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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2541 | 2026-04-01 |
The Impact of Low Protein Diet on the Molecular and Cellular Development of the Fetal Kidney
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.04.569988
PMID:38106143
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研究论文 | 本研究探讨了母体低蛋白饮食对胎儿肾脏发育的影响,特别是对肾单位形成和分支形态发生的分子与细胞机制 | 首次结合单细胞RNA测序和先进成像技术,全面解析低蛋白饮食如何通过影响代谢、细胞周期和表观遗传调控,导致肾单位祖细胞分化受阻和分支形态发生缺陷 | 研究基于小鼠模型,可能无法完全反映人类情况;未探讨长期低蛋白饮食对成年后肾脏疾病的具体分子通路 | 揭示母体低蛋白饮食导致后代肾单位数量减少的细胞和分子机制 | 小鼠胎儿肾脏发育过程,特别是肾单位祖细胞和分支形态发生 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序,共聚焦显微镜,光学投影断层扫描 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 小鼠胚胎期E14.5和出生后P0时间点的肾脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2542 | 2026-04-01 |
Methods to Enable Spatial Transcriptomics of Bone Tissues
2024-05-03, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66850
PMID:38767376
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研究论文 | 本文描述了一种处理新鲜骨组织样本以生成高质量空间转录组数据的方法,并提供了针对先前石蜡包埋样本的详细指南 | 开发了一种针对硬组织(如骨)的空间转录组学方法,解决了在切片处理过程中保持RNA质量和组织形态的挑战 | NA | 开发适用于骨组织的空间转录组学方法,以分析细胞基因表达与组织学背景的关系 | 骨组织样本,包括新鲜样本和先前石蜡包埋的样本,如骨肉瘤原发肿瘤和肺转移样本 | 空间转录组学 | 骨肉瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2543 | 2026-04-01 |
Single-cell analyses reveal transient retinal progenitor cells in the ciliary margin of developing human retina
2024-Apr-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47933-x
PMID:38670973
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了人类视网膜发育过程中睫状缘区存在短暂性视网膜祖细胞 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组学,首次在人类视网膜发育中鉴定出睫状缘区的短暂性早期视网膜祖细胞,并揭示了其转录和染色质可及性变化 | 研究仅涵盖人类视网膜发育至妊娠中期的阶段,未涉及后期发育或成熟视网膜 | 探究人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的起源、分化和时空分布 | 人类视网膜发育过程中的细胞,特别是睫状缘区的视网膜祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 人类早期眼样本,涵盖至妊娠中期 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2544 | 2026-04-01 |
Resistance to PRMT5-targeted therapy in mantle cell lymphoma
2024-01-09, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023010554
PMID:37782774
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研究论文 | 本研究探讨了套细胞淋巴瘤对PRMT5靶向治疗产生耐药性的机制,并发现mTOR信号通路上调是耐药的关键因素,通过mTORC1抑制剂temsirolimus可克服耐药性 | 首次在套细胞淋巴瘤中系统研究PRMT5抑制剂耐药机制,结合患者来源异种移植模型和细胞系模型,通过单细胞RNA测序揭示mTOR信号通路在耐药中的核心作用,并验证了联合靶向治疗的协同效应 | 研究主要基于体外细胞系和PDX模型,缺乏大规模临床样本验证;耐药机制可能涉及其他未被发现的通路;长期联合治疗的安全性和有效性需进一步评估 | 探究套细胞淋巴瘤对PRMT5靶向治疗产生耐药性的分子机制,并寻找克服耐药性的治疗策略 | 套细胞淋巴瘤细胞系、患者来源异种移植模型 | 肿瘤生物学 | 套细胞淋巴瘤 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8个细胞系(4个敏感,4个原发耐药),4个耐药细胞系,PDX模型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2545 | 2026-04-01 |
A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03120-7
PMID:38098113
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研究论文 | 本文通过时间分辨的元分析,识别并验证了人类T细胞激活过程中的共识基因表达特征 | 首次描述了跨T细胞群体的时间分辨基因表达模式,并开发了用于稳健评估T细胞激活的共识生物标志物特征 | NA | 分析不同T细胞群体在激活过程中的时间模式,以开发T细胞激活的共识基因特征 | 人类T细胞 | 自然语言处理 | NA | 元分析,基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 2546 | 2026-04-01 |
Unsupervised removal of systematic background noise from droplet-based single-cell experiments using CellBender
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01943-7
PMID:37550580
