单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27924 篇文献，本页显示第 25601 - 25620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25601 | 2024-08-09 |
An ultra-sensitive T-cell receptor detection method for TCR-Seq and RNA-Seq data
2020-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa432
PMID:32399561
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研究论文 | 提出了一种名为CATT的计算方法，用于超敏感和精确地检测TCR CDR3序列 | CATT整合了基于de Bruijn图的微组装算法、数据驱动的错误校正模型和贝叶斯推理算法，能够自适应地和高性能地表征CDR3库 | NA | 开发一种超敏感的T细胞受体检测方法，用于TCR-Seq和RNA-Seq数据 | T细胞受体（TCR）的CDR3区域 | 生物信息学 | NA | TCR-Seq, RNA-Seq | 贝叶斯推理算法 | 序列数据 | NA |
| 25602 | 2024-08-09 |
Extraction of Distinct Neuronal Cell Types from within a Genetically Continuous Population
2020-07-22, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2020.04.018
PMID:32396852
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和单突触狂犬病毒追踪技术，分析了小鼠初级视觉皮层中皮质-皮质投射神经元（CCPNs）的基因表达差异及其与投射区域的关系 | 发现尽管CCPNs在基因表达上形成单一集群，但其不同解剖学投射的神经元在基因表达上存在系统性差异，并选择性地接收来自相同投射区域的反馈 | 仅限于小鼠初级视觉皮层的CCPNs，未涉及其他脑区和神经元类型 | 探讨基因表达分析在识别神经元类型中的局限性及其对理解皮质反馈回路功能角色的影响 | 小鼠初级视觉皮层中的皮质-皮质投射神经元（CCPNs） | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学，单突触狂犬病毒追踪 | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠初级视觉皮层CCPNs样本 |
| 25603 | 2024-08-09 |
A Human Skeletal Muscle Atlas Identifies the Trajectories of Stem and Progenitor Cells across Development and from Human Pluripotent Stem Cells
2020-07-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.04.017
PMID:32396864
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，分析了从胚胎、胎儿到出生后阶段的人体骨骼肌组织，构建了人体骨骼肌发育的“路线图”，并研究了人多能干细胞衍生的肌源性前体细胞在胚胎到胎儿过渡期的特征 | 首次构建了人体骨骼肌发育的综合图谱，并揭示了人多能干细胞衍生的肌源性前体细胞在不同发育阶段的生物学过程和基因调控网络 | NA | 深入了解人体肌生成过程及人多能干细胞衍生的肌源性前体细胞的特征，为骨骼肌再生医学的转化应用提供工具 | 人体骨骼肌组织及人多能干细胞衍生的肌源性前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胚胎、胎儿和出生后阶段的人体骨骼肌组织及人多能干细胞衍生的肌源性前体细胞 |
| 25604 | 2024-08-09 |
Reconstructing human DC, monocyte and macrophage development in utero using single cell technologies
2020-07, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2020.04.023
PMID:32380279
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在研究人类胎儿期树突状细胞、单核细胞和巨噬细胞发育中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了胎儿期树突状细胞、单核细胞和巨噬细胞的早期发育过程 | NA | 探讨单细胞技术在胎儿期免疫系统发育研究中的应用 | 树突状细胞、单核细胞和巨噬细胞的发育 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 25605 | 2024-08-09 |
Bioinformatics Core Survey Highlights the Challenges Facing Data Analysis Facilities
2020-07, Journal of biomolecular techniques : JBT
DOI:10.7171/jbt.20-3102-005
PMID:32382253
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研究论文 | 本文通过调查分析了生物信息学核心设施在数据分析支持方面面临的挑战 | 探讨了生物信息学核心设施在处理新技术和分析需求时的新应用和数据集整合问题 | 小型生物信息学核心设施在成本回收模式下运营，面临较大的行政负担 | 评估生物信息学核心设施的运营状况，了解其面临的挑战 | 生物信息学核心设施的员工、服务、财务模型和挑战 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 组学数据 | 主要关注小型核心设施的调查数据 |
| 25606 | 2024-08-09 |
In-vivo differentiation of adult hematopoietic stem cells from a single-cell point of view
2020-07, Current opinion in hematology
IF:3.1Q2
DOI:10.1097/MOH.0000000000000587
PMID:32398457
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综述 | 本文综述了通过诱导性HSC特异性谱系追踪和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）推断造血轨迹，来研究造血干细胞（HSC）在其原生环境中的功能的新技术进展 | 介绍了通过HSC特异性谱系追踪结合scRNA-Seq的动态分析，揭示了造血干细胞分化过程中的异质性和造血谱系的出现顺序 | 目前用于追踪细胞条形码（特别是突变或插入位点）的技术仍处于起步阶段，成年骨髓中HSC克隆的谱系追踪仍然难以实现 | 研究HSC在其原生环境中的分化过程，无需移植 | 造血干细胞（HSC）及其分化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 多个造血干细胞克隆 |
| 25607 | 2024-08-09 |
BREM-SC: a bayesian random effects mixture model for joint clustering single cell multi-omics data
2020-06-19, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa314
PMID:32379315
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研究论文 | 本文开发了一种名为BREM-SC的贝叶斯随机效应混合模型，用于联合聚类单细胞多组学数据 | BREM-SC模型能够同时处理单细胞转录组和蛋白质组数据，并量化每个单细胞的聚类不确定性 | NA | 开发新的统计方法和计算工具，以分析多模态CITE-Seq数据 | 单细胞转录组和蛋白质组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | 贝叶斯随机效应混合模型 | 多组学数据 | 数万个单细胞 |
| 25608 | 2024-08-09 |
Neuroligin3 splice isoforms shape inhibitory synaptic function in the mouse hippocampus
2020-06-19, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1074/jbc.AC120.012571
PMID:32381505
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学、免疫组织化学和电生理学方法，探讨了神经连接蛋白3（NLGN3）基因在海马CA1锥体神经元中的剪接异构体对抑制性突触传递的调控作用 | 首次展示了NLGN3蛋白在海马CA1突触中以剪接异构体依赖的方式不同程度地调节抑制性突触传递，并发现NLGN3异构体的不同亚细胞定位导致了这些异构体之间的功能差异 | NA | 阐明神经连接蛋白基因在调节小鼠海马中兴奋性和抑制性突触传递平衡中的特定效应 | 小鼠海马CA1锥体神经元 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学、免疫组织化学、电生理学 | NA | RNA-Seq | 来自器官型海马切片培养物的小鼠CA1锥体神经元 |
| 25609 | 2024-08-09 |
Identification of pathogenic TRAIL-expressing innate immune cells during HIV-1 infection in humanized mice by scRNA-Seq
2020-06-04, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.135344
PMID:32406872
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术研究HIV-1感染下淋巴器官中先天免疫细胞的转录组变化，并鉴定了表达TRAIL的先天免疫细胞在HIV-1感染中的作用 | 首次在单细胞水平上描述了HIV-1感染下先天免疫细胞的转录组变化，并确定了TRAIL信号通路在HIV-1诱导的CD4+ T细胞耗竭中的重要作用 | NA | 研究HIV-1感染下先天免疫细胞的转录组变化及其在CD4+ T细胞耗竭中的作用 | 人源化NOD/Rag2-/-γc-/- (NRG)小鼠的脾脏中分离的人类白细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | 转录组数据 | 从人源化NRG-hu HSC小鼠的脾脏中分离的hCD45+hCD3-hCD19-人类白细胞 |
| 25610 | 2024-08-09 |
NFI transcription factors provide chromatin access to maintain stem cell identity while preventing unintended lineage fate choices
2020-06, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-0513-0
PMID:32393888
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研究论文 | 本文通过在小鼠毛囊中进行时空基因敲除，揭示了转录因子NFIB和NFIX在维持干细胞身份中的关键作用 | 首次揭示NFIB和NFIX在维持干细胞身份和防止不希望的谱系命运选择中的重要作用 | NA | 探究NFIB和NFIX在维持干细胞身份和防止不希望的谱系命运选择中的作用 | 小鼠毛囊中的干细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞转录组学, ATAC-Seq, ChIP-Seq | NA | 基因组数据 | NA |
| 25611 | 2024-08-09 |
Single-cell landscape of bronchoalveolar immune cells in patients with COVID-19
2020-06, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0901-9
PMID:32398875
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了不同严重程度的COVID-19患者和健康人的支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞特征 | 首次详细描述了COVID-19患者支气管肺泡灌洗液中免疫细胞的单细胞景观，揭示了不同疾病严重程度下的免疫特征 | NA | 探究COVID-19患者呼吸道免疫特征与疾病严重程度之间的关系 | COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液免疫细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 不同严重程度的COVID-19患者和健康人的支气管肺泡灌洗液样本 |
| 25612 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome reveals the novel role of T-bet in suppressing the immature NK gene signature
2020-05-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.51339
PMID:32406817
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了T-bet在抑制小鼠NK细胞发育过程中未成熟基因特征的新作用 | 首次揭示了T-bet通过mTORC2-Akt-FoxO1轴在抑制未成熟NK细胞转录特征中的新作用 | NA | 探讨NK细胞发育过程中的转录激活与抑制机制 | 小鼠NK细胞的发育过程及其相关基因表达 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习分类器 | 转录组数据 | 涉及五个不同的NK细胞集群 |
| 25613 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptional landscapes reveal HIV-1-driven aberrant host gene transcription as a potential therapeutic target
2020-05-13, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aaz0802
PMID:32404504
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研究论文 | 本文通过开发HIV-1 SortSeq技术，从病毒抑制的HIV-1感染者中分离出罕见的HIV-1感染细胞，并进行单细胞转录组分析，揭示了HIV-1驱动宿主基因异常转录的现象，并探讨了其作为治疗靶点的潜力。 | 开发了HIV-1 SortSeq技术，用于分离和分析HIV-1感染细胞的单细胞转录组，揭示了HIV-1驱动宿主基因异常转录的新机制。 | NA | 研究HIV-1与宿主细胞相互作用，识别支持HIV-1再激活的细胞环境和机制，并探索潜在的治疗靶点。 | HIV-1感染细胞的单细胞转录组和HIV-1驱动宿主基因异常转录的机制。 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞转录组分析 | CRISPR-dCas9 | RNA | 从病毒抑制的HIV-1感染者中分离出的HIV-1感染细胞 |
| 25614 | 2024-08-09 |
SCeQTL: an R package for identifying eQTL from single-cell parallel sequencing data
2020-May-11, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3534-6
PMID:32393315
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SCeQTL的R包，用于从单细胞并行测序数据中识别eQTL | SCeQTL使用零膨胀负二项回归方法进行单细胞数据eQTL分析，能够区分不同基因型组之间的两种类型的基因表达差异 | NA | 开发新的方法来分析单细胞测序数据中的eQTL | 单细胞测序数据中的基因型与基因表达表型之间的关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞并行测序 | 零膨胀负二项回归 | 测序数据 | NA |
| 25615 | 2024-08-09 |
Transcriptomics in Toxicogenomics, Part II: Preprocessing and Differential Expression Analysis for High Quality Data
2020-May-08, Nanomaterials (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/nano10050903
PMID:32397130
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综述 | 本文综述了毒理基因组学中转录组数据预处理和差异表达分析的方法 | 目前毒理基因组学领域缺乏数据预处理的标准指南，本文定义了最优工具和流程以生成同质且无偏的数据 | NA | 旨在提高毒理基因组学预测模型的可靠性、鲁棒性和准确性 | 转录组数据预处理方法及其在微阵列、批量RNA测序和单细胞RNA测序中的应用 | 毒理基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25616 | 2024-08-09 |
Somatic mTOR mutation in clonally expanded T lymphocytes associated with chronic graft versus host disease
2020-05-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16115-w
PMID:32382059
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研究论文 | 本文报道了一例慢性移植物抗宿主病（cGvHD）患者，其CD4 T细胞克隆扩增中携带体细胞mTOR、NFKB2和TLR2突变，并探讨了这些突变在cGvHD中的功能和治疗意义。 | 首次在cGvHD患者的T淋巴细胞中发现了mTOR P2229R突变，并揭示了该突变导致的mTORC1和mTORC2信号通路的激活及其对细胞增殖和凋亡的影响。 | 研究样本量较小，仅包括134名患者，可能影响结果的普遍性。 | 探讨慢性移植物抗宿主病中体细胞突变对T细胞异常增殖和持续免疫激活的影响，并为靶向治疗提供依据。 | 慢性移植物抗宿主病患者及其T淋巴细胞中的体细胞mTOR突变。 | 数字病理学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序，实时阻抗测量 | NA | 基因组数据 | 134名患者 |
| 25617 | 2024-08-09 |
Integrative Cluster Analysis of Whole Hearts Reveals Proliferative Cardiomyocytes in Adult Mice
2020-05-06, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9051144
PMID:32384695
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研究论文 | 本文通过应用snRNA-seq技术于成年小鼠心脏，结合公开的scRNA-seq数据，揭示了心脏细胞组成的新见解，特别是发现了一小群具有增殖标记的心肌细胞。 | 本文首次在成年小鼠心脏中发现了一小群具有增殖标记的心肌细胞，支持了心肌细胞更新是由现有心肌细胞的有丝分裂驱动的观点。 | 研究使用的数据集在心肌细胞比例上存在显著差异，这可能是由于细胞捕获技术相关的偏差。 | 探讨心脏细胞的再生潜力及其机制。 | 成年小鼠的心脏细胞组成。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | snRNA-seq | NA | 单细胞数据 | 使用了来自两个不同品系（C57BL/6NRj和Fzt:DU）的成年小鼠心脏样本。 |
| 25618 | 2024-08-09 |
MAPS-seq: magnetic bead-assisted parallel single-cell gene expression profiling
2020-05, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-020-0433-x
PMID:32404928
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研究论文 | 本文介绍了一种基于微孔板的新型单细胞基因表达测序方法——磁珠辅助并行单细胞基因表达测序（MAPS-seq），该方法通过在反转录步骤前混合样本，简化了样本准备过程并减少了试剂浪费 | MAPS-seq方法使用通用试剂和标准分子生物学实验室仪器，易于实施，即使在未进行过单细胞RNA测序的实验室也能操作 | NA | 验证MAPS-seq方法在单细胞水平生成基因表达数据的能力，并分析其在人类髓系白血病细胞中的应用 | 237个人类髓系白血病细胞，分别用三种不同药物或二甲基亚砜处理 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 237个细胞 |
| 25619 | 2024-08-09 |
High systemic and tumor-associated IL-8 correlates with reduced clinical benefit of PD-L1 blockade
2020-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0860-1
PMID:32405063
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研究论文 | 本文分析了循环中的IL-8和IL8基因在外周血单个核细胞和肿瘤中的表达，评估了其与atezolizumab（一种抗PD-L1单克隆抗体）治疗效果的关系。 | 首次在大规模随机研究中全面评估了IL-8水平与免疫检查点抑制剂疗效的关系，并揭示了IL-8在肿瘤微环境中的表达模式及其对免疫治疗效果的影响。 | 研究主要集中在转移性尿路上皮癌和转移性肾细胞癌患者，可能不适用于所有癌症类型。 | 探讨IL-8水平与PD-L1阻断剂临床疗效的关系。 | 转移性尿路上皮癌和转移性肾细胞癌患者。 | NA | 转移性尿路上皮癌，转移性肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1445名患者 |
| 25620 | 2024-08-09 |
A new view of the mammary epithelial hierarchy and its implications for breast cancer initiation and metastasis
2019, Journal of cancer metastasis and treatment
IF:1.4Q4
DOI:10.20517/2394-4722.2019.24
PMID:32395618
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，对乳腺上皮细胞的分化层次进行了深入研究，揭示了乳腺上皮细胞层次的新模型及其对乳腺癌发生和转移的影响 | 利用单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺上皮细胞层次的新模型，打破了传统上对干细胞、祖细胞和分化细胞之间严格界限的认识 | NA | 研究乳腺上皮细胞的分化层次及其对乳腺癌发生和转移的影响 | 乳腺上皮干细胞及其下游祖细胞的分化层次 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |