单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25581	2024-08-09	scRNA-seq assessment of the human lung, spleen, and esophagus tissue stability after cold preservation 2019-12-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1906-x PMID:31892341	研究论文	本研究评估了冷保存对新鲜健康脾脏、食管和肺组织的影响，通过单细胞RNA测序分析了这些组织在72小时内的稳定性。	研究提供了24小时内组织保存的稳健协议，这对Human Cell Atlas或临床研究的样本收集物流大有裨益。	研究观察到72小时后肺T细胞比例下降，线粒体读数百分比增加，以及脾脏中背景环境RNA读数的污染增加，这些是细胞类型特异性的。	评估冷保存对人类脾脏、食管和肺组织稳定性的影响，并为Human Cell Atlas提供高质量的单细胞转录组数据。	新鲜健康的脾脏、食管和肺组织。	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	240,000个高质量单细胞转录组，来自至少5个供体的全基因组序列
25582	2024-08-09	Cloud accelerated alignment and assembly of full-length single-cell RNA-seq data using Falco 2019-Dec-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-6341-6 PMID:31888474	研究论文	本文介绍了Falco框架，该框架利用现代云平台的并行和分布式计算环境，加速全长批量RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据的读取对齐和转录本组装	Falco框架引入了两种新模式：仅对齐和转录本组装，能够显著加速全长scRNA-seq数据的对齐和组装过程	NA	开发一个能够扩展并加速全长scRNA-seq数据对齐和组装的云端大数据处理框架	全长批量RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	文本	两个公开的scRNA-seq数据集
25583	2024-08-09	Using transfer learning from prior reference knowledge to improve the clustering of single-cell RNA-Seq data 2019-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-56911-z PMID:31889137	研究论文	本文提出了一种利用先验知识从大型参考数据集进行迁移学习以改进单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据聚类的方法	本文首次将迁移学习应用于无监督聚类问题，并通过单细胞RNA测序数据验证了其有效性	NA	改进小规模疾病或组织特异性数据集的聚类效果，特别是罕见细胞类型的识别	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	使用模拟数据和公开可用数据进行验证
25584	2024-08-09	S100a4 upregulation in Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre-driven mammary tumors promotes metastasis 2019-12-27, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-019-1238-5 PMID:31881983	研究论文	本研究通过生成Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre双突变小鼠乳腺癌模型，探讨了PIK3CA和TP53突变在乳腺肿瘤发生中的协同作用及S100a4在转移中的作用。	首次揭示了Pik3caH1047R和Trp53R270H在乳腺肿瘤发生中的协同作用，并发现S100a4在肿瘤转移中的关键作用。	NA	研究PIK3CA和TP53突变在乳腺肿瘤发生中的协同作用及S100a4在转移中的作用。	Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre双突变小鼠乳腺癌模型。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个乳腺肿瘤样本
25585	2024-08-09	Discovering Rare Genes Contributing to Cancer Stemness and Invasive Potential by GBM Single-Cell Transcriptional Analysis 2019-Dec-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers11122025 PMID:31888172	研究论文	本研究利用公开的单细胞RNA测序数据，发现并全面解析了存在于少数胶质母细胞瘤（GBM）细胞中的稀有基因，并设计了一个框架系统地识别了51个稀有蛋白质编码基因（PCGs）和47个稀有长非编码RNAs（lncRNAs）。	本研究通过单细胞RNA测序技术，深入探索了少数细胞中的分子机制，并发现了与GBM进展和预后相关的稀有基因。	NA	探索胶质母细胞瘤（GBM）中稀有基因的作用及其在癌症进展和预后中的潜在影响。	胶质母细胞瘤（GBM）细胞中的稀有基因。	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	51个稀有蛋白质编码基因和47个稀有长非编码RNAs
25586	2024-08-09	Single cell RNA-sequencing reveals cellular heterogeneity and trajectories of lineage specification during murine embryonic limb development 2020-07, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.matbio.2019.12.004 PMID:31874220	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠胚胎后肢发育过程中的细胞异质性和谱系指定轨迹	首次在单细胞水平上揭示了小鼠胚胎后肢发育过程中的细胞转录程序和细胞成熟连续性	NA	识别小鼠胚胎后肢发育过程中的细胞谱系指定轨迹	小鼠胚胎后肢发育过程中的细胞类型和细胞轨迹	数字病理学	NA	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠胚胎后肢在胚胎日11.5至18.5的样本
25587	2024-08-09	Causal network perturbations for instance-specific analysis of single cell and disease samples 2020-04-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz949 PMID:31873725	研究论文	本文介绍了一种名为ssNPA的新方法，用于基于基因网络失调对样本进行亚型分类	ssNPA直接从对照数据中学习因果图，并通过预测每个基因表达的误差来量化样本特定网络邻域的失调	NA	旨在通过分析个体样本中的通路扰动，改善诊断并实现个性化治疗	单细胞和疾病样本	生物信息学	NA	RNA-seq	因果图	基因表达数据	包括肝脏发育的单细胞RNA-seq数据和两个TCGA数据集
25588	2024-08-09	Design and application of single-cell RNA sequencing to study kidney immune cells in lupus nephritis 2020-04, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-019-0232-6 PMID:31853010	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了狼疮性肾炎中的肾脏免疫细胞	采用单细胞RNA测序技术对狼疮性肾炎患者的肾脏活检样本进行详细细胞群特征分析，并探讨了非侵入性监测肾脏免疫激活的可能性	NA	揭示狼疮性肾炎中导致组织损伤的免疫机制	狼疮性肾炎患者的肾脏免疫细胞和实质细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	生物样本	多个地点和不同人群的肾脏活检样本
25589	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Disease-Defining T-cell Subsets in the Tumor Microenvironment of Classic Hodgkin Lymphoma 2020-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0680 PMID:31857391	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，揭示了经典霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中定义疾病的T细胞亚群	首次在单细胞分辨率下对霍奇金淋巴瘤特异性免疫微环境进行表型分析，并发现了一种新的霍奇金淋巴瘤相关T细胞亚群，该亚群表达抑制性受体LAG3，具有免疫抑制功能	NA	研究霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中细胞成分及其空间关系，以理解细胞间的相互作用及治疗靶点	霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中的T细胞亚群	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	从22个霍奇金淋巴瘤组织样本和5个反应性淋巴结中获取超过127,000个细胞
25590	2024-08-09	Single-cell RNA-seq analysis identifies meniscus progenitors and reveals the progression of meniscus degeneration 2020-03, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2019-215926 PMID:31871141	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）识别膝关节半月板细胞的不同亚群，并揭示半月板退化的机制	首次通过scRNA-seq技术识别出半月板前体细胞，并揭示了半月板退化的新机制	NA	探究半月板细胞的异质性及其退化机制	人类健康及退化半月板细胞	数字病理学	关节疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括健康和退化的半月板细胞的多个样本
25591	2024-08-09	Highly multiplexed single-cell RNA-seq by DNA oligonucleotide tagging of cellular proteins 2020-01, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0372-z PMID:31873215	研究论文	本文描述了一种通用的单细胞RNA测序样本多重化方法，通过将识别DNA寡核苷酸附着到固定细胞的细胞蛋白上来进行化学标记	该方法能够揭示从大量实验或临床样本中细胞群体结构和转录状态的变化，这些变化无法通过整体测量来辨别	NA	建立一种高效的方法，用于从大型实验或临床样本中以单细胞RNA测序的深度和分辨率调查细胞群体	单细胞RNA测序中的细胞群体结构和转录状态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	96个多重化样本
25592	2024-08-09	Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial target in glioblastoma 2020-01, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-019-0694-x PMID:31873309	研究论文	本文通过质谱流式细胞术和单细胞RNA测序分析了94名代表五种不同癌症类型的患者，识别出胶质母细胞瘤中独特的CD73巨噬细胞群体，并探讨了CD73作为联合治疗靶点的重要性。	本文首次识别出胶质母细胞瘤中持续存在的CD73巨噬细胞群体，并通过反向转化研究证实CD73缺失可提高抗CTLA-4和抗PD-1治疗下的生存率。	临床试验中联合免疫检查点策略的机制合理性尚不明确，且研究仅限于特定肿瘤类型。	旨在识别肿瘤特异性免疫调节靶点，以改进免疫检查点疗法在胶质母细胞瘤中的应用。	94名代表五种不同癌症类型的患者，特别是胶质母细胞瘤、前列腺癌和结直肠癌患者。	数字病理学	脑癌	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	94名患者
25593	2024-08-09	Autoencoder-based cluster ensembles for single-cell RNA-seq data analysis 2019-Dec-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3179-5 PMID:31870278	研究论文	本文提出了一种基于自编码器的聚类集成框架，用于单细胞RNA测序数据分析	该框架通过随机子空间投影和自编码器压缩，结合集成聚类方法，显著提高了细胞类型特异性聚类的性能	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器	基因表达数据	多个复杂样本或组织中的单个细胞
25594	2024-08-09	scDC: single cell differential composition analysis 2019-Dec-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3211-9 PMID:31870280	研究论文	本文介绍了scDC方法，用于单细胞差异组成分析，通过bootstrap重采样进行细胞类型组成的差异分析	scDC方法通过bootstrap重采样捕捉每个受试者细胞类型比例的不确定性，并使用偏差校正和加速的bootstrap置信区间进行估计	NA	开发一种方法来估计细胞类型组成中的不确定性	单细胞差异组成分析	单细胞测序	NA	单细胞测序	GLM和GLMM模型	单细胞RNA测序数据	模拟数据集和合成数据集，每个条件有2到5个受试者
25595	2024-08-09	scReClassify: post hoc cell type classification of single-cell rNA-seq data 2019-Dec-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-6305-x PMID:31874628	研究论文	本文提出了一种半监督学习框架scReClassify，用于单细胞RNA测序数据的后验细胞类型识别	scReClassify能够从可能包含错误标签的初始细胞类型注释中，通过PCA降维和半监督学习方法，准确地识别并重新分类错误分类的细胞	NA	开发一种工具，用于改进单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	半监督学习	基因表达数据	涉及多种组织和生物系统的模拟和真实实验数据
25596	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveal a Correlation between Genome Architecture and Gene Family Evolution in Ciliates 2019-12-24, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.02524-19 PMID:31874915	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了纤毛虫基因组结构与其基因家族进化之间的关系	首次针对未培养的纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea进行单细胞转录组学分析，揭示了基因组结构与蛋白质进化模式的相关性	研究主要集中在未培养的纤毛虫类群，可能无法完全代表所有纤毛虫的基因组进化情况	进一步评估纤毛虫基因家族的进化，并探讨基因组结构与分子进化模式之间的关系	纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea的单细胞转录组	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	43个单细胞转录组，来自33种纤毛虫，代表10个类别
25597	2024-08-09	Human Primordial Germ Cells Are Specified from Lineage-Primed Progenitors 2019-12-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.083 PMID:31875561	研究论文	本文研究了人类多能干细胞在体外转化为生殖细胞的过程，特别是原始生殖细胞（PGCs）的形成和特性	发现人类原始生殖细胞（hPGC）的形成始于受精后第12天，并通过单细胞RNA测序揭示了hPGC样细胞（hPGCLCs）的形成涉及从多能状态向过渡状态的重置，随后分化为谱系预定的TFAP2A前体细胞	NA	探讨人类原始生殖细胞的形成机制及其在体外生殖细胞生成中的作用	人类原始生殖细胞（hPGC）及其前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25598	2024-08-09	Feature selection and dimension reduction for single-cell RNA-Seq based on a multinomial model 2019-12-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1861-6 PMID:31870412	研究论文	本文针对单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据，提出了一种基于多项式模型的特征选择和降维方法	本文提出的多项式方法，包括广义主成分分析（GLM-PCA）和基于偏差的特征选择，在下游聚类评估中优于当前实践	NA	改进单细胞RNA测序数据的特征选择和降维方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	GLM-PCA	基因表达数据	NA
25599	2024-08-09	Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression 2019-12-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1874-1 PMID:31870423	研究论文	本文提出了一种基于正则化负二项回归的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化和方差稳定化模型框架	本文提出的方法通过使用细胞测序深度作为广义线性模型中的协变量，从正则化负二项回归的Pearson残差中成功去除技术特征的影响，同时保留生物异质性	NA	解决scRNA-seq数据中技术因素导致的细胞间变异问题，以区分生物异质性和技术效应	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	正则化负二项回归	分子计数数据	NA
25600	2024-08-09	Cell shape determines gene expression: cardiomyocyte morphotypic transcriptomes 2019-12-23, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-019-0765-7 PMID:31872302	研究论文	本研究通过单细胞形态分型策略和单细胞RNA测序，探讨了心肌细胞形态变化对基因表达的影响	首次揭示了细胞形态本身对心肌细胞基因表达的影响，并识别了与异常形态相关的特定基因表达变化和信号通路	NA	填补关于细胞形态变化是否影响基因表达的知识空白	心肌细胞的形态和基因表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	个体心肌细胞