单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27901 篇文献，本页显示第 25701 - 25720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25701 | 2024-08-09 |
Automatic identification of relevant genes from low-dimensional embeddings of single-cell RNA-seq data
2020-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa198
PMID:32207520
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研究论文 | 本文介绍了一种从单细胞RNA测序数据的低维嵌入中自动识别相关基因的方法 | 引入了局部和全局基因相关性的概念，计算非线性低维嵌入的主成分分析负载，以识别驱动整体嵌入和定义子区域的基因 | NA | 开发一种方法来识别驱动单细胞RNA测序数据低维嵌入的基因 | 单细胞RNA测序数据的低维嵌入 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非线性技术 | 单细胞RNA测序数据 | 不同实验协议和低维嵌入技术的单细胞RNA测序数据集 |
| 25702 | 2024-08-09 |
Tools for the analysis of high-dimensional single-cell RNA sequencing data
2020-07, Nature reviews. Nephrology
DOI:10.1038/s41581-020-0262-0
PMID:32221477
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研究论文 | 本文介绍了用于分析高维度单细胞RNA测序数据的一系列计算工具 | 开发了一套计算工具来处理、分析和可视化单细胞RNA测序数据，以应对数据量大和噪声问题 | 具体分析步骤可能因生物问题而异，但缺乏针对特定问题的个性化分析工具 | 解决单细胞RNA测序数据分析中的挑战，包括数据量大和技术噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达矩阵 | NA |
| 25703 | 2024-08-09 |
Proteomic identification and expression of oral apparatus constituents in cell regeneration of giant ciliate Stentor coeruleus (strain WHEL)
2020-Jun-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2020.144624
PMID:32224274
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研究论文 | 本研究通过质谱法和单细胞转录组测序技术，鉴定并分析了巨纤毛虫Stentor coeruleus中口腔器成分及其在再生过程中的表达模式 | 首次通过质谱法鉴定了Stentor coeruleus中882种口腔器相关蛋白，并通过单细胞转录组测序研究了这些基因在口腔器再生过程中的表达模式 | NA | 研究Stentor coeruleus口腔器的分子基础及其在细胞再生中的作用 | 巨纤毛虫Stentor coeruleus的口腔器成分及其在再生过程中的表达 | NA | NA | 质谱法，单细胞转录组测序 | NA | 蛋白质，转录组 | 882种口腔器相关蛋白，181种已知口腔器成分的同源蛋白 |
| 25704 | 2024-08-09 |
IL-5Rα marks nasal polyp IgG4- and IgE-expressing cells in aspirin-exacerbated respiratory disease
2020-06, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.02.035
PMID:32199912
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研究论文 | 本研究旨在识别和描述阿司匹林加重呼吸疾病（AERD）患者鼻息肉中局部抗体表达细胞的上游驱动因素和表型特征。 | 本研究首次揭示了IL-5Rα+抗体表达细胞在AERD中促进局部抗体产生和严重鼻息肉的作用。 | NA | 识别阿司匹林加重呼吸疾病（AERD）患者鼻息肉中局部抗体表达细胞的上游驱动因素和表型特征。 | AERD、慢性鼻窦炎（CRS）患者及对照组的鼻窦组织。 | NA | 呼吸系统疾病 | ELISA、免疫组织化学、单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光 | NA | 组织样本 | 来自AERD、CRS患者及对照组的鼻窦组织样本 |
| 25705 | 2024-08-09 |
MeCP2 mediates transgenerational transmission of chronic pain
2020-06, Progress in neurobiology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.pneurobio.2020.101790
PMID:32200043
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研究论文 | 本文探讨了MeCP2在慢性疼痛跨代传递中的作用 | 首次识别了初级体感皮质（S1）谷氨酸能神经元中的DNA甲基-CpG结合蛋白2（MeCP2）在疼痛跨代传递中的关键作用 | NA | 研究疼痛症状跨代传递的机制 | MeCP2在慢性疼痛跨代传递中的作用 | NA | 慢性疼痛 | 单细胞测序和染色质免疫沉淀分析 | NA | 基因表达数据 | 雌性小鼠慢性疼痛模型中的后代小鼠 |
| 25706 | 2024-08-09 |
Resolving single-cell heterogeneity from hundreds of thousands of cells through sequential hybrid clustering and NMF
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa201
PMID:32207533
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研究论文 | 本文介绍了一种新的迭代算法ICGS，通过序列混合聚类和非负矩阵分解（NMF）从数十万个单细胞中解析细胞异质性 | 该方法结合了多种互补的亚型检测方法，如HOPACH、稀疏非负矩阵分解、聚类'适应性'和支持向量机，有效解析稀有和常见细胞状态，同时最小化供体或批次效应的影响 | NA | 开发一种能够处理超大规模单细胞RNA测序数据集的计算方法，以检测转录上一致的细胞群体 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 非负矩阵分解（NMF） | 基因表达数据 | 数十万个单细胞 |
| 25707 | 2024-08-09 |
Phenotypic Diversity Caused by Differential Expression of SFTPC-Cre-Transgenic Alleles
2020-06, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2019-0416MA
PMID:32208105
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研究论文 | 研究通过使用人类启动子驱动Cre重组酶表达的转基因小鼠，分析了不同Cre-转基因品系中Cre重组酶的活性及其对表型的影响 | 首次详细研究了不同Cre-转基因品系的精确活性，并发现其活性可能依赖于繁殖策略和转基因构建的差异 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于其他物种 | 探讨II型肺泡上皮细胞的功能及其在肺上皮维护中的作用 | II型肺泡上皮细胞和Cre重组酶的表达 | NA | NA | 免疫组织化学分析，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及多个转基因小鼠品系 |
| 25708 | 2024-08-09 |
Transcriptomics: a Solution for Renal Osteodystrophy?
