单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 25661 - 25680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25661 | 2024-08-09 |
Cross-Species Analysis of Single-Cell Transcriptomic Data
2019, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2019.00175
PMID:31552245
|
综述 | 本文综述了跨物种单细胞转录组数据分析的计算方法发展 | 探讨了跨物种单细胞数据比较的新计算方法，有望深入理解细胞层面的进化作用 | 跨物种比较受多种生物和技术因素影响，如批次效应和基因进化关系 | 开发详细的细胞类型系统发育树，描述跨物种细胞类型的进化和发育关系 | 跨物种的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及多个物种和分类群的单细胞 |
| 25662 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-Seq: a next generation sequencing tool for a high-resolution view of the individual cell
2020-08, Journal of biomolecular structure & dynamics
IF:2.7Q2
DOI:10.1080/07391102.2019.1659859
PMID:31524088
|
研究论文 | 本文介绍了单细胞RNA测序（Single-cell RNA-Seq）作为一种下一代测序工具，用于获得单个细胞的高分辨率视图 | 单细胞RNA测序技术能够提供单个细胞的详细基因表达信息，这是传统测序技术无法实现的 | NA | 探索单细胞RNA测序技术在解析细胞异质性和基因表达方面的应用 | 单个细胞的基因表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（Single-cell RNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 25663 | 2024-08-09 |
Expansion of Hydra actinoporin-like toxin (HALT) gene family: Expression divergence and functional convergence evolved through gene duplication
2019-Dec, Toxicon : official journal of the International Society on Toxinology
IF:2.6Q3
DOI:10.1016/j.toxicon.2019.09.007
PMID:31513812
|
研究论文 | 研究探讨了Hydra actinoporin-like toxin (HALT)基因家族的扩展，以及通过基因重复导致的表达分歧和功能趋同 | 发现HALT基因家族通过基因重复后表达的亚功能化，使其在不同细胞类型中具有特异性 | HALT-3和HALT-5在单细胞数据集中的信息缺失 | 研究HALT基因家族的功能和表达特异性 | Hydra magnipapillata中的HALT基因及其编码的蛋白质 | NA | NA | ELISA, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质, RNA | 涉及六种重组HALT蛋白和单细胞RNA测序数据集 |
| 25664 | 2024-08-09 |
Next-generation computational tools for interrogating cancer immunity
2019-12, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-019-0166-7
PMID:31515541
|
综述 | 本文综述了用于探究癌症免疫的下一代计算工具，讨论了各种方法的优势和局限性，并提供了方法选择的指导 | 介绍了包括单细胞测序、质谱流式细胞术和多重空间细胞表型分析在内的新兴技术，并探讨了相应的计算方法和软件工具 | 文章主要讨论了现有计算工具的优势和局限性，未深入探讨具体技术的实施细节 | 旨在综述和评估用于处理、分析和可视化癌症免疫多维数据集的计算工具 | 癌症免疫的分子和细胞特征 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序, 质谱流式细胞术, 多重空间细胞表型分析 | NA | 多维数据集 | NA |
| 25665 | 2024-08-09 |
Premature mitotic entry induced by ATR inhibition potentiates olaparib inhibition-mediated genomic instability, inflammatory signaling, and cytotoxicity in BRCA2-deficient cancer cells
2019-11, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.12573
PMID:31529615
|
研究论文 | 本研究探讨了ATR抑制剂诱导的过早有丝分裂进入如何增强PARP抑制剂奥拉帕尼在BRCA2缺陷癌细胞中的细胞毒性效应 | 发现ATR抑制剂通过加速有丝分裂进入，形成染色质桥和滞后染色体，增强奥拉帕尼处理的BRCA2缺陷细胞的基因组不稳定性 | NA | 揭示PARP抑制剂诱导细胞毒性的机制，并开发增强HR缺陷肿瘤中PARP抑制剂疗效的联合策略 | BRCA2缺陷的癌细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 使用BRCA2缺陷和Brca2敲除的癌细胞系模型进行实验 |
| 25666 | 2024-08-09 |
Valid Post-clustering Differential Analysis for Single-Cell RNA-Seq
2019-10-23, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.07.012
PMID:31521605
|
研究论文 | 本文介绍了一种有效的单细胞RNA测序后聚类差异分析框架，旨在解决现有流程中因重复使用同一数据集导致的低p值和假阳性问题 | 提出了一种新的后聚类差异分析框架，纠正了因重复使用同一数据集导致的低p值和假阳性问题 | 未提及 | 改进单细胞RNA测序中的差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类和差异表达分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及 |
| 25667 | 2024-08-09 |
Conversion of Sox2-dependent Merkel cell carcinoma to a differentiated neuron-like phenotype by T antigen inhibition
2019-10-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1907154116
PMID:31527246
|
研究论文 | 本文研究了通过抑制T抗原来诱导Sox2依赖的Merkel细胞癌向分化型神经元样表型转变的过程 | 首次展示了Merkel细胞癌通过与角质细胞共培养可以发生神经元样分化，并揭示了T抗原和Sox2在这一过程中的关键作用 | 研究主要集中在细胞培养和单细胞RNA测序上，尚未在动物模型或临床试验中验证这些发现 | 探讨Merkel细胞癌向神经元样细胞分化的机制及其潜在的治疗意义 | Merkel细胞癌及其与角质细胞的相互作用 | 数字病理学 | Merkel细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 25668 | 2024-08-09 |
Proliferation-competent Tcf1+ CD8 T cells in dysfunctional populations are CD4 T cell help independent
2019-10-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1902701116
PMID:31530725
|
研究论文 | 本文探讨了在慢性感染和癌症中，CD4 T细胞辅助对增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体及其后代转换和生存的控制作用 | 发现增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体在功能失调的群体中不需要CD4 T细胞辅助，这与传统记忆T细胞需要CD4 T细胞辅助的情况不同 | NA | 研究CD4 T细胞辅助对增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体及其后代的影响 | 增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体及其后代 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 25669 | 2024-08-09 |
Rewiring of the Human Mitochondrial Interactome during Neuronal Reprogramming Reveals Regulators of the Respirasome and Neurogenesis
2019-Sep-27, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2019.08.057
PMID:31536960
|
研究论文 | 本研究通过基于质谱的共分离谱和磷酸蛋白质组学，生成了人类多能胚胎癌干细胞和分化神经元样细胞的线粒体相互作用图谱，揭示了神经元分化过程中线粒体相互作用和位点特异性磷酸化的广泛变化。 | 本研究首次展示了神经元分化过程中线粒体相互作用网络的动态重组，并揭示了C20orf24作为呼吸体组装因子的作用，以及神经元源性神经营养因子（NENF）与帕金森病相关蛋白结合促进神经营养活性的机制。 | NA | 研究神经元分化过程中线粒体蛋白组装的变化及其调控机制。 | 人类多能胚胎癌干细胞和分化神经元样细胞的线粒体相互作用网络。 | 生物学 | 帕金森病 | 质谱法，磷酸蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据 | 600个线粒体蛋白，6442个高质量相互作用 |
| 25670 | 2024-08-09 |
Tet inactivation disrupts YY1 binding and long-range chromatin interactions during embryonic heart development
2019-09-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12325-z
PMID:31541101
|
研究论文 | 研究探讨了Tet介导的DNA去甲基化在胚胎心脏发育中的作用，特别是在心脏特异性Tet2和Tet3缺失的小鼠模型中，观察到心室非致密化心肌病和胚胎致死现象。 | 首次详细研究了Tet在心脏发育中的功能，揭示了Tet2/3缺失导致的心肌细胞数量减少和转录重编程现象。 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来研究可以扩展到人类胚胎心脏发育的比较分析。 | 探讨Tet在胚胎心脏发育中的生理作用及其对DNA甲基化和染色质组织的影响。 | 研究对象包括人类和小鼠的早期心脏发育过程中的DNA甲基化和羟甲基化动态变化。 | 表观遗传学 | 心脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | DNA甲基化和羟甲基化数据 | 涉及心脏特异性Tet2和Tet3缺失的小鼠模型 |
| 25671 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals RAD51AP1 as a potent mediator of EGFRvIII in human glioblastomas
2019-09-18, Aging
DOI:10.18632/aging.102282
PMID:31532757
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了EGFR野生型和EGFRvIII突变型细胞的转录组，揭示了RAD51AP1在人胶质母细胞瘤中的重要作用 | 首次揭示了RAD51AP1作为EGFRvIII在胶质母细胞瘤中的潜在介质，并通过单细胞RNA测序技术验证了其在肿瘤发生中的作用 | NA | 探究EGFRvIII在人胶质母细胞瘤中的作用机制及潜在的生物标志物 | EGFR野生型和EGFRvIII突变型细胞的转录组 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 16,128个肿瘤细胞 |
| 25672 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomes Reveal Characteristic Features of Mouse Hepatocytes with Liver Cholestatic Injury
2019-09-11, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells8091069
PMID:31514486
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了在小鼠肝胆汁淤积损伤中肝细胞的特征性特征 | 首次揭示了肝胆汁淤积损伤中肝细胞亚型及其独特功能，并发现了特定的肝细胞群（BDL-6）可能经历上皮-间质转化 | NA | 研究肝胆汁淤积损伤中肝细胞的异质性和独特功能 | 小鼠肝细胞及其在肝胆汁淤积损伤中的功能 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 25673 | 2024-08-09 |
Evaluating stably expressed genes in single cells
2019-09-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giz106
PMID:31531674
|
研究论文 | 本研究评估了单细胞水平上稳定表达基因的表达稳定性，并提出了一个计算框架用于单细胞RNA测序数据的标准化和整合 | 本研究展示了从单细胞中识别的稳定表达基因比传统定义的细胞群体中的管家基因在多种生物系统中更为稳定 | NA | 评估单细胞水平上稳定表达基因的表达稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的稳定表达基因 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算框架 | 基因表达数据 | 人类和小鼠早期发育单细胞RNA测序数据集及'小鼠图谱'数据集 |
| 25674 | 2024-08-09 |
Spatial sorting enables comprehensive characterization of liver zonation
2019-09, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-019-0109-9
PMID:31535084
|
研究论文 | 本文展示了如何利用分区表面标记物对来自定义肝小叶区域的高空间分辨率肝细胞进行排序，并应用转录组学、miRNA阵列测量和质谱蛋白质组学来重建多个分区特征的空间图谱 | 本文提出了一种新的方法，通过空间排序技术，能够全面地表征肝脏的分区特征，并重建多个细胞特征的空间图谱 | NA | 旨在通过空间排序技术全面表征肝脏的分区特征 | 肝脏的分区特征，包括基因表达、miRNA和蛋白质 | NA | NA | 转录组学、miRNA阵列测量、质谱蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、miRNA数据、蛋白质数据 | NA |
| 25675 | 2024-08-09 |
Endothelial Cell Development and Its Application to Regenerative Medicine
2019-08-02, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.119.311405
PMID:31518171
|
综述 | 本文综述了内皮细胞的分化和特化过程及其在干细胞生物学和再生医学中的应用 | 介绍了信号通路和转录调控因子在内皮细胞分化和特化中的作用，以及单细胞测序技术在研究血管异质性和发育中的应用 | NA | 探讨内皮细胞发育及其在再生医学中的应用 | 内皮细胞的分化和特化过程，以及其在干细胞生物学和再生医学中的应用 | 再生医学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 25676 | 2024-08-09 |
High-Dimensional Immunophenotyping with Fluorescence-Based Cytometry: A Practical Guidebook
2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-4939-9650-6_1
PMID:31522410
|
research paper | 本文提供了一个关于如何成功设计和执行基于荧光的复杂免疫表型分析面板的实用指南 | 本文解决了常见的误解和注意事项，并讨论了与这些数据集的质量控制和分析相关的挑战 | NA | 提供基于荧光的高维度单细胞免疫表型分析的实用指南 | 基于荧光的流式细胞术在免疫系统复杂性研究中的应用 | NA | NA | 荧光基流式细胞术 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 25677 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptional analyses of spasmolytic polypeptide-expressing metaplasia arising from acute drug injury and chronic inflammation in the stomach
2020-06, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2019-318930
PMID:31481545
|
研究论文 | 研究旨在定义由急性药物损伤和慢性炎症引起的胃黏膜中松弛素表达性化生（SPEM）在单细胞水平的转录变化 | 提出需要扩展SPEM的定义，包括不表达成熟主细胞转录本的Tff2+Muc6+细胞，并展示了SPEM通过高度保守的细胞程序独立于病因发展，并在慢性炎症环境中发展出免疫调节能力 | NA | 定义SPEM在单细胞水平的转录变化 | 胃黏膜中的SPEM | 数字病理学 | 胃病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 从健康胃、药物诱导和炎症诱导SPEM病变的胃中分离的胃体上皮细胞 |
| 25678 | 2024-08-09 |
scds: computational annotation of doublets in single-cell RNA sequencing data
2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz698
PMID:31501871
|
研究论文 | 本文介绍了两种新的计算方法（cxds和bcds）用于识别单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 提出了基于共表达的双细胞评分方法（cxds）和基于二元分类的双细胞评分方法（bcds），这两种方法在识别双细胞方面与现有技术相比具有竞争力 | 文中提到不同方法在不同数据集上的表现有差异，没有一种方法在所有情况下都占优势 | 开发计算策略以识别单细胞RNA测序数据中的双细胞，从而避免下游分析中的严重偏差 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 二元分类模型 | 基因表达数据 | 涉及四个具有实验双细胞注释的数据集 |
| 25679 | 2024-08-09 |
QUBIC2: a novel and robust biclustering algorithm for analyses and interpretation of large-scale RNA-Seq data
2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz692
PMID:31503285
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的双聚类算法QUBIC2，用于分析和解释大规模RNA-Seq数据 | QUBIC2采用了一种新的左截断高斯混合模型来准确评估零富集表达数据的多模态性，并使用信息分歧进行功能基因模块优化的快速有效扩展策略，以及对所有识别出的双聚类进行严格统计测试 | NA | 开发一种新的双聚类算法，以更好地检测条件特异性功能基因模块 | 大规模基因表达数据，特别是单细胞RNA-Seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | 双聚类算法 | 基因表达数据 | 涉及多种基准数据集，包括大肠杆菌、人类和模拟数据 |
| 25680 | 2024-08-09 |
Tissue-specific deconvolution of immune cell composition by integrating bulk and single-cell transcriptomes
2020-02-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz672
PMID:31504185
|
研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞转录组数据，开发了一种针对特定组织的免疫细胞组成反卷积方法 | 使用来自不同小鼠组织的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据生成特定组织的特征基因矩阵，以提高反卷积模型的准确性 | NA | 提高从组织转录组估计免疫细胞组成的准确性 | 特定组织的免疫细胞组成 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 反卷积模型 | 转录组数据 | 来自不同小鼠组织的免疫细胞 |