单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27096 篇文献，本页显示第 25601 - 25620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25601 | 2024-08-09 |
Identification of Breast Cancer Stem Cell Related Genes Using Functional Cellular Assays Combined With Single-Cell RNA Sequencing in MDA-MB-231 Cells
2019, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2019.00500
PMID:31191614
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研究论文 | 本文通过功能性细胞检测结合单细胞RNA测序技术，在MDA-MB-231细胞系中识别与乳腺癌干细胞相关的基因 | 本文首次结合哺乳球形成试验和标记保留试验来富集具有不同程度乳腺癌干细胞特性的细胞，并通过单细胞RNA测序技术进行基因表达分析 | 需要进一步的实验验证来确认这些潜在乳腺癌干细胞标记物的细胞功能 | 旨在通过详细表征乳腺癌干细胞来增进对肿瘤进展机制的理解，并识别新的治疗靶点 | 乳腺癌干细胞及其相关基因 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | MDA-MB-231细胞系中的多个细胞样本 |
| 25602 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis Reveals Regional Reprogramming During Adaptation to Massive Small Bowel Resection in Mice
2019, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2019.06.001
PMID:31195149
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分辨率分析，揭示了小鼠在大量小肠切除后适应过程中的区域重编程现象 | 首次描述了小肠上皮细胞在短肠综合征后重编程其区域身份的能力 | NA | 研究小肠在短肠综合征后适应过程中的分子变化 | 小鼠小肠上皮细胞在50%近端小肠切除后的分子变化 | 数字病理学 | 短肠综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠远端小肠上皮细胞 |
| 25603 | 2024-08-09 |
deconvSeq: deconvolution of cell mixture distribution in sequencing data
2019-12-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz444
PMID:31147676
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研究论文 | 本文介绍了一种名为deconvSeq的计算去卷积方法，用于从批量组织中获取的RNA和亚硫酸氢盐测序数据中解析细胞混合物的分布 | deconvSeq利用广义线性模型来模拟组织类型对特征定量的影响，适用于特定的测序数据结构，并能在较少的基因或CpG位点签名集中实现良好的预测 | NA | 开发一种计算方法来解析在难以分离成单细胞的组织样本中的细胞类型异质性 | 批量组织样本中的细胞类型混合物 | 生物信息学 | NA | RNA测序, 亚硫酸氢盐测序 | 广义线性模型 | 测序数据 | 35个全血样本 |
| 25604 | 2024-08-09 |
Thermoregulation via Temperature-Dependent PGD2 Production in Mouse Preoptic Area
2019-07-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.04.035
PMID:31151773
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序和全细胞膜片钳记录，识别了Ptgds作为温度敏感性前视区（POA）神经元的遗传标记，并探讨了这些神经元在体温调节中的作用 | 首次通过遗传标记Ptgds识别温度敏感性POA神经元，并揭示了这些神经元通过调节前列腺素D2（PGD）的产生参与体温调节的机制 | NA | 探究温度敏感性前视区神经元在体温调节中的作用及其分子机制 | 小鼠前视区温度敏感性神经元及其在体温调节中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序，全细胞膜片钳记录，化学遗传学 | NA | RNA | NA |
| 25605 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analysis of the Normal Mouse Aorta Reveals Functionally Distinct Endothelial Cell Populations
2019-07-09, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了正常小鼠主动脉中的细胞异质性，并识别出具有不同功能的内皮细胞亚群 | 利用单细胞RNA测序技术，首次全面描绘了小鼠主动脉中所有细胞的单细胞图谱，并揭示了内皮细胞的三个不同亚群及其在血管疾病中的相关功能 | NA | 研究主动脉壁细胞的异质性及其在血管疾病中的作用 | 小鼠主动脉中的细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过10,000个细胞 |
| 25606 | 2024-08-09 |
A computational method to aid the design and analysis of single cell RNA-seq experiments for cell type identification
2019-Jun-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2817-2
PMID:31167661
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研究论文 | 本文开发了一种名为SCEED的工具，用于辅助单细胞RNA测序实验的设计和分析，以识别细胞类型 | SCEED工具允许用户选择多种分析工具组合，进行分析程序的性能分析，并估计所需的样本量 | NA | 开发一种方法来辅助单细胞RNA测序实验的设计和分析，以识别细胞类型 | 单细胞RNA测序实验的设计和分析方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 测试了至少1000个单细胞 |
| 25607 | 2024-08-09 |
Reactive microglia and IL1β/IL-1R1-signaling mediate neuroprotection in excitotoxin-damaged mouse retina
2019-Jun-06, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-019-1505-5
PMID:31170999
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研究论文 | 本文研究了在兴奋毒素损伤的小鼠视网膜中，反应性小胶质细胞和IL1β/IL-1R1信号如何影响视网膜神经元的存活。 | 首次揭示了反应性小胶质细胞通过IL1β和IL-1R1信号通路在兴奋毒素损伤的视网膜中提供神经保护作用。 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。 | 探讨小胶质细胞和炎症介质在兴奋毒素损伤的视网膜神经元存活中的作用。 | 小胶质细胞、IL1β、IL-1R1受体以及视网膜神经元。 | 神经科学 | NA | 免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 细胞和基因表达数据 | 使用了野生型、IL-1R1缺失小鼠和仅在星形胶质细胞中表达IL-1R1的小鼠进行实验。 |
| 25608 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics unveils gene regulatory network plasticity
2019-06-04, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1713-4
PMID:31159854
|
研究论文 | 本文提出了一种基于整体视角的计算框架，利用单细胞RNA测序数据推断全局大规模调控网络 | 开发了针对单细胞数据的特定相关性度量，并利用图论工具无偏倚地量化基因的生物学相关性，准确识别器官功能和疾病驱动因素 | NA | 探索单细胞转录组学中的基因调控网络可塑性 | 单细胞RNA测序数据，糖尿病和阿尔茨海默病等受扰动系统 | 基因组学 | 糖尿病, 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 图论 | 基因表达数据 | NA |
| 25609 | 2024-08-09 |
Dissecting cell diversity and connectivity in skeletal muscle for myogenesis
2019-06-03, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-019-1647-5
PMID:31160550
|
研究论文 | 本研究通过生物模拟骨骼肌器官模型，探索了快速粘附细胞（RACs）在骨骼肌再生中的作用及其与骨骼肌肌源性前体细胞（MPCs）的相互作用 | 首次描述了一种新的细胞亚型——肌腱肌肉细胞（TMCs），并揭示了RACs与MPCs在生物模拟骨骼肌器官系统中的复杂细胞多样性和连接性 | NA | 探索骨骼肌再生中不同细胞类型的功能和机制 | 骨骼肌肌源性前体细胞（MPCs）和快速粘附细胞（RACs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及多种细胞亚型 |
| 25610 | 2024-08-09 |
Spatial transcriptomics levels up
2019-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0441-8
PMID:31147642
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25611 | 2024-08-09 |
Liver Macrophages: Old Dogmas and New Insights
2019-Jun, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1356
PMID:31168508
|
研究论文 | 本文深入研究了肝脏巨噬细胞在各种肝脏疾病中的作用和特性 | 揭示了肝脏巨噬细胞的复杂性和多功能性，超越了传统的M1和M2巨噬细胞分类 | 仍需进一步研究巨噬细胞激活的全貌及其在促进或修复肝脏疾病中的作用 | 探讨肝脏巨噬细胞在肝脏疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 肝脏巨噬细胞，包括库普弗细胞和骨髓来源的募集单核细胞 | NA | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 25612 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals the impact of chromosomal instability on glioblastoma cancer stem cells
2019-05-31, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-019-0532-5
PMID:31151460
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了染色体不稳定（CIN）对胶质母细胞瘤癌症干细胞（CSC）基因表达的影响 | 首次揭示了CIN直接导致基因表达变化，并增加了胶质母细胞瘤CSC的遗传和转录异质性 | NA | 研究CIN如何影响个体细胞中的基因表达 | 染色体不稳定的胶质母细胞瘤癌症干细胞和正常二倍体神经干细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一个染色体不稳定的胶质母细胞瘤癌症干细胞系和一个正常二倍体神经干细胞系 |
| 25613 | 2024-08-09 |
Extensive exploration of T cell heterogeneity in cancers by single cell sequencing
2019-Apr, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
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综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序技术在肿瘤微环境中对T细胞异质性的研究进展 | 利用单细胞RNA测序技术全面分析T细胞，探讨其在健康和疾病中的免疫系统异质性 | NA | 研究病理条件下T细胞群内的克隆扩增 | 肿瘤微环境中的T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 25614 | 2024-08-09 |
Human Dendritic Cell Subsets, Ontogeny, and Impact on HIV Infection
2019, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2019.01088
PMID:31156637
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综述 | 本文综述了树突状细胞（DCs）的分类、发育及其在HIV感染中的作用 | 利用单细胞测序和多参数流式细胞术等高维度方法，重新分类了浆细胞样DCs和重新评估了肠道常规DCs及巨噬细胞的来源 | NA | 探讨DCs的当前研究进展及其发育过程，以及这些知识如何影响我们对DCs在HIV感染中作用的认识 | 树突状细胞及其在HIV感染中的作用 | NA | HIV感染 | 单细胞测序、多参数流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 25615 | 2024-08-09 |
Statistical test of structured continuous trees based on discordance matrix
2019-12-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz425
PMID:31116393
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研究论文 | 本文提出了一种名为SCTree的自适应统计框架，用于测试高维单细胞数据集的内在结构 | SCTree测试基于度量几何和随机矩阵理论的工具，通过扩展Gromov-Farris变换和利用半圆定律，将连续树结构测试问题转化为信号矩阵检测问题 | NA | 揭示细胞命运决定的连续过程，并评估高维基因表达数据中嵌入的内在结构 | 高维单细胞数据集的内在结构 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 25616 | 2024-08-09 |
EnImpute: imputing dropout events in single-cell RNA-sequencing data via ensemble learning
2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz435
PMID:31125056
|
研究论文 | 本文开发了EnImpute，一个R包，利用集成学习方法来填补单细胞RNA测序数据中的丢失事件 | EnImpute结合了多种填补方法的结果，以生成更准确的结果，并开发了一个Shiny应用程序以简化实施和可视化 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的丢失事件 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 集成学习 | RNA测序数据 | NA |
| 25617 | 2024-08-09 |
snakePipes: facilitating flexible, scalable and integrative epigenomic analysis
2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz436
PMID:31134269
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研究论文 | 本文介绍了snakePipes，一个用于处理和分析常见表观基因组数据（如ChIP-seq、RNA-seq、Bisulfite-seq、ATAC-seq、Hi-C和单细胞RNA-seq）的工作流包 | snakePipes允许用户组装每个工作流的变体，并通过简单的命令行包装和yaml文件轻松安装和升级底层工具 | NA | 开发一个模块化和可扩展的分析工作流，以适应不断增长的表观基因组数据规模和多样性 | 常见的表观基因组数据处理和下游分析 | 生物信息学 | NA | ChIP-seq, RNA-seq, Bisulfite-seq, ATAC-seq, Hi-C, 单细胞RNA-seq | NA | 序列数据 | NA |
| 25618 | 2024-08-09 |
A stochastic model of adult neurogenesis coupling cell cycle progression and differentiation
2019-08-21, Journal of theoretical biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1016/j.jtbi.2019.05.014
PMID:31128140
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研究论文 | 本文开发了一个随机模型，研究神经干细胞（NSCs）细胞周期进展与分化之间的耦合对成年脑组织稳态的影响 | 本文首次提出并验证了神经干细胞细胞周期进展与分化之间的正向耦合关系对维持成年脑组织稳态的重要性 | NA | 研究神经干细胞细胞周期进展与分化之间的耦合对成年脑组织稳态的影响 | 神经干细胞（NSCs）及其在成年脑组织稳态中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 随机模型 | 基因表达数据 | NA |
| 25619 | 2024-08-09 |
Inferring the Evolution and Progression of Small-Cell Lung Cancer by Single-Cell Sequencing of Circulating Tumor Cells
2019-08-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-3571
PMID:31113842
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序循环肿瘤细胞（CTC）来推断小细胞肺癌（SCLC）的演变和进展 | 建立了基于单个CTC的10-CNA评分作为SCLC患者初始化疗结果的分类器，并展示了CTC中单细胞测序在SCLC中的应用潜力 | NA | 探讨单细胞测序CTC作为推断SCLC演变和进展方法的适用性 | 小细胞肺癌患者及其循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 48名连续诊断的小细胞肺癌患者 |
| 25620 | 2024-08-09 |
GEPIA2: an enhanced web server for large-scale expression profiling and interactive analysis
2019-07-02, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz430
PMID:31114875
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research paper | 本文介绍了GEPIA2，一个基于TCGA和GTEx数据库的肿瘤和正常样本基因表达分析的增强型网络服务器 | GEPIA2将基因表达量化从基因水平扩展到转录本水平，支持特定癌症亚型的分析和亚型间的比较，并采用了受单细胞测序研究启发的新的基因签名量化技术 | NA | 提供更高分辨率和更多功能的基因表达分析 | 肿瘤和正常样本的基因表达 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 198,619个转录本和84种癌症亚型 |