单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27621 篇文献，本页显示第 25681 - 25700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25681 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Reveal a Correlation between Genome Architecture and Gene Family Evolution in Ciliates
2019-12-24, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.02524-19
PMID:31874915
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了纤毛虫基因组结构与其基因家族进化之间的关系 | 首次针对未培养的纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea进行单细胞转录组学分析，揭示了基因组结构与蛋白质进化模式的相关性 | 研究主要集中在未培养的纤毛虫类群，可能无法完全代表所有纤毛虫的基因组进化情况 | 进一步评估纤毛虫基因家族的进化，并探讨基因组结构与分子进化模式之间的关系 | 纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea的单细胞转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 43个单细胞转录组，来自33种纤毛虫，代表10个类别 |
| 25682 | 2024-08-09 |
Human Primordial Germ Cells Are Specified from Lineage-Primed Progenitors
2019-12-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.083
PMID:31875561
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研究论文 | 本文研究了人类多能干细胞在体外转化为生殖细胞的过程，特别是原始生殖细胞（PGCs）的形成和特性 | 发现人类原始生殖细胞（hPGC）的形成始于受精后第12天，并通过单细胞RNA测序揭示了hPGC样细胞（hPGCLCs）的形成涉及从多能状态向过渡状态的重置，随后分化为谱系预定的TFAP2A前体细胞 | NA | 探讨人类原始生殖细胞的形成机制及其在体外生殖细胞生成中的作用 | 人类原始生殖细胞（hPGC）及其前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 25683 | 2024-08-09 |
Feature selection and dimension reduction for single-cell RNA-Seq based on a multinomial model
2019-12-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1861-6
PMID:31870412
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研究论文 | 本文针对单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据，提出了一种基于多项式模型的特征选择和降维方法 | 本文提出的多项式方法，包括广义主成分分析（GLM-PCA）和基于偏差的特征选择，在下游聚类评估中优于当前实践 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的特征选择和降维方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GLM-PCA | 基因表达数据 | NA |
| 25684 | 2024-08-09 |
Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression
2019-12-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1874-1
PMID:31870423
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研究论文 | 本文提出了一种基于正则化负二项回归的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化和方差稳定化模型框架 | 本文提出的方法通过使用细胞测序深度作为广义线性模型中的协变量，从正则化负二项回归的Pearson残差中成功去除技术特征的影响，同时保留生物异质性 | NA | 解决scRNA-seq数据中技术因素导致的细胞间变异问题，以区分生物异质性和技术效应 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 正则化负二项回归 | 分子计数数据 | NA |
| 25685 | 2024-08-09 |
Cell shape determines gene expression: cardiomyocyte morphotypic transcriptomes
2019-12-23, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-019-0765-7
PMID:31872302
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研究论文 | 本研究通过单细胞形态分型策略和单细胞RNA测序，探讨了心肌细胞形态变化对基因表达的影响 | 首次揭示了细胞形态本身对心肌细胞基因表达的影响，并识别了与异常形态相关的特定基因表达变化和信号通路 | NA | 填补关于细胞形态变化是否影响基因表达的知识空白 | 心肌细胞的形态和基因表达 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 个体心肌细胞 |
| 25686 | 2024-08-09 |
M3S: a comprehensive model selection for multi-modal single-cell RNA sequencing data
2019-Dec-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3243-1
PMID:31861972
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研究论文 | 本文开发了一个名为M3S的R包，用于多模态单细胞RNA测序数据的最优统计模型选择 | M3S能够从11种常用模型中选择最适合每个基因表达分布的最简约模型，并进行参数估计和差异基因表达测试 | NA | 开发一个工具来确定不同实验设计和平台生成的单细胞RNA测序数据的最合适统计模型 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | RNA测序数据 | NA |
| 25687 | 2024-08-09 |
scRNA-seq in medulloblastoma shows cellular heterogeneity and lineage expansion support resistance to SHH inhibitor therapy
2019-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13657-6
PMID:31863004
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和谱系追踪技术分析了髓母细胞瘤中的细胞多样性及其对SHH抑制剂治疗的反应 | 首次展示了即使在具有单一通路激活突变的肿瘤中，多样化的机制驱动肿瘤生长，并导致对靶向抑制剂治疗的早期抵抗 | 研究仅在转基因、髓母细胞瘤易感的小鼠模型中进行，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨髓母细胞瘤中的细胞异质性及其对SHH抑制剂治疗的抵抗机制 | 髓母细胞瘤中的细胞多样性和对SHH通路抑制剂的反应 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 转基因、髓母细胞瘤易感的小鼠 |
| 25688 | 2024-08-09 |
Genotype-free demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq
2019-12-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1852-7
PMID:31856883
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研究论文 | 介绍了一种无需预先知道样本基因型或标签条形码的单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中的样本解复用方法scSplit | scSplit利用scRNA-seq数据本身推断的遗传差异来解复用合并样本，并能将聚类映射回原始样本 | NA | 开发一种新的方法来解复用单细胞RNA测序实验中的合并样本 | scRNA-seq数据中的合并样本 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用了模拟、合并和多个体合并的数据集 |
| 25689 | 2024-08-09 |
Single-Cell Expression Variability Implies Cell Function
2019-12-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9010014
PMID:31861624
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研究论文 | 本文通过分析来自淋巴母细胞系、肺气道上皮细胞和皮肤成纤维细胞的单细胞RNA测序数据，研究了基因表达的细胞间变异性（scEV）及其对多细胞生物体的功能意义 | 本文支持“变异即功能”假说，认为scEV对于细胞类型特异性及更高层次的系统功能是必需的 | NA | 探讨单细胞基因表达变异性的功能重要性及其对多细胞生物体的意义 | 淋巴母细胞系、肺气道上皮细胞和皮肤成纤维细胞的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 分析了来自淋巴母细胞系（465个高变异基因）、肺气道上皮细胞（466个高变异基因）和皮肤成纤维细胞（364个高变异基因）的多个scRNA-seq数据集 |
| 25690 | 2024-08-09 |
Discrimination of Dormant and Active Hematopoietic Stem Cells by G0 Marker Reveals Dormancy Regulation by Cytoplasmic Calcium
2019-12-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.061
PMID:31851939
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研究论文 | 本文通过生成一种可视化静息细胞的G标记（GM）小鼠系，区分了静息造血干细胞（HSCs）中的休眠和活跃状态，并揭示了细胞质钙浓度与HSCs休眠状态的关联 | 首次通过GM小鼠系区分休眠和活跃的HSCs，并发现细胞质钙浓度与HSCs休眠状态的关联 | NA | 研究休眠和活跃造血干细胞之间的关系及其调控机制 | 造血干细胞（HSCs）的休眠和活跃状态 | NA | NA | 单细胞RNA测序，高通量小分子筛选 | NA | 基因表达谱 | 小鼠系中的造血干细胞群体 |
| 25691 | 2024-08-09 |
Isolation of Region-specific Microglia from One Adult Mouse Brain Hemisphere for Deep Single-cell RNA Sequencing
2019-12-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/60347
PMID:31868174
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研究论文 | 本文提供了一种从成年小鼠大脑半球特定区域快速分离小胶质细胞的详细方案，并展示了如何利用这些分离的小胶质细胞进行基于平板的高深度单细胞RNA测序 | 本文介绍了从特定脑区分离小胶质细胞的方法，并展示了如何利用这些细胞进行高深度单细胞RNA测序，有助于进一步解析小胶质细胞的异质性 | NA | 研究小胶质细胞在不同发育和病理条件下的异质性 | 小胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 单个成年小鼠大脑半球 |
| 25692 | 2024-08-09 |
Latent transcriptional variations of individual Plasmodium falciparum uncovered by single-cell RNA-seq and fluorescence imaging
2019-12, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1008506
PMID:31856180
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和荧光成像技术，揭示了单个恶性疟原虫在晚期无性和有性阶段的潜在转录变异 | 首次通过单细胞RNA测序和荧光成像技术，详细描绘了恶性疟原虫在无性和有性阶段的转录变异，并发现了一组先前未定义的性别特异性基因 | NA | 探索恶性疟原虫在无性和有性阶段的转录变异及其对宿主适应性的影响 | 恶性疟原虫的单细胞转录变异 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个单细胞样本 |
| 25693 | 2024-08-09 |
Identifying Common Genes, Cell Types and Brain Regions Between Diseases of the Nervous System
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.01202
PMID:31850066
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研究论文 | 本研究通过回顾518篇关于20种神经系统疾病的文献，构建了包含1607个突变和365个基因的数据集，分析了疾病间的遗传相似性和细胞类型相似性。 | 首次构建了迄今为止最全面的与20种神经系统疾病相关的基因突变数据集，并发现疾病间的遗传和细胞类型相似性与表型相似性显著相关。 | 疾病相关基因在脑区富集谱的距离与表型相似性无显著相关性。 | 探索神经系统疾病间的共同基因、细胞类型和脑区，以设计共同治疗方案。 | 20种神经系统疾病及其相关基因、细胞类型和脑区。 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 1607个突变，365个基因，25种细胞类型，10个脑区 |
| 25694 | 2024-08-09 |
Differential cell-type-expression of CYFIP1 and CYFIP2 in the adult mouse hippocampus
2019, Animal cells and systems
IF:2.5Q1
DOI:10.1080/19768354.2019.1696406
PMID:31853374
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研究论文 | 本研究通过分析小鼠大脑单细胞RNA测序数据库和荧光免疫组织化学技术，探讨了CYFIP1和CYFIP2在成年小鼠海马体中的细胞类型特异性表达 | 发现了CYFIP1和CYFIP2在小鼠大脑中具有不同的细胞类型特异性表达模式，这一发现为理解与这些基因相关的大脑疾病的病理生理学和潜在治疗方法提供了新的见解 | NA | 探讨CYFIP1和CYFIP2在小鼠大脑中的细胞类型特异性表达及其在脑疾病中的作用 | CYFIP1和CYFIP2基因在小鼠海马体中的表达模式 | 分子遗传学 | 脑疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNAseq), 荧光免疫组织化学 | NA | RNA | 成年小鼠海马体样本 |
| 25695 | 2024-08-09 |
Macrophage-tumor cell interaction promotes ATRT progression and chemoresistance
2020-05, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-019-02116-7
PMID:31848709
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研究论文 | 本研究通过多重免疫荧光染色和单细胞RNA测序揭示了非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）亚群中免疫性肿瘤微环境（TME）的不同组成 | 首次揭示了CD68细胞在ATRT-SHH和ATRT-MYC亚群中的主要浸润情况，并发现这些细胞是患者生存的负面预后因素 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，可能与人类实际情况存在差异 | 探索非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）亚群中的预测因子 | 非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）及其亚群 | NA | 非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤 | 多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及ATRT-SHH和ATRT-MYC亚群的小鼠模型 |
| 25696 | 2024-08-09 |
Transcriptional profiling of microglia; current state of the art and future perspectives
2020-04, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.23767
PMID:31846124
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综述 | 本文综述了微胶质细胞转录组学领域的最新进展，并比较了新鲜和冷冻样本中细胞和核转录组的差异 | 介绍了单核RNA测序技术在冷冻中枢神经系统组织中的应用，以及其在研究微胶质细胞基因表达和细胞异质性中的可靠性 | NA | 探讨微胶质细胞在神经病理学中的作用 | 微胶质细胞的转录组学特征 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠和人类的中枢神经系统组织样本 |
| 25697 | 2024-08-09 |
Investigation of Antigen-Specific T-Cell Receptor Clusters in Human Cancers
2020-03-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-3249
PMID:31831563
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研究论文 | 本研究利用TRUST算法和iSMART方法，从9,700个肿瘤RNA测序样本中组装TCR超变CDR3区域，并进行综合分析，以揭示癌症相关T细胞和新型癌症抗原 | 开发了iSMART计算方法来将相似的TCR分组为抗原特异性集群，并首次通过综合分析HLA等位基因和基因组数据，识别出候选的癌症/睾丸基因HSFX1 | NA | 旨在从肿瘤基因组测序数据中识别抗原特异性TCR | 癌症抗原特异性T细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 9,700个肿瘤样本 |
| 25698 | 2024-08-09 |
Single-cell and spatial transcriptomics approaches of the bone marrow microenvironment
2020-03, Current opinion in oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/CCO.0000000000000602
PMID:31833957
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综述 | 本文综述了利用单细胞和空间转录组学技术在稳态、应激和癌症诱导重塑过程中对小鼠骨髓微环境的研究主要发现 | 首次系统且无标签地识别了骨髓细胞类型，揭示了其分子和空间特征，并阐明了关键造血因子的细胞来源 | NA | 深入探索小鼠和人类骨髓微环境中的细胞类型及其分子身份和定位 | 骨髓微环境中的细胞类型及其在稳态、应激和癌症诱导重塑过程中的变化 | 单细胞测序 | NA | 单细胞和空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25699 | 2024-08-09 |
Time-Series Single-Cell RNA-Seq Data Reveal Auxin Fluctuation during Endocycle
2020-Feb-01, Plant & cell physiology
DOI:10.1093/pcp/pcz228
PMID:31841158
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研究论文 | 本研究重新分析了根部的单细胞转录组数据，重建了有丝分裂细胞周期和内复制周期的细胞周期轨迹，揭示了生长素在内复制周期中的动态波动。 | 首次揭示了生长素在内复制周期中的动态波动，并展示了这种波动在维持内复制阶段中的作用。 | NA | 探究生长素在内复制周期中的作用及其维持机制。 | 拟南芥中的细胞周期调控。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25700 | 2024-08-09 |
Neurological Disorder Drug Discovery from Gene Expression with Tensor Decomposition
2020, Current pharmaceutical design
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文提出了一种基于张量分解的策略，用于从基因表达数据中发现神经疾病药物候选化合物 | 本文采用了张量分解（TD）进行无监督特征提取，以筛选出在阿尔茨海默病模型动物实验中表达改变的基因，并与人类细胞系中药物处理后的基因表达进行比较 | NA | 旨在通过基因表达数据识别神经疾病患者的有效候选药物化合物，以缩短寻找有效治疗的时间并改善治疗结果 | 神经疾病患者的基因表达数据及药物候选化合物 | 生物信息学 | 神经疾病 | 张量分解（TD） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 401个基因在阿尔茨海默病模型动物实验中被筛选出 |