单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27818 篇文献，本页显示第 25601 - 25620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25601 | 2024-08-09 |
Identifying cell types to interpret scRNA-seq data: how, why and more possibilities
2020-07-29, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaa003
PMID:32232401
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综述 | 本文综述了用于解释单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中细胞类型识别的方法和工具，并探讨了scRNA-seq在未来的发展可能性 | NA | NA | 探讨scRNA-seq数据中细胞类型识别的方法及其未来发展 | scRNA-seq数据中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 文本 | NA |
| 25602 | 2024-08-09 |
Essential gene expression pattern of head and neck squamous cell carcinoma revealed by tumor-specific expression rule based on single-cell RNA sequencing
2020-07-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2020.165791
PMID:32234410
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研究论文 | 本文通过基于单细胞RNA测序的肿瘤特异性表达规则，揭示了头颈鳞状细胞癌的关键基因表达模式 | 利用单细胞测序技术消除了非恶性细胞对传统批量测序数据的影响，并建立了一种计算过滤策略来识别肿瘤细胞 | NA | 旨在识别头颈鳞状细胞癌的核心致癌因素，并加深对肿瘤异质性和肿瘤发生的理解 | 头颈鳞状细胞癌及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 多个独立数据集 |
| 25603 | 2024-08-09 |
Tumor Microenvironment Is Critical for the Maintenance of Cellular States Found in Primary Glioblastomas
2020-07, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-0057
PMID:32253265
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研究论文 | 本文通过比较五名患者来源的四种胶质母细胞瘤干细胞（GSC）衍生模型类型的单细胞RNA测序，探讨了肿瘤微环境在维持原发性胶质母细胞瘤细胞状态中的关键作用 | 首次展示了神经解剖学上准确的人类微环境对于重现人类原发性胶质母细胞瘤细胞状态的关键性和充分性 | NA | 探讨不同患者来源的胶质母细胞瘤模型能否重现原发性肿瘤的全部异质性 | 胶质母细胞瘤干细胞及其衍生模型 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 五名患者的肿瘤细胞 |
| 25604 | 2024-08-09 |
Uncovering the key dimensions of high-throughput biomolecular data using deep learning
2020-06-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa191
PMID:32232416
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research paper | 本文提出了一种基于自编码器的深度学习框架DeepAE，用于解析高维单细胞RNA-seq数据的关键维度 | DeepAE在揭示单细胞RNA-seq数据的关键维度方面表现优于传统方法，并能在其他平台如质谱流式细胞术和代谢组学中展现全面性能 | NA | 解决高维单细胞RNA-seq数据的解析问题 | 单细胞RNA-seq数据的关键维度 | machine learning | NA | RNA-seq | auto-encoder | gene expression | 九个转录组学数据集 |
| 25605 | 2024-08-09 |
Identification of a potential mechanism of acute kidney injury during the COVID-19 outbreak: a study based on single-cell transcriptome analysis
2020-06, Intensive care medicine
IF:27.1Q1
DOI:10.1007/s00134-020-06026-1
PMID:32236644
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25606 | 2024-08-09 |
Joint learning dimension reduction and clustering of single-cell RNA-sequencing data
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa231
PMID:32246821
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研究论文 | 本文提出了一种联合学习单细胞RNA测序数据降维和聚类的新算法DRjCC | DRjCC算法通过联合学习降维和细胞聚类，改善了细胞类型发现的性能 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型发现的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 涉及11个单细胞RNA测序数据集，细胞数量从49到68,579不等，细胞类型从3到14种 |
| 25607 | 2024-08-09 |
Genomic Analysis of Circulating Tumor Cells at the Single-Cell Level
2020-06, The Journal of molecular diagnostics : JMD
DOI:10.1016/j.jmoldx.2020.02.013
PMID:32247862
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研究论文 | 本文评估了四种全基因组扩增（WGA）/下一代测序工作流程在单个循环肿瘤细胞（CTC）基因组分析中的应用 | MALBAC与低通全基因组测序结合的工作流程在全基因组拷贝数变异（CNV）分析中表现出更好的覆盖广度、均匀性和重复性 | 所有评估的单细胞测序工作流程在突变检测方面均未达到临床应用所需的足够灵敏度和特异性 | 评估不同全基因组扩增方法在单个循环肿瘤细胞基因组分析中的性能 | 循环肿瘤细胞（CTC）的基因组分析 | 数字病理学 | 肺癌 | 下一代测序（NGS） | NA | 基因组数据 | 四个鳞状非小细胞肺癌患者的单个循环肿瘤细胞 |
| 25608 | 2024-08-09 |
GAD-alum immunotherapy in type 1 diabetes expands bifunctional Th1/Th2 autoreactive CD4 T cells
2020-06, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-020-05130-7
PMID:32248243
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研究论文 | 本研究探讨了GAD-alum免疫疗法在1型糖尿病中的作用机制，特别是在调节Th1自身免疫和诱导Th2反应方面。 | 本研究发现GAD-alum免疫疗法能够激活并扩增具有双功能Th1/Th2表型的GAD特异性CD4 T细胞。 | NA | 研究GAD-alum免疫疗法在1型糖尿病中的作用机制，特别是其如何调节Th1自身免疫和诱导Th2反应。 | GAD-alum免疫疗法对GAD特异性CD4 T细胞的影响。 | 免疫学 | 1型糖尿病 | GAD-alum免疫疗法 | NA | 血液单个核细胞 | 参与者接受了20 μg GAD-alum（两次或三次）或alum单独免疫，并在基线和治疗后采集了外周血单个核细胞样本。 |
| 25609 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing of murine islets shows high cellular complexity at all stages of autoimmune diabetes
2020-06-01, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20192362
PMID:32251514
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对非肥胖糖尿病小鼠胰岛中的多种浸润细胞在自身免疫性糖尿病过程中的转录组异质性进行了无偏倚的检查 | 首次揭示了自身免疫性糖尿病过程中胰岛微环境的动态重塑，以及特定细胞亚群的转录组特征 | NA | 定义自身免疫性糖尿病的分期，并揭示驱动该疾病的转录组特异性细胞群体 | 非肥胖糖尿病小鼠胰岛中的浸润细胞 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25610 | 2024-08-09 |
Cell type-specific transcriptomics of esophageal adenocarcinoma as a scalable alternative for single cell transcriptomics
2020-06, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.12680
PMID:32255255
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研究论文 | 本文开发了一种协议，通过荧光激活细胞分选和随后的RNA测序，将食管腺癌组织分离成白细胞、上皮细胞和成纤维细胞，并对其转录组进行分析 | 提出了一种更可扩展的方法，通过分离特定细胞类型进行转录组分析，以替代单细胞转录组学 | NA | 开发一种更可扩展的方法来研究食管腺癌中特定细胞群体的转录组变化及其与临床参数的关联 | 食管腺癌组织中的白细胞、上皮细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 食管腺癌 | 荧光激活细胞分选，RNA测序 | NA | 转录组数据 | 9名患者的肿瘤样本 |
| 25611 | 2024-08-09 |
Bilateral murine tumor models for characterizing the response to immune checkpoint blockade
2020-05, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-020-0299-3
PMID:32238953
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研究论文 | 本文描述了一种双侧小鼠肿瘤模型，用于研究免疫检查点阻断（ICB）疗法的反应 | 该模型通过使用同基因癌细胞系，展示了ICB疗法的对称且二分反应，有助于在高度均质化的背景下详细分析整个肿瘤 | NA | 研究免疫检查点阻断疗法在不同肿瘤模型中的反应机制 | 小鼠肿瘤模型及其对ICB疗法的反应 | NA | NA | RNA-seq, 免疫组织化学, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术 | NA | 组织, 单细胞悬液 | NA |
| 25612 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies senescent cerebromicrovascular endothelial cells in the aged mouse brain
2020-04, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-020-00177-1
PMID:32236824
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了老年小鼠大脑中衰老的脑微血管内皮细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术在老年小鼠模型中检测到衰老的脑微血管内皮细胞，并提出了评估衰老对不同脑细胞类型影响及多种衰老药物治疗效果的方法 | 研究仅限于C57BL/6小鼠模型，可能限制了结果的普遍性 | 探讨年龄相关性脑微血管内皮细胞表型变化及其在血管性认知障碍中的作用机制 | 老年小鼠大脑中的脑微血管内皮细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 4233个细胞，来自3个月和28个月大的C57BL/6小鼠 |
| 25613 | 2024-08-09 |
Single-cell mapping reveals new markers and functions of lymphatic endothelial cells in lymph nodes
2020-04, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000704
PMID:32251437
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，全面定义了小鼠皮肤引流淋巴结中淋巴内皮细胞的转录组，并识别了新的标记物和不同淋巴内皮细胞亚群的功能 | 发现了淋巴内皮细胞在淋巴结中的新功能，包括在副皮质区淋巴内皮细胞亚型在快速淋巴细胞从淋巴结中排出的作用 | NA | 探索淋巴结中淋巴内皮细胞的表型和功能异质性 | 淋巴结中的淋巴内皮细胞 | NA | 癌症转移 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠皮肤引流淋巴结中的淋巴内皮细胞 |
| 25614 | 2024-08-09 |
Cortical Neural Stem Cell Lineage Progression Is Regulated by Extrinsic Signaling Molecule Sonic Hedgehog
2020-03-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.027
PMID:32234482
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研究论文 | 本文探讨了皮质神经干细胞系的分化进程及其受外部信号分子Sonic Hedgehog调控的分子机制 | 首次证明了Sonic Hedgehog信号对于GSX2表达的中间祖细胞（IPCs）的生成是必要且充分的，并使用单细胞RNA测序揭示了GSX2 IPCs的转录组特征 | NA | 揭示皮质神经干细胞系分化的分子机制 | 皮质神经干细胞及其分化产物 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及E16.5时期的鼠皮质神经干细胞 |
| 25615 | 2024-08-09 |
Network-Based Single-Cell RNA-Seq Data Imputation Enhances Cell Type Identification
2020-03-31, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11040377
PMID:32244427
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研究论文 | 本文介绍了一种基于网络的单细胞RNA测序数据插补方法netImpute，通过利用基因共表达网络中的隐藏信息来恢复真实信号，以改善细胞类型识别 | netImpute采用随机游走重启（RWR）技术，通过从基因共表达网络中的邻居借用信息来调整给定细胞的基因表达水平，有效处理了数据中的缺失值问题 | 虽然netImpute的概念通用，可以应用于其他类型的网络，如细胞共表达网络或蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，但评估结果显示基因共表达网络始终更有益，而PPI网络通常缺乏细胞类型上下文，细胞共表达网络可能导致稀有细胞类型的信息丢失 | 旨在通过网络方法改善单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机游走重启（RWR） | 基因表达数据 | 七个真实数据集和模拟数据 |
| 25616 | 2024-08-09 |
Dimension Reduction and Clustering Models for Single-Cell RNA Sequencing Data: A Comparative Study
2020-Mar-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21062181
PMID:32235704
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研究论文 | 本文对单细胞RNA测序数据进行了维度降低和聚类模型的比较研究 | 引入了几种维度降低方法和聚类模型，并通过实验验证了它们在处理高维和稀疏单细胞RNA测序数据中的有效性 | 文章指出独立成分分析在模糊C均值聚类中表现不佳 | 验证一种可靠和标准的研究流程，并对不同的维度降低方法和聚类模型进行综合评估 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | K均值聚类 | 基因表达数据 | 两个大型单细胞RNA测序数据集 |
| 25617 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-sequencing analysis identifies host long noncoding RNA MAMDC2-AS1 as a co-factor for HSV-1 nuclear transport
2020, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.42556
PMID:32226304
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研究论文 | 本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据，揭示了宿主长非编码RNA MAMDC2-AS1在HSV-1感染中的作用及其机制 | 首次阐明了MAMDC2-AS1作为HSV-1核运输的共因子，及其通过与Hsp90α相互作用促进病毒蛋白VP16的核运输 | NA | 探究宿主长非编码RNA在HSV-1感染中的作用及其机制 | HSV-1感染的异质性及宿主长非编码RNA MAMDC2-AS1的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 25618 | 2024-08-09 |
Automatic identification of relevant genes from low-dimensional embeddings of single-cell RNA-seq data
2020-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa198
PMID:32207520
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研究论文 | 本文介绍了一种从单细胞RNA测序数据的低维嵌入中自动识别相关基因的方法 | 引入了局部和全局基因相关性的概念，计算非线性低维嵌入的主成分分析负载，以识别驱动整体嵌入和定义子区域的基因 | NA | 开发一种方法来识别驱动单细胞RNA测序数据低维嵌入的基因 | 单细胞RNA测序数据的低维嵌入 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非线性技术 | 单细胞RNA测序数据 | 不同实验协议和低维嵌入技术的单细胞RNA测序数据集 |
| 25619 | 2024-08-09 |
Tools for the analysis of high-dimensional single-cell RNA sequencing data
2020-07, Nature reviews. Nephrology
DOI:10.1038/s41581-020-0262-0
PMID:32221477
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研究论文 | 本文介绍了用于分析高维度单细胞RNA测序数据的一系列计算工具 | 开发了一套计算工具来处理、分析和可视化单细胞RNA测序数据，以应对数据量大和噪声问题 | 具体分析步骤可能因生物问题而异，但缺乏针对特定问题的个性化分析工具 | 解决单细胞RNA测序数据分析中的挑战，包括数据量大和技术噪声问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达矩阵 | NA |
| 25620 | 2024-08-09 |
Proteomic identification and expression of oral apparatus constituents in cell regeneration of giant ciliate Stentor coeruleus (strain WHEL)
2020-Jun-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2020.144624
PMID:32224274
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研究论文 | 本研究通过质谱法和单细胞转录组测序技术，鉴定并分析了巨纤毛虫Stentor coeruleus中口腔器成分及其在再生过程中的表达模式 | 首次通过质谱法鉴定了Stentor coeruleus中882种口腔器相关蛋白，并通过单细胞转录组测序研究了这些基因在口腔器再生过程中的表达模式 | NA | 研究Stentor coeruleus口腔器的分子基础及其在细胞再生中的作用 | 巨纤毛虫Stentor coeruleus的口腔器成分及其在再生过程中的表达 | NA | NA | 质谱法，单细胞转录组测序 | NA | 蛋白质，转录组 | 882种口腔器相关蛋白，181种已知口腔器成分的同源蛋白 |