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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2541 | 2025-10-06 |
Single-Cell Sequencing Reveals Circadian Sensitivity of Noise-Induced Hearing Loss Mediated by Macrophage-Driven NLRP3 Inflammasome Activation
2025-Jul-20, Neuroscience bulletin
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12264-025-01440-1
PMID:40684422
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示巨噬细胞驱动的NLRP3炎症小体激活在噪声性听力损失昼夜节律敏感性中的作用机制 | 首次发现噪声性听力损失存在昼夜节律敏感性,并阐明巨噬细胞通过NLRP3炎症小体激活介导这一过程的分子机制 | 研究主要聚焦于巨噬细胞和NLRP3通路,可能忽略其他细胞类型和信号通路的作用 | 探究噪声性听力损失昼夜节律敏感性的分子机制 | 小鼠耳蜗细胞 | 单细胞生物学 | 噪声性听力损失 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,多重免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 97,043个耳蜗细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2542 | 2025-10-06 |
Discovery of protein lactylation-associated biomarkers and their potential pathogenic mechanisms in recurrent spontaneous abortion
2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146004
PMID:40685048
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,发现复发性自然流产中蛋白质乳酸化相关生物标志物及其致病机制 | 首次在复发性自然流产中系统研究蛋白质乳酸化作用,发现四个乳酸化相关枢纽基因并揭示S100A11通过p38 MAPK-TGF-β1-SMAD-IL-10信号通路调控免疫反应的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外功能验证,缺乏体内实验验证和更大样本的临床验证 | 探索蛋白质乳酸化在复发性自然流产中的生物学功能和致病机制 | 复发性自然流产患者样本数据及滋养层细胞 | 生物信息学 | 复发性自然流产 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习, 免疫浸润分析, 功能实验 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 三个公共数据集(GSE214607, GSE26787, GSE165004) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
2543 | 2025-10-06 |
Integrative scATAC-seq and mtDNA mutation analysis reveals disease-driven regulatory aberrations in AML
2025-Jul-16, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.07.009
PMID:40781032
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞ATAC测序和线粒体DNA突变分析,揭示了急性髓系白血病中疾病驱动的调控异常 | 开发了线粒体单细胞ATAC测序技术(mtscATAC-seq),结合单细胞RNA-seq和机器学习模型,首次系统识别了AML中与复发相关的调控异常和白血病干细胞样克隆 | NA | 解析急性髓系白血病的进展机制并识别预后生物标志物 | 急性髓系白血病细胞 | 单细胞多组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 线粒体DNA追踪, 机器学习建模 | 机器学习模型 | 单细胞染色质可及性数据, 单细胞转录组数据, 线粒体DNA突变数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 线粒体单细胞ATAC测序(mtscATAC-seq) |
2544 | 2025-10-06 |
Concerted changes in Epithelium and Stroma: a multi-scale, multi-omics analysis of progression from Barrett's Esophagus to adenocarcinoma
2025-Jul-14, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.034
PMID:40695287
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研究论文 | 通过多组学方法分析巴雷特食管向腺癌进展过程中上皮和间质的协同变化 | 首次整合单细胞转录组学、细胞外基质蛋白质组学、组织力学和空间蛋白质组学,揭示巴雷特食管进展为多组分协调系统的机制 | 样本量相对有限(26名患者的107个样本),需要在更大队列中验证发现 | 阐明巴雷特食管向食管腺癌进展的分子和细胞机制 | 从鳞状上皮经化生、异型增生到腺癌的进展路径样本 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组学, 细胞外基质蛋白质组学, 组织力学分析, 空间蛋白质组学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 力学数据, 空间数据 | 26名患者的107个样本,来自两个独立队列 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
2545 | 2025-10-06 |
Immunosuppressive JAG2+ tumor-associated neutrophils hamper PD-1 blockade response in ovarian cancer by mediating the differentiation of effector regulatory T cells
2025-Jul, Cancer communications (London, England)
DOI:10.1002/cac2.70021
PMID:40120139
