单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25541	2024-08-09	CD4+ T Cell Help Is Required for the Formation of a Cytolytic CD8+ T Cell Subset that Protects against Chronic Infection and Cancer 2019-12-17, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.10.009 PMID:31810883	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了CD4 T细胞在慢性感染期间调控CD8 T细胞分化的机制，特别是发现了一个表达CXCR1的具有强效细胞溶解功能的CD8 T细胞亚群。	本研究首次揭示了CD4 T细胞通过IL-21帮助形成具有强效细胞溶解功能的CXCR1表达CD8 T细胞亚群，这一发现为免疫治疗中增强CD8 T细胞的杀伤功能提供了新的分子机制。	NA	研究CD4 T细胞在慢性感染期间如何调控CD8 T细胞的分化，并探索其在免疫治疗中的应用。	CD4 T细胞和CD8 T细胞在慢性感染和癌症中的相互作用。	免疫学	慢性感染和癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
25542	2024-08-09	Discovery of specialized NK cell populations infiltrating human melanoma metastases 2019-12-05, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.133103 PMID:31801909	research paper	本文通过单细胞RNA测序分析了从人类黑色素瘤转移病灶中分离的自然杀伤（NK）细胞，揭示了肿瘤浸润NK细胞的转录程序与循环NK细胞的主要差异	首次详细描述了肿瘤浸润NK细胞的独特基因表达模式，包括细胞毒性和趋化因子合成程序	NA	研究人类实体瘤中NK细胞的功能状态	人类黑色素瘤转移病灶中的NK细胞	digital pathology	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自多个患者的肿瘤浸润NK细胞
25543	2024-08-09	Hic1 Defines Quiescent Mesenchymal Progenitor Subpopulations with Distinct Functions and Fates in Skeletal Muscle Regeneration 2019-Dec-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.11.004 PMID:31809738	研究论文	本文研究了骨骼肌再生过程中组织驻留间充质前体细胞（MPs）的功能和命运，并确定了Hic1作为MPs的标记物。	首次揭示了Hic1在骨骼肌再生中调控MPs静止状态的作用，并识别出具有不同功能和谱系潜力的MPs亚群。	NA	探究骨骼肌再生过程中间充质前体细胞的功能和命运。	骨骼肌中的间充质前体细胞及其在再生过程中的作用。	NA	NA	单细胞RNA测序和ATAC测序	NA	RNA序列，ATAC序列	多个骨骼肌中的Hic1 MPs亚群
25544	2024-08-09	IL-33 Signaling Alters Regulatory T Cell Diversity in Support of Tumor Development 2019-12-03, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.120 PMID:31801068	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，在肺腺癌的遗传工程小鼠模型中，纵向分析了调节性T细胞（T）的动态变化及其在肿瘤发展中的作用	首次揭示了ST2在调节性T细胞介导的癌症免疫抑制中的关键作用	NA	探究调节性T细胞在肿瘤发展中的作用及ST2的潜在治疗价值	调节性T细胞及其在肺腺癌发展中的作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	遗传工程小鼠模型
25545	2024-08-09	From single-cell RNA-seq to transcriptional regulation 2019-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0327-4 PMID:31792409	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25546	2024-08-09	Spatial EGFR Dynamics and Metastatic Phenotypes Modulated by Upregulated EphB2 and Src Pathways in Advanced Prostate Cancer 2019-Dec-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers11121910 PMID:31805710	研究论文	研究探讨了EphB2和Src信号通路在调节晚期前列腺癌中表皮生长因子受体（EGFR）动态及其激活中的作用	首次报道了EphB2和Src信号通路在调节EGFR动态和激活中的作用，并提供了单粒子追踪技术和单细胞RNA测序的数据支持	研究主要集中在PC3细胞系和部分DU145细胞上，可能无法完全代表所有晚期前列腺癌的情况	探究EphB2和Src信号通路在晚期前列腺癌中对EGFR动态和细胞侵袭性的调节作用	晚期前列腺癌细胞系和循环肿瘤细胞	数字病理学	前列腺癌	单粒子追踪技术，单细胞RNA测序	NA	细胞	包括PC3、LNCaP和DU145细胞系以及来自患者的循环肿瘤细胞
25547	2024-08-09	HeLa-CCL2 cell heterogeneity studied by single-cell DNA and RNA sequencing 2019, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0225466 PMID:31790455	研究论文	本研究使用单细胞DNA和RNA测序技术研究HeLa-CCL2细胞的异质性	首次在单细胞水平上研究HeLa-CCL2细胞的拷贝数变异和转录组异质性，并分析了基因组与转录组在单细胞水平上的关系	单细胞测序技术在研究异质性细胞时需要更谨慎和严格的数据分析	探讨HeLa-CCL2细胞在单细胞水平上的基因组和转录组异质性	HeLa-CCL2细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞DNA和RNA测序	NA	DNA和RNA数据	多个HeLa-CCL2细胞
25548	2024-08-09	Early Transcriptional Landscapes of Chlamydia trachomatis-Infected Epithelial Cells at Single Cell Resolution 2019, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2019.00392 PMID:31803632	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-Seq）分析了衣原体感染的HEp-2细胞的早期转录组景观	首次在单细胞水平上研究衣原体感染的早期转录组变化，揭示了感染特定细胞轨迹和差异表达基因	研究样本量较小，仅包括200个细胞，可能影响结果的普遍性	评估单细胞RNA测序技术在衣原体生物学中的应用，并识别早期宿主细胞的衣原体感染生物标志物	衣原体感染的HEp-2细胞和模拟感染的HEp-2细胞	数字病理学	生殖道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	264个时间匹配的衣原体感染和模拟感染的HEp-2细胞
25549	2024-08-09	CellBench: R/Bioconductor software for comparing single-cell RNA-seq analysis methods 2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz889 PMID:31778143	研究论文	本文介绍了CellBench软件，用于比较单细胞RNA测序分析方法	CellBench软件支持任务中心或组合方式的方法比较，自动运行方法组合，并提供运行时间测量和表格输出，便于总结和可视化	NA	开发新软件以管理单细胞RNA测序分析方法的基准测试	单细胞RNA测序分析方法的基准测试	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
25550	2024-08-09	A single-cell transcriptome atlas for zebrafish development 2020-03-15, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2019.11.008 PMID:31782996	研究论文	本文通过单细胞RNA测序方法，构建了一个斑马鱼发育过程中的单细胞转录组图谱	首次系统地描述了斑马鱼从咽囊到早期幼体阶段的细胞类型及其基因表达变化，为生物学家提供了新的细胞类型和发育阶段特异性表达信息	NA	旨在填补我们对动物发育及人类疾病中细胞类型及其变化了解的空白	斑马鱼发育过程中的细胞类型及其基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	44,102个细胞，跨越四天的发育过程，使用重复实验确认高重复性
25551	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics: A High-Resolution Avenue for Plant Functional Genomics 2020-02, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2019.10.008 PMID:31780334	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在植物功能基因组学中的应用	利用单细胞RNA测序技术，能够在单细胞分辨率下研究复杂组织中的调控过程	处理和分析复杂数据集存在挑战	深入了解组织功能并促进这些信息在植物细胞图谱中的应用	植物细胞在不同组织中的协同作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	任何给定组织的任何植物细胞
25552	2024-08-09	Tumor mutation burden, immune checkpoint crosstalk and radiosensitivity in single-cell RNA sequencing data of breast cancer 2020-01, Radiotherapy and oncology : journal of the European Society for Therapeutic Radiology and Oncology IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.radonc.2019.11.003 PMID:31767471	研究论文	本研究分析了乳腺癌和免疫细胞的单细胞RNA测序数据，主要关注肿瘤突变负荷（TMB）、免疫检查点交叉对话和放射敏感性	本研究首次在单细胞水平上探讨了乳腺癌中肿瘤突变负荷、免疫检查点交叉对话与放射敏感性的关系	研究样本量较小，且仅使用了公开数据库中的数据，可能限制了结果的普遍性	探讨乳腺癌中单细胞RNA测序数据中的肿瘤突变负荷、免疫检查点交叉对话和放射敏感性的关系	乳腺癌细胞和免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	肿瘤细胞和免疫细胞共492个，其中肿瘤细胞来自原发肿瘤和转移淋巴结共317个
25553	2024-08-09	Single-Cell Capture, RNA-seq, and Transcriptome Analysis from the Neural Retina 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0175-4_12 PMID:31786788	研究论文	本文描述了从成年视网膜组织中进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）的当前技术，包括视网膜解剖、视网膜分离、细胞群体评估、cDNA合成、文库构建和下一代测序，并介绍了使用开源工具的scRNA-seq数据分析流程	介绍了从成年视网膜组织中进行scRNA-seq的技术流程，并引入了使用开源工具的数据分析方法	NA	解决细胞异质性挑战	成年视网膜组织中的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	超过100种神经细胞亚型
25554	2024-08-09	Refining the adipose progenitor cell landscape in healthy and obese visceral adipose tissue using single-cell gene expression profiling 2019-12, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.201900561 PMID:31767614	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对健康和肥胖小鼠内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞进行了细胞图谱构建和异质性分析	研究首次识别出两种不同的脂肪组织来源干细胞（ASCs）和三种不同的前脂肪细胞（PAs），并发现了新的细胞表面标记物，这些标记物与传统的ASCs和前脂肪细胞标记物结合使用，可以通过流式细胞术区分这些APC亚群	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现	旨在深入研究脂肪组织的基本生物学特性，以推动解决肥胖问题的创新解决方案	健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞（APCs）	数字病理学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究涉及健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织样本
25555	2024-08-09	A Tppp3+Pdgfra+ tendon stem cell population contributes to regeneration and reveals a shared role for PDGF signalling in regeneration and fibrosis 2019-12, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-019-0417-z PMID:31768046	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，鉴定了一种表达微管聚合促进蛋白家族成员3（Tppp3）的细胞群作为潜在的肌腱干细胞，并探讨了血小板衍生生长因子（PDGF）信号在肌腱再生和纤维化中的共同作用。	首次发现Tppp3+Pdgfra+细胞群作为肌腱干细胞，并揭示了PDGF信号在肌腱再生和纤维化中的双重作用。	研究主要集中在实验室条件下，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。	探讨肌腱损伤后的再生机制及PDGF信号在其中的作用。	肌腱干细胞及其在肌腱再生和纤维化中的作用。	生物医学	肌腱损伤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
25556	2024-08-09	Stalled developmental programs at the root of pediatric brain tumors 2019-12, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-019-0531-7 PMID:31768071	研究论文	本文通过生成单细胞转录组图谱，研究了儿童脑肿瘤的起源和发展状态	首次生成了胚胎期脑桥和前脑的单细胞转录组图谱，并揭示了特定神经前体细胞分化障碍是这些儿童癌症的共同机制	NA	识别儿童脑肿瘤的脆弱发展状态	儿童脑肿瘤的起源和发展状态	数字病理学	儿童疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过65,000个细胞
25557	2024-08-09	The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics 2019-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13056-x PMID:31780648	research paper	本文描述了如何避免t-SNE在单细胞转录组数据分析中的常见缺陷，并开发了一种更忠实的t-SNE可视化协议	提出了包括PCA初始化、高学习率和多尺度相似性核的t-SNE改进协议，并在大规模数据集上使用夸张和基于下采样的初始化	NA	改进t-SNE在单细胞转录组数据可视化中的应用	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	t-SNE	t-SNE	RNA-seq数据	数千个基因和数百万个细胞
25558	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals compartmental remodeling of tumor-infiltrating immune cells induced by anti-CD47 targeting in pancreatic cancer 2019-11-27, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-019-0822-6 PMID:31771616	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨了抗CD47靶向治疗在胰腺癌中对肿瘤浸润免疫细胞隔室重塑的影响	首次展示了抗CD47治疗在胰腺癌中通过增加具有抗肿瘤功能的促炎性巨噬细胞和减少抗炎性巨噬细胞来重塑肿瘤内淋巴细胞和巨噬细胞隔室	研究结果在不同胰腺癌细胞系建立的肿瘤模型中显示出差异性反应，表明治疗效果可能受特定细胞系的影响	探讨靶向CD47的单克隆抗体是否能通过改变肿瘤微环境增强胰腺癌对免疫检查点抑制剂的反应	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境及CD47靶向治疗对其影响	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	106例PDAC病例及多个小鼠模型
25559	2024-08-09	Invariant patterns of clonal succession determine specific clinical features of myelodysplastic syndromes 2019-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13001-y PMID:31772163	研究论文	本研究通过分析1809名骨髓增生异常综合症（MDS）患者的单细胞测序数据，推断克隆结构，并评估突变在克隆结构中的位置，以揭示MDS的临床特征	本研究识别了37种显著的突变组合，其中12种影响临床表型，5种与不良预后相关，并能预测对去甲基化治疗的反应	NA	探究骨髓增生异常综合症的克隆结构及其对临床特征的影响	骨髓增生异常综合症患者的克隆结构和突变组合	NA	骨髓增生异常综合症	单细胞测序	PyClone生物分析管道	基因组数据	1809名MDS患者
25560	2024-08-09	Heterogeneity of Oligodendrocytes and Their Precursor Cells 2019, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-32-9636-7_5 PMID:31760638	研究论文	本文探讨了少突胶质细胞及其前体细胞的异质性	通过单细胞RNA测序分析，识别出成熟的少突胶质细胞中的六个不同群体和OPCs中的一个群体，展示了这些细胞在发育和区域上的不均匀性	NA	研究少突胶质细胞及其前体细胞的多样性及其在中枢神经系统中的功能	少突胶质细胞及其前体细胞的异质性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA