单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25601	2024-08-09	SCOPIT: sample size calculations for single-cell sequencing experiments 2019-Nov-12, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3167-9 PMID:31718533	研究论文	本文开发了一个名为SCOPIT的交互式网络应用程序，用于计算单细胞测序实验中每个亚群（细胞类型或癌症克隆）至少采样一定数量细胞的概率	提出了一个基于多项分布的计算工具，用于快速进行单细胞实验的样本量计算	NA	开发工具以辅助单细胞测序实验的样本量规划和回顾性评估	单细胞DNA和RNA测序实验中的细胞数量	生物信息学	NA	单细胞测序	多项分布	细胞	NA
25602	2024-08-09	Single-cell transcriptomic evidence for dense intracortical neuropeptide networks 2019-11-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.47889 PMID:31710287	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了22,439个小鼠新皮质神经元的数据，揭示了密集的皮质内神经肽调节网络的转录证据	发现了数十种分子上不同的神经肽调节网络，这些网络直接连接所有皮质神经元	NA	探索皮质突触网络的稳态、调节和可塑性的新见解	小鼠新皮质神经元的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	22,439个小鼠新皮质神经元
25603	2024-08-09	Cell-by-cell deciphering of T cells in allergic inflammation 2019-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2019.10.001 PMID:31703761	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究了过敏性炎症患者的组织T细胞，揭示了T细胞的异质性，并提供了未来研究的方向	通过scRNA-seq技术，本文首次详细描述了过敏性炎症组织中T细胞的异质性，并识别出两种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体	NA	探讨过敏性炎症的病理机制，并提供未来单细胞下一代测序平台的研究方向	过敏性炎症患者的组织T细胞	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	8种CD3 T细胞群体和2种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体
25604	2024-08-09	Quantifying pluripotency landscape of cell differentiation from scRNA-seq data by continuous birth-death process 2019-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007488 PMID:31721764	研究论文	本文提出了一种名为Landscape of Differentiation Dynamics (LDD)的方法，通过连续的出生-死亡过程从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中计算细胞潜能并构建其分化景观	LDD方法能够准确且高效地构建细胞的进化树并量化其分化景观，特别是在量化细胞潜能方面	NA	研究细胞分化过程，并提供一种计算工具来量化细胞潜能或Waddington潜能景观	单细胞RNA测序数据中的细胞分化过程	系统生物学	NA	scRNA-seq	连续出生-死亡过程	scRNA-seq数据	七个基准数据集
25605	2024-08-09	Understanding tumor-infiltrating lymphocytes by single cell RNA sequencing 2019, Advances in immunology DOI:10.1016/bs.ai.2019.08.004 PMID:31699218	研究论文	本文通过全长单细胞RNA测序技术研究了三种癌症类型的肿瘤浸润T细胞，并开发了STARTRAC分析框架来量化T细胞亚群的动态特性	本文开发了STARTRAC分析框架，揭示了肿瘤免疫微环境中T细胞亚群的保守性和癌症类型特异性，并提供了详细的分子图谱	NA	提高当前癌症免疫疗法的效果并开发新的治疗选项	肿瘤浸润T细胞及其在肿瘤免疫微环境中的特性	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	三种癌症类型的样本
25606	2024-08-09	Digitaldlsorter: Deep-Learning on scRNA-Seq to Deconvolute Gene Expression Data 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00978 PMID:31708961	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的方法Digitaldlsorter，用于从scRNA-Seq数据中解卷积结直肠癌和乳腺癌的bulk RNA-Seq样本中的免疫浸润	该方法利用深度神经网络模型，不仅能够量化淋巴细胞总体，还能量化特定的CD8+、CD4Tmem、CD4Th和CD4Tregs亚群，以及B细胞和间质内容，并且签名是从肿瘤的scRNA-Seq数据构建的，保留了肿瘤微环境的特定特征	NA	旨在通过深度学习算法从scRNA-Seq数据中解卷积基因表达数据，以更好地理解细胞类型在疾病中的作用	结直肠癌和乳腺癌的bulk RNA-Seq样本中的免疫细胞浸润	机器学习	乳腺癌, 结直肠癌	scRNA-Seq	深度神经网络 (DNN)	RNA-Seq数据	应用到TCGA项目的样本
25607	2024-08-09	Single-Cell Sequencing in Normal and Malignant Hematopoiesis 2018 Mar-Apr, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1097/HS9.0000000000000034 PMID:31723762	综述	本文综述了单细胞测序技术在正常和恶性造血系统中的应用	利用单细胞测序技术揭示了个体细胞群内的异质性及细胞群之间的关系	NA	探讨单细胞测序技术在造血系统中的应用及其对正常和疾病状态的区分	造血系统的正常和恶性状态	数字病理学	血液疾病	单细胞测序	NA	转录组	数千个单个细胞
25608	2024-08-09	Evaluation of single-cell classifiers for single-cell RNA sequencing data sets 2020-09-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbz096 PMID:31675098	研究论文	本文对九种专门为单细胞RNA测序数据集设计的分类软件工具进行了全面且公正的评估	提出了使用集成投票方法提高预测准确性，并在非理想情况下，基于簇级相似性的工具表现出优越性能	仅使用单细胞分类器难以捕捉到新的细胞类型，即使有分配'未分配'标签的功能	评估单细胞RNA测序数据集的分类工具，并提供选择和应用这些工具的指南	单细胞RNA测序数据集的细胞类型分类工具	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林、相关性分析、XGBoost	单细胞RNA测序数据	涉及小规模和类别不平衡的参考数据集
25609	2024-08-09	Differential expression of α6 and β1 integrins reveals epidermal heterogeneity at single-cell resolution 2020-03, Journal of cellular biochemistry IF:3.0Q3 DOI:10.1002/jcb.29487 PMID:31680320	研究论文	本研究通过基于α6和β1整合素差异表达的荧光激活细胞分选（FACS）策略，结合转录组分析，探索了表皮异质性	本研究提出了一种预分选方法，用于研究整合素表达与表皮异质性的关系，并识别了多种表皮细胞类型及其表达谱	NA	探索表皮异质性及整合素表达与表皮细胞类型的关系	表皮细胞及其整合素表达	数字病理学	NA	荧光激活细胞分选（FACS），RNA-seq	NA	转录组数据	从C57BL/6小鼠背部皮肤获取的表皮细胞，共576个单细胞
25610	2024-08-09	TM3'seq: A Tagmentation-Mediated 3' Sequencing Approach for Improving Scalability of RNAseq Experiments 2020-01-07, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1534/g3.119.400821 PMID:31676507	研究论文	本文介绍了一种名为TM3'seq的新型3'富集文库制备协议，该协议使用Tn5转座酶并保留每个步骤中的样本身份，旨在提高RNA-seq实验的可扩展性	TM3'seq协议能够在6小时内处理96个样本，且只需3小时的直接操作时间，成本仅为每样本1.5美元，显著降低了RNA-seq实验的成本和时间	NA	开发一种成本和时间效率高的RNA-seq文库制备方法，以促进大规模RNA-seq实验的普及	人类和其他RNA样本的转录组	基因组学	NA	RNA-seq	NA	RNA	多种人类和其他RNA样本
25611	2024-08-09	Developmental and cellular age direct conversion of CD4+ T cells into RORγ+ or Helios+ colon Treg cells 2020-01-06, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20190428 PMID:31685531	研究论文	研究探讨了CD4+ T细胞向RORγ+或Helios+结肠Treg细胞的定向分化	首次揭示了CD4+ Tconv细胞能够根据细胞或个体的年龄差异分化为RORγ+和Helios+ pTreg细胞，为结肠Treg细胞的生理适应性提供了新见解	NA	阐明结肠中RORγ+和Helios+ Treg细胞的起源和关系	CD4+ T细胞、RORγ+和Helios+ Treg细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用单个结肠化和小鼠模型进行研究
25612	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Identifies Yes-Associated Protein 1-Dependent Hepatic Mesothelial Progenitors in Fibrolamellar Carcinoma 2020-01, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2019.09.018 PMID:31669305	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了来源于患者的纤维板层癌异种移植模型，并识别了治疗靶点	首次发现Yes相关蛋白1依赖的肝间皮祖细胞在纤维板层癌中的作用，并证实抑制YAP1可显著减少细胞生长和迁移	NA	探索纤维板层癌的治疗靶点	纤维板层癌细胞及其治疗靶点	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来源于患者的纤维板层癌异种移植模型
25613	2024-08-09	Conversion of human cardiac progenitor cells into cardiac pacemaker-like cells 2020-01, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2019.09.015 PMID:31678351	研究论文	本研究通过筛选策略测试了将人类心脏前体细胞（CPCs）转化为类似起搏器细胞的再编程因子	发现SHOX2、HCN2和TBX5（SHT5）组合的转录因子在驱动CPCs转化为类似起搏器细胞方面比其他组合和单一转录因子更有效	NA	探索将人类心脏前体细胞转化为类似起搏器细胞的方法，以促进心脏衰竭患者起搏器样细胞疗法的发展	人类心脏前体细胞（CPCs）和类似起搏器细胞	NA	心脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
25614	2024-08-09	Photic generation of 11-cis-retinal in bovine retinal pigment epithelium 2019-12-13, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.RA119.011169 PMID:31694912	研究论文	本文描述了在特定波长光照刺激下，牛视网膜色素上皮细胞膜中11-cis-视黄醛的高水平生成过程	研究揭示了RGR与CRALBP协同作用下，在持续光照条件下再生视觉色素的全新机制	NA	探讨生理条件下视黄醛光异构化的机制	牛视网膜色素上皮细胞中的11-cis-视黄醛生成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和牛的视网膜色素上皮组织及Müller胶质细胞
25615	2024-08-09	Chronic Stress Induces Activity, Synaptic, and Transcriptional Remodeling of the Lateral Habenula Associated with Deficits in Motivated Behaviors 2019-12-04, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.09.005 PMID:31672263	研究论文	本文研究了慢性压力（CS）对侧缰核（LHb）神经元的活动、突触和转录重塑，以及这些变化与动机行为缺陷的关联	首次揭示了CS诱导的LHb神经元超活动与被动应对（PC）增加的关联，并利用单细胞转录组学识别了一组可作为PC增加小鼠生物标志物的基因	NA	探讨慢性压力对侧缰核神经元的活动、突触和转录重塑及其与动机行为缺陷的关系	侧缰核（LHb）神经元及其与腹侧被盖区（VTA）和背缝核（DR）的神经连接	神经科学	抑郁症	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	小鼠
25616	2024-08-09	Improving single-cell transcriptome sequencing efficiency with a microfluidic phase-switch device 2019-Dec-02, The Analyst DOI:10.1039/c9an00823c PMID:31688860	research paper	本文介绍了一种新型微流控相变装置，用于提高单细胞转录组测序的效率，特别适用于细胞数量有限的珍贵样本。	设计了一种集成多个单细胞隔离室的微流控装置，实现了近100%的单细胞捕获率和极低的细胞损失，并采用了一种新的相变方法将单细胞封装到皮升大小的水凝胶液滴中。	NA	提高单细胞转录组测序的效率和可及性。	单细胞转录组测序，特别是细胞数量有限的珍贵样本。	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	数十个hESCs（H9）
25617	2024-08-09	Unravelling fibrosis using single-cell transcriptomics 2019-12, Current opinion in pharmacology IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.coph.2019.09.004 PMID:31670054	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示纤维化疾病发病机制中的应用	单细胞转录组学技术使得在纤维化背景下对个体致病细胞群体的研究达到了前所未有的分辨率	NA	探讨单细胞转录组学如何推动对纤维化疾病发病机制的理解	纤维化疾病及其治疗靶点的精确识别	单细胞转录组学	纤维化	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
25618	2024-08-09	Preclinical development of T-cell receptor-engineered T-cell therapy targeting the 5T4 tumor antigen on renal cell carcinoma 2019-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-019-02419-4 PMID:31686124	研究论文	本研究开发了一种针对肾细胞癌中5T4肿瘤抗原的T细胞受体工程化T细胞疗法，并通过单细胞RNA测序和功能测试验证了其有效性	首次探索了5T4作为T细胞受体工程化T细胞疗法的目标，并成功开发了针对该抗原的T细胞疗法	NA	开发和验证针对5T4肿瘤抗原的T细胞受体工程化T细胞疗法	5T4肿瘤抗原特异性的T细胞克隆及其功能	免疫疗法	肾细胞癌	单细胞RNA测序	T细胞受体工程化T细胞	RNA	七对独特的TRA-TRB配对
25619	2024-08-09	Single-cell sequencing and its applications in head and neck cancer 2019-12, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2019.104441 PMID:31689639	综述	本文综述了单细胞测序技术在头颈癌研究中的应用及其在基因组、转录组和表观基因组层面的技术和计算进展	单细胞测序技术为理解肿瘤生物学中的细微差异提供了新途径，通过识别不同的细胞亚群、解析肿瘤微环境中的信号传导以及描述细胞基因组突变和拷贝数异常	NA	探讨单细胞测序技术在头颈癌研究和临床实践中的应用	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）的细胞亚群及其基因组、转录组和表观基因组特征	数字病理学	头颈癌	单细胞测序	NA	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
25620	2024-08-09	Bayesian Inference of Allelic Inclusion Rates in the Human T Cell Receptor Repertoire 2019-11-27, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.09.006 PMID:31677971	研究论文	本文开发并实验验证了一种完全贝叶斯推理模型，用于可靠地估计α和β TCR等位基因包含率	提出了一个完全贝叶斯推理模型来估计α和β TCR等位基因包含率，并提供了超过51,000个先前未发表的等位基因包含TCR序列集的数据库	单细胞测序技术的局限性阻碍了对这些双受体T细胞的全面计数	研究人类T细胞受体库中的等位基因包含率	αβ T细胞的等位基因包含现象	NA	NA	单细胞测序	贝叶斯推理模型	序列数据	超过51,000个TCR序列集，来自8名健康个体