单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25821	2024-08-09	Defining Macrophages in the Heart One Cell at a Time 2019-03, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2019.01.010 PMID:30745266	研究论文	本研究通过结合遗传命运图谱和单细胞转录组学技术，揭示了健康心脏和心肌梗死后心脏中不同巨噬细胞群体的扩展和分化情况	本研究首次通过单细胞转录组学技术详细分析了心脏巨噬细胞在健康和心肌梗死后的功能和变化	NA	探讨心脏巨噬细胞在心肌梗死后的损伤和修复中的双重作用	心脏巨噬细胞	NA	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
25822	2024-08-09	Single-Cell Analysis of Diverse Pathogen Responses Defines a Molecular Roadmap for Generating Antigen-Specific Immunity 2019-02-27, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.01.001 PMID:30772378	研究论文	本文通过使用荧光病原体结合大规模单细胞RNA测序技术，全面分析了多种病原体感染后48小时内先天免疫反应的特征	发现罕见抗原阳性细胞在免疫接种后24小时即显示出病原体特异性的转录程序，并揭示了NK细胞驱动的IFNγ反应在病原体激活中的作用	NA	揭示先天免疫细胞类型和途径，以指导强健的适应性免疫反应，并可能促进安全有效疫苗的进一步开发	多种病原体感染后的先天免疫反应	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多种病原体感染的淋巴结细胞
25823	2024-08-09	Resolving Cell Fate Decisions during Somatic Cell Reprogramming by Single-Cell RNA-Seq 2019-02-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.01.042 PMID:30772174	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了体细胞重编程过程中细胞命运的连续性	开发了SOT方法分析细胞命运连续性，并揭示了细胞在重编程过程中分为重编程潜力（RP）和非重编程（NR）两类的新模型	NA	揭示体细胞重编程过程中细胞命运决策的普遍分叉模型	体细胞重编程过程中的细胞命运连续性	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	超过150,000个单细胞
25824	2024-08-09	Human Fetal TNF-α-Cytokine-Producing CD4+ Effector Memory T Cells Promote Intestinal Development and Mediate Inflammation Early in Life 2019-02-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2018.12.010 PMID:30770246	研究论文	本文研究了人类胎儿肠道中肿瘤坏死因子-α（TNF-α）CD4CD69 T效应记忆（Tem）细胞的作用，发现这些细胞在胎儿肠道发育中起到促进作用，但在早产儿中可能导致炎症。	发现了人类胎儿肠道中一种独特的TNF-α产生CD4 T细胞群体，这些细胞在胎儿肠道黏膜发育中起到促进作用，但也可能在早产儿中引发炎症。	NA	探讨人类胎儿肠道中TNF-α产生CD4 T细胞在肠道发育和早期生命中的炎症作用。	人类胎儿肠道中的TNF-α产生CD4 T细胞及其在肠道发育和炎症中的作用。	免疫学	肠道炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25825	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Maps the Developmental Track of the Human Heart 2019-02-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.01.079 PMID:30759401	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了约4000个人类胚胎心脏细胞的基因表达图谱，并确定了四种主要细胞类型：心肌细胞、心脏成纤维细胞、内皮细胞和瓣膜间质细胞	研究揭示了人类心脏发育过程中不同细胞类型的基因表达变化，并比较了人类与小鼠心脏发育的基因表达特征	NA	阐明人类心脏在体发育的机制，并提供理解心脏再生的潜在线索	人类胚胎心脏细胞及其发育过程中的基因表达变化	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约4000个人类胚胎心脏细胞
25826	2024-08-09	PyMINEr Finds Gene and Autocrine-Paracrine Networks from Human Islet scRNA-Seq 2019-02-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.01.063 PMID:30759402	研究论文	本文介绍了一种名为PyMINEr的信息学工具，该工具能够自动化地进行细胞类型识别、细胞类型特异性通路分析、基于图论的基因调控分析以及自分泌-旁分泌信号网络的检测。	PyMINEr工具能够自动化处理scRNA-seq数据，进行细胞类型识别和基因调控网络分析，这在生物信息学领域具有创新性。	NA	开发和验证一种新的信息学工具PyMINEr，用于深入分析scRNA-seq数据。	人类胰腺胰岛的scRNA-seq数据。	生物信息学	NA	scRNA-seq	图论	scRNA-seq数据	七个数据集
