单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25801	2024-08-09	Combinatorial prediction of marker panels from single-cell transcriptomic data 2019-10, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20199005 PMID:31657111	研究论文	本文介绍了一种名为COMET的计算框架，用于从单细胞转录组数据中识别细胞群体的候选标记面板	COMET框架首次实现了多基因标记面板的相关性排序预测，并展示了其在单基因和多基因水平上的准确性	NA	开发一种新的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞群体的标记面板	单细胞转录组数据中的细胞群体及其标记基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计框架	转录组数据	NA
25802	2024-08-09	Clustering methods for single-cell RNA-sequencing expression data: performance evaluation with varying sample sizes and cell compositions 2019-08-14, Statistical applications in genetics and molecular biology IF:0.8Q3 DOI:10.1515/sagmb-2019-0004 PMID:31646845	研究论文	本文评估了11种单细胞RNA测序（scRNA-seq）聚类方法在不同样本大小和细胞组成条件下的性能	首次系统评估了样本大小和细胞组成对scRNA-seq数据聚类方法性能的影响	研究仅使用了合成数据集，可能与真实数据存在差异	评估不同样本大小和细胞组成对scRNA-seq数据聚类方法性能的影响	11种scRNA-seq聚类方法的性能	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	聚类方法	表达数据	合成数据集，具有不同的样本大小和子群数量
25803	2024-08-09	Mind the Map: Technology Shapes the Myeloid Cell Space 2019, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2019.02287 PMID:31636632	研究论文	本文探讨了髓系细胞系统中细胞类型分类的挑战，并讨论了多维技术如质谱流式细胞术和单细胞RNA测序在细胞类型识别中的应用	利用多维技术如质谱流式细胞术和单细胞RNA测序来挑战现有的细胞类型理解，并提出新的分类策略	尽管新技术强大，但需要将其结果与数十年来建立的先前知识相结合	报告髓系细胞系统中细胞类型分类的早期尝试，讨论当前方法及其优缺点，并提出未来分类策略	髓系细胞系统的细胞类型分类	NA	NA	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
25804	2024-08-09	MTGO-SC, A Tool to Explore Gene Modules in Single-Cell RNA Sequencing Data 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00953 PMID:31649730	研究论文	本文介绍了一种名为MTGO-SC的工具，用于在单细胞RNA测序数据中探索基因模块	MTGO-SC是专门为单细胞RNA测序数据设计的生物网络模块检测算法的适应版本，能够利用网络拓扑结构和节点（基因）的注释来隔离基因功能模块	NA	旨在通过识别基因交互网络中的功能模块来理解生物过程，揭示生物机制、候选生物标志物或药物发现/再定位的潜在目标	单细胞RNA测序数据中的基因模块	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	MTGO-SC算法	基因网络数据	每个细胞簇（通常是细胞类型或状态）组成每个样本的网络
25805	2024-08-09	Microbiome Big-Data Mining and Applications Using Single-Cell Technologies and Metagenomics Approaches Toward Precision Medicine 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00972 PMID:31649735	综述	本文综述了利用单细胞测序和宏基因组学方法进行微生物组大数据挖掘的当前分析策略及其在精准医学中的应用	提出了多组学方法和单细胞测序的整合，以全面理解微生物组在宏观和微观层面的特性	NA	探讨微生物组大数据挖掘在精准医学中的应用	微生物组及其与宿主器官和疾病的关系	精准医学	NA	单细胞测序, 宏基因组学	NA	大数据	NA
25806	2024-08-09	Evaluation of methods to assign cell type labels to cell clusters from single-cell RNA-sequencing data 2019, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.18490.3 PMID:31508207	研究论文	本文评估了五种方法在单细胞RNA测序数据中为细胞簇分配细胞类型标签的性能	首次系统比较了多种方法在单细胞RNA测序数据中为细胞簇分配细胞类型标签的性能	方法性能受细胞类型签名中基因数量的影响，小签名更可能导致错误结果	评估不同方法在单细胞RNA测序数据中自动分配细胞类型标签的能力	五种方法在不同单细胞RNA测序数据集中的表现	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	涉及五个数据集，细胞数量从约3,700到约68,000不等