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研究论文 | 本研究揭示了JAG2+肿瘤相关中性粒细胞通过促进效应调节性T细胞分化导致卵巢癌免疫抑制和PD-1阻断治疗抵抗的机制 | 首次阐明JAG2+ TANs通过Notch信号通路促进初始CD4+ T细胞分化为eTregs的具体分子机制,并验证靶向该通路可增强PD-1抗体疗效 | 研究主要聚焦于高级别浆液性卵巢癌,其他类型肿瘤的适用性需进一步验证 | 阐明JAG2+肿瘤相关中性粒细胞在高级别浆液性卵巢癌免疫抑制微环境中的作用机制 | 高级别浆液性卵巢癌患者样本、患者来源肿瘤类器官、荷瘤小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 卵巢癌 | 多重免疫组织化学、流式细胞术、单细胞RNA测序、体外共培养系统 | NA | 单细胞RNA测序数据、流式细胞数据、免疫组织化学图像 | 304例HGSOC样本(274例组成两个独立队列,30例用于建立PDTOs) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2546 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomic applications in orthopedics
2025-Jul, Connective tissue research
IF:2.8Q1
DOI:10.1080/03008207.2025.2501703
PMID:40347072
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综述 | 本文综述空间转录组学在骨科研究中的应用及其对肌肉骨骼组织基因表达模式解析的变革性影响 | 系统评估多种空间转录组技术(10X Visium、10X Xenium、seqFISH+、MERFISH、NanoString GeoMx DSP)在骨科领域的应用现状 | 仅基于29篇已发表文献进行分析,样本数量有限 | 探讨空间转录组学技术在骨科研究中的应用价值和发展前景 | 肌肉骨骼组织(软骨、关节、骨骼、肌腱、韧带和滑膜) | 空间转录组学 | 骨科疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 29篇已发表论文 | 10X Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10X Visium, 10X Xenium, NanoString GeoMx DSP | 10X Visium(22篇论文使用)、10X Xenium、seqFISH+、MERFISH、NanoString GeoMx DSP |
2547 | 2025-10-06 |
Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms
2025-Jul-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06733-7
PMID:40598539
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研究论文 | 通过整合多组学分析和机器学习算法识别肝细胞癌中基质硬度相关的分子亚型 | 整合10种聚类算法和101种机器学习组合构建了包含57个基因的基质硬度相关特征,并发现PPARG是关键基因 | NA | 研究基质硬度在肝细胞癌预后和治疗反应中的作用 | 肝细胞癌患者和多组学数据 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 多组学分析,单细胞RNA测序,空间转录组学 | 机器学习算法组合 | 多组学数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
2548 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals anterograde trans-synaptic degeneration and exacerbated synaptic remodeling in myopia
2025-Jul, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01489-y
PMID:40610752
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示近视中前向跨突触退化和突触重塑加剧的机制 | 首次发现近视可加剧视网膜神经节细胞凋亡并诱导前向跨突触退化,为理解近视发病机制提供新实验依据 | 研究未明确说明样本来源和具体数量 | 探究前向跨突触退化在近视发生发展中的作用机制 | 视网膜神经节细胞和视觉皮层突触 | 单细胞测序分析 | 近视 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2549 | 2025-10-06 |
Evidence for Transcriptomic Conservation Between the Main Cells of the Drosophila Prostate-Like Accessory Gland and Basal Cells of the Mammalian Prostate
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658085
PMID:40501690
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研究论文 | 通过跨物种比较分析发现果蝇前列腺样附腺主要上皮细胞与哺乳动物前列腺基底上皮细胞存在转录组相似性 | 首次通过单细胞RNA测序数据揭示果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺基底细胞之间的转录组保守性 | 无法确定这种相似性是源于共享的进化同源性还是组织功能趋同的独立衍生特征 | 探究果蝇前列腺样附腺与哺乳动物前列腺之间的转录组保守性 | 果蝇前列腺样附腺和哺乳动物前列腺组织 | 单细胞转录组学 | 前列腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 果蝇细胞图谱和哺乳动物成人前列腺单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2550 | 2025-10-06 |
miR-190 is a Key Regulator in Establishing Cell Polarity and Specification in the Drosophila Nervous System
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656688
PMID:40501908
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研究论文 | 本研究鉴定miR-190作为果蝇神经母细胞极性和分化的关键调控因子 | 首次发现miR-190通过调控Cdc42激活和Par-6定位来建立神经母细胞极性 | 研究仅限于果蝇胚胎神经母细胞,尚未在哺乳动物系统中验证 | 探究miR-190在神经母细胞不对称分裂和命运决定中的分子机制 | 果蝇胚胎神经母细胞和中枢神经系统细胞群体 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,转录组分析,qPCR | NA | RNA测序数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2551 | 2025-10-06 |
Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.13.638196
PMID:40027653
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了嗅鞘细胞和雪旺细胞的共同起源及遗传差异,并探讨了Yap和Taz缺失对这两种细胞发育的不同影响 | 首次发现Yap和Taz缺失对嗅鞘细胞和雪旺细胞发育产生不同影响,同时证明GnRH-1神经元迁移不受这些变化影响 | 研究仅限于小鼠胚胎模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究Hippo通路在嗅鞘细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响 | 小鼠胚胎鼻组织中的嗅鞘细胞、雪旺细胞、黑色素细胞和GnRH-1神经元 | 发育生物学 | 神经系统发育疾病 | 单细胞RNA测序,条件性基因敲除 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据,组织学图像 | 小鼠胚胎鼻组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2552 | 2025-10-06 |
Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis
2025-Feb, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16412
PMID:39589186
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研究论文 | 比较CD30L和OX40L在特应性皮炎中的作用,发现CD30L是一个有前景的治疗靶点 | 首次系统比较CD30L和OX40L在特应性皮炎中的作用,证明CD30L阻断具有与IL-13和OX40L阻断相似的治疗效果 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床效果需要进一步验证 | 评估CD30L作为特应性皮炎治疗靶点的潜力 | 人类AD皮肤病变样本和小鼠AD模型 | 免疫学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个AD患者皮肤病变的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2553 | 2025-10-06 |
Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity
2025-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55611-1
PMID:39755698
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研究论文 | 通过整合基因组关联研究与单细胞转录组图谱,识别精神疾病相关的关键脑细胞类型和脑区 | 首次将基因组关联研究结果与成人脑单细胞转录组图谱及功能磁共振连接性数据相结合,揭示精神疾病的细胞类型和脑区特异性 | 研究基于现有基因组关联研究数据,可能受样本量和人群特异性的限制 | 识别精神疾病和脑功能特征相关的关键脑细胞类型和脑区 | 精神分裂症、双相情感障碍、重度抑郁症患者及智力、教育程度、神经质相关人群 | 生物信息学 | 精神疾病 | 全基因组关联研究(GWAS), 单细胞RNA测序, 功能磁共振成像 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 神经影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 功能磁共振成像 | NA | NA |
2554 | 2025-10-06 |
Insulin signaling regulates R2 retrotransposon expression to orchestrate transgenerational rDNA copy number maintenance
2025-01-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55725-6
PMID:39755735
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研究论文 | 本研究揭示了胰岛素信号通路通过调控R2逆转录转座子表达来维持跨代核糖体DNA拷贝数稳定的机制 | 首次发现胰岛素受体作为R2表达的主要抑制因子,并阐明胰岛素通路整合rDNA拷贝数监测与环境感知的新机制 | 研究主要基于果蝇模型,在哺乳动物中的保守性仍需验证 | 探究生殖细胞中核糖体DNA拷贝数维持的调控机制 | 黑腹果蝇雄性生殖干细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2555 | 2025-10-06 |
Comprehensive analysis of pyroptosis-related genes in psoriasis and targeted gene editing of CASP1 and CASP5 using lipid nanoparticles to alleviate skin inflammation
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1639869
PMID:40771724
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研究论文 | 通过生物信息学分析焦亡相关基因在银屑病中的作用,并利用脂质纳米颗粒递送CRISPR-Cas9靶向编辑CASP1和CASP5基因以缓解皮肤炎症 | 首次系统分析焦亡相关基因在银屑病中的表达特征,并开发基于脂质纳米颗粒的基因编辑治疗策略 | 研究主要基于公共数据集和动物模型,需要进一步临床验证 | 探讨焦亡在银屑病发病机制中的作用并开发基因治疗新策略 | 银屑病患者数据、IMQ诱导的银屑病小鼠模型、角质形成细胞 | 生物信息学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9基因编辑、生物信息学分析 | 机器学习算法、风险评分模型 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 公共数据集中的银屑病患者样本、IMQ诱导的银屑病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2556 | 2025-10-06 |
