriptional states reflects a balance between proliferation and effector functions 2019-02-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-08604-4 PMID:30737409	研究论文	本文通过低输入和单细胞RNA测序研究人类淋巴细胞群体，揭示了固有T细胞的转录状态及其效应状态的维持机制	发现了连续的'固有性梯度'和四种广泛的固有状态，揭示了固有性由预形成的效应功能mRNA编码，但细胞增殖受损	NA	探讨固有T细胞如何维持准备好的效应状态	固有T细胞，包括不变自然杀伤T细胞、黏膜相关不变T细胞和γδ T细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	人类淋巴细胞群体
25845	2024-08-09	Human Spermatogonial Stem Cells Scrutinized under the Single-Cell Magnifying Glass 2019-02-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.01.010 PMID:30735645	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术详细研究了人类精原干细胞（SSCs）的分子特征	利用单细胞RNA测序技术对人类精原干细胞进行详细定义和分子特征分析	NA	研究人类精原干细胞的分子特征	人类精原干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括具有人类SSCs特征的精原子集的多种人类睾丸细胞群体
25846	2024-08-09	The Neonatal and Adult Human Testis Defined at the Single-Cell Level 2019-02-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.01.045 PMID:30726734	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了人类新生期和成年期的睾丸细胞	首次在单细胞水平上详细描述了人类新生期和成年期睾丸的细胞组成，并鉴定了原始精原细胞状态的蛋白质标记物	NA	深入理解人类精子发生过程	人类新生期和成年期的睾丸细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个新生期和成年期睾丸样本
25847	2024-08-09	Publisher Correction: A general and flexible method for signal extraction from single-cell RNA-seq data 2019-02-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-08614-2 PMID:30718493	correction	本文是针对原始文章中的两个方程错误进行的更正	NA	NA	更正原始文章中的数学方程错误	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25848	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals midbrain dopamine neuron diversity emerging during mouse brain development 2019-02-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-08453-1 PMID:30718509	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在小鼠大脑发育过程中表达转录因子Pitx3的中脑多巴胺神经元的多样性	首次在全基因表达水平上系统地分类了中脑多巴胺神经元的多样性，并发现了七个神经元亚群，其中五个表达多巴胺能标记，两个分别表达谷氨酸能和GABA能标记	NA	揭示中脑多巴胺神经元在哺乳动物大脑中的亚群发育和功能	中脑多巴胺神经元	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠大脑发育过程中的多个阶段的中脑多巴胺神经元
25849	2024-08-09	Neutrophils escort circulating tumour cells to enable cell cycle progression 2019-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-0915-y PMID:30728496	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了中性粒细胞与循环肿瘤细胞（CTCs）的相互作用，揭示了中性粒细胞在促进CTCs细胞周期进展和增强转移潜能中的作用	首次详细描述了中性粒细胞与CTCs的相互作用及其对CTCs细胞周期进展的影响，为乳腺癌治疗提供了新的靶点	研究主要基于乳腺癌患者和鼠模型，可能需要进一步验证在其他类型癌症中的普遍性	探究癌症细胞与免疫细胞在癌症扩散过程中的相互作用，为开发新的癌症疗法提供依据	乳腺癌患者和鼠模型中的循环肿瘤细胞及其伴随的中性粒细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	乳腺癌患者和鼠模型的样本
25850	2024-08-09	Stem Cells and Cellular Origins of Mammary Gland: Updates in Rationale, Controversies, and Cancer Relevance 2019, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/2019/4247168 PMID:30728840	综述	本文综述了乳腺干细胞的特征及其在乳腺发育和癌症中的作用	介绍了单细胞测序技术对乳腺上皮细胞层次结构和谱系特征的全面理解	NA	探讨乳腺干细胞的异质性及其多样化的分化，并阐述乳腺干细胞与乳腺癌干细胞的关系	乳腺干细胞及其在乳腺发育和癌症中的作用	NA	乳腺癌	单细胞测序	NA	细胞	NA
25851	2024-08-09	Dissociation of Tissues for Single-Cell Analysis 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9021-4_5 PMID:30742262	研究论文	本文介绍了一种冷活性蛋白酶方法，用于器官和组织的单细胞解离，以更好地保留体内基因表达模式	提出了一种新的冷活性蛋白酶方法，用于单细胞解离，以保留细胞的体内基因表达模式	NA	旨在改进单细胞RNA测序技术，以创建人体所有细胞类型的基因表达图谱	人体器官和组织的单细胞	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数千个细胞
25852	2024-08-09	Neural crest migration with continuous cell states 2019-11-21, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2019.01.029 PMID:30707976	研究论文	本文探讨了颅神经嵴细胞迁移的连续状态模型，并通过实验数据验证了其有效性	提出了连续状态模型，包括信号选择和信号组合两种版本，这些模型在细胞迁移距离上优于离散状态模型	需要进一步调整模型参数以更好地匹配实验观察结果	验证连续状态模型在描述神经嵴细胞迁移中的有效性	颅神经嵴细胞的迁移行为	NA	NA	单细胞转录组数据分析	连续状态模型	转录组数据	具体样本数量未提及