25807	2024-08-09	Molecular heterogeneity unravelled by single-cell transcriptomics in patients with essential thrombocythaemia 2020-03, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.16225 PMID:31610612	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了七名未治疗的原发性血小板增多症患者的CD34细胞转录组，揭示了患者间的分子异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了原发性血小板增多症患者的分子异质性和克隆多样性	样本量较小，仅包括七名患者和一个健康对照	探究原发性血小板增多症患者的分子异质性和克隆多样性	原发性血小板增多症患者的CD34细胞	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	七名原发性血小板增多症患者和一名健康成人
25808	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis reveals tumor immune microenvironment heterogenicity and granulocytes enrichment in colorectal cancer liver metastases 2020-02-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2019.10.016 PMID:31610266	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了结直肠癌肝转移组织及其邻近组织的肿瘤免疫微环境组成和特征	首次进行了结直肠癌肝转移的单细胞转录组分析，揭示了肿瘤微环境中粒细胞的富集现象	NA	探索结直肠癌肝转移的肿瘤微环境组成，并为治疗提供新思路	结直肠癌肝转移组织及其邻近组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从结直肠癌患者中采集的肝转移癌组织和邻近组织样本
25809	2024-08-09	Transcriptional Profiling of Individual Airway Projecting Vagal Sensory Neurons 2020-Feb, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-019-01782-8 PMID:31630330	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）探究了迷走感觉神经元的转录特征	首次对投射到气道和肺部的迷走感觉神经元进行单细胞RNA测序，揭示了其分子特征和功能	NA	深入了解迷走支气管肺感觉神经元的转录特征	迷走支气管肺感觉神经元	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	多个迷走感觉神经元
25810	2024-08-09	Quantitative Analysis of Circulating Tumor Cells Using RNA-Based Digital Scoring 2020, Recent results in cancer research. Fortschritte der Krebsforschung. Progres dans les recherches sur le cancer DOI:10.1007/978-3-030-26439-0_4 PMID:31605224	研究论文	本文探讨了基于RNA的数字评分方法在循环肿瘤细胞（CTCs）定量分析中的应用	引入新的基于RNA的分析平台，为CTCs的身份识别和临床应用提供新工具	NA	研究CTCs的转录组分析及其在理解转移性癌症进展和开发诊断试剂中的相关性	循环肿瘤细胞（CTCs）	数字病理学	癌症	RNA测序	NA	RNA	NA
25811	2024-08-09	Many Ways to Build a Polyp 2019-12, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2019.09.003 PMID:31629552	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究淡水刺胞动物Hydra的再生能力，揭示了构建Hydra水螅体的细胞谱系和基因调控网络	首次通过转录因子特征直接比较Hydra和水螅体在身体结构上的差异	NA	研究Hydra水螅体的构建机制	Hydra水螅体的细胞谱系和基因调控网络	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
25812	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thymic Lymphoid Progenitors and Thymus Organogenesis in Human Embryos 2019-11-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.09.008 PMID:31604687	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了人类胚胎中前胸腺淋巴祖细胞和胸腺器官发生的空间时间发育过程	首次揭示了人类胚胎中前胸腺淋巴祖细胞的类型和特征，并探讨了胸腺上皮细胞发育及细胞间相互作用在胸腺器官发生中的作用	NA	阐明调控人类胚胎中T淋巴细胞生成的细胞和分子机制	人类胚胎中的淋巴祖细胞和胸腺器官发生	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个胚胎和胎儿阶段的造血和造血干细胞
25813	2024-08-09	TCF-1-Centered Transcriptional Network Drives an Effector versus Exhausted CD8 T Cell-Fate Decision 2019-11-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.09.013 PMID:31606264	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和谱系追踪研究了TCF-1在慢性感染早期驱动CD8 T细胞命运分岔中的作用	首次揭示了TCF-1在早期命运决定和初始生成耗竭CD8 T细胞中的作用，并发现PD-1稳定了TCF-1耗竭前体细胞池	NA	探讨TCF-1在CD8 T细胞命运决定中的作用及其机制	TCF-1在慢性感染早期对CD8 T细胞命运分岔的影响	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	TCF-1Ly108PD-1 CD8 T细胞群体
