单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25621	2024-08-09	Liver Macrophages: Old Dogmas and New Insights 2019-Jun, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1356 PMID:31168508	研究论文	本文深入研究了肝脏巨噬细胞在各种肝脏疾病中的作用和特性	揭示了肝脏巨噬细胞的复杂性和多功能性，超越了传统的M1和M2巨噬细胞分类	仍需进一步研究巨噬细胞激活的全貌及其在促进或修复肝脏疾病中的作用	探讨肝脏巨噬细胞在肝脏疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝脏巨噬细胞，包括库普弗细胞和骨髓来源的募集单核细胞	NA	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
25622	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals the impact of chromosomal instability on glioblastoma cancer stem cells 2019-05-31, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-019-0532-5 PMID:31151460	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了染色体不稳定（CIN）对胶质母细胞瘤癌症干细胞（CSC）基因表达的影响	首次揭示了CIN直接导致基因表达变化，并增加了胶质母细胞瘤CSC的遗传和转录异质性	NA	研究CIN如何影响个体细胞中的基因表达	染色体不稳定的胶质母细胞瘤癌症干细胞和正常二倍体神经干细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	一个染色体不稳定的胶质母细胞瘤癌症干细胞系和一个正常二倍体神经干细胞系
25623	2024-08-09	Extensive exploration of T cell heterogeneity in cancers by single cell sequencing 2019-Apr, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2019.02.15 PMID:31156311	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序技术在肿瘤微环境中对T细胞异质性的研究进展	利用单细胞RNA测序技术全面分析T细胞，探讨其在健康和疾病中的免疫系统异质性	NA	研究病理条件下T细胞群内的克隆扩增	肿瘤微环境中的T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
25624	2024-08-09	Human Dendritic Cell Subsets, Ontogeny, and Impact on HIV Infection 2019, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2019.01088 PMID:31156637	综述	本文综述了树突状细胞（DCs）的分类、发育及其在HIV感染中的作用	利用单细胞测序和多参数流式细胞术等高维度方法，重新分类了浆细胞样DCs和重新评估了肠道常规DCs及巨噬细胞的来源	NA	探讨DCs的当前研究进展及其发育过程，以及这些知识如何影响我们对DCs在HIV感染中作用的认识	树突状细胞及其在HIV感染中的作用	NA	HIV感染	单细胞测序、多参数流式细胞术	NA	细胞	NA
25625	2024-08-09	Statistical test of structured continuous trees based on discordance matrix 2019-12-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz425 PMID:31116393	研究论文	本文提出了一种名为SCTree的自适应统计框架，用于测试高维单细胞数据集的内在结构	SCTree测试基于度量几何和随机矩阵理论的工具，通过扩展Gromov-Farris变换和利用半圆定律，将连续树结构测试问题转化为信号矩阵检测问题	NA	揭示细胞命运决定的连续过程，并评估高维基因表达数据中嵌入的内在结构	高维单细胞数据集的内在结构	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
25626	2024-08-09	EnImpute: imputing dropout events in single-cell RNA-sequencing data via ensemble learning 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz435 PMID:31125056	研究论文	本文开发了EnImpute，一个R包，利用集成学习方法来填补单细胞RNA测序数据中的丢失事件	EnImpute结合了多种填补方法的结果，以生成更准确的结果，并开发了一个Shiny应用程序以简化实施和可视化	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的丢失事件	生物信息学	NA	RNA-seq	集成学习	RNA测序数据	NA
25627	2024-08-09	snakePipes: facilitating flexible, scalable and integrative epigenomic analysis 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz436 PMID:31134269	研究论文	本文介绍了snakePipes，一个用于处理和分析常见表观基因组数据（如ChIP-seq、RNA-seq、Bisulfite-seq、ATAC-seq、Hi-C和单细胞RNA-seq）的工作流包	snakePipes允许用户组装每个工作流的变体，并通过简单的命令行包装和yaml文件轻松安装和升级底层工具	NA	开发一个模块化和可扩展的分析工作流，以适应不断增长的表观基因组数据规模和多样性	常见的表观基因组数据处理和下游分析	生物信息学	NA	ChIP-seq, RNA-seq, Bisulfite-seq, ATAC-seq, Hi-C, 单细胞RNA-seq	NA	序列数据	NA
25628	2024-08-09	A stochastic model of adult neurogenesis coupling cell cycle progression and differentiation 2019-08-21, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2019.05.014 PMID:31128140	研究论文	本文开发了一个随机模型，研究神经干细胞（NSCs）细胞周期进展与分化之间的耦合对成年脑组织稳态的影响	本文首次提出并验证了神经干细胞细胞周期进展与分化之间的正向耦合关系对维持成年脑组织稳态的重要性	NA	研究神经干细胞细胞周期进展与分化之间的耦合对成年脑组织稳态的影响	神经干细胞（NSCs）及其在成年脑组织稳态中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	随机模型	基因表达数据	NA
25629	2024-08-09	Inferring the Evolution and Progression of Small-Cell Lung Cancer by Single-Cell Sequencing of Circulating Tumor Cells 2019-08-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-3571 PMID:31113842	研究论文	本研究通过单细胞测序循环肿瘤细胞（CTC）来推断小细胞肺癌（SCLC）的演变和进展	建立了基于单个CTC的10-CNA评分作为SCLC患者初始化疗结果的分类器，并展示了CTC中单细胞测序在SCLC中的应用潜力	NA	探讨单细胞测序CTC作为推断SCLC演变和进展方法的适用性	小细胞肺癌患者及其循环肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	细胞	48名连续诊断的小细胞肺癌患者
25630	2024-08-09	GEPIA2: an enhanced web server for large-scale expression profiling and interactive analysis 2019-07-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz430 PMID:31114875	research paper	本文介绍了GEPIA2，一个基于TCGA和GTEx数据库的肿瘤和正常样本基因表达分析的增强型网络服务器	GEPIA2将基因表达量化从基因水平扩展到转录本水平，支持特定癌症亚型的分析和亚型间的比较，并采用了受单细胞测序研究启发的新的基因签名量化技术	NA	提供更高分辨率和更多功能的基因表达分析	肿瘤和正常样本的基因表达	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	198,619个转录本和84种癌症亚型
25631	2024-08-09	cDC1s: New Orchestrators of Tissue Innate Immunity 2019-07, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2019.05.002 PMID:31133464	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了I型常规树突状细胞（cDC1s）在细菌感染皮肤中的作用，发现激活的cDC1s亚群通过产生VEGF-α对中性粒细胞招募至关重要	揭示了cDC1s在抗原呈递之外的关键功能	NA	探讨cDC1s在组织先天免疫中的新作用	I型常规树突状细胞（cDC1s）在细菌感染皮肤中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
25632	2024-08-09	A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia 2019-06-13, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.04.040 PMID:31130381	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术定义了小鼠骨髓基质细胞的分类及其在恶性肿瘤中的扰动	首次详细描述了骨髓基质细胞的十七个亚群，并揭示了急性髓系白血病对这些亚群的影响	NA	研究骨髓基质细胞在正常状态和白血病状态下的分类及其功能变化	骨髓基质细胞及其在白血病中的变化	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠骨髓基质细胞的十七个亚群
25633	2024-08-09	Lgr5+ stem and progenitor cells reside at the apex of a heterogeneous embryonic hepatoblast pool 2019-06-12, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.174557 PMID:31142540	研究论文	本研究揭示了在小鼠胚胎发育过程中，肝细胞祖细胞（hepatoblasts）的转录和功能异质性，并发现了一个新的早期胆管细胞命运承诺的亚群，以及表达成人干细胞标记物的双潜能肝祖细胞亚群。	本研究首次展示了hepatoblasts的转录和功能异质性，并发现了新的早期胆管细胞命运承诺的亚群，以及表达成人干细胞标记物的双潜能肝祖细胞亚群。	NA	研究小鼠胚胎发育过程中肝细胞祖细胞的异质性及其功能。	小鼠胚胎发育过程中的肝细胞祖细胞（hepatoblasts）。	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及E9.5-E10.0的肝细胞祖细胞亚群
25634	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing unveils the shared and the distinct cytotoxic hallmarks of human TCRVδ1 and TCRVδ2 γδ T lymphocytes 2019-06-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1818488116 PMID:31118283	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类TCRVδ1和TCRVδ2 γδ T淋巴细胞的共同和独特的细胞毒性标志	首次通过高分辨率聚类和基因签名组合在大规模scRNA-seq数据集中特异性检测和识别人类γδ T淋巴细胞及其TCRVδ1和TCRVδ2亚群	NA	研究人类γδ T淋巴细胞的细胞毒性标志及其在不同条件下的特性	人类γδ T淋巴细胞及其TCRVδ1和TCRVδ2亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个来自不同CMV和CMV供体的单个γδ T淋巴细胞
25635	2024-08-09	Benchmarking single cell RNA-sequencing analysis pipelines using mixture control experiments 2019-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0425-8 PMID:31133762	研究论文	本文通过混合控制实验生成单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基准数据集，并比较了多种数据分析方法的性能	提出了一个包含单细胞和混合细胞或RNA的现实基准实验，用于系统比较多种scRNA-seq分析方法	NA	为scRNA-seq分析方法提供一个全面的基准框架	单细胞RNA测序数据分析方法的性能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	14个数据集，包含来自多达五个不同癌细胞系的细胞
25636	2024-08-09	Molecular Logic of Spinocerebellar Tract Neuron Diversity and Connectivity 2019-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.113 PMID:31141687	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和遗传操作技术，探讨了脊髓小脑束神经元（SCTNs）多样性和连接性的分子逻辑。	首次揭示了Hox基因在SCTN亚型特异性转录程序中的作用，以及这些基因在神经回路组装中的关键角色。	NA	阐明脊髓小脑束神经元多样性和连接性的分子机制。	脊髓小脑束神经元（SCTNs）及其在感觉信息传递中的作用。	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
25637	2024-08-09	Single-Cell Transcriptional Profiling of Aortic Endothelium Identifies a Hierarchy from Endovascular Progenitors to Differentiated Cells 2019-05-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.102 PMID:31141696	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了主动脉内皮细胞的异质性及其从内皮祖细胞到分化细胞的层次结构	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了主动脉内皮细胞的亚群及其层次结构，并验证了这些细胞群的异质性	NA	阐明循环系统内皮细胞的细胞和分子特征	主动脉内皮细胞的异质性及其层次结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
25638	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Estrogen Signaling Coordinately Augments One-Carbon, Polyamine, and Purine Synthesis in Breast Cancer 2019-May-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.05.047 PMID:31141700	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25639	2024-08-09	Dissecting lung development and fibrosis at single-cell resolution 2019-05-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-019-0645-7 PMID:31126351	研究论文	本文利用单细胞转录组测序技术，对肺部发育和纤维化过程中的细胞群体进行了高分辨率分析	本文创新性地使用单细胞RNA测序技术，研究了肺部发育和纤维化疾病中免疫细胞与组织成分的相互作用机制	NA	研究肺部发育和纤维化过程中的细胞机制	肺部发育和纤维化过程中的细胞群体	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
25640	2024-08-09	Systematic expression analysis of ligand-receptor pairs reveals important cell-to-cell interactions inside glioma 2019-05-22, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-019-0363-1 PMID:31118022	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了胶质瘤内部细胞间的相互作用	首次利用单细胞RNA测序数据和TCGA数据，系统地揭示了胶质瘤内部细胞间的相互作用，并构建了预测胶质瘤患者预后的机器学习模型	NA	揭示胶质瘤内部细胞间的相互作用，并发现潜在的预后标志物	胶质瘤细胞及其相互作用	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据	6341个胶质瘤细胞