25853	2024-08-09	Clinical features and mechanistic insights regarding IgG4-related dacryoadenitis and sialoadenitis: a review 2019-Jul, International journal of oral and maxillofacial surgery IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.ijom.2019.01.006 PMID:30686634	综述	本文综述了IgG4相关性泪腺炎和唾液腺炎的临床特征及机制性见解	近年来通过应用新一代和单细胞RNA测序等分子生物学方法，揭示了与IgG4相关性疾病发病机制相关的重要机制性见解	NA	探讨IgG4相关性泪腺炎和唾液腺炎的临床特征及发病机制	IgG4相关性泪腺炎和唾液腺炎	NA	IgG4相关性疾病	下一代测序、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
25854	2024-08-09	Neuronal cell types in the annelid Platynereis dumerilii 2019-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2018.12.008 PMID:30685735	综述	本文综述了海洋环节动物Platynereis dumerilii中神经细胞类型的多样性	Platynereis dumerilii具有一些在主要无脊椎模型生物（如C. elegans和Drosophila）中缺失的生物学特征和细胞类型，如纤毛运动、去甲肾上腺素能神经元和纤毛光感受器细胞	NA	探讨Platynereis dumerilii中神经细胞类型的多样性及其功能	Platynereis dumerilii的神经细胞类型及其功能	神经科学	NA	单细胞RNA测序、全基因表达图谱、连续电子显微镜重建	NA	细胞类型数据	NA
25855	2024-08-09	Integrative single-cell analysis 2019-05, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-019-0093-7 PMID:30696980	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术成熟与多种单细胞测量技术结合的最新进展，重点讨论了基因表达数据与其他类型单细胞测量数据的整合分析方法。	文章介绍了整合多种单细胞数据类型的新方法，这些方法能够跨数据类型学习，发现细胞模态间的关系，并学习细胞状态的整体表示。	NA	探讨单细胞分辨率下不同数据类型的收集与整合，特别是基因表达数据与其他单细胞测量数据的整合。	单细胞RNA测序数据与其他单细胞测量数据的整合分析。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、遗传数据、表观遗传数据、空间数据、蛋白质组数据、谱系信息	NA
25856	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing to Understand Host-Pathogen Interactions 2019-03-08, ACS infectious diseases IF:4.0Q1 DOI:10.1021/acsinfecdis.8b00369 PMID:30702856	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探讨宿主-病原体相互作用，特别是细菌感染中的转录异质性	本文强调了单细胞RNA测序在宿主-病原体相互作用研究中的应用，并提出了该技术在感染研究中的未来前景	当前限制包括在单细胞水平上检测和分析入侵病原体转录组的挑战	旨在通过单细胞水平的整合分析，促进更有效的疫苗和新型治疗药物的开发，以及更准确的诊断标志物	宿主-病原体相互作用，特别是细菌感染中的转录异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
25857	2024-08-09	Single-cell sequencing of primate preimplantation embryos reveals chromosome elimination via cellular fragmentation and blastomere exclusion 2019-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.239830.118 PMID:30683754	研究论文	本文利用非人类灵长类模型和单细胞DNA测序技术，研究了灵长类胚胎植入前阶段的染色体内容，揭示了染色体异常通过细胞碎片化和卵裂球排除的消除机制。	首次在非人类灵长类模型中使用单细胞DNA测序技术，揭示了人类和猕猴胚胎中染色体异常和微核形成的频率一致性，以及细胞碎片包含来自卵裂球的完整或部分染色体。	研究主要集中在胚胎植入前阶段，未涉及植入后阶段的染色体稳定性。	探究灵长类胚胎植入前阶段染色体异常的消除机制。	254个卵裂球、42个极体和175个细胞碎片，来自50个猕猴分裂阶段的胚胎。	数字病理学	NA	单细胞DNA测序（scDNA-seq）	NA	DNA	471个单细胞样本
25858	2024-08-09	Population and Single-Cell Analysis of Human Cardiogenesis Reveals Unique LGR5 Ventricular Progenitors in Embryonic Outflow Tract 2019-02-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.01.005 PMID:30713072	研究论文	本文通过群体和单细胞RNA测序分析了从多能心脏干细胞/祖细胞到中间及成熟心脏细胞的人类心脏衍生物的全面基因表达谱，并发现了人类特有的LGR5标记的心室祖细胞。	本文首次在人类胚胎心脏的近端流出通道中发现了LGR5标记的独特人类心室祖细胞，这些细胞在胎儿发育的4至5周时出现，并促进心脏发育和排列。	NA	深入理解人类心脏发生过程，揭示某些人类先天性心脏畸形的潜在起源。	人类心脏发生过程中的多能心脏干细胞/祖细胞及其衍生物。	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	使用人类胚胎干细胞衍生的和胚胎/胎儿心脏衍生的心脏细胞进行微解剖。
25859	2024-08-09	Optimal-Transport Analysis of Single-Cell Gene Expression Identifies Developmental Trajectories in Reprogramming 2019-02-07, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.01.006 PMID:30712874	研究论文	本文介绍了一种名为Waddington-OT的方法，用于分析单细胞基因表达数据，以推断发育时间序列中的祖先-后代命运并模拟其背后的调控程序	该方法揭示了比先前所知更广泛的发育程序，并预测了影响命运的转录因子和旁分泌信号	NA	理解指导发育过程中分化的分子程序	重编程过程中的发育轨迹和调控程序	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	315,000个单细胞样本，采集间隔为半天，持续18天
25860	2024-08-09	A Hybrid Clustering Algorithm for Identifying Cell Types from Single-Cell RNA-Seq Data 2019-01-29, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes10020098 PMID:30700040	研究论文	本文提出了一种结合结构熵和k近邻的混合聚类算法，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞亚群	该方法通过最小化结构熵，无需指定聚类数量即可自然形成社区，与现有方法相比具有更好的性能	需要克服高维度、聚类结果不稳定和参数调整复杂性等问题	开发一种新的聚类算法，以更好地分析单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	机器学习	NA	单细胞RNA测序	混合聚类算法	RNA测序数据	八个单细胞RNA测序数据集