25814	2024-08-09	Human Cortical Organoids Expose a Differential Function of GSK3 on Cortical Neurogenesis 2019-11-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2019.09.005 PMID:31607568	研究论文	研究利用人皮质脑类器官探讨GSK3抑制对皮质神经发生的长远影响	首次揭示GSK3信号在人皮质发生中的功能相关性，并发现GSK3在调节谷氨酸能谱系和外径向胶质细胞输出中的选择性作用	NA	探讨GSK3抑制对人类皮质发生的独特特征的影响	人皮质脑类器官	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多个发育阶段的人皮质脑类器官
25815	2024-08-09	Author Correction: Tubular cell and keratinocyte single-cell transcriptomics applied to lupus nephritis reveal type I IFN and fibrosis relevant pathways 2019-Nov, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-019-0529-4 PMID:31605099	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25816	2024-08-09	Landscape of Noncoding RNA in Prostate Cancer 2019-11, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2019.08.004 PMID:31623872	综述	本文综述了前列腺癌中非编码RNA的最新发现，特别是长非编码RNA（lncRNAs）和环状RNA（circRNAs）的生物学特性及其临床应用	介绍了非编码RNA在前列腺癌中的新研究方向，如RNA-蛋白质相互作用、RNA二级结构和空间转录组学	NA	总结前列腺癌中lncRNAs和circRNAs的最新发现，并讨论其临床应用	前列腺癌中的非编码RNA，特别是lncRNAs和circRNAs	数字病理学	前列腺癌	RNA-蛋白质相互作用、RNA二级结构、空间转录组学	NA	RNA	NA
25817	2024-08-09	PhISCS: a combinatorial approach for subperfect tumor phylogeny reconstruction via integrative use of single-cell and bulk sequencing data 2019-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.234435.118 PMID:31628256	研究论文	本文介绍了一种名为PhISCS的方法，通过整合单细胞和批量测序数据，用于亚完美肿瘤系统发育重建	PhISCS是首个整合单细胞和批量测序数据并考虑违反ISA突变的方法，提供了解决方案的最优性保证	单细胞测序技术的局限性，如频繁的等位基因丢失和可变的序列覆盖，可能导致无法构建完美的系统发育树	解决单细胞测序数据在肿瘤系统发育重建中的局限性，并提出一种新的组合方法	肿瘤系统发育树的重建	生物信息学	肿瘤	单细胞测序, 批量测序	整数线性规划(ILP), 布尔约束满足问题(CSP)	单细胞测序数据, 批量测序数据	NA
25818	2024-08-09	Single-Cell Analysis Reveals Regulatory Gene Expression Dynamics Leading to Lineage Commitment in Early T Cell Development 2019-10-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.09.008 PMID:31629685	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了早期T细胞发育中导致谱系决定的调控基因表达动态	利用单细胞RNA测序和顺序多重单分子荧光原位杂交技术，首次详细定义了T细胞发育中的调控变化顺序	NA	揭示早期T细胞发育中的基因表达调控机制	早期T细胞发育过程中的基因表达和细胞分化	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），顺序多重单分子荧光原位杂交（seqFISH）	NA	基因表达数据	多个免疫表型定义的早期T细胞前体（ETP）群体
25819	2024-08-09	DeepImpute: an accurate, fast, and scalable deep neural network method to impute single-cell RNA-seq data 2019-10-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1837-6 PMID:31627739	研究论文	本文介绍了一种基于深度神经网络的单细胞RNA测序数据插补方法DeepImpute	DeepImpute利用dropout层和损失函数学习数据模式，实现了比其他六种公开可用方法更高的插补准确性	NA	开发一种准确、快速且可扩展的单细胞RNA测序数据插补方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度神经网络	基因表达数据	数万个单细胞
25820	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of human T cells reveals tissue and activation signatures in health and disease 2019-10-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12464-3 PMID:31624246	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了从肺、淋巴结、骨髓和血液中分离的人类T细胞的异质性及其在刺激后的功能反应	揭示了黏膜和淋巴组织中T细胞的组织特异性特征，以及不同组织中特定谱系的激活状态	NA	研究组织部位如何影响T细胞的持久性和功能	人类T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过50,000个静息和激活的T细胞