单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2561	2025-03-12	A Nerve-Fibroblast Axis in Mammalian Lung Fibrosis 2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.611003 PMID:39314391	研究论文	本文揭示了哺乳动物肺纤维化中神经-成纤维细胞轴的存在及其在纤维化过程中的作用	发现了α1-肾上腺素受体表达的肌成纤维细胞在纤维化肺中接收交感神经来源的去甲肾上腺素输入，并定义了一个由异常模式化的交感神经和α1-肾上腺素受体亚型D表达的肌成纤维细胞组成的纤维化单位	NA	研究肺纤维化的机制，特别是肌成纤维细胞在纤维化过程中的作用	小鼠和人类纤维化肺组织	生物医学	肺纤维化	光学清除、全肺成像、细胞特异性基因删除、药理学干预、交感神经共培养、精确切割肺切片、支气管肺泡灌洗液分析、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据、组织样本	来自不同形式肺纤维化患者的肺成纤维细胞
2562	2025-03-05	Shiba: a versatile computational method for systematic identification of differential RNA splicing across platforms 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf098 PMID:39997221	研究论文	本文介绍了一种名为Shiba的计算方法，用于系统识别不同RNA测序平台上的差异RNA剪接	Shiba方法在捕获注释和未注释的剪接事件方面具有卓越的准确性、敏感性和可重复性，解决了连接读取不平衡的问题，显著减少了假阳性	尽管Shiba在样本大小上具有灵活性，但其在单细胞RNA测序中的应用仍需进一步验证	开发一种能够跨平台系统识别差异RNA剪接的计算方法	RNA剪接事件	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	模拟数据和真实n=1 RNA-seq数据集
2563	2025-03-12	Single-cell RNA sequencing reveals intrahepatic signature related to pathobiology of duck hepatitis A virus type 3 (DHAV-3) infection 2025-Feb, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104798 PMID:39799860	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了鸭甲型肝炎病毒3型（DHAV-3）感染期间鸭肝脏的分子特征，特别是与病毒病理生物学相关的特征	首次应用单细胞RNA测序技术全面分析DHAV-3感染期间鸭肝脏的转录组，揭示了易感鸭和抗性鸭在病毒感染过程中的分子差异，特别是干扰素途径的激活和宿主因子PLAC8的作用	研究样本量相对较小，仅包括14只鸭的肝脏样本，且未涉及其他组织或器官的分子特征	研究DHAV-3感染期间鸭肝脏的分子特征，特别是与病毒病理生物学相关的特征	鸭甲型肝炎病毒3型（DHAV-3）感染的鸭肝脏	生物信息学	病毒性肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14只鸭的肝脏样本，包括易感鸭、抗性鸭和健康对照
2564	2025-03-12	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100938 PMID:39814026	研究论文	本文介绍了一种名为MMoCHi的多模态分类器层次结构，用于跨多种单细胞模态的准确细胞类型分类	MMoCHi是一种不依赖参考图谱的基于标记的方法，能够整合多模态数据进行细胞类型分类，并在识别不易分辨的免疫细胞亚群和揭示亚群标记方面优于现有的转录组分类器和多模态无监督聚类方法	NA	开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以准确注释细胞类型	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和CITE-seq数据	生物信息学	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	分选的T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集
2565	2025-03-12	Tremor in the Age of Omics: An Overview of the Transcriptomic Landscape of Essential Tremor 2025-Jan-24, Cerebellum (London, England) DOI:10.1007/s12311-025-01793-3 PMID:39853640	综述	本文综述了转录组学在原发性震颤（ET）研究中的应用，旨在识别涉及的生物途径并探索进一步研究的可能方向	强调了单细胞和单核RNA测序技术（scRNA-seq和snRNA-seq）在揭示ET分子和细胞事件中的潜力，并提出了多个假设，将轴突导向和钙信号传导途径联系起来	需要增加样本量以揭示ET临床和病理异质性的细微差别，并需要整合多组学方法以全面理解疾病的病理生理学	探索ET的病理机制和潜在治疗方法	原发性震颤（ET）患者	转录组学	原发性震颤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
2566	2025-03-12	Subepicardial adipose genes contribute to the deterioration of heart failure preserved ejection fraction 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1501397 PMID:40060963	研究论文	本研究探讨了内脏脂肪细胞基因对心力衰竭保留射血分数（HFpEF）恶化的影响，并通过单细胞测序数据、细胞系和人类样本验证了关键基因的表达	通过Venn图和蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出与内脏脂肪细胞相关的差异表达基因，并验证了这些基因在HFpEF患者中的表达及其对细胞衰老的影响	研究主要依赖于生物信息学分析和体外实验，缺乏大规模的临床验证	探讨内脏脂肪细胞基因在HFpEF恶化中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	内脏脂肪细胞基因、HFpEF患者的心肌细胞和纤维细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞测序、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	人类样本、细胞系
2567	2025-03-12	scLTNN: an innovative tool for automatically visualizing single-cell trajectories 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf033 PMID:40061870	研究论文	本文介绍了一种名为scLTNN的创新工具，用于自动可视化单细胞轨迹	结合人工神经网络和分布模型，创建了scLTNN工具，能够自动推断细胞的起源和终端状态，并以最小的计算资源和时间准确描绘细胞发育轨迹	NA	开发一种新的工具，用于自动推断和可视化单细胞RNA测序数据中的细胞命运轨迹	人类骨髓细胞、小鼠胰腺内分泌谱系和斑马鱼胚胎的轴向中胚层谱系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	人工神经网络	单细胞RNA测序数据	人类骨髓细胞、小鼠胰腺内分泌谱系和斑马鱼胚胎的轴向中胚层谱系
