单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2541	2025-03-13	Human inherited PD-L1 deficiency is clinically and immunologically less severe than PD-1 deficiency 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231704 PMID:38634869	研究论文	本文报道了两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹，该变异导致PD-L1功能丧失，并探讨了PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	首次报道了人类遗传性PD-L1缺乏的临床和免疫学特征，并与PD-1缺乏进行了对比，揭示了PD-L1缺乏不会导致致命性自身免疫病	研究样本量较小，仅涉及两名患者，可能限制了结果的普遍性	探讨PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹	免疫学	1型糖尿病	流式细胞术免疫表型分析、单细胞RNA测序	NA	血液白细胞	两名患者
2542	2025-03-13	Single-cell transcriptomics of the human parasite Schistosoma mansoni first intra-molluscan stage reveals tentative tegumental and stem-cell regulators 2024-03-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55790-3 PMID:38472267	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了人类寄生虫曼氏血吸虫在软体动物宿主内的第一阶段发育，揭示了可能的表皮和干细胞调控因子	首次使用单细胞转录组学技术对曼氏血吸虫在软体动物宿主内的发育阶段进行详细分析，识别了六个细胞群及其关键生物过程	研究局限于曼氏血吸虫的特定发育阶段，未涵盖整个生命周期	探索曼氏血吸虫在软体动物宿主内发育阶段的细胞和分子机制	曼氏血吸虫的母孢子囊	单细胞转录组学	血吸虫病	10X Genomics Chromium平台	NA	单细胞RNA测序数据	曼氏血吸虫母孢子囊的单细胞悬浮液
2543	2025-03-13	From local to global gene co-expression estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Jan-29, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujae001 PMID:38465983	研究论文	本文探讨了一种先进的网络估计技术，用于在单细胞水平上表征基因关系，称为细胞特异性基因网络	提出了平均局部密度差距（aLDG）这一新的单变量依赖度量，能够累积局部依赖并检测任何非线性、非单调关系	未明确提及具体限制	研究基因关系的局部依赖性，并提出新的统计方法来更好地估计这些关系	单细胞RNA测序数据中的基因关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2544	2025-03-13	Aryl hydrocarbon receptor and IL-13 signaling crosstalk in human keratinocytes and atopic dermatitis 2024, Frontiers in allergy IF:3.3Q2 DOI:10.3389/falgy.2024.1323405 PMID:38344408	研究论文	本文研究了芳烃受体（AHR）和IL-13信号在人类角质形成细胞和特应性皮炎（AD）中的相互作用	揭示了AHR通过基因组范围内的转录调控效应调节IL-13下游信号的新机制	研究主要基于体外HaCaT细胞模型，尚未在体内模型中验证	探讨AHR在AD中的作用机制及其与IL-13信号的相互作用	人类角质形成细胞和特应性皮炎患者皮肤样本	生物医学	特应性皮炎	RNA测序、单细胞RNA测序、Western blot、ELISA、qRT-PCR	NA	基因表达数据	人类活检样本和HaCaT细胞模型
2545	2025-03-13	Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a novel gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke 2023-Feb-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2557290/v1 PMID:36824976	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别出Ifi27l2a作为调控老年和卒中背景下小胶质细胞炎症反应的新基因	首次发现Ifi27l2a基因在老年和卒中背景下对小胶质细胞功能和神经炎症的调控作用	研究主要基于小鼠模型和体外培养的小胶质细胞，人类样本验证有限	探索调控小胶质细胞功能的基因，以发现新的治疗干预手段	老年小鼠脑组织、卒中模型、小胶质细胞培养物、人类尸检样本	生物医学	卒中	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	老年小鼠脑组织、卒中模型、小胶质细胞培养物、人类尸检样本
2546	2025-03-13	Improved detection of tumor suppressor events in single-cell RNA-Seq data 2020, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-020-00151-y PMID:33083012	研究论文	本文提出了一种名为SCIRA的计算策略，用于在单细胞RNA-Seq数据中推断组织特异性转录因子的调控活性，并识别肿瘤抑制事件	SCIRA工具提高了在单细胞分辨率下检测肿瘤抑制事件的敏感性，尤其是在差异表达无法检测到的情况下	高丢失率是单细胞RNA-Seq数据中的一个挑战，可能影响结果的准确性	研究组织特异性转录因子在癌症中的失活情况，并识别肿瘤抑制事件	单细胞RNA-Seq数据中的癌症细胞	生物信息学	肺癌	单细胞RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	吸烟者的正常非纤毛肺上皮细胞
2547	2025-03-13	Single-cell sperm transcriptomes and variants from fathers of children with and without autism spectrum disorder 2020, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-020-0117-4 PMID:32133155	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了自闭症谱系障碍（ASD）患儿父亲和正常儿童父亲的精子转录组和变异	首次使用10× Chromium单细胞测序技术对超过65,000个单精子进行转录组分析，揭示了不同干细胞池产生的精子中的突变簇	样本量较小，仅包括六名精子捐赠者，其中两名是ASD患儿的父亲，四名是正常儿童的父亲	研究自闭症谱系障碍（ASD）与父亲精子中RNA和突变的关系	六名精子捐赠者，包括两名ASD患儿的父亲和四名正常儿童的父亲	单细胞测序	自闭症谱系障碍	10× Chromium单细胞测序技术，RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	超过65,000个单精子，来自六名精子捐赠者
2548	2025-03-12	USP7 - A novel target for controlling periodontal inflammation through modulation of macrophage polarization 2025-Jun, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2025.106981 PMID:39946796	研究论文	本文研究了泛素特异性蛋白酶7（USP7）及其抑制剂P5091在牙周炎中调控巨噬细胞极化的作用	首次揭示了USP7在牙周炎巨噬细胞极化中的调控作用，并探讨了其抑制剂P5091的潜在治疗价值	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨USP7及其抑制剂P5091在牙周炎中调控巨噬细胞极化的作用	牙周炎组织、RAW264.7细胞和小鼠模型	生物医学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot	小鼠模型	基因表达数据	牙周炎组织和正常对照组织、RAW264.7细胞
2549	2025-03-12	Deciphering the Vulnerability of Pollen to Heat Stress for Securing Crop Yields in a Warming Climate 2025-Apr, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15315 PMID:39722468	review	本文综述了热应激如何影响花粉发育的基因调控网络，并探讨了这些变化对花粉发育各阶段的影响	利用单细胞RNA测序等基因组技术揭示热应激引发的基因调控重编程，提出花粉选择作为提高作物耐热性的关键策略	NA	研究热应激对花粉发育的影响，以提高作物在气候变暖条件下的耐热性	花粉	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR/Cas系统	NA	基因组数据	NA
2550	2025-03-12	Single-cell transcriptomics reveals the immune mechanisms by which tonsillectomy improves clinical outcomes of recurrent Immuoglobulin A nephropathy after kidney transplant 2025-Apr, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.02.010 PMID:39985963	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了扁桃体切除术改善肾移植后复发性免疫球蛋白A肾病（IgANR）临床效果的免疫机制	首次通过单细胞转录组学分析揭示了扁桃体切除术对IgANR患者B细胞表型和功能的影响，特别是IGHA1表达下调、记忆B细胞失活及相关通路的改变	样本量较小，仅分析了29名IgANR患者的扁桃体组织和外周血单核细胞（PBMCs）	探讨扁桃体切除术在IgANR治疗中的细胞和分子机制	29名IgANR患者的扁桃体组织和外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	免疫球蛋白A肾病	流式细胞术、单细胞mRNA测序	NA	单细胞转录组数据	29名IgANR患者的扁桃体组织和3份PBMC样本
