单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25761	2024-08-09	Murine single-cell RNA-seq reveals cell-identity- and tissue-specific trajectories of aging 2019-12, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.253880.119 PMID:31754020	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了年轻和老年小鼠三个组织中超过50,000个细胞，揭示了细胞身份和组织特异性衰老轨迹	本研究首次利用单细胞RNA测序技术，结合矩阵分解和最优传输方法，揭示了细胞身份和组织环境对衰老轨迹和幅度的影响	NA	探讨细胞身份和组织环境对哺乳动物细胞衰老轨迹的影响	小鼠的三个组织中的单个细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	超过50,000个单细胞
25762	2024-08-09	Single-Cell RNA-seq Reveals Profound Alterations in Mechanosensitive Dorsal Root Ganglion Neurons with Vitamin E Deficiency 2019-Nov-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2019.10.064 PMID:31733517	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了维生素E缺乏对机械敏感的背根神经节神经元（DRGNs）的深刻影响	研究发现维生素E缺乏导致机械敏感的酪氨酸羟化酶阳性（TH+）DRGNs中电压门控Ca和K通道显著上调，这一发现挑战了传统的本体感觉机制	NA	探讨维生素E缺乏对背根神经节神经元分子特征和功能特性的影响	背根神经节神经元（DRGNs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Ttpa小鼠的背根神经节神经元
25763	2024-08-09	A divergent transcriptional landscape underpins the development and functional branching of MAIT cells 2019-11-22, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aay6039 PMID:31757835	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序技术，分析了小鼠和人类中伴随MAIT细胞发育各阶段转录景观的变化。	首次详细描述了MAIT细胞发育过程中的转录调控事件，并揭示了成熟MAIT细胞中的不同亚群。	NA	研究MAIT细胞发育过程中的转录调控机制。	MAIT细胞的发育和功能分支。	免疫学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类样本
25764	2024-08-09	Development and validation of a metastasis-associated prognostic signature based on single-cell RNA-seq in clear cell renal cell carcinoma 2019-11-20, Aging DOI:10.18632/aging.102434 PMID:31747386	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，开发并验证了一种基于透明细胞肾细胞癌的转移相关预后标志物	首次通过单细胞RNA测序技术识别出44个转移相关标记基因，并构建了一个包含17个关键转移相关基因的预后模型	NA	开发和验证一种新的预后标志物，用于预测透明细胞肾细胞癌患者的总生存期和无进展生存期	透明细胞肾细胞癌的单细胞表达谱和转移相关基因	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	121个细胞样本和626名患者
25765	2024-08-09	Non-Genetic Intra-Tumor Heterogeneity Is a Major Predictor of Phenotypic Heterogeneity and Ongoing Evolutionary Dynamics in Lung Tumors 2019-11-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.045 PMID:31747591	研究论文	本文分析了肺鳞状细胞癌中的基因和非基因性肿瘤内异质性（ITH），通过多区域批量和单细胞测序，探讨了其在基因组、转录组和肿瘤-免疫相互作用及组织病理学特征层面的影响。	研究发现非基因性异质性是影响肺肿瘤组织病理学特征异质性和进化动力学的主要因素。	NA	探讨基因和非基因性肿瘤内异质性对肿瘤表型和可演化性的影响。	肺鳞状细胞癌的肿瘤内异质性。	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据	多区域样本
25766	2024-08-09	Neuronal maturation reduces the type I IFN response to orthobunyavirus infection and leads to increased apoptosis of human neurons 2019-Nov-18, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-019-1614-1 PMID:31739796	研究论文	研究使用人脑类器官（COs）探讨了不同发育阶段的神经元对拉科斯特病毒（LACV）感染的反应，发现神经元成熟度增加会提高对LACV诱导的细胞凋亡的敏感性	首次揭示了神经元成熟度与对LACV感染反应之间的关系，以及外源性重组干扰素在保护神经元免受病毒诱导的细胞死亡中的作用	研究主要集中在体外模型，未来需要进一步在体内模型中验证这些发现	探讨神经元对拉科斯特病毒感染的反应及其与神经元成熟度的关系	人脑类器官中的不同发育阶段神经元	NA	儿童虫媒脑炎	免疫组织化学、流式细胞术、单细胞转录组学	NA	转录组数据	包含不同发育阶段神经元的人脑类器官