WISP1 drives esophageal squamous cell carcinoma progression via modulation of cancer-associated fibroblasts and immune microenvironment
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1586790
PMID:40771797
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研究论文 | 本研究探讨WISP1通过调控癌症相关成纤维细胞和免疫微环境促进食管鳞状细胞癌进展的机制 | 首次深入揭示WISP1在ESCC中通过调控CAFs功能和ECM重塑影响肿瘤进展的多重作用机制 | 研究主要基于公共数据库数据和体外实验,缺乏体内实验验证 | 探究WISP1在食管鳞状细胞癌中的表达特征、临床意义及其作用机制 | 食管鳞状细胞癌患者数据、癌症相关成纤维细胞和癌细胞系 | 生物信息学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序、生物信息学分析、细胞培养实验 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、临床数据 | 从公共数据库获取的ESCC患者数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2557 | 2025-10-06 |
Autonomic nervous system development-related signature as a novel predictive biomarker for immunotherapy in pan-cancers
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1611890
PMID:40771813
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研究论文 | 开发基于自主神经系统发育相关特征的泛癌免疫治疗预测模型 | 首次将自主神经系统发育相关特征作为免疫治疗预测生物标志物,构建了跨癌种的预测模型 | 需要进一步临床验证,样本来源多样可能影响模型泛化能力 | 开发新的免疫治疗预测生物标志物以提高治疗反应预测准确性 | 多种癌症类型的单细胞和批量RNA测序数据,临床样本 | 机器学习 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,RT-PCR,免疫组化 | 随机森林,多种机器学习方法 | RNA测序数据,基因表达数据 | 34个单细胞RNA测序数据集和8个批量RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
2558 | 2025-10-06 |
Machine learning analysis of ARVC informed by sodium channel protein-based interactome networks
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1611342
PMID:40771922
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研究论文 | 本研究通过机器学习分析结合钠通道蛋白互作网络,识别并验证了山柰酚作为治疗致心律失常性右室心肌病的潜在化合物 | 首次将机器学习模型与基于单细胞RNA测序的蛋白质互作网络相结合,用于预测ARVC治疗化合物 | 研究主要基于大鼠模型和心脏类器官验证,尚未进行临床前动物模型或临床试验 | 识别治疗致心律失常性右室心肌病的新型化合物 | ARVC大鼠模型、心脏类器官、钠通道蛋白SCN5A | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, Western blotting, ELISA, MEA, Masson染色 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质互作网络数据 | ARVC大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2559 | 2025-10-06 |
Deciphering the tumor ecosystem dynamics undergoing immunochemotherapy therapy across multiple cancer types unveils the immunosuppressive role of S100A4 in fibroblasts by promoting PD-L1 expression in tumor cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1613296
PMID:40772225
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研究论文 | 通过跨癌种单细胞测序揭示S100A4在成纤维细胞中通过促进肿瘤细胞PD-L1表达介导免疫抑制和治疗抵抗的作用机制 | 构建首个跨癌种单细胞图谱,发现CAFs分泌的S100A4是驱动PD-L1上调的保守介质 | 需要在更大队列和机制研究中进一步验证 | 解析新辅助治疗期间肿瘤生态系统动态变化,识别免疫抑制和治疗抵抗的关键介质 | 五种实体瘤(食管鳞癌、食管胃结合部癌、结直肠癌、宫颈癌、三阴性乳腺癌) | 数字病理 | 多癌种 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, Western blot | 非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 五种癌症类型的单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2560 | 2025-10-06 |
Unraveling plant-microbe symbioses using single-cell and spatial transcriptomics
2024-12, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2024.06.008
PMID:38991926
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综述 | 探讨单细胞和空间转录组学技术在研究植物-微生物共生关系中的应用与优势 | 首次系统评述单细胞和空间转录组学在植物-微生物共生研究中的创新应用,突破了传统RNA-seq技术的细胞分辨率限制 | 当前技术难以在同一细胞中同时捕获植物和微生物的转录本 | 研究植物与微生物之间的共生关系建立机制 | 植物-微生物共生体系 | 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |