单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25681	2024-08-09	Dermal adipose tissue has high plasticity and undergoes reversible dedifferentiation in mice 2019-12-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI130239 PMID:31503545	研究论文	本文研究了皮肤脂肪组织（dWAT）的特性及其在不同生理和病理生理条件下的可逆去分化过程	首次详细描述了皮肤脂肪细胞的高可塑性及其在生理和病理生理条件下的去分化和再分化过程	NA	探究皮肤脂肪细胞的特性和其在不同条件下的动态变化	皮肤脂肪细胞及其在生理和病理生理条件下的行为	NA	NA	脉冲追踪谱系示踪和单细胞RNA测序	NA	细胞和分子水平的数据	NA
25682	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals the invasive trajectory and molecular cascades underlying glioblastoma progression 2019-12, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.12569 PMID:31487431	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤干细胞向侵袭性细胞转变的分子途径和细胞亚群	首次重建了肿瘤细胞从干细胞样状态到高侵袭性状态的分支轨迹，并识别了控制肿瘤细胞侵袭潜能的关键分子因素	NA	探究胶质母细胞瘤中肿瘤干细胞向侵袭性细胞转变的分子机制	胶质母细胞瘤（GBM）中的肿瘤干细胞（GSCs）及其侵袭性转变	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	异质性原发性GBM肿瘤细胞及独立的单细胞GBM数据集
25683	2024-08-09	High-Throughput Single-Cell Sequencing with Linear Amplification 2019-11-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.08.002 PMID:31495564	研究论文	本文介绍了一种名为sci-L3的高通量单细胞测序方法，该方法结合了组合索引和线性扩增技术	sci-L3方法采用三层索引方案，减少了扩增偏差并实现了指数级的通量增加	NA	展示sci-L3方法的通用性，并应用于单细胞全基因组测序、靶向测序以及基因组和转录组的共测定	sci-L3-WGS方法用于分析超过10,000个F1杂交小鼠的精子和精子前体基因组，映射了86,786个交叉点并描述了罕见的染色体错误分离事件	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	超过10,000个精子和精子前体样本
25684	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Gene Signatures Associated with T-cell Persistence Following Adoptive Cell Therapy 2019-Nov, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0299 PMID:31484655	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了与T细胞持久性相关的基因特征，这些特征在转移性上皮癌患者的过继细胞治疗后被识别	首次通过单细胞转录组分析，识别了与T细胞持久性相关的特定基因表达谱，为改进过继细胞治疗提供了新的见解	研究仅基于单一患者的数据，结果的普遍性和可重复性有待进一步验证	识别与过继细胞治疗后T细胞持久性相关的基因特征，以改进治疗策略	转移性结直肠癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）及其在过继细胞治疗后的持久性	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	单一患者，涉及472个和528个差异表达基因
25685	2024-08-09	Tracing the first hematopoietic stem cell generation in human embryo by single-cell RNA sequencing 2019-Nov, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-019-0228-6 PMID:31501518	研究论文	使用单细胞RNA测序技术，构建了人类胚胎发育过程中内皮细胞向造血干细胞转变的基因表达全景图	首次在全基因组尺度上构建了人类胚胎发育过程中内皮细胞向造血干细胞转变的基因表达图谱，并通过亚分类技术显著富集了造血内皮细胞	NA	追踪人类胚胎中第一个造血干细胞的产生	人类胚胎中的造血干细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涵盖Carnegie阶段12-14的多个样本
25686	2024-08-09	Probabilistic cell-type assignment of single-cell RNA-seq for tumor microenvironment profiling 2019-10, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0529-1 PMID:31501550	研究论文	本文介绍了一种名为CellAssign的概率模型，该模型利用细胞类型标记基因的先验知识，自动将单细胞RNA测序数据注释为预定义或新细胞类型，以分析肿瘤微环境组成。	CellAssign模型能够自动化且高度可扩展地处理大规模数据，同时控制批次和样本效应，避免了手动解释和映射方法的局限性。	NA	开发一种自动化的方法来注释单细胞RNA测序数据，以分析肿瘤微环境中的细胞类型。	单细胞RNA测序数据和肿瘤微环境中的细胞类型。	数字病理学	卵巢癌，淋巴瘤	单细胞RNA测序	概率模型	RNA测序数据	NA
25687	2024-08-09	Self-organizing neuruloids model developmental aspects of Huntington's disease in the ectodermal compartment 2019-10, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0237-5 PMID:31501559	研究论文	本文利用微图案技术在大量几乎相同的神经元结构中重现早期人类神经发生过程，并研究亨廷顿病的发展方面。	首次使用神经元结构模型来研究亨廷顿病的发展方面，并展示了突变型亨廷顿蛋白如何影响早期人类发育的特定表型特征。	NA	利用人类胚胎干细胞模拟正常和异常发育的标准化模型，研究亨廷顿病的发展方面。	神经元结构中的神经前体细胞、神经嵴、感觉基板和表皮，以及亨廷顿病的人类胚胎干细胞。	数字病理学	亨廷顿病	微图案技术，单细胞转录组学，深度神经网络分析	深度神经网络	单细胞转录组数据	大量几乎相同的神经元结构
25688	2024-08-09	scBFA: modeling detection patterns to mitigate technical noise in large-scale single-cell genomics data 2019-09-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1806-0 PMID:31500668	研究论文	本文提出了一种新的框架scBFA，通过分析特征检测模式而非定量测量来减少大规模单细胞基因组数据中的技术变异	scBFA框架通过分析特征检测模式而非定量测量，有效减少了技术变异，提高了细胞类型识别和轨迹推断的性能	NA	减少大规模单细胞基因组数据中的技术变异	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	NA	基因表达数据，位点可及性数据	大规模单细胞数据
25689	2024-08-09	Non-classical tissue monocytes and two functionally distinct populations of interstitial macrophages populate the mouse lung 2019-09-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11843-0 PMID:31481690	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠肺部中两种功能不同的间质巨噬细胞亚群及其起源	本研究首次描述了小鼠肺部中两种不同的间质巨噬细胞亚群，并揭示了其中一种亚群的发育途径	NA	探究小鼠肺部间质巨噬细胞的复杂性和发育途径	小鼠肺部的间质巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25690	2024-08-09	rCASC: reproducible classification analysis of single-cell sequencing data 2019-09-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giz105 PMID:31494672	研究论文	rCASC是一个模块化工作流程，利用Docker容器化技术提供从计数生成到细胞亚群识别的集成分析环境，以实现数据分析的功能性和计算可重复性	rCASC引入了新的度量标准“细胞稳定性得分”（CSS），用于评估聚类质量，并提供了识别聚类特异性基因标记的工具	NA	开发一个模块化工作流程，帮助研究人员定义细胞亚群并检测亚群特异性标记	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
25691	2024-08-09	Heterogeneity of human pancreatic β-cells 2019-09, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2019.06.015 PMID:31500834	综述	本文综述了通过单细胞RNA测序结合伪时间分析发现的人类胰腺β细胞异质性，表现为动态可互换的功能状态	首次详细讨论了β细胞异质性可能反映的是动态可互换的状态，而非固定的亚群	NA	探讨β细胞异质性的生理意义及其在糖尿病发展和进展中的潜在影响	人类胰腺β细胞的异质性	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	伪时间分析	RNA序列数据	NA
25692	2024-08-09	Single-cell sequencing edges into clinical trials 2019-09, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/d41591-019-00017-6 PMID:31501596	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25693	2024-08-09	ascend: R package for analysis of single-cell RNA-seq data 2019-08-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giz087 PMID:31505654	研究论文	ascend是一个R包，旨在简化并加速单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的初步分析	ascend包整合了多种分析方法，提供了灵活的生物信息学工具和R函数集成，同时支持快速并行计算和高效内存管理	NA	开发一个强大、快速且灵活的工具包，用于单细胞RNA测序数据的分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因组数据	大量单细胞样本
25694	2024-08-09	Minnow: a principled framework for rapid simulation of dscRNA-seq data at the read level 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz351 PMID:31510649	研究论文	本文介绍了一个名为Minnow的全面序列级液滴单细胞RNA测序（dscRNA-seq）实验模拟框架	Minnow考虑了实验scRNA-seq数据的重要序列级特征，并模拟了聚合酶链反应扩增、细胞条形码（CB）和UMI选择以及序列碎片化和测序等效应	NA	探索常见处理流程从液滴基scRNA-seq数据生成基因-细胞计数矩阵的性能	dscRNA-seq数据的模拟和处理流程评估	数字病理学	NA	dscRNA-seq	NA	序列数据	NA
25695	2024-08-09	Comprehensive evaluation of transcriptome-based cell-type quantification methods for immuno-oncology 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz363 PMID:31510660	研究论文	本文开发了一种系统方法来评估基于转录组的细胞类型量化方法在免疫肿瘤学中的准确性	首次系统评估了七种计算方法在九种不同免疫和基质细胞类型上的性能	文章指出未来应致力于改进细胞群定义和寻找可靠的细胞类型特征	评估不同计算方法从bulk RNA测序数据中估计免疫细胞组成的准确性	九种不同的免疫和基质细胞类型	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	约1800个样本，包括模拟和真实世界数据
25696	2024-08-09	Block HSIC Lasso: model-free biomarker detection for ultra-high dimensional data 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz333 PMID:31510671	研究论文	本文提出了一种名为block HSIC Lasso的非线性特征选择方法，用于超高维数据的生物标志物检测	block HSIC Lasso克服了现有方法的缺点，如缺乏简洁性、非凸性和计算开销	NA	旨在发现生物分子与生物结果之间的非线性关系	基因表达微阵列、单细胞RNA测序和全基因组关联研究数据	生物信息学	NA	block HSIC Lasso	NA	基因组数据	涉及三种常见的基因组数据类型
25697	2024-08-09	Inference of clonal selection in cancer populations using single-cell sequencing data 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz392 PMID:31510696	研究论文	本文介绍了一种名为SCIFIL的计算工具，用于从单细胞测序数据中推断异质性癌症克隆群体的适应性景观	SCIFIL工具能够估计克隆变体的最大似然适应性，测量它们的选优势并确定其出现顺序，通过将进化模型拟合到肿瘤系统发育中	NA	旨在理解和量化驱动癌症的进化机制	癌症克隆群体的进化动态	数字病理学	NA	单细胞测序（scSeq）	进化模型	单细胞测序数据	NA
25698	2024-08-09	Single-cell data-driven mathematical model reveals possible molecular mechanisms of embryonic stem-cell differentiation 2019-06-24, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2019294 PMID:31499743	研究论文	本文开发了一种数学模型，用于详细探索KLF8在人类胚胎干细胞分化过程中的分子机制	首次利用单细胞RNA测序数据和粒子群优化算法构建数学模型，揭示了KLF8与CDH1和ZEB1之间的动态关系及其在胚胎干细胞分化中的作用	NA	探索KLF8在人类胚胎干细胞分化过程中的分子机制	KLF8、CDH1和ZEB1基因在人类胚胎干细胞分化中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	NA
25699	2024-08-09	Postoperative metastasis prediction based on portal vein circulating tumor cells detected by flow cytometry in periampullary or pancreatic cancer 2019, Cancer management and research IF:2.5Q3 DOI:10.2147/CMAR.S210332 PMID:31496801	研究论文	本研究评估了通过流式细胞术检测门静脉循环肿瘤细胞在预测术后转移中的价值	本研究首次采用流式细胞术结合激光共聚焦显微镜和单细胞测序技术，验证了门静脉循环肿瘤细胞在预测胰腺或壶腹部肿瘤术后转移中的作用	NA	评估流式细胞术检测门静脉循环肿瘤细胞在预测术后转移中的价值	39名胰腺或壶腹部肿瘤患者的门静脉血和外周血样本	数字病理学	胰腺癌	流式细胞术	NA	血液样本	39名患者
25700	2024-08-09	Cnidofest 2018: the future is bright for cnidarian research 2019, EvoDevo IF:4.1Q1 DOI:10.1186/s13227-019-0134-5 PMID:31508195	研究论文	本文报道了2018年珊瑚虫模型系统会议（Cnidofest）的内容，涵盖了珊瑚虫生物学的多个方面及现代研究技术的进展	会议强调了微流控技术和单细胞转录组学在珊瑚虫模型中的应用	NA	提供Cnidofest 2018会议中展示的令人兴奋的研究概述，并讨论未来研究的机会	珊瑚虫生物学的多个方面，包括基因组学、发育、神经生物学、免疫学、共生、生态学和进化	NA	NA	微流控技术、单细胞转录组学	NA	NA	NA