单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25741	2024-08-09	A Tppp3+Pdgfra+ tendon stem cell population contributes to regeneration and reveals a shared role for PDGF signalling in regeneration and fibrosis 2019-12, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-019-0417-z PMID:31768046	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，鉴定了一种表达微管聚合促进蛋白家族成员3（Tppp3）的细胞群作为潜在的肌腱干细胞，并探讨了血小板衍生生长因子（PDGF）信号在肌腱再生和纤维化中的共同作用。	首次发现Tppp3+Pdgfra+细胞群作为肌腱干细胞，并揭示了PDGF信号在肌腱再生和纤维化中的双重作用。	研究主要集中在实验室条件下，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。	探讨肌腱损伤后的再生机制及PDGF信号在其中的作用。	肌腱干细胞及其在肌腱再生和纤维化中的作用。	生物医学	肌腱损伤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
25742	2024-08-09	Stalled developmental programs at the root of pediatric brain tumors 2019-12, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-019-0531-7 PMID:31768071	研究论文	本文通过生成单细胞转录组图谱，研究了儿童脑肿瘤的起源和发展状态	首次生成了胚胎期脑桥和前脑的单细胞转录组图谱，并揭示了特定神经前体细胞分化障碍是这些儿童癌症的共同机制	NA	识别儿童脑肿瘤的脆弱发展状态	儿童脑肿瘤的起源和发展状态	数字病理学	儿童疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过65,000个细胞
25743	2024-08-09	The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics 2019-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13056-x PMID:31780648	research paper	本文描述了如何避免t-SNE在单细胞转录组数据分析中的常见缺陷，并开发了一种更忠实的t-SNE可视化协议	提出了包括PCA初始化、高学习率和多尺度相似性核的t-SNE改进协议，并在大规模数据集上使用夸张和基于下采样的初始化	NA	改进t-SNE在单细胞转录组数据可视化中的应用	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	t-SNE	t-SNE	RNA-seq数据	数千个基因和数百万个细胞
25744	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals compartmental remodeling of tumor-infiltrating immune cells induced by anti-CD47 targeting in pancreatic cancer 2019-11-27, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-019-0822-6 PMID:31771616	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨了抗CD47靶向治疗在胰腺癌中对肿瘤浸润免疫细胞隔室重塑的影响	首次展示了抗CD47治疗在胰腺癌中通过增加具有抗肿瘤功能的促炎性巨噬细胞和减少抗炎性巨噬细胞来重塑肿瘤内淋巴细胞和巨噬细胞隔室	研究结果在不同胰腺癌细胞系建立的肿瘤模型中显示出差异性反应，表明治疗效果可能受特定细胞系的影响	探讨靶向CD47的单克隆抗体是否能通过改变肿瘤微环境增强胰腺癌对免疫检查点抑制剂的反应	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境及CD47靶向治疗对其影响	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	106例PDAC病例及多个小鼠模型
25745	2024-08-09	Invariant patterns of clonal succession determine specific clinical features of myelodysplastic syndromes 2019-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13001-y PMID:31772163	研究论文	本研究通过分析1809名骨髓增生异常综合症（MDS）患者的单细胞测序数据，推断克隆结构，并评估突变在克隆结构中的位置，以揭示MDS的临床特征	本研究识别了37种显著的突变组合，其中12种影响临床表型，5种与不良预后相关，并能预测对去甲基化治疗的反应	NA	探究骨髓增生异常综合症的克隆结构及其对临床特征的影响	骨髓增生异常综合症患者的克隆结构和突变组合	NA	骨髓增生异常综合症	单细胞测序	PyClone生物分析管道	基因组数据	1809名MDS患者
25746	2024-08-09	Heterogeneity of Oligodendrocytes and Their Precursor Cells 2019, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-32-9636-7_5 PMID:31760638	研究论文	本文探讨了少突胶质细胞及其前体细胞的异质性	通过单细胞RNA测序分析，识别出成熟的少突胶质细胞中的六个不同群体和OPCs中的一个群体，展示了这些细胞在发育和区域上的不均匀性	NA	研究少突胶质细胞及其前体细胞的多样性及其在中枢神经系统中的功能	少突胶质细胞及其前体细胞的异质性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
25747	2024-08-09	Gene Expression-Based Identification of Antigen-Responsive CD8+ T Cells on a Single-Cell Level 2019, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2019.02568 PMID:31781096	研究论文	本文研究了如何在未筛选的单细胞基因表达数据中识别人类同源抗原反应性CD8 T细胞及其受体	开发了一种基于机器学习的分类器，能够从非选择性群体中敏感且特异地检测病毒反应性CD8 T细胞	NA	研究如何识别抗原反应性CD8 T细胞及其受体	人类同源抗原反应性CD8 T细胞及其受体	免疫学	NA	单细胞RNA测序和qPCR	机器学习	基因表达数据	未具体说明样本数量
25748	2024-08-09	The Tumor Suppressor Role of Zinc Finger Protein 671 (ZNF671) in Multiple Tumors Based on Cancer Single-Cell Sequencing 2019, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2019.01214 PMID:31781507	研究论文	本研究通过单细胞测序数据集（scRNA-seq）探讨了锌指蛋白671（ZNF671）在多种肿瘤中的肿瘤抑制作用	首次通过单细胞测序技术揭示了ZNF671在多种肿瘤中的肿瘤抑制功能，并探讨了其在异质性癌细胞群体中的作用	研究主要基于单细胞测序数据，可能需要进一步的实验验证	确定ZNF671在癌症单细胞中的功能状态及其在肿瘤中的作用	锌指蛋白671（ZNF671）及其在多种肿瘤中的功能	数字病理学	多种肿瘤	单细胞测序（scRNA-seq）	NA	单细胞测序数据	涉及14种癌症相关的ZNF671单细胞测序数据集
25749	2024-08-09	Single-Cell Genome and Transcriptome Sequencing Library Construction Using Combination of MDA and Nextera Library Prep Method 2016-Jan, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/0471142727.mb0723s113 PMID:31773914	研究论文	本文描述了使用多重置换扩增（MDA）和Nextera文库制备方法进行单细胞基因组和转录组测序文库构建的完整工作流程	本文结合了MDA和Nextera文库制备方法，提高了单细胞测序的质量和鲁棒性	NA	探索单细胞分析在生命科学和医学中的应用，特别是罕见细胞类型、异质样本和与镶嵌性或变异性相关的表型的研究	单细胞的基因组和转录组	生命科学	NA	NGS	NA	基因组和转录组数据	单个细胞
25750	2024-08-09	Nature-Inspired Compressed Sensing for Transcriptomic Profiling From Random Composite Measurements 2021-Sep, IEEE transactions on cybernetics IF:9.4Q1 DOI:10.1109/TCYB.2019.2951402 PMID:31751263	研究论文	本文提出了一种基于差分进化和压缩感知的数学框架DECS，用于从低维随机复合测量中重建高维基因表达数据	DECS方法利用基因表达数据的固有稀疏性，能够从低维随机复合测量中学习稀疏模块字典和水平，以显著的量级（例如200倍）重建高维基因表达数据	NA	解决基因表达数据与随机复合测量之间关系的长期挑战	基因表达数据	生物信息学	NA	RNA-Seq	差分进化（DE）	基因表达数据	九个GSE数据集
25751	2024-08-09	Genomic and transcriptomic profiling of carcinogenesis in patients with familial adenomatous polyposis 2020-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2019-319438 PMID:31744909	研究论文	本研究通过全外显子测序、全基因组测序和单细胞RNA测序，探讨了家族性腺瘤性息肉病（FAP）患者从癌前腺瘤到腺癌的遗传改变和转录组转变	首次全面分析了FAP患者从腺瘤到腺癌的基因组和转录组变化，揭示了代谢重编程在癌前阶段的发生	研究样本量较小，仅包括六名FAP患者和一名MUTYH相关息肉病患者	探讨FAP患者从癌前腺瘤到腺癌的遗传改变和转录组转变	FAP患者的正常组织、多区域采样的不同阶段腺瘤和腺癌	数字病理学	结直肠癌	全外显子测序、全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	56个外显子、56个基因组和8,757个单细胞
25752	2024-08-09	Single-cell TCR sequencing of gut intraepithelial γδ T cells reveals a vast and diverse repertoire in celiac disease 2020-03, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-019-0222-9 PMID:31728027	研究论文	研究通过单细胞TCR测序技术分析了未经治疗和接受无麸质饮食治疗的乳糜泻患者的肠道上皮内γδ T细胞的TCR库	首次在大规模单细胞配对γδ TCR测序研究中揭示了乳糜泻患者γδ TCR库的扩大和多样性增加	未能提供乳糜泻特异性γδ TCR的证据，对识别乳糜泻相关γδ TCR配体的挑战	探究乳糜泻患者肠道上皮内γδ T细胞的TCR库特征及其与疾病的关系	乳糜泻患者的肠道上皮内γδ T细胞	数字病理学	乳糜泻	单细胞TCR测序	NA	序列数据	未经治疗的乳糜泻患者8例（1821个细胞），接受无麸质饮食治疗的乳糜泻患者5例（436个细胞），对照组7例（1068个细胞）
25753	2024-08-09	Single-cell characterization and metabolic profiling of in vitro cultured human skeletal progenitors with enhanced in vivo bone forming capacity 2020-03, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1002/sctm.19-0151 PMID:31738481	研究论文	研究了无血清预处理对人类骨膜来源细胞的细胞和分子变化，以及其在体内骨形成能力增强的机制	首次揭示了无血清预处理通过激活与骨发育和骨折愈合相关的通路和转录调控因子，增强体内骨形成能力	NA	探索无血清预处理对人类骨膜来源细胞的影响及其在体内骨形成中的作用	人类骨膜来源细胞及其在无血清预处理后的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25754	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis reveals differential nutrient absorption functions in human intestine 2020-02-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20191130 PMID:31753849	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了来自人类回肠、结肠和直肠的14,537个上皮细胞，揭示了小肠和大肠在营养吸收功能上的差异	发现了人类大肠中类似潘氏细胞的存在，并鉴定了人类瞬时增殖细胞和杯状细胞的新标记基因	NA	详细描述人类肠道细胞组成和功能，以更好地理解人类肠道疾病	人类肠道上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14,537个上皮细胞
25755	2024-08-09	Single-cell transcriptome sequencing of rumen ciliates provides insight into their molecular adaptations to the anaerobic and carbohydrate-rich rumen microenvironment 2020-02, Molecular phylogenetics and evolution IF:3.6Q2 DOI:10.1016/j.ympev.2019.106687 PMID:31740334	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术，探索了三种瘤胃纤毛虫（Entodinium furca、Diplodinium dentatum和Isotricha intestinalis）对瘤胃厌氧和富含碳水化合物微环境的分子适应性	首次揭示了瘤胃纤毛虫通过水平基因转移（HGT）获取原核生物基因来消化植物生物质的机制	NA	探究瘤胃纤毛虫对瘤胃微环境的分子和机制性适应	三种瘤胃纤毛虫的适应性进化	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组	三种瘤胃纤毛虫
25756	2024-08-09	Guiding T lymphopoiesis from pluripotent stem cells by defined transcription factors 2020-01, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-019-0251-7 PMID:31729468	研究论文	本文研究了通过特定转录因子在体外诱导多能干细胞向T淋巴细胞分化的方法	首次证明Runx1和Hoxa9的协同短暂表达可以在体外PSC分化方案中优先产生可移植的造血祖细胞，这些祖细胞能够归巢到胸腺并发育成成熟的T细胞	NA	实现从多能干细胞中获得免疫活性及治疗性T淋巴细胞	多能干细胞向T淋巴细胞的分化	干细胞生物学	免疫缺陷疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
25757	2024-08-09	Probabilistic cell typing enables fine mapping of closely related cell types in situ 2020-01, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0631-4 PMID:31740815	研究论文	本文介绍了一种名为pciSeq的方法，通过结合单细胞RNA测序和原位测序技术，实现了对紧密相关细胞类型的精细空间映射。	pciSeq方法利用先前的scRNA-seq分类结果，通过多重原位RNA检测技术来识别细胞类型，为理解组织中细胞类型的空间组织提供了一种新方法。	NA	开发一种新的方法来识别和映射紧密相关细胞类型的空间组织。	小鼠海马区CA1的抑制性神经元及其层状组织。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 原位测序	NA	RNA	小鼠海马区CA1的抑制性神经元
25758	2024-08-09	Enteroendocrine Progenitor Cell-Enriched miR-7 Regulates Intestinal Epithelial Proliferation in an Xiap-Dependent Manner 2020, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2019.11.001 PMID:31756561	研究论文	研究探讨了肠内分泌细胞（EEC）前体细胞中富集的miR-7如何通过Xiap依赖的方式调节肠道上皮细胞增殖	首次证明EEC前体细胞中富集的miR-7受饮食扰动的影响，并通过完整的Xiap和Egfr信号通路调节肠道类器官的生长	NA	探究肠内分泌细胞前体细胞在肠道上皮生长和更新中的作用机制	肠内分泌细胞（EEC）前体细胞及其miR-7的调控作用	NA	NA	无偏序列分析、单细胞RNA测序	NA	序列数据	使用了八种不同的老鼠模型和分类方法
25759	2024-08-09	Transcriptomic, epigenetic, and functional analyses implicate neutrophil diversity in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus 2019-12-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1908576116 PMID:31754025	研究论文	本文通过转录组学、表观遗传学和功能分析研究了中性粒细胞在系统性红斑狼疮发病机制中的多样性	首次系统地确定了低密度粒细胞（LDGs）的起源、表型、功能和致病性异质性	NA	探究中性粒细胞在系统性红斑狼疮中的作用及其多样性	系统性红斑狼疮中的低密度粒细胞（LDGs）及其亚群	数字病理学	系统性红斑狼疮	bulk和单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序	NA	转录组数据	系统性红斑狼疮低密度粒细胞、自体正常密度中性粒细胞和健康对照中性粒细胞
25760	2024-08-09	TCR sequencing paired with massively parallel 3' RNA-seq reveals clonotypic T cell signatures 2019-12, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-019-0544-5 PMID:31745340	研究论文	本文介绍了一种结合TCR测序和大规模3' RNA-seq的方法，用于分析单细胞RNA测序样本中的TCR序列和相应转录组	该方法能够同时分析TCR序列和相应的全转录组，适用于常见的3' scRNA-seq方法，并可适应事后处理的样本	NA	研究与共享TCR的T细胞相关的转录组特征，特别是在食物过敏等疾病中，克隆型驱动的反应对理解基础生物学至关重要	免疫细胞，特别是T细胞及其抗原受体TCR	数字病理学	食物过敏	3'单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列	免疫小鼠和食物过敏患者的样本