2020-06, Current osteoporosis reports
IF:4.2Q1
DOI:10.1007/s11914-020-00583-6
PMID:32222893
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review | 本文综述了肾性骨营养不良（ROD）的分子机制及其在骨骼组织转录组学分析中的最新进展和局限性 | 单细胞转录组学分析在识别骨骼中特化的细胞亚群方面已取得成功，但尚未在ROD中进行 | ROD是一种普遍且了解不足的骨病，治疗选择有限 | 探讨ROD的发病机制，并开发适当的诊断和治疗策略 | 肾性骨营养不良（ROD）及其相关骨骼组织的转录组学分析 | NA | 肾性骨营养不良 | 转录组学 | NA | NA | NA |
| 25709 | 2024-08-09 |
Evaluation of STAR and Kallisto on Single Cell RNA-Seq Data Alignment
2020-05-04, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1534/g3.120.401160
PMID:32220951
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研究论文 | 本文系统比较了STAR和Kallisto两种方法在单细胞RNA测序数据对齐方面的性能 | 首次进行了STAR和Kallisto在单细胞RNA测序数据对齐方面的无偏第三方比较 | STAR虽然提高了准确性和基因丰度，但计算时间更长，内存使用更多 | 评估STAR和Kallisto在单细胞RNA测序数据对齐中的表现 | Drop-seq、Fluidigm和10x genomics数据 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用了10x genomics PBMC 3K scRNA-Seq和鼠脑皮质单核RNA测序数据 |
| 25710 | 2024-08-09 |
Embryonic endothelial evolution towards first hematopoietic stem cells revealed by single-cell transcriptomic and functional analyses
2020-05, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-020-0300-2
PMID:32203131
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学和功能分析揭示了胚胎内皮细胞向最初造血干细胞的演化过程 | 首次使用高精度单细胞转录组学技术，无偏倚地检查了连续发育阶段的内皮细胞群体，并结合计算预测和体内功能验证，精确捕获了具有造血干细胞能力的内皮细胞 | NA | 揭示胚胎内皮细胞向最初造血干细胞的演化过程及其分子机制 | 胚胎内皮细胞和造血干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 从胚胎第9.5天到第11.0天，每隔0.5天收集的内皮细胞群体 |
| 25711 | 2024-08-09 |
Visualization of cardiovascular development, physiology and disease at the single-cell level: Opportunities and future challenges
2020-05, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2020.03.005
PMID:32205182
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在心血管疾病研究中的应用，并讨论了其局限性和未来应用的前景 | scRNA-seq能够解析单个细胞间的生物学差异，并识别容易被忽视的稀有细胞群体 | 讨论了scRNA-seq现有的局限性 | 介绍scRNA-seq方法并总结其在心血管疾病研究中的应用 | 单细胞RNA测序技术及其在心血管疾病研究中的应用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 25712 | 2024-08-09 |
Mossy cell synaptic dysfunction causes memory imprecision via miR-128 inhibition of STIM2 in Alzheimer's disease mouse model
2020-05, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13144
PMID:32222058
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研究论文 | 本研究揭示了苔藓细胞（MCs）突触功能障碍通过miR-128抑制STIM2导致阿尔茨海默病（AD）小鼠模型中的记忆不精确 | 发现miR-128通过抑制STIM2的翻译在AD小鼠的MCs中表达增加，从而导致记忆不精确 | NA | 揭示记忆维持或丧失细节的关键突触和分子机制 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的苔藓细胞（MCs）和SST抑制性中间神经元 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 阿尔茨海默病小鼠的苔藓细胞（MCs） |
| 25713 | 2024-08-09 |
Cardelino: computational integration of somatic clonal substructure and single-cell transcriptomes
2020-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0766-3
PMID:32203388
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Cardelino的计算方法，用于推断克隆树配置和单细胞RNA测序（scRNA-seq）检测的单个细胞的克隆起源 | Cardelino方法灵活地整合了基于批量外显子测序数据推断的不完美克隆树信息和scRNA-seq数据中稀疏表达的变异等位基因信息 | NA | 开发一种方法来描述克隆之间的表型变异 | 人类皮肤成纤维细胞系的scRNA-seq和外显子测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），外显子测序 | NA | RNA | 32个人类皮肤成纤维细胞系 |
| 25714 | 2024-08-09 |
Integrative differential expression and gene set enrichment analysis using summary statistics for scRNA-seq studies
2020-03-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15298-6
PMID:32221292