25767	2024-08-09	Assessment of computational methods for the analysis of single-cell ATAC-seq data 2019-11-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1854-5 PMID:31739806	研究论文	本文介绍了一个基准框架，用于评估10种计算方法在13个合成和真实数据集上的单细胞ATAC-seq数据分析能力	首次系统地评估了多种计算方法在单细胞ATAC-seq数据分析中的表现，并提供了最佳实践推荐	文章主要集中在计算方法的比较，未深入探讨生物学解释和实际应用场景	评估和比较不同的计算方法在单细胞ATAC-seq数据分析中的效果	10种计算方法和13个合成及真实数据集	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	NA	基因组数据	超过80,000个细胞的大数据集
25768	2024-08-09	Bulk and Single-Cell Next-Generation Sequencing: Individualizing Treatment for Colorectal Cancer 2019-Nov-18, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers11111809 PMID:31752125	综述	本文综述了下一代测序技术（NGS）在结直肠癌（CRC）个体化治疗中的最新进展和未来展望	通过多区域批量组织NGS和新兴的单细胞转录组学，结合循环游离DNA（cfDNA）的NGS，揭示了预测治疗反应和药物开发的新策略	NA	旨在通过集成测序系统探索基因组和转录组，以克服研究和临床挑战，推动精准肿瘤学的发展	结直肠癌（CRC）	数字病理学	结直肠癌	下一代测序（NGS）	NA	基因组和转录组数据	NA
25769	2024-08-09	Contribution of Single-Cell Transcriptomics to the Characterization of Human Spermatogonial Stem Cells: Toward an Application in Male Fertility Regenerative Medicine? 2019-Nov-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms20225773 PMID:31744138	研究论文	本文讨论了利用单细胞转录组测序技术（scRNAseq）在人类精原干细胞（SSC）及其前体细胞定义方面的最新进展	scRNAseq技术作为一种新的诊断工具，用于个性化调查男性不育症	NA	探讨单细胞转录组测序技术在人类精原干细胞及其前体细胞定义中的应用，以及其在男性生育再生医学中的潜在应用	人类精原干细胞（SSC）及其前体细胞	基因组学	男性不育症	单细胞转录组测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
25770	2024-08-09	Sertoli cell-only phenotype and scRNA-seq define PRAMEF12 as a factor essential for spermatogenesis in mice 2019-11-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13193-3 PMID:31729367	研究论文	本文研究了PRAMEF12在维持小鼠精子发生中的关键作用，并通过单细胞转录组分析揭示了其对精原干细胞的影响。	首次揭示了PRAMEF12在精子发生中的重要作用，并通过单细胞转录组分析详细描述了其对精原干细胞状态的影响。	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证。	探讨PRAMEF12在精子发生中的作用及其对生殖医学的潜在影响。	小鼠的精子发生过程及PRAMEF12的作用。	生殖医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及小鼠的精子发生过程中的多个细胞状态
25771	2024-08-09	A Bayesian mixture model for the analysis of allelic expression in single cells 2019-11-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13099-0 PMID:31729374	research paper	本文提出了一种用于单细胞RNA-Seq数据中等位基因表达分析的贝叶斯混合模型方法	该方法通过跨细胞池化信息，提高了等位基因比例估计的准确性，并减少了采样变异性，同时不牺牲细胞间的异质性	NA	旨在改进单细胞水平上等位基因特异性表达的分析方法	单细胞RNA-Seq数据中的等位基因特异性表达	生物信息学	NA	RNA-Seq	贝叶斯混合模型	RNA-Seq数据	多个单细胞样本
25772	2024-08-09	B Cells and T Follicular Helper Cells Mediate Response to Checkpoint Inhibitors in High Mutation Burden Mouse Models of Breast Cancer 2019-11-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.10.028 PMID:31730857	研究论文	本研究通过使用三阴性乳腺癌小鼠模型，识别了免疫检查点抑制剂反应的介导机制	开发了新的乳腺肿瘤模型，并揭示了免疫检查点疗法通过激活T滤泡辅助细胞和B细胞来促进抗肿瘤反应	NA	识别免疫检查点抑制剂反应的介导机制	三阴性乳腺癌小鼠模型	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序, 批量mRNA测序	NA	mRNA测序数据	免疫疗法治疗和未治疗的敏感及耐药小鼠模型的肿瘤样本
25773	2024-08-09	Plasticity and Clonality of Cancer Cell States 2019-11, Trends in cancer IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.trecan.2019.09.002 PMID:31735281	研究论文	本文探讨了肿瘤内异质性在基因改变和表型特性（如药物抗性）方面的研究，并介绍了单细胞RNA测序揭示肿瘤内转录多样性的新发现。	本文通过Neftel等人的胶质母细胞瘤研究，支持了癌症细胞状态及其可塑性的新兴概念。	NA	探讨肿瘤内异质性和癌症细胞状态的可塑性。	胶质母细胞瘤的癌症细胞状态。	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
25774	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of the naked mole-rat reveals unexpected features of mammalian immunity 2019-11, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000528 PMID:31751331	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了裸鼹鼠的免疫系统，并与易患癌症的小鼠进行了比较	发现裸鼹鼠的免疫系统具有高比例的髓系细胞与淋巴细胞，并缺乏典型的自然杀伤细胞，这挑战了我们对哺乳动物免疫的传统理解	NA	探究裸鼹鼠免疫系统的独特特征及其对癌症免疫监视和维持体内平衡的作用	裸鼹鼠的免疫系统	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	裸鼹鼠和小鼠的免疫细胞样本
25775	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Plant-Associated Bacterial Communities 2019, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2019.02452 PMID:31736899	研究论文	本文讨论了利用单细胞RNA测序技术分析植物相关细菌群落的方法和策略	本文介绍了单细胞转录组测序技术在解析细菌群落中基因表达模式的应用，这是传统高通量测序技术无法实现的	NA	揭示细菌群落中细胞间的基因表达模式及其在群落组织和功能中的作用	植物相关细菌群落	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
25776	2024-08-09	The transcriptome difference between colorectal tumor and normal tissues revealed by single-cell sequencing 2019, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.32267 PMID:31737124	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了结直肠癌肿瘤组织与正常组织的转录组差异	使用单细胞转录组测序技术，能够更准确地揭示肿瘤组织中不同癌细胞的转录组差异	NA	揭示结直肠癌肿瘤组织与正常组织在单细胞层面的转录组差异	结直肠癌肿瘤组织和正常组织的单细胞转录组	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	机器学习	转录组数据	272个结直肠癌细胞和160个正常细胞
25777	2024-08-09	Somatic mutations - Evolution within the individual 2020-04-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2019.11.002 PMID:31711929	研究论文	本文探讨了利用先进的测序技术和机器学习方法来研究体细胞突变，以及这些突变在衰老相关疾病中的作用	结合实验和计算方法，利用机器学习提高检测效率和敏感性，并应用数学框架分析体细胞进化	识别真正的体细胞突变仍然具有挑战性	深入了解与衰老相关的疾病，如癌症、炎症和偶发性精神障碍	体细胞突变及其在疾病发展中的作用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	基因组数据	NA
25778	2024-08-09	Single-cell RNA-sequencing identifies the developmental trajectory of C-Myc-dependent NK1.1- T-bet+ intraepithelial lymphocyte precursors 2020-03, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-019-0220-y PMID:31712600	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了NK1.1+ T-bet+上皮内淋巴细胞前体的发育轨迹	首次定义了基于CD122和T-bet顺序表达的发育轨迹，并发现了Id2和Id3蛋白作为IELP发育的新调控因子	NA	揭示NK1.1 IELPs在胸腺中的发育过程及其分子机制	NK1.1 IELPs的发育轨迹和调控因子	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	异质性的胸腺CD4CD8αβTCRαβNK1.1 IEL前体细胞群
25779	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Stromal Evolution into LRRC15+ Myofibroblasts as a Determinant of Patient Response to Cancer Immunotherapy 2020-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0644 PMID:31699795	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）进展过程中纤维母细胞景观的变化，特别是LRRC15+肌纤维母细胞在癌症免疫治疗患者反应中的决定作用	首次描述了TGFβ驱动的LRRC15 CAF谱系与免疫治疗不良反应的关联，并提出其作为联合治疗的潜在靶点	NA	深入理解肿瘤微环境，特别是纤维母细胞在癌症免疫治疗反应中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）中的纤维母细胞及其在免疫治疗中的作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过80,000个单细胞来自22名PDAC患者，以及70名患者的样本通过免疫组化分析
25780	2024-08-09	CancerTracer: a curated database for intrapatient tumor heterogeneity 2020-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz1061 PMID:31701131	研究论文	介绍了一个名为CancerTracer的手动整理数据库，用于追踪和描述个体患者肿瘤生长的进化轨迹	CancerTracer数据库提供了多区域和单细胞测序数据，帮助研究者识别肿瘤内的共同驱动事件和异质性体细胞事件	NA	旨在通过分析肿瘤的克隆组成及其在疾病进展和治疗中的演变，为药物设计确定精确的治疗靶点	肿瘤样本及其在个体患者中的进化轨迹	数字病理学	NA	多区域和单细胞测序	NA	数据	收集了来自1548名患者的6000多个肿瘤样本，涵盖45种不同类型的癌症