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研究论文 | 本文开发了一种基于深度生成模型的工具CellBender,用于无监督去除液滴式单细胞实验中的系统性背景噪声 | 提出了一种基于液滴式检测噪声生成现象学的深度生成模型,能准确区分含细胞与无细胞液滴,学习背景噪声特征,并以端到端方式提供无噪声量化 | NA | 去除液滴式单细胞实验中的系统性背景噪声,以提高数据质量 | 液滴式单细胞实验数据,包括scRNA-seq、snRNA-seq和CITE-seq | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、单核RNA测序、CITE-seq | 深度生成模型 | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 2547 | 2026-04-01 |
Lineage plasticity enables low-ER luminal tumors to evolve and gain basal-like traits
2023-03-01, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-023-01621-8
PMID:36859337
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研究论文 | 本研究揭示了低雌激素受体(ER)表达的管腔型乳腺肿瘤可通过谱系可塑性演化并获得基底样特征 | 首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序证明低ER管腔肿瘤可通过谱系可塑性演化出基底样特征,并发现SOX10是这一过程的关键驱动因子 | 研究主要基于MMTV-PyMT小鼠模型,人类肿瘤中的验证尚需进一步研究 | 探究低ER管腔型乳腺肿瘤如何演化并获得基底样特征的分子机制 | MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤模型及乳腺肿瘤细胞 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | MMTV-PyMT小鼠肿瘤模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2548 | 2026-04-01 |
Variance-adjusted Mahalanobis (VAM): a fast and accurate method for cell-specific gene set scoring
2020-09-18, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa582
PMID:32633778
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Variance-adjusted Mahalanobis (VAM)的新方法,用于单细胞RNA测序数据中的基因集评分,以提高细胞特异性通路分析的准确性和计算效率 | VAM方法首次支持细胞水平的基因集推断,通过整合Seurat框架,能有效处理单细胞RNA测序数据中的技术噪声、稀疏性和大样本量,并提供快速的gamma近似分布用于统计推断 | 未在摘要中明确提及具体限制,但可能依赖于模拟和真实数据的验证范围 | 开发一种快速且准确的细胞特异性基因集评分方法,以改善单细胞RNA测序数据的统计分析和可视化 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵和通路水平聚合 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Variance-adjusted Mahalanobis (VAM) 方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2549 | 2026-04-01 |
Single-cell RNA-seq identifies unique transcriptional landscapes of human nucleus pulposus and annulus fibrosus cells
2020-09-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-72261-7
PMID:32943704
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,揭示了健康人类椎间盘髓核和纤维环细胞的独特转录组景观,并鉴定了差异表达基因和关键转录因子 | 首次在单细胞水平上定义了健康人类椎间盘髓核和纤维环的转录组图谱,识别了2,196个差异表达基因,并确定了FOXM1和KDM4E作为各自细胞类型的特征转录因子 | 研究仅基于非退行性腰椎间盘样本,可能无法完全代表疾病状态或其他椎间盘区域 | 阐明健康人类椎间盘髓核和纤维环细胞的分子通路和转录网络,以理解椎间盘疾病的潜在机制 | 人类椎间盘髓核和纤维环细胞 | 数字病理学 | 椎间盘疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 非退行性腰椎间盘样本中的原代细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2550 | 2026-04-01 |
scIGANs: single-cell RNA-seq imputation using generative adversarial networks
2020-09-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa506
PMID:32588900
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研究论文 | 本文提出了一种基于生成对抗网络(GANs)的单细胞RNA测序数据插补方法scIGANs,用于解决scRNA-seq数据中的dropout问题 | 使用生成细胞而非观察细胞进行插补,避免了传统方法的过平滑问题,并平衡了主要和稀有细胞群体的性能 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 开发一种有效的单细胞RNA测序数据插补方法,以增强下游分析 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络(GANs) | RNA测序数据 | 超过100,000个细胞的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2551 | 2026-04-01 |
Harnessing Expressed Single Nucleotide Variation and Single Cell RNA Sequencing To Define Immune Cell Chimerism in the Rejecting Kidney Transplant
2020-09, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020030326
PMID:32669324
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和表达的单核苷酸变异,定义了肾移植排斥反应中免疫细胞的嵌合状态 | 开发了一种基于表达SNV和scRNA-seq的新方法,首次在单细胞水平上准确区分肾移植中供体和受体来源的免疫细胞,并揭示了它们在排斥反应中的不同转录特征 | 样本量较小(仅5个肾移植活检核心),且为观察性研究,无法确定因果关系 | 探究肾移植中供体来源免疫细胞的持久性及其在排斥反应中的作用 | 人类肾移植活检样本中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 肾移植排斥 | 全外显子组测序,单细胞RNA测序 | NA | DNA序列数据,单细胞RNA表达数据 | 5个人类肾移植活检核心,共81,139个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2552 | 2026-03-31 |
Happening in the Prostate Tumor Microenvironment: Ion Channels and Extrachromosomal DNA Driving Phenotypic Plasticity
2026-May, The Prostate
DOI:10.1002/pros.70139
PMID:41632930
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综述 | 本文综述了离子通道和染色体外DNA在前列腺癌肿瘤微环境中的关键作用,并分析了单细胞RNA测序数据以揭示其表达谱 | 整合了离子通道和染色体外DNA在前列腺癌表型可塑性中的协同作用机制,并通过单细胞RNA测序数据提供了细胞类型特异性的表达证据 | 这是一篇综述性文章,主要基于现有证据进行分析,未进行新的实验验证 | 阐明离子通道和染色体外DNA如何驱动前列腺癌的表型可塑性、治疗抵抗和疾病进展 | 前列腺癌肿瘤微环境中的肿瘤细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个公开可用的单细胞RNA测序数据集(原发性前列腺癌和去势抵抗性前列腺癌) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2553 | 2026-03-31 |
Valvular Leaflets Are Not Innocent Bystanders: Divergent Fibrotic Remodeling Accompanies Functional Mitral and Tricuspid Regurgitation
2026-Apr, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.324134
PMID:41744092
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研究论文 | 本研究探讨功能性瓣膜反流中瓣叶纤维化重塑的机制,揭示了二尖瓣和三尖瓣反流的不同病理过程 | 首次系统比较功能性二尖瓣和三尖瓣反流中瓣叶特异性纤维化重塑机制,并识别出PDK4和IFN信号作为潜在治疗靶点 | 样本量相对有限,单细胞RNA测序仅基于19个瓣叶样本,且动物模型可能无法完全模拟人类疾病 | 阐明功能性瓣膜反流中瓣叶纤维化重塑的细胞机制和潜在治疗策略 | 心脏移植患者的功能性二尖瓣和三尖瓣反流瓣叶组织,以及原发性瓣膜内皮细胞和间质细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,组织病理学分析 | NA | RNA测序数据,组织图像数据 | 单细胞RNA测序:19个FVR瓣叶样本(FMR:8个,FTR:11个);bulk RNA测序:82个样本(FMR/FTR各41个) | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 2554 | 2026-03-31 |
Glial Plasticity and Dysfunction: Mechanistic Insights and Therapeutic Opportunities in Neurodegeneration
2026-Apr, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.70414
PMID:41906403
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综述 | 本文综述了神经胶质细胞在神经退行性疾病中的多样生理病理作用及新兴治疗策略 | 整合单细胞转录组学、谱系追踪和活体成像等先进技术,系统揭示胶质细胞的异质性、可塑性及其在神经退行性疾病中的双重角色,并评估基于胶质细胞可塑性的新兴治疗策略 | 面临细胞异质性、递送障碍和缺乏特异性生物标志物等临床转化挑战 | 探讨胶质细胞在神经退行性疾病中的作用机制及治疗潜力 | 星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞和施万细胞等神经胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病、帕金森病、肌萎缩侧索硬化症、多发性硬化症等神经退行性疾病 | 单细胞转录组学、谱系追踪、活体成像 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2555 | 2026-03-31 |
ZFP36L1 promotes non-small cell lung cancer progression under hypoxia by modulating CXCL9:SPP1 polarity: A single-cell transcriptomic study
2026-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70642
PMID:41906630
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析,揭示了ZFP36L1在缺氧条件下通过调节巨噬细胞CXCL9:SPP1极化促进非小细胞肺癌进展的机制 | 首次在单细胞水平上阐明ZFP36L1通过调控巨噬细胞极化影响NSCLC进展,并建立了从体外实验到患者来源类器官和体内小鼠模型的完整验证体系 | 研究主要聚焦于巨噬细胞极化机制,其他免疫细胞类型在缺氧微环境中的作用未充分探讨,且临床样本量有限 | 探究ZFP36L1在非小细胞肺癌进展中的分子机制及其与肿瘤微环境缺氧状态的关联 | 非小细胞肺癌细胞、巨噬细胞、患者来源类器官、ZFP36L1基因敲除小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、免疫荧光、流式细胞术、ELISA、双荧光素酶报告基因、ChIP、CCK-8、Transwell、克隆形成、划痕实验、H&E染色、EdU检测、CellTiter-Glo检测 | NA | 单细胞转录组数据、基因表达数据、蛋白质数据 | 未明确说明具体样本数量,但包含患者来源类器官和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2556 | 2026-03-31 |
Defocus Coding and Transcriptomic Remodeling in the Mouse Myopic Retina
2026-Mar-30, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00011.2026
PMID:41910002
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研究论文 | 本研究通过全细胞记录和单细胞RNA测序技术,探索了小鼠近视视网膜中离焦编码和转录组重塑的机制 | 揭示了视网膜侧向抑制网络(特别是水平细胞而非AII无长突细胞)对光学离焦的响应,以及多巴胺能无长突细胞在聚焦图像中的最大兴奋作用,并首次在单细胞水平上展示了近视视网膜中GABA能突触和间隙连接通路的协调重塑 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类近视机制,且未涉及长期治疗干预效果 | 探究视网膜如何感知聚焦与离焦信号,并将其转化为调控眼轴生长的遗传信号 | 小鼠视网膜细胞,特别是水平细胞、AII无长突细胞和多巴胺能无长突细胞 | 数字病理学 | 近视 | 全细胞记录,单细胞RNA测序 | NA | 电生理记录数据,单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及小鼠视网膜细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2557 | 2026-03-31 |
Astrocytes in neuroinflammation and brain cancer
2026-Mar-30, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-026-00439-y
PMID:41910655
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综述 | 本文综述了星形胶质细胞在神经炎症和脑癌(特别是胶质瘤)进展中的主动调控作用,并提出了一个整合时空映射和液体活检的转化研究框架 | 提出了一个4D时空映射框架来重建星形胶质细胞轨迹,并引入了基于胶质液体活检的概念来分离肿瘤与星形胶质细胞来源的分析物 | 作为一篇综述,主要基于现有证据进行综合,未报告新的原始实验数据或临床验证结果 | 阐明星形胶质细胞在胶质瘤进展和神经炎症中的动态作用,并推动相关治疗策略的临床转化 | 星形胶质细胞及其在胶质瘤微环境中的状态转变 | 数字病理学 | 脑癌(胶质瘤) | 单细胞转录组学、单核转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、多重成像 | NA | 转录组数据、蛋白质数据、空间成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2558 | 2026-03-31 |
IGSF9 drives malignant transformation and predicts early-stage lung adenocarcinoma in integrated transcriptomic analyses
2026-Mar-29, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04836-1
PMID:41904745
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组分析,识别了IGSF9作为早期肺腺癌的潜在诊断生物标志物和治疗靶点,并揭示了其在恶性转化中的多面性作用 | 首次将IGSF9识别为早期肺腺癌的诊断生物标志物,并利用单细胞RNA测序和多种分析技术(如细胞间通讯推断、拷贝数变异分析和伪时间轨迹重建)系统阐明了其在肿瘤微环境中的表达定位和功能机制 | 研究主要基于转录组数据,缺乏直接的体内或体外功能验证实验来确认IGSF9的致癌机制 | 阐明早期肺腺癌的分子机制,并识别有效的早期检测生物标志物和治疗干预靶点 | 肺腺癌(LUAD),特别是早期阶段的肿瘤样本 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,随机森林,LASSO,拷贝数变异分析,伪时间轨迹重建 | 随机森林(RF),最小绝对收缩和选择算子(LASSO) | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 未在摘要中明确指定样本数量,但提及使用了独立外部数据集进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2559 | 2026-03-31 |
SAA/FPR2 Signaling Between Pericentral Hepatocytes and Macrophages Exacerbates Zonated Liver Transplant Injury
2026-Mar-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202522891
PMID:41904943
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学等技术,揭示了肝移植中FOXO1/SAA/FPR2信号轴在中央区肝细胞损伤中的关键作用 | 首次系统性地整合单细胞、空间转录组学、染色质可及性分析、蛋白质组学和bulk RNA-seq数据,揭示了肝移植损伤中中央区肝细胞与巨噬细胞间SAA/FPR2信号通路的区域特异性机制 | 研究主要基于小鼠模型和临床样本验证,人类样本的深入机制和长期疗效仍需进一步探索 | 阐明肝移植中中央区肝细胞选择性缺血再灌注损伤的分子机制 | 肝移植移植物、小鼠HIRI模型、临床LT样本、体外实验 | 数字病理学 | 肝移植损伤 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 染色质可及性分析, 蛋白质组学, bulk RNA-seq | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 空间数据 | 临床LT标本、小鼠HIRI模型和体外实验样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2560 | 2026-03-31 |
Liver Sinusoidal Endothelial Cells and Laminin dictate cholangiocytes' fate in chronic liver disease
2026-Mar-27, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2026.03.022
PMID:41905508
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研究论文 | 本研究揭示了在慢性肝病中,毛细血管化的CD34+肝窦内皮细胞通过维持层粘连蛋白沉积来限制胆管反应细胞向肝细胞分化的机制 | 首次识别出层粘连蛋白包围的胆管反应细胞亚群,并阐明CD34+肝窦内皮细胞通过调控层粘连蛋白影响胆管反应细胞命运的微环境机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;DR来源的肝细胞对整体肝再生的贡献程度仍需进一步量化 | 探究慢性肝病中胆管反应细胞向肝细胞分化的微环境调控机制 | 小鼠慢性肝损伤模型、人类肝病组织样本、胆管反应细胞、肝窦内皮细胞 | 数字病理学 | 慢性肝病 | 免疫组织化学、流式细胞术、RT-qPCR、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 组织图像、基因表达数据、空间转录组数据 | 小鼠模型及人类肝病组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | RESOLVE分子图谱技术用于空间转录组分析 |