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研究论文 | 本文开发了一种名为iDEA的集成计算方法，通过分层贝叶斯框架联合执行差异表达（DE）和基因集富集（GSE）分析，适用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究 | iDEA方法通过集成DE和GSE分析，提高了DE分析的效力和一致性以及GSE分析的准确性，并且仅使用DE汇总统计数据作为输入，便于与现有DE方法互补和配对 | NA | 开发一种集成且可扩展的计算方法，用于在scRNA-seq研究中联合进行差异表达和基因集富集分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 分层贝叶斯框架 | 汇总统计数据 | 分析了三个scRNA-seq数据集 |
| 25715 | 2024-08-09 |
Acute kidney injury promotes development of papillary renal cell adenoma and carcinoma from renal progenitor cells
2020-03-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aaw6003
PMID:32213630
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研究论文 | 本文研究了急性肾损伤（AKI）如何促进肾前体细胞发展为乳头状肾细胞腺瘤和癌 | 首次展示了AKI如何通过增加细胞有丝分裂和多倍体化，以及NOTCH1过表达，促进乳头状肾细胞癌的发展和复发 | 研究主要基于小鼠模型和人类细胞培养，可能需要更多临床数据验证 | 探讨急性肾损伤对乳头状肾细胞癌发展的影响及其分子机制 | 急性肾损伤后的肾前体细胞和乳头状肾细胞癌 | NA | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个单中心和多中心研究的数据，以及小鼠和人类细胞培养样本 |
| 25716 | 2024-08-09 |
Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network Underlying Gastric Premalignant Lesions and Early Gastric Cancer
2020-Mar-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.020
PMID:32209487
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25717 | 2024-08-09 |
Analysis of Dual Class I Histone Deacetylase and Lysine Demethylase Inhibitor Domatinostat (4SC-202) on Growth and Cellular and Genomic Landscape of Atypical Teratoid/Rhabdoid
2020-Mar-23, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12030756
PMID:32210076
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研究论文 | 研究Domatinostat（4SC-202）对非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞存活和单细胞异质性的影响 | 首次探讨了Domatinostat（4SC-202）对ATRT细胞的细胞毒性和细胞抑制作用，并可能靶向癌症干细胞 | 研究主要在2D和3D细胞培养模型中进行，尚未在体内进行验证 | 探究Domatinostat（4SC-202）对非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）的治疗潜力 | 非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）细胞 | 数字病理学 | 非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | ATRT-06球状体样本 |
| 25718 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing and its application in breast cancer
2020-Mar-20, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.19-268
PMID:32217511
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术及其在乳腺癌研究中的应用 | 单细胞测序技术能够分析转录组，探索细胞组成、分化和命运，精细绘制肿瘤微环境，为精准分层和个性化治疗提供支持 | 传统的高通量测序在描述基因组结构改变和亚克隆进化方面存在不足，忽视了肿瘤内、肿瘤间或患者间的异质性 | 旨在解码肿瘤与其微环境在单细胞水平上的多方面相互作用变化，为更好地理解复杂的发病机制和新的免疫治疗途径提供基础 | 乳腺癌及其微环境 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25719 | 2024-08-09 |
Applications of single-cell RNA sequencing in virology
2020-Mar-20, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.19-223
PMID:32217512
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在病毒学中的应用及其研究进展 | scRNA-seq技术能够揭示病毒感染过程中细胞异质性的影响，以及病毒与宿主细胞间复杂的相互作用 | NA | 旨在为理解病毒感染和致病机制提供参考，并可能促进潜在抗病毒靶点的开发 | 病毒感染及其与宿主细胞的相互作用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 25720 | 2024-08-09 |
Long-Term Expansion of Pancreatic Islet Organoids from Resident Procr+ Progenitors
2020-03-19, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.02.048
PMID:32200801
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术发现了一种新的Procr阳性细胞群，这些细胞在成年小鼠胰腺胰岛中存在，并能形成胰岛样类器官，具有功能性β细胞的特性 | 首次发现并描述了成年小鼠胰腺中的一种新的Procr阳性细胞群，这些细胞能够形成功能性胰岛样类器官 | NA | 探索成年小鼠胰腺中Procr阳性细胞群的特性和功能 | 成年小鼠胰腺中的Procr阳性细胞群及其形成的胰岛样类器官 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 约占胰岛细胞1%的Procr细胞 |