2551	2025-03-12	SARS-CoV-2 infection of human lung ALI cultures reveals basal cells as relevant targets 2025-Mar-11, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf125 PMID:40065723	研究论文	本文通过病毒复制分析、单细胞RNA测序和光谱显微镜技术，研究了SARS-CoV-2在人类鼻和支气管上皮细胞的气液界面培养物中的感染情况，揭示了基底细胞在病毒传播和免疫反应中的关键作用	研究发现基底细胞是SARS-CoV-2感染的重要靶点，并揭示了其在病毒传播和上皮免疫反应中的关键作用，同时验证了局部应用Camostat mesylate对抑制病毒复制和免疫激活的有效性	研究主要基于体外培养的细胞模型，可能无法完全反映体内复杂的生理环境	研究SARS-CoV-2在上呼吸道感染中的细胞靶点及其对上皮免疫反应的影响	人类鼻和支气管上皮细胞的气液界面培养物	病毒学	COVID-19	病毒复制分析、单细胞RNA测序、光谱显微镜	NA	RNA测序数据、显微镜图像	人类鼻和支气管上皮细胞的气液界面培养物
2552	2025-03-12	Novel cell-to-cell communications between macrophages and fibroblasts regulate obesity-induced adipose tissue fibrosis 2025-Mar-10, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究通过单细胞分析技术探讨了肥胖诱导的脂肪组织中巨噬细胞和成纤维细胞之间的细胞间通讯，揭示了Mincle信号在调节脂肪组织纤维化中的作用	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群，并揭示了其通过分泌Osm抑制脂肪组织成纤维细胞中胶原基因表达的机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探讨肥胖诱导的脂肪组织纤维化过程中巨噬细胞和成纤维细胞之间的细胞间通讯机制	饮食诱导的肥胖小鼠的脂肪组织	细胞生物学	肥胖	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	饮食诱导的肥胖小鼠
2553	2025-03-12	Mitochondrial fatty acid oxidation regulates adult muscle stem cell function through modulating metabolic flux and protein acetylation 2025-Mar-10, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00397-1 PMID:40065099	研究论文	本文揭示了线粒体脂肪酸氧化（FAO）在卫星细胞完整性和功能中的作用	首次发现线粒体脂肪酸氧化在卫星细胞激活、增殖和肌源性承诺过程中的逐步富集，并揭示了Cpt2缺失对卫星细胞代谢和再生的影响	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨不同能量来源对卫星细胞代谢和功能的贡献	骨骼肌中的卫星细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
2554	2025-03-12	Individualized therapy guided by single-cell sequencing in anti-GABAAR encephalitis 2025-Mar-08, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-025-03300-y PMID:40057475	研究论文	本文介绍了一位难治性抗GABA-R脑炎患者，通过单细胞测序技术分析其外周血单核细胞和脑脊液细胞，揭示了疾病中的单克隆CD8 T细胞群和异常的JAK-STAT信号通路	首次在抗GABA-R脑炎患者中通过单细胞测序技术识别出特定的单克隆CD8 T细胞群和JAK-STAT信号通路的异常，并发现LMO5蛋白在激活这些T细胞中的作用	研究仅基于单一病例，样本量有限，需要更多病例验证	探索抗GABA-R脑炎的个体化治疗策略	抗GABA-R脑炎患者的外周血单核细胞和脑脊液细胞，以及健康志愿者的外周血单核细胞	单细胞测序	脑炎	单细胞测序	NA	单细胞数据	1位患者和4位健康志愿者的外周血单核细胞，以及患者的脑脊液细胞
2555	2025-03-12	Microbial metabolites control self-renewal and precancerous progression of human cervical stem cells 2025-Mar-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57323-6 PMID:40057497	研究论文	本文研究了人类宫颈干细胞的自我更新和癌前进展的调控机制，特别是微生物代谢物在这一过程中的作用	首次报道了通过单细胞RNA测序技术鉴定人类宫颈干细胞的异质性，并发现乳酸菌衍生的乳酸通过PI3K-AKT通路和YAP1调控宫颈干细胞的自我更新和早期肿瘤发生	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探索宫颈干细胞的调控机制及其在宫颈健康和疾病中的作用	人类宫颈干细胞及其癌前进展	生物医学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及人类和鼠类宫颈干细胞
2556	2025-03-12	Immunomodulatory role of the stem cell circadian clock in muscle repair 2025-Mar-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq8538 PMID:40043110	研究论文	本研究揭示了肌肉干细胞（SCs）中的生物钟在肌肉再生过程中调节免疫微环境的作用	发现了肌肉干细胞生物钟通过调节NAD的细胞质再生来触发时间依赖性炎症基因转录，从而影响肌肉再生	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨肌肉干细胞生物钟在肌肉再生中的免疫调节作用	肌肉干细胞及其在肌肉再生中的免疫微环境	生物医学	肌肉损伤	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
2557	2025-03-12	CTSO and HLA-DQA1 as biomarkers in sepsis-associated ARDS: insights from RNA sequencing and immune infiltration analysis 2025-Mar-07, BMC infectious diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12879-025-10726-8 PMID:40055592	研究论文	本研究通过RNA测序和免疫浸润分析，探讨了CTSO和HLA-DQA1作为脓毒症相关急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的生物标志物的潜力	本研究首次从生物信息学的角度深入探讨了溶酶体相关基因与脓毒症免疫微环境中溶酶体变化之间的关联，并鉴定了CTSO和HLA-DQA1作为预测脓毒症相关预后的核心基因	脓毒症的病因复杂，ARDS和脓毒症的差异可能仅在于感染部位的不同，且许多ARDS病例的病因复杂，可能进展为脓毒症	探讨溶酶体相关基因与脓毒症免疫微环境中溶酶体变化之间的关联，并寻找新的临床诊断和治疗靶点	脓毒症患者	生物信息学	脓毒症	RNA测序、免疫浸润分析、单细胞测序	NA	RNA测序数据、临床数据	NA
2558	2025-03-12	Extracellular vesicular delivery of ceramides from pulmonary macrophages to endothelial cells facilitates chronic obstructive pulmonary disease 2025-Mar-07, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02125-y PMID:40055817	研究论文	本研究揭示了慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的一种新机制，即肺巨噬细胞通过含有神经酰胺的细胞外囊泡（EVs）将香烟烟雾（CS）诱导的代谢应激传递给内皮细胞（ECs），导致内皮屏障功能障碍	发现了肺巨噬细胞通过EVs传递神经酰胺到ECs的新机制，这一机制在COPD的发病过程中起关键作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨神经酰胺是否作为COPD发展中的细胞非自主介质，通过传递代谢应激从肺巨噬细胞到ECs，损害内皮功能并协调肺部炎症	肺巨噬细胞和内皮细胞	生物医学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序、质谱脂质组学、透射电子显微镜、纳米颗粒跟踪分析	小鼠模型	RNA测序数据、脂质组学数据、显微镜图像	人类肺组织样本、小鼠肺泡巨噬细胞
2559	2025-03-12	Bacteroides fragilis Toxin Suppresses METTL3-Mediated m6A Modification in Macrophage to Promote Inflammatory Bowel Disease 2025-Mar-05, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjae179 PMID:40065724	研究论文	本研究探讨了Bacteroides fragilis毒素（BFT）通过抑制METTL3介导的m6A修饰在巨噬细胞中的作用，从而促进炎症性肠病的机制	揭示了BFT通过抑制FOXD3表达减少METTL3转录，进而降低m6A修饰，并通过减少YTHDF2依赖的mRNA降解促进ITGA5表达的新机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究BFT与宿主相互作用对宿主mRNA的m6A修饰的影响及其机制	炎症性肠病患者和硫酸葡聚糖钠诱导的结肠炎小鼠	分子生物学	炎症性肠病	单细胞测序	NA	基因表达数据	炎症性肠病患者和结肠炎小鼠
2560	2025-03-12	AcImpute: a constraint-enhancing smooth-based approach for imputing single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae711 PMID:40037523	研究论文	本文提出了一种名为AcImpute的无监督方法，用于提高单细胞RNA测序数据的插补准确性，通过约束不同表达水平基因之间的平滑权重来防止过度平滑	AcImpute方法通过约束平滑权重，有效解决了基于平滑的插补方法中的过度平滑问题，提高了基因表达的恢复精度，并保持了细胞间的变异性	NA	提高单细胞RNA测序数据的插补准确性，以增强下游分析的有效性和准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督方法	基因表达数据	NA