25827	2024-08-09	Quality Control of Single-Cell RNA-seq 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_1 PMID:30758816	研究论文	本文介绍了一种结合基因表达模式和数据质量来检测单细胞RNA测序（scRNA-seq）样本中技术伪影的协议	本文提出了一种新的方法来整合基因表达模式和数据质量，以检测scRNA-seq样本中的技术伪影	NA	旨在解决scRNA-seq技术中技术噪声与生物变异性的分离问题	单细胞RNA测序样本中的技术伪影	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
25828	2024-08-09	Normalization for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_2 PMID:30758817	研究论文	本文描述了一种针对单细胞RNA测序数据的稳健归一化方法SCnorm	提出了SCnorm方法，并提供了诊断功能以可视化归一化性能	NA	开发和评估单细胞RNA测序数据的归一化方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
25829	2024-08-09	Analysis of Technical and Biological Variability in Single-Cell RNA Sequencing 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_3 PMID:30758818	研究论文	本文描述了一种计算流程，用于检测在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中表现出高于技术噪声预期的高变异基因	提出了一个使用scater和scran R/Bioconductor包的计算流程，用于检测和分析单细胞数据中的高变异基因	NA	旨在解决单细胞RNA测序中的技术变异性问题，以正确分析单细胞数据	单细胞RNA测序中的高变异基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括来自小鼠胚胎干细胞和齿状回细胞的样本
25830	2024-08-09	Identification of Cell Types from Single-Cell Transcriptomic Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_4 PMID:30758819	研究论文	本文介绍了利用单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据进行细胞类型识别的方法和技术	本文提出了一个生物信息学流程，为进入该领域的研究人员提供了一个逐步指导的示例	随着数据集的大小和复杂性不断增加，计算挑战也随之增多，需要分析方法具有可扩展性、灵活性和鲁棒性	利用scRNA-seq测量数据识别复杂组织中形成的细胞类型	单细胞转录组测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
25831	2024-08-09	scMCA: A Tool to Define Mouse Cell Types Based on Single-Cell Digital Expression 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_6 PMID:30758821	研究论文	本文构建了一个基于scRNA-seq数据集的“单细胞小鼠细胞图谱（scMCA）分析”流程，用于定义小鼠细胞类型。	提出了基于scRNA-seq数据集的scMCA工具，用于更精确地匹配单细胞数字表达与其最接近的细胞类型。	NA	开发一种新的工具来定义小鼠细胞类型。	小鼠细胞类型。	单细胞测序	NA	scRNA-seq	NA	scRNA-seq数据	覆盖所有小鼠细胞类型的数据集
25832	2024-08-09	Pseudotime Reconstruction Using TSCAN 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_8 PMID:30758823	研究论文	本文介绍了如何使用TSCAN R包对单细胞RNA测序数据进行伪时间分析	TSCAN提供了一种计算方法来重建细胞的伪时间轨迹，有助于理解基因表达的动态变化	NA	探索单细胞RNA测序数据中细胞状态的连续变化过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
25833	2024-08-09	Estimating Differentiation Potency of Single Cells Using Single-Cell Entropy (SCENT) 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_9 PMID:30758824	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞熵（SCENT）算法评估单细胞分化潜能的详细协议	提出了SCENT算法，通过整合单细胞RNA-Seq数据与交互网络来近似分化潜能，为单细胞研究提供了新的计算方法	NA	旨在从单细胞数据中提取生物学知识，特别是在识别新型干细胞或祖细胞样表型方面	单细胞的分化潜能	生物信息学	癌症	RNA-Seq	NA	单细胞RNA-Seq数据	人类胚胎干细胞和多潜能祖细胞，代表三个主要胚层
25834	2024-08-09	Using BRIE to Detect and Analyze Splicing Isoforms in scRNA-Seq Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_12 PMID:30758827	review	本文回顾了单细胞RNA测序数据中剪接异构体定量的挑战，并讨论了BRIE模型在解决这些问题中的应用	提出了BRIE模型，通过学习序列特征的先验分布来解决剪接异构体定量的问题	单细胞RNA测序技术在解析RNA加工事件如剪接变异性的应用上存在局限	探讨单细胞RNA测序数据中剪接异构体定量的方法	单细胞RNA测序数据中的剪接异构体	natural language processing	NA	scRNA-seq	Bayesian hierarchical model	text	130个鼠细胞
25835	2024-08-09	Antigen Receptor Sequence Reconstruction and Clonality Inference from scRNA-Seq Data 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9057-3_15 PMID:30758830	研究论文	本文介绍了用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中重建配对全长抗原受体序列和克隆性推断的计算工具TraCeR和BraCeR	TraCeR通过从每个细胞的读取中提取源自TCR的序列读取并将其组装成长度重组的TCR序列，而BraCeR在此基础上考虑了体细胞超突变（SHM）和同种型转换	NA	开发用于从scRNA-seq数据中重建抗原受体序列和推断克隆性的计算工具	T细胞受体（TCR）序列	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列	单细胞
25836	2024-08-09	McImpute: Matrix Completion Based Imputation for Single Cell RNA-seq Data 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00009 PMID:30761179	研究论文	本文介绍了一种基于低秩矩阵完成的单细胞RNA测序数据填补技术mcImpute	mcImpute技术显著改善了真实数据集中真零与缺失值的区分、细胞聚类、差异表达分析、细胞类型可分离性、细胞可视化的降维技术性能以及基因分布	NA	开发一种新技术来填补单细胞RNA测序数据中的缺失值	单细胞RNA测序数据中的缺失值	生物信息学	NA	低秩矩阵完成	NA	RNA测序数据	多个真实数据集
25837	2024-08-09	PROSSTT: probabilistic simulation of single-cell RNA-seq data for complex differentiation processes 2019-09-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz078 PMID:30715210	研究论文	本文介绍了一种名为PROSSTT的概率模拟方法，用于生成具有复杂拓扑结构的单细胞RNA测序数据集，以支持细胞谱系树重建工具的测试和开发	PROSSTT能够模拟具有任意复杂度、噪声水平、噪声模型和大小的单细胞RNA测序数据集，并提供脚本量化预测谱系树的质量	NA	开发和测试用于细胞谱系树重建的工具	单细胞RNA测序数据集及其谱系树	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	概率模拟	RNA测序数据	任意大小
25838	2024-08-09	Defining the Cell Types That Drive Idiopathic Pulmonary Fibrosis Using Single-Cell RNA Sequencing 2019-Jun-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201901-0197ED PMID:30715901	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25839	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Resolves Molecular Relationships Among Individual Plant Cells 2019-04, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1104/pp.18.01482 PMID:30718350	研究论文	本研究利用商业化的基于液滴的微流控平台进行高通量单细胞RNA测序，从超过10,000个拟南芥根细胞的原生质体中获得了单细胞转录组	首次广泛应用单细胞RNA测序技术于植物细胞，揭示了拟南芥根细胞的主要组织和发育阶段，并识别了不同的亚群和稀有细胞类型	NA	展示单细胞RNA测序在植物中的可行性和实用性，并提供拟南芥根细胞的单细胞分辨率基因表达图谱	拟南芥根细胞的单细胞转录组	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过10,000个拟南芥根细胞的原生质体
25840	2024-08-09	Sensitive high-throughput single-cell RNA-seq reveals within-clonal transcript correlations in yeast populations 2019-04, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-018-0346-9 PMID:30718850	研究论文	本文开发了一种敏感、可扩展且成本低廉的酵母单细胞RNA测序（yscRNA-seq）方法，用于检测酵母克隆群体中的转录相关性	yscRNA-seq方法能够以链特异性和异构体特异性的方式数字化计数转录起始位点，检测低丰度的非编码RNA和至少一半的蛋白质编码基因	尽管检测到每个基因平均约3.5个分子，但单细胞水平上表达的异构体数量受到限制	揭示酵母克隆群体中的转录相关性	酵母单细胞RNA表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	酵母克隆细胞群体