2568	2025-03-12	Application of Spatial Omics in the Cardiovascular System 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0628 PMID:40062231	综述	本文探讨了空间组学技术在心血管系统研究中的应用，包括空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学和空间表观组学	空间组学技术的应用为心血管疾病的分子和细胞基础提供了更深入的见解，并强调了其在心血管科学中的关键贡献	未具体提及研究的局限性	探讨空间组学技术在心血管疾病研究中的应用及其对精准医学、靶向治疗和个性化治疗的贡献	心血管系统	生物信息学	心血管疾病	空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间基因组学、空间表观组学	NA	多组学数据	NA
2569	2025-03-12	Extracellular vesicles from human-induced pluripotent stem cell-derived neural stem cells alleviate proinflammatory cascades within disease-associated microglia in Alzheimer's disease 2024-Nov, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12519 PMID:39499013	研究论文	本研究探讨了人诱导多能干细胞衍生的神经干细胞外泌体在阿尔茨海默病模型中的抗炎作用及其对认知和情绪功能的改善	首次展示了hiPSC-NSC-EVs通过诱导激活的小胶质细胞和反应性星形胶质细胞的转录组变化来抑制神经炎症信号级联反应的效果	研究仅在3个月大的5xFAD小鼠模型中进行，未涉及人类临床试验	探索hiPSC-NSC-EVs作为阿尔茨海默病疾病修饰生物制剂的潜力	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3个月大的5xFAD小鼠和培养的人类小胶质细胞
2570	2025-03-12	VCAM-1 mediates proximal tubule-immune cell cross talk in failed tubule recovery during AKI-to-CKD transition 2024-Oct-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00076.2024 PMID:39116349	研究论文	本研究探讨了在急性肾损伤（AKI）向慢性肾病（CKD）转变过程中，血管细胞粘附蛋白-1（VCAM-1）在近端肾小管细胞中的表达及其在修复失败状态中的作用	首次揭示了VCAM-1在AKI向CKD转变过程中通过NF-κB信号通路介导近端肾小管与免疫细胞间的相互作用，促进修复失败状态	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨VCAM-1在AKI向CKD转变过程中的作用机制	近端肾小管细胞和免疫细胞	肾脏病学	肾脏疾病	单细胞转录组分析、RNA测序、蛋白质分析	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	AKI和CKD患者的单细胞转录组数据、小鼠模型的肾脏RNA和蛋白质数据
2571	2025-03-12	Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01915-9 PMID:39112630	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学、谱系追踪和先进成像技术，定义了非造血基质细胞中与年龄相关的变化，并发现了两类非典型胸腺上皮细胞（aaTECs）状态的出现	发现了与年龄相关的胸腺上皮细胞（aaTECs）状态，这些细胞在胸腺髓质周围形成高密度的上皮簇，缺乏胸腺细胞，并表现出上皮-间质转化特征	未明确aaTECs在胸腺再生中的具体分子机制	研究胸腺随年龄增长的功能衰退和再生能力下降的原因	非造血基质细胞，特别是胸腺上皮细胞（TECs）	免疫学	老年疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、谱系追踪、先进成像	NA	转录组数据、成像数据	未明确具体样本数量，但涉及年龄相关的胸腺组织
2572	2025-03-12	CD4+ T cells exhibit distinct transcriptional phenotypes in the lymph nodes and blood following mRNA vaccination in humans 2024-Sep, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01888-9 PMID:39164479	研究论文	本文通过单细胞转录组学评估了BNT162b2 mRNA疫苗接种后3个月和6个月时，血液和引流淋巴结中针对SARS-CoV-2刺突蛋白的CD4 T细胞反应	使用深度学习反向表位映射方法Trex预测抗原特异性，揭示了人类引流淋巴结中刺突特异性CD4滤泡辅助T细胞的异质性表型	研究样本量相对较小，仅分析了1,277个刺突特异性CD4 T细胞	研究SARS-CoV-2 mRNA疫苗接种后CD4 T细胞的转录表型变化	接种BNT162b2 mRNA疫苗的个体以及SARS-CoV-2感染后的个体	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学，深度学习反向表位映射方法Trex	深度学习	单细胞转录组数据	1,277个刺突特异性CD4 T细胞
2573	2025-03-12	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2024-Aug-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠原始生殖细胞（PGCs）在迁移过程中的转录异质性及其与周围体细胞微环境的相互作用	揭示了前后迁移PGCs在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路中的差异，并首次通过实验验证了前迁移PGCs中LEFTY1/2蛋白的特异性上调	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅通过重新分析已发表数据集进行推测，缺乏直接实验验证	研究原始生殖细胞在迁移过程中的转录异质性及其与体细胞微环境的相互作用	小鼠原始生殖细胞（PGCs）及其周围体细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	13,262个小鼠PGCs和7,868个周围体细胞
2574	2025-03-12	Scupa: Single-cell unified polarization assessment of immune cells using the single-cell foundation model 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.608093 PMID:39229048	研究论文	本文介绍了一种名为Scupa的计算方法，用于全面分析免疫细胞的极化状态	Scupa是首个用于系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化的计算方法，利用Universal Cell Embeddings模型的细胞嵌入，有效识别不同物种和实验条件下新数据集中的极化细胞	NA	开发一种计算方法以系统性研究细胞因子效应和免疫细胞极化	免疫细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Universal Cell Embeddings模型	单细胞RNA测序数据	66种细胞因子驱动的极化状态，涉及14种免疫细胞类型
2575	2025-03-12	Immunomodulatory Role of the Stem Cell Circadian Clock in Muscle Repair 2024-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595728 PMID:38854114	研究论文	本研究揭示了肌肉干细胞中的生物钟如何调控免疫微环境以促进肌肉再生	发现了肌肉干细胞生物钟通过调控NAD+代谢和炎症反应基因的表达，影响肌肉再生的时间依赖性机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索肌肉干细胞生物钟在肌肉再生中的作用及其与免疫微环境的相互作用	肌肉干细胞及其免疫微环境	生物医学	肌肉损伤	单核单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
2576	2025-03-12	Enhanced Complement Expression in the Tumor Microenvironment Following Neoadjuvant Therapy: Implications for Immunomodulation and Survival in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-May-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4104258/v1 PMID:38798691	研究论文	本研究探讨了新辅助治疗（NAT）对胰腺导管腺癌（PDAC）癌细胞和肿瘤微环境（TME）的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	首次揭示了NAT在PDAC中通过上调TME中的补体基因表达，改善免疫抑制状态，并与患者生存率提高相关	样本量相对较小（23例NAT治疗患者和13例未治疗患者），且需要进一步验证补体基因表达作为预后标志物的临床实用性	研究NAT对PDAC癌细胞和TME的差异影响，特别是补体基因表达的变化及其与患者生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	肿瘤学	胰腺癌	空间转录组学、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	23例NAT治疗患者和13例未治疗患者
2577	2025-03-12	Molecular differences between neonatal and adult stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics 2024-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.24.590986 PMID:38712156	研究论文	本研究通过开发新生和成年小鼠的完整组织外植模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，为SV相关听力损失的研究提供了新的视角	开发了新生和成年小鼠的完整组织外植模型，并结合单细胞RNA测序技术揭示了SV在新生和成年阶段的分子差异，为SV研究提供了新的平台和方法	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类SV的生物学特性	研究耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，以探索SV相关听力损失的生物学解决方案	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）	生物医学研究	听力损失	单细胞RNA测序	小鼠组织外植模型	RNA测序数据	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）组织
2578	2025-03-12	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588538 PMID:38645090	研究论文	本文报告了小鼠精囊的第一个单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的精囊	研究精囊的细胞组成及其在生殖过程中的作用	小鼠精囊	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
2579	2025-03-12	Seq-Scope Protocol: Repurposing Illumina Sequencing Flow Cells for High-Resolution Spatial Transcriptomics 2024-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.29.587285 PMID:38617262	研究论文	本文介绍了一种名为Seq-Scope的新技术，该技术重新利用Illumina测序平台进行高分辨率、高内容的空间转录组分析	Seq-Scope技术通过重新利用Illumina测序平台，克服了传统空间转录组技术在分辨率、基因范围、可扩展性、成本及设备复杂性方面的限制	尽管Seq-Scope技术具有显著优势，但其应用仍受限于需要复杂的实验步骤和计算分析流程	开发并优化一种高分辨率、高内容的空间转录组分析技术，以克服现有技术的限制	多种生物组织的冷冻切片	分子生物学与组织学	NA	Illumina NovaSeq 6000测序平台	NA	转录组数据与组织学图像	7 mm × 7 mm或更大的多个组织切片
2580	2025-03-12	Multi-omics analyses reveal bacteria and catalase associated with keloid disease 2024-Jan, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104904 PMID:38061241	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了细菌和过氧化氢酶（CAT）与瘢痕疙瘩病的关联	首次结合微生物组、代谢组、单细胞转录组和细胞来源异种移植（CDX）小鼠模型，全面探讨了细菌在瘢痕疙瘩病中的作用	研究主要基于实验室模型和小鼠实验，尚未在人体中进行大规模验证	探讨细菌和过氧化氢酶在瘢痕疙瘩病中的角色	瘢痕疙瘩和健康皮肤	生物医学	瘢痕疙瘩病	多组学分析（微生物组、代谢组、单细胞转录组）、16S rRNA测序、蛋白质质谱、细胞来源异种移植（CDX）模型	CDX小鼠模型	微生物组数据、蛋白质质谱数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩和健康皮肤样本，BALB/c雌性裸鼠