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当前共找到 39033 篇文献，本页显示第 2561 - 2580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2561 | 2026-04-01 |
Comparative analysis of nuclei isolation methods for brain single-nucleus RNA sequencing
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.25.645306
PMID:40196571
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研究论文 | 本文比较了三种不同的细胞核分离方法对脑组织单核RNA测序数据质量的影响 | 首次系统评估了不同细胞核分离方法对核完整性和后续snRNA-seq数据质量的影响，揭示了方法依赖性差异 | 研究仅针对脑组织，未涵盖其他组织类型；样本量可能有限 | 评估不同细胞核分离方法对单核RNA测序数据质量的影响 | 脑组织 | 单细胞测序 | NA | 单核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确指定样本数量，但涉及脑组织 | NA | 单核RNA-seq | NA | NA |
| 2562 | 2026-04-01 |
Smoothie: Efficient Inference of Spatial Co-expression Networks from Denoised Spatial Transcriptomics Data
2025-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.26.640406
PMID:40060619
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Smoothie的方法，用于从去噪的空间转录组数据中高效推断空间共表达网络 | Smoothie通过高斯平滑去噪空间转录组数据，并构建和整合全基因组共表达网络，利用隐式和显式并行化实现可扩展性，能处理超过1亿个空间解析点 | NA | 从高分辨率空间转录组数据中提取深度生物学见解，包括基因模块检测、功能注释、基因表达与基因组结构关联以及多样本比较 | 空间转录组数据中的基因表达相关性 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 高斯平滑 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2563 | 2026-04-01 |
CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information
2025-02-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15030342
PMID:40149878
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研究论文 | 提出CellGAT框架，通过整合多组学信息构建细胞通讯网络 | 首次将蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）信息整合到细胞通讯网络推断中，并利用图注意力网络（GAT）和节点嵌入算法 | 未明确提及样本量或数据集的局限性 | 推断细胞间通讯并分析其对下游通路、邻近细胞和药物干预的影响 | 多细胞生物中的细胞通讯网络 | 机器学习 | NA | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | GAT（图注意力网络） | 基因表达数据、PPI信息、蛋白质复合物数据、通路信息 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2564 | 2026-04-01 |
VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2025-02-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15030323
PMID:40149859
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研究论文 | 本研究探讨了ESCRT复合体成员VPS25在头颈部鳞状细胞癌中的表达、功能及其在免疫抑制微环境中的作用 | 首次揭示VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT免疫抑制信号轴，促进肿瘤免疫逃逸，并作为免疫治疗反应的潜在预测生物标志物 | 研究主要基于TCGA数据集和细胞系实验，缺乏大规模前瞻性临床队列验证 | 阐明VPS25在头颈部鳞状细胞癌肿瘤进展和免疫微环境调控中的分子机制 | 头颈部鳞状细胞癌组织、CAL27细胞系、肿瘤微环境免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、组织微阵列图像、单细胞转录组数据 | TCGA数据集样本、HNSCC组织微阵列、CAL27细胞系 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
| 2565 | 2026-04-01 |
Deciphering the Complexities of Pulmonary Hypertension: The Emergent Role of Single-Cell Omics
2025-Jan, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0145PS
PMID:39141563
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用，探讨其如何推动对该疾病复杂性的理解 | 利用单细胞转录组学技术，超越传统批量分析的局限，揭示肺动脉高压中细胞亚型的相互作用和转化，为精准医疗提供新靶点 | 单细胞RNA测序分辨率需提升以捕获更精细的细胞变化，处理人体组织样本存在物流障碍，且需整合多种组学方法以全面理解疾病分子机制 | 探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的角色，以促进疾病理解、靶向药物开发和生物标志物发现 | 肺动脉高压中的细胞生态系统，包括内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2566 | 2026-04-01 |
Tppp3 is a novel molecule for retinal ganglion cell identification and optic nerve regeneration
2024-12-29, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01917-6
PMID:39734233
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研究论文 | 本研究探索了Tppp3分子在视网膜神经节细胞神经保护和轴突再生中的作用 | 首次揭示了Tppp3在哺乳动物视网膜神经节细胞轴突再生中的促进作用，并发现其通过上调Bmp4等基因和神经炎症通路发挥作用 | 研究主要基于啮齿类动物模型，尚未在更高等的哺乳动物中进行验证 | 寻找促进中枢神经系统轴突再生的分子调控因子 | 视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经科学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠、猕猴和人类的视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2567 | 2026-04-01 |
Sparse dimensionality reduction for analyzing single-cell-resolved interactions
2024-Dec-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioadv/vbaf230
PMID:41092369
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研究论文 | 本文提出了一种针对单细胞细胞间相互作用数据的端到端降维工作流程，旨在简化细胞对间相互作用模式的分析 | 采用稀疏降维方法（特别是Boosting Autoencoder）来精确定位与细胞对簇相关的特定配体-受体相互作用，并提供了包含结果可视化的全面工作流程 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 增强单细胞转录组学数据中细胞间相互作用的下游分析 | 单细胞细胞间相互作用数据，特别是基于已知配体-受体相互作用的细胞对 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | Boosting Autoencoder | 单细胞转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2568 | 2026-04-01 |
Evaluating the Utilities of Foundation Models in Single-cell Data Analysis
2024-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.08.555192
PMID:38464157
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研究论文 | 本文通过综合实验评估了基础模型在单细胞测序数据分析中的性能，并比较了其与任务特定方法的优劣 | 首次对十种单细胞基础模型在八个下游任务中的性能进行全面评估，并提出了一个用于评估训练稳定性、超参数影响的框架 | 研究发现单细胞基础模型并非在所有任务中都优于任务特定方法，这挑战了开发单细胞分析基础模型的必要性 | 评估基础模型在单细胞数据分析中的效用，并为模型预训练和微调提供指导 | 单细胞测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型（如scGPT、Geneformer、CellPLM） | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2569 | 2026-04-01 |
The Impact of Low Protein Diet on the Molecular and Cellular Development of the Fetal Kidney
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.04.569988
PMID:38106143
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研究论文 | 本研究探讨了母体低蛋白饮食对胎儿肾脏发育的影响，特别是对肾单位形成和分支形态发生的分子与细胞机制 | 首次结合单细胞RNA测序和先进成像技术，全面解析低蛋白饮食如何通过影响代谢、细胞周期和表观遗传调控，导致肾单位祖细胞分化受阻和分支形态发生缺陷 | 研究基于小鼠模型，可能无法完全反映人类情况；未探讨长期低蛋白饮食对成年后肾脏疾病的具体分子通路 | 揭示母体低蛋白饮食导致后代肾单位数量减少的细胞和分子机制 | 小鼠胎儿肾脏发育过程，特别是肾单位祖细胞和分支形态发生 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序，共聚焦显微镜，光学投影断层扫描 | NA | 基因表达数据，图像数据 | 小鼠胚胎期E14.5和出生后P0时间点的肾脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2570 | 2026-04-01 |
Methods to Enable Spatial Transcriptomics of Bone Tissues
2024-05-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66850
PMID:38767376
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研究论文 | 本文描述了一种处理新鲜骨组织样本以生成高质量空间转录组数据的方法，并提供了针对先前石蜡包埋样本的详细指南 | 开发了一种针对硬组织（如骨）的空间转录组学方法，解决了在切片处理过程中保持RNA质量和组织形态的挑战 | NA | 开发适用于骨组织的空间转录组学方法，以分析细胞基因表达与组织学背景的关系 | 骨组织样本，包括新鲜样本和先前石蜡包埋的样本，如骨肉瘤原发肿瘤和肺转移样本 | 空间转录组学 | 骨肉瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2571 | 2026-04-01 |
Single-cell analyses reveal transient retinal progenitor cells in the ciliary margin of developing human retina
2024-Apr-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47933-x
PMID:38670973
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了人类视网膜发育过程中睫状缘区存在短暂性视网膜祖细胞 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组学，首次在人类视网膜发育中鉴定出睫状缘区的短暂性早期视网膜祖细胞，并揭示了其转录和染色质可及性变化 | 研究仅涵盖人类视网膜发育至妊娠中期的阶段，未涉及后期发育或成熟视网膜 | 探究人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的起源、分化和时空分布 | 人类视网膜发育过程中的细胞，特别是睫状缘区的视网膜祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 人类早期眼样本，涵盖至妊娠中期 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2572 | 2026-04-01 |
Resistance to PRMT5-targeted therapy in mantle cell lymphoma
2024-01-09, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023010554
PMID:37782774
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研究论文 | 本研究探讨了套细胞淋巴瘤对PRMT5靶向治疗产生耐药性的机制，并发现mTOR信号通路上调是耐药的关键因素，通过mTORC1抑制剂temsirolimus可克服耐药性 | 首次在套细胞淋巴瘤中系统研究PRMT5抑制剂耐药机制，结合患者来源异种移植模型和细胞系模型，通过单细胞RNA测序揭示mTOR信号通路在耐药中的核心作用，并验证了联合靶向治疗的协同效应 | 研究主要基于体外细胞系和PDX模型，缺乏大规模临床样本验证；耐药机制可能涉及其他未被发现的通路；长期联合治疗的安全性和有效性需进一步评估 | 探究套细胞淋巴瘤对PRMT5靶向治疗产生耐药性的分子机制，并寻找克服耐药性的治疗策略 | 套细胞淋巴瘤细胞系、患者来源异种移植模型 | 肿瘤生物学 | 套细胞淋巴瘤 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8个细胞系（4个敏感，4个原发耐药），4个耐药细胞系，PDX模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2573 | 2026-04-01 |
A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03120-7
PMID:38098113
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研究论文 | 本文通过时间分辨的元分析，识别并验证了人类T细胞激活过程中的共识基因表达特征 | 首次描述了跨T细胞群体的时间分辨基因表达模式，并开发了用于稳健评估T细胞激活的共识生物标志物特征 | NA | 分析不同T细胞群体在激活过程中的时间模式，以开发T细胞激活的共识基因特征 | 人类T细胞 | 自然语言处理 | NA | 元分析，基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 2574 | 2026-04-01 |
Unsupervised removal of systematic background noise from droplet-based single-cell experiments using CellBender
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01943-7
PMID:37550580
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度生成模型的工具CellBender，用于无监督去除液滴式单细胞实验中的系统性背景噪声 | 提出了一种基于液滴式检测噪声生成现象学的深度生成模型，能准确区分含细胞与无细胞液滴，学习背景噪声特征，并以端到端方式提供无噪声量化 | NA | 去除液滴式单细胞实验中的系统性背景噪声，以提高数据质量 | 液滴式单细胞实验数据，包括scRNA-seq、snRNA-seq和CITE-seq | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、CITE-seq | 深度生成模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 2575 | 2026-04-01 |
Lineage plasticity enables low-ER luminal tumors to evolve and gain basal-like traits
2023-03-01, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01621-8
PMID:36859337
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研究论文 | 本研究揭示了低雌激素受体（ER）表达的管腔型乳腺肿瘤可通过谱系可塑性演化并获得基底样特征 | 首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序证明低ER管腔肿瘤可通过谱系可塑性演化出基底样特征，并发现SOX10是这一过程的关键驱动因子 | 研究主要基于MMTV-PyMT小鼠模型，人类肿瘤中的验证尚需进一步研究 | 探究低ER管腔型乳腺肿瘤如何演化并获得基底样特征的分子机制 | MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤模型及乳腺肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 谱系追踪，单细胞RNA测序 | MMTV-PyMT小鼠肿瘤模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2576 | 2026-04-01 |
Variance-adjusted Mahalanobis (VAM): a fast and accurate method for cell-specific gene set scoring
2020-09-18, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa582
PMID:32633778
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Variance-adjusted Mahalanobis (VAM)的新方法，用于单细胞RNA测序数据中的基因集评分，以提高细胞特异性通路分析的准确性和计算效率 | VAM方法首次支持细胞水平的基因集推断，通过整合Seurat框架，能有效处理单细胞RNA测序数据中的技术噪声、稀疏性和大样本量，并提供快速的gamma近似分布用于统计推断 | 未在摘要中明确提及具体限制，但可能依赖于模拟和真实数据的验证范围 | 开发一种快速且准确的细胞特异性基因集评分方法，以改善单细胞RNA测序数据的统计分析和可视化 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵和通路水平聚合 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Variance-adjusted Mahalanobis (VAM) 方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2577 | 2026-04-01 |
Single-cell RNA-seq identifies unique transcriptional landscapes of human nucleus pulposus and annulus fibrosus cells
2020-09-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-72261-7
PMID:32943704
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了健康人类椎间盘髓核和纤维环细胞的独特转录组景观，并鉴定了差异表达基因和关键转录因子 | 首次在单细胞水平上定义了健康人类椎间盘髓核和纤维环的转录组图谱，识别了2,196个差异表达基因，并确定了FOXM1和KDM4E作为各自细胞类型的特征转录因子 | 研究仅基于非退行性腰椎间盘样本，可能无法完全代表疾病状态或其他椎间盘区域 | 阐明健康人类椎间盘髓核和纤维环细胞的分子通路和转录网络，以理解椎间盘疾病的潜在机制 | 人类椎间盘髓核和纤维环细胞 | 数字病理学 | 椎间盘疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 非退行性腰椎间盘样本中的原代细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2578 | 2026-04-01 |
scIGANs: single-cell RNA-seq imputation using generative adversarial networks
2020-09-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa506
PMID:32588900
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研究论文 | 本文提出了一种基于生成对抗网络（GANs）的单细胞RNA测序数据插补方法scIGANs，用于解决scRNA-seq数据中的dropout问题 | 使用生成细胞而非观察细胞进行插补，避免了传统方法的过平滑问题，并平衡了主要和稀有细胞群体的性能 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 开发一种有效的单细胞RNA测序数据插补方法，以增强下游分析 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络（GANs） | RNA测序数据 | 超过100,000个细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2579 | 2026-04-01 |
Harnessing Expressed Single Nucleotide Variation and Single Cell RNA Sequencing To Define Immune Cell Chimerism in the Rejecting Kidney Transplant
2020-09, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020030326
PMID:32669324
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和表达的单核苷酸变异，定义了肾移植排斥反应中免疫细胞的嵌合状态 | 开发了一种基于表达SNV和scRNA-seq的新方法，首次在单细胞水平上准确区分肾移植中供体和受体来源的免疫细胞，并揭示了它们在排斥反应中的不同转录特征 | 样本量较小（仅5个肾移植活检核心），且为观察性研究，无法确定因果关系 | 探究肾移植中供体来源免疫细胞的持久性及其在排斥反应中的作用 | 人类肾移植活检样本中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 肾移植排斥 | 全外显子组测序，单细胞RNA测序 | NA | DNA序列数据，单细胞RNA表达数据 | 5个人类肾移植活检核心，共81,139个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2580 | 2026-03-31 |
Happening in the Prostate Tumor Microenvironment: Ion Channels and Extrachromosomal DNA Driving Phenotypic Plasticity
2026-May, The Prostate
DOI:10.1002/pros.70139
PMID:41632930
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综述 | 本文综述了离子通道和染色体外DNA在前列腺癌肿瘤微环境中的关键作用，并分析了单细胞RNA测序数据以揭示其表达谱 | 整合了离子通道和染色体外DNA在前列腺癌表型可塑性中的协同作用机制，并通过单细胞RNA测序数据提供了细胞类型特异性的表达证据 | 这是一篇综述性文章，主要基于现有证据进行分析，未进行新的实验验证 | 阐明离子通道和染色体外DNA如何驱动前列腺癌的表型可塑性、治疗抵抗和疾病进展 | 前列腺癌肿瘤微环境中的肿瘤细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个公开可用的单细胞RNA测序数据集（原发性前列腺癌和去势抵抗性前列腺癌） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |