单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27967 篇文献，本页显示第 25601 - 25620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25601 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptomics reveals opioid usage evokes widespread suppression of antiviral gene program
2020-05-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16159-y
PMID:32457298
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了慢性阿片类药物使用对免疫系统的广泛抑制作用，特别是对天然单核细胞和多种免疫细胞中抗病毒基因程序的抑制。 | 首次系统性地描述了阿片类药物如何影响免疫系统，特别是在单细胞水平上揭示了抗病毒基因程序的广泛抑制。 | 研究主要集中在体外实验和特定细胞类型的分析，可能需要进一步的体内研究来验证这些发现。 | 旨在无偏见地理解阿片类药物对免疫系统的调节作用。 | 研究对象包括阿片类药物依赖者和对照组的外周血单核细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 研究未明确提及样本数量 |
| 25602 | 2024-08-09 |
Characterization of radioresistant epithelial stem cell heterogeneity in the damaged mouse intestine
2020-05-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-64987-1
PMID:32444673
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞qRT-PCR分析，揭示了在损伤小肠中Lgr5表达细胞衍生物中存在的放射抵抗性肠干细胞（ISCs）及其在肠上皮再生中的作用 | 首次发现Lgr5表达细胞衍生物中的放射抵抗性肠干细胞在损伤小肠上皮再生中的关键作用，并通过单细胞RNA测序揭示了CD81表达与ISC和增殖相关基因表达的相关性 | NA | 研究损伤小肠中放射抵抗性上皮干细胞的异质性及其在肠上皮再生中的作用 | 小鼠损伤小肠中的放射抵抗性上皮干细胞 | 数字病理学 | 胃肠道疾病 | 单细胞qRT-PCR分析，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA | NA |
| 25603 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Tumor-Derived Fibroblasts and Normal Tissue-Resident Fibroblasts Reveals Fibroblast Heterogeneity in Breast Cancer
2020-May-21, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12051307
PMID:32455670
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了三阴性乳腺癌中的肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）的异质性 | 首次详细描述了三阴性乳腺癌中CAFs的六个亚群，并发现这些亚群在不同肿瘤类型中普遍存在 | 研究仅限于使用BALB/c-derived 4T1乳腺肿瘤模型，可能需要进一步的人体组织验证 | 探究三阴性乳腺癌中肿瘤相关成纤维细胞的分子和表型异质性 | 三阴性乳腺癌中的肿瘤相关成纤维细胞及其亚群 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及4T1肿瘤中的多个成纤维细胞亚群 |
| 25604 | 2024-08-09 |
Gene regulatory networks during the development of the Drosophila visual system
2020, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2020.02.010
PMID:32450970
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研究论文 | 本文描述了果蝇视觉系统发育过程中涉及的已知基因调控网络，并探讨了这些基因网络中的通用组件 | 讨论了果蝇视觉系统作为单细胞转录组学时代基因调控网络发现模型的优势 | NA | 研究果蝇视觉系统发育过程中的基因调控网络 | 果蝇视觉系统的发育及其基因调控网络 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25605 | 2024-08-09 |
Hybrid Stem Cell States: Insights Into the Relationship Between Mammary Development and Breast Cancer Using Single-Cell Transcriptomics
2020, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2020.00288
PMID:32457901
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了正常乳腺发育与乳腺癌之间的关系，特别是混合型干细胞状态在其中的作用 | 本研究首次整合了人类和小鼠的乳腺单细胞RNA测序数据，以及TCGA中的乳腺癌bulk RNA测序数据，以探究正常乳腺和癌症中的混合型干细胞状态 | NA | 利用单细胞RNA测序技术量化正常乳腺在不同发育阶段和条件重编程下的细胞状态分布 | 正常乳腺干细胞和乳腺癌细胞的混合型状态 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | RNA-seq数据 | 包括人类和小鼠的多个乳腺单细胞RNA测序数据集，以及TCGA中的乳腺癌bulk RNA测序数据 |
| 25606 | 2024-08-09 |
Targeting dual signalling pathways in concert with immune checkpoints for the treatment of pancreatic cancer
2021-01, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2020-321000
PMID:32424005
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研究论文 | 本研究利用分子靶向治疗与免疫检查点抑制的交叉点，探索治疗胰腺癌的新方法 | 发现MEK和CDK4/6抑制剂联合治疗在多种PDX模型中有效延缓肿瘤进展，并能增强T细胞浸润和改变骨髓细胞群，与免疫检查点抑制剂协同作用 | NA | 定义治疗胰腺癌的新方法 | 患者来源的细胞系和异种移植模型 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序和多光谱成像 | NA | 细胞系和异种移植模型 | 多种PDX模型 |
| 25607 | 2024-08-09 |
Dendritic cells in tumor microenvironment promoted the neuropathic pain via paracrine inflammatory and growth factors
2020-12, Bioengineered
IF:4.2Q2
DOI:10.1080/21655979.2020.1771068
PMID:32434423
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤微环境中受损的Wnt1浸润树突状细胞对与癌症相关的神经性疼痛的贡献 | 首次揭示了肿瘤微环境中浸润的树突状细胞通过旁分泌炎症和生长因子促进神经性疼痛的机制 | 研究未涉及旁分泌因子信号阻断对缓解癌症疼痛的具体效果 | 探索肿瘤微环境中树突状细胞对神经性疼痛的影响 | 肿瘤微环境中的树突状细胞及其对神经性疼痛的影响 | NA | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及肺癌和肿瘤旁组织的树突状细胞 |
| 25608 | 2024-08-09 |
New avenues for systematically inferring cell-cell communication: through single-cell transcriptomics data
2020-12, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00727-5
PMID:32435978
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组数据探讨了细胞间通信的研究方法 | 利用单细胞RNA测序技术，提供了高分辨率的转录组数据，深化了对细胞表型异质性和复杂组织组成的理解 | 讨论了当前单细胞分辨率下细胞间通信研究的挑战 | 系统地推断细胞间通信 | 多细胞生物中的细胞间通信 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA |
| 25609 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing of Calvarial and Long-Bone Endocortical Cells
2020-10, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1002/jbmr.4052
PMID:32427356
|
研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术（scRNA-Seq）研究了环境及药物扰动对成骨细胞的影响，并通过比较新鲜分离细胞与体外培养细胞的细胞类型丰度和转录组，揭示了体内外细胞异质性的显著差异。 | 本文首次使用scRNA-Seq技术检测了环境及药物扰动对成骨细胞的影响，并揭示了体内外细胞异质性的显著差异。 | 由于仅7%的测序内皮质细胞为成骨细胞，且仅采样了其转录组的一小部分，因此可能无法检测到基因表达的微小变化。 | 研究环境及药物扰动对成骨细胞的影响，并揭示体内外细胞异质性的差异。 | 新生鼠颅骨细胞和长骨内皮质细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组 | 新鲜分离的颅骨细胞和体外培养12天的细胞，以及接受载体或硬化素中和抗体治疗1周的小鼠新鲜回收的长骨内皮质细胞。 |
| 25610 | 2024-08-09 |
Spatial-omics: Novel approaches to probe cell heterogeneity and extracellular matrix biology
2020-09, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology
IF:4.5Q2
DOI:10.1016/j.matbio.2020.04.004
PMID:32416243
|
综述 | 本文综述了新兴的空间组学技术如何通过高分辨率映射表达谱，直接在组织内进行细胞间相互作用和细胞外基质生物学的研究 | 空间组学技术能够保留细胞在样本中的空间背景、细胞几何形状及其周围细胞外基质，从而探索先前未被研究的信号传导方式 | NA | 探讨空间转录组学和蛋白质组学技术如何应用于研究细胞与细胞外基质的相互作用 | 细胞间相互作用和细胞外基质生物学 | 生物信息学 | 纤维化疾病 | 空间组学技术 | NA | 组织 | NA |
| 25611 | 2024-08-09 |
Radiation-Enhanced Expression of CCL22 in Nasopharyngeal Carcinoma is Associated With CCR4+ CD8 T Cell Recruitment
2020-09-01, International journal of radiation oncology, biology, physics
DOI:10.1016/j.ijrobp.2020.05.001
PMID:32428547
|
research paper | 本研究旨在确定鼻咽癌（NPC）细胞在接受放疗后免疫相关基因表达的动态变化 | 发现放疗增强的CCL22释放促进了CCR4+效应CD8 T细胞的迁移，这可能与放疗介导的抗肿瘤免疫有关 | NA | 研究放疗对鼻咽癌细胞中免疫相关基因表达的影响 | 鼻咽癌患者来源的肿瘤异种移植瘤、细胞系、CCR4+ CD8 T细胞以及TCGA来源的批量RNA-seq或单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据集 | digital pathology | nasopharyngeal carcinoma | RNA-seq | NA | RNA | 使用健康志愿者外周血单个核细胞排序的CCR4+ CD8 T细胞以及TCGA来源的批量或单细胞RNA-seq数据集 |
| 25612 | 2024-08-09 |
Nascent transcript and single-cell RNA-seq analysis defines the mechanism of action of the LSD1 inhibitor INCB059872 in myeloid leukemia
2020-Aug-20, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2020.144758
PMID:32422235
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研究论文 | 本文通过新兴转录组和单细胞RNA测序分析，揭示了LSD1抑制剂INCB059872在髓系白血病中的作用机制 | 首次使用精密核运行测序（PRO-seq）和ChIP-seq技术，结合单细胞RNA测序（scRNA-seq），详细解析了INCB059872在髓系白血病中的早期调控事件及其对基因表达的影响 | 文章未详细讨论INCB059872的剂量限制性毒性及其在临床应用中的具体挑战 | 探究LSD1抑制剂INCB059872在髓系白血病中的作用机制及其对患者的影响 | 髓系白血病细胞及患者骨髓样本 | 数字病理学 | 髓系白血病 | 精密核运行测序（PRO-seq）、ChIP-seq、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 包括AML细胞系、患者骨髓样本及小鼠骨髓细胞 |
| 25613 | 2024-08-09 |
scVAE: variational auto-encoders for single-cell gene expression data
2020-08-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa293
PMID:32415966
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研究论文 | 本文提出了一种基于变分自编码器（VAE）的新方法scVAE，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析 | 该方法直接使用原始计数数据作为输入，避免了数据预处理步骤，并能稳健地估计每个细胞的预期基因表达水平和潜在表示 | NA | 开发一种新的方法来分析和从大量的复杂单细胞转录组数据中得出相关的生物学推断 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | VAE | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq数据集 |
| 25614 | 2024-08-09 |
scTPA: a web tool for single-cell transcriptome analysis of pathway activation signatures
2020-08-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa532
PMID:32437538
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研究论文 | 本文介绍了scTPA，一个基于网络的工具，用于分析人类和小鼠单细胞RNA测序数据中的通路激活特征 | scTPA整合了四种广泛使用的基因集富集方法，基于不同功能和分类的生物通路集合，评估单细胞的通路激活分数 | NA | 开发一个有效的网络工具，用于基于先前生物通路知识的单细胞转录组数据分析 | 单细胞RNA测序数据的功能解释和细胞簇注释 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 |
| 25615 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analyses of Colon and Blood Reveal Distinct Immune Cell Signatures of Ulcerative Colitis and Crohn's Disease
2020-08, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.04.074
PMID:32428507
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研究论文 | 本文利用质谱流式细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序等技术，分析了溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）患者的结肠黏膜和血液中的免疫细胞特征 | 首次在单细胞水平上详细比较了UC和CD患者与对照组的免疫细胞差异，并利用随机森林模型识别了区分不同疾病状态的关键免疫细胞群 | NA | 旨在揭示炎症性肠病（IBD）患者黏膜失调的机制及UC与CD患者炎症反应的差异 | UC和CD患者的结肠黏膜和血液中的免疫细胞 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 质谱流式细胞术（CyTOF），单细胞RNA测序 | 随机森林模型 | 细胞 | 结肠黏膜样本87份，外周血单个核细胞85份 |
| 25616 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing to Dissect the Immunological Network of Autoimmune Myocarditis
2020-07-28, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了实验性自身免疫性心肌炎（EAM）不同阶段的心脏Cd45+细胞，揭示了心肌炎向心肌病转变过程中的免疫网络 | 首次全面展示了不同EAM阶段心脏免疫细胞的单细胞图谱，并阐明了Hif1a在炎症反应中的作用 | NA | 研究心肌炎向心肌病转变过程中的免疫网络，并识别参与心肌炎炎症反应的基因 | 实验性自身免疫性心肌炎（EAM）模型中的心脏Cd45+细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 34,665个细胞 |
| 25617 | 2024-08-09 |
Potent Neutralizing Antibodies against SARS-CoV-2 Identified by High-Throughput Single-Cell Sequencing of Convalescent Patients' B Cells
2020-07-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.05.025
PMID:32425270
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研究论文 | 本研究通过高通量单细胞RNA和VDJ测序技术，从60名康复患者的抗原富集B细胞中快速识别出针对SARS-CoV-2的中和抗体 | 首次通过高通量单细胞测序技术从康复患者B细胞中识别出高效的中和抗体，并展示了其在治疗和预防SARS-CoV-2感染中的效果 | NA | 快速识别和开发针对SARS-CoV-2的中和抗体，以应对COVID-19大流行 | SARS-CoV-2中和抗体及其在治疗和预防中的应用 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA和VDJ测序 | NA | RNA | 60名康复患者的B细胞 |
| 25618 | 2024-08-09 |
IRIS3: integrated cell-type-specific regulon inference server from single-cell RNA-Seq
2020-07-02, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa394
PMID:32421805
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research paper | 介绍IRIS3，一个用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特异性调控子的网络服务器 | IRIS3是首个用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞类型特异性调控子的网络服务器，具备超过20种功能支持全面的解释和图形可视化 | NA | 旨在识别特定细胞类型中的活性调控子，以揭示复杂疾病的潜在关键调控因子和目标基因 | 细胞类型特异性调控子（CTSR） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 |
| 25619 | 2024-08-09 |
Sphetcher: Spherical Thresholding Improves Sketching of Single-Cell Transcriptomic Heterogeneity
2020-Jun-26, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101126
PMID:32438285
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研究论文 | 本文提出了一种名为Sphetcher的算法，利用阈值技术在球体内高效选择代表性细胞，以改善单细胞转录组数据的草图绘制 | Sphetcher算法采用球形阈值技术，与通常使用的等大小盒子相比，能更准确地表示原始转录组景观 | NA | 旨在改进单细胞转录组数据的计算分析方法，特别是细胞类型的检测 | 单细胞转录组数据的草图绘制和细胞类型检测 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25620 | 2024-08-09 |
An Integrated Dielectrophoresis-Trapping and Nanowell Transfer Approach to Enable Double-Sub-Poisson Single-Cell RNA Sequencing
2020-06-23, ACS nano
IF:15.8Q1
DOI:10.1021/acsnano.0c02953
PMID:32437127
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研究论文 | 本文介绍了一种集成介电电泳（DEP）捕获和纳米孔转移（dTNT）方法，用于实现双亚泊松单细胞RNA测序 | 提出的dTNT-seq方法通过亚泊松方式进行细胞捕获和珠子加载，打破了泊松统计的限制，实现了双亚泊松分布 | 尽管提高了细胞和珠子的捕获效率，但仍需进一步优化以提高整体测序效率和准确性 | 开发一种新的技术方法，以提高单细胞RNA测序的效率和准确性 | 人类（HEK）和小鼠（3T3）细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了由3600个电活性DEP纳米孔单元组成的dTNT设备 |