单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25461	2024-08-09	Decoding the development of the human hippocampus 2020-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1917-5 PMID:31942070	研究论文	本文利用单细胞RNA测序和ATAC-seq分析技术，揭示了人类海马体发育过程中的细胞类型、细胞谱系、分子特征和转录调控	首次通过多组学数据揭示了人类海马体发育的转录调控网络，并比较了人类和鼠类海马体的基因表达差异	NA	理解人类海马体的发育过程及其相关疾病	人类海马体在妊娠16-27周的发育过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，ATAC-seq	NA	基因表达数据	30,416个细胞
25462	2024-08-09	B cells and tertiary lymphoid structures promote immunotherapy response 2020-01, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1922-8 PMID:31942075	研究论文	本文通过RNA测序和计算方法研究了B细胞和三级淋巴结构在免疫检查点阻断（ICB）治疗反应中的作用	首次详细探讨了B细胞在ICB治疗反应中的作用，并发现B细胞标志物在响应者肿瘤中差异表达	研究主要基于RNA测序和计算方法，可能需要进一步的实验验证	探讨B细胞和三级淋巴结构在免疫检查点阻断治疗反应中的作用	B细胞和三级淋巴结构在ICB治疗中的功能和潜在作用	肿瘤学	黑色素瘤，肾细胞癌	RNA测序，MCP-counter计算方法，质谱流式细胞术	NA	RNA	多个ICB治疗的患者群体，包括黑色素瘤和肾细胞癌患者
25463	2024-08-09	Species-Specific miRNAs in Human Brain Development and Disease 2019, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2019.00559 PMID:31920559	综述	本文综述了物种特异性miRNA在人类大脑发育和疾病中的调控作用及其对人类大脑特征演变和神经系统疾病的贡献	探讨了miRNA表达的分化在塑造物种间基因表达差异中的重要作用，并介绍了单细胞测序方法在解析发育过渡期miRNA-mRNA相互作用中的应用	NA	阐明物种特异性miRNA调控机制，为神经疾病开发新型、全面和有效的治疗方法	人类大脑发育和神经系统疾病	NA	神经精神疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
25464	2024-08-09	Revealing Dynamic Mechanisms of Cell Fate Decisions From Single-Cell Transcriptomic Data 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.01280 PMID:31921315	研究论文	开发了一种名为Topographer的新方法，用于从单细胞转录组数据构建定量的Waddington景观，揭示细胞命运决策的动态机制	Topographer方法能够识别复杂的细胞状态转换轨迹，并估计由命运和转换概率表征的复杂细胞类型动态	NA	揭示细胞命运决策的动态机制	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及人类初级肌细胞的单细胞RNA-seq数据
25465	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of the Cardiovascular System: New Looks for Old Diseases 2019, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2019.00173 PMID:31921894	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在心血管系统研究中的应用，探讨了其在揭示细胞亚群和转录变异方面的潜力	scRNA-seq技术揭示了新的细胞亚群和转录变异，为心血管疾病的基础科学研究提供了新的见解	NA	探讨scRNA-seq在心血管系统研究中的应用及其对理解心血管系统和病理的潜在价值	心血管系统中的细胞亚群和转录变异	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA表达数据	NA
25466	2024-08-09	A single-cell map for the transcriptomic signatures of peripheral blood mononuclear cells in end-stage renal disease 2021-03-29, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfz227 PMID:31883338	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，生成了来自健康志愿者和终末期肾病患者的单核细胞转录组图谱，并进行了无监督聚类和注释分析。	本研究首次生成了终末期肾病患者外周血单核细胞的高分辨率转录组图谱，并揭示了细胞类型特异性的终末期肾病相关通路和转录因子。	由于使用的是混合样本分析，结果的普遍性受到限制。	旨在深入了解终末期肾病中免疫异常的机制。	终末期肾病患者和健康志愿者的外周血单核细胞。	数字病理学	终末期肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	10名健康志愿者和10名终末期肾病患者的外周血单核细胞，共生成12,981和9,578个单细胞转录组。
25467	2024-08-09	Allergen-specific IgG+ memory B cells are temporally linked to IgE memory responses 2020-07, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2019.11.046 PMID:31883847	研究论文	本研究探讨了黏膜过敏原暴露后IgE记忆反应的细胞和克隆起源	首次证明了在黏膜过敏原暴露下，人类IgE记忆存在于过敏原特异性的IgG+记忆B细胞中，这些细胞能迅速转换同种型，扩展为短寿命的IgE+浆母细胞，并作为治疗干预的潜在目标	NA	研究黏膜过敏原暴露后IgE记忆反应的细胞和克隆起源	季节性过敏性鼻炎成年患者的PBMCs和鼻活检样本	免疫学	过敏性鼻炎	重链可变基因序列分析，单细胞转录组学	NA	RNA	40名季节性过敏性鼻炎成年患者
25468	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing analysis reveals alginate oligosaccharides preventing chemotherapy-induced mucositis 2020-05, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-019-0248-z PMID:31900405	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了海藻酸寡糖（AOS）预防化疗引起的肠道黏膜炎的作用	首次在单细胞水平上研究了AOS对化疗引起的肠道黏膜炎的保护作用，并通过深度分析揭示了AOS通过调节转录因子表达来改善肠道功能	NA	研究AOS在单细胞水平上预防化疗引起的肠道黏膜炎的作用	海藻酸寡糖（AOS）对化疗引起的肠道黏膜炎的保护作用	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
25469	2024-08-09	Identification of key genes and pathways in abdominal aortic aneurysm by integrated bioinformatics analysis 2020-Apr, The Journal of international medical research IF:1.4Q4 DOI:10.1177/0300060519894437 PMID:31885343	研究论文	通过整合微阵列和单细胞RNA测序数据，识别与腹主动脉瘤相关的关键基因和通路	发现了四个新的与腹主动脉瘤相关的主要基因，这些基因在已知的动脉瘤基因数据库中未被记录	NA	识别与腹主动脉瘤发病机制和进展相关的关键基因，并探索其作为治疗靶点的潜力	腹主动脉瘤的关键基因和生物通路	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	507个上调基因和842个下调基因
25470	2024-08-09	Bulk and single cell transcriptomic data indicate that a dichotomy between inflammatory pathways in peripheral blood and arthritic joints complicates biomarker discovery 2020-03, Cytokine IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cyto.2019.154960 PMID:31881419	研究论文	本研究通过整合分析基因表达微阵列数据和单细胞RNA测序数据，探讨了类风湿性关节炎（RA）中炎症通路在周围血液和关节炎关节中的差异，以及这种差异对生物标志物发现的影响。	本研究首次通过大规模和单细胞转录组数据分析，揭示了周围血液和关节炎关节中炎症通路的差异，为生物标志物的发现提供了新的视角。	研究主要基于RA患者和健康对照的数据，未涵盖其他类型的关节炎，可能限制了结果的普遍性。	探讨类风湿性关节炎中炎症通路在周围血液和关节炎关节中的差异，以及这种差异对生物标志物发现的影响。	类风湿性关节炎患者的滑膜、全血细胞、外周血单个核细胞和CD4+ T细胞，以及抗原诱导关节炎小鼠模型的外周血和全关节。	数字病理学	类风湿性关节炎	基因表达微阵列分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括RA患者和健康对照的多个样本类型，以及抗原诱导关节炎小鼠模型的外周血和全关节。
25471	2024-08-09	Single-cell sequencing in hematology 2020-03, Current opinion in oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1097/CCO.0000000000000613 PMID:31895120	综述	本文综述了通过新型单细胞方法在造血作用和血液系统恶性肿瘤方面取得的最新关键见解，特别关注通过单细胞分辨率研究髓系恶性肿瘤中的干细胞/祖细胞所获得的生物学见解。	近年来，单细胞水平的RNA、DNA和蛋白质表达分析新技术大量涌现，提供了前所未有的细胞异质性洞察。	传统的批量遗传分析可能会掩盖肿瘤内异质性的关键方面，这些异质性是治疗抵抗和克隆进化的关键疾病事件的基础。	探讨单细胞技术在血液系统癌症患者管理中的当前和潜在未来应用。	造血作用和血液系统恶性肿瘤中的干细胞/祖细胞。	NA	血液系统恶性肿瘤	单细胞测序	NA	RNA, DNA, 蛋白质表达	NA
25472	2024-08-09	Accurate detection of mosaic variants in sequencing data without matched controls 2020-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0368-8 PMID:31907404	研究论文	本文介绍了一种名为MosaicForecast的机器学习方法，用于在无匹配对照的测序数据中准确检测嵌合变异	MosaicForecast利用基于读取的相位和读取级别特征，与现有算法相比，显著提高了检测嵌合单核苷酸变异和插入缺失的特异性	NA	开发一种新的方法来检测嵌合体突变，并探讨其在疾病起源和发展中的作用	人类大脑全基因组测序数据中的嵌合单核苷酸变异和插入缺失	机器学习	NA	单细胞测序和靶向测序	机器学习方法	测序数据	人类大脑全基因组测序数据
25473	2024-08-09	Inhibition of lysine-specific histone demethylase 1A results in meiotic aberration during oocyte maturation in vitro in goats 2020-Feb, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2019.12.011 PMID:31881434	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术探讨山羊卵母细胞体外成熟过程中组蛋白去甲基化酶LSD1的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了山羊卵母细胞成熟过程中LSD1的功能及其对卵母细胞成熟的影响	研究主要集中在体外实验，未来需要进一步的体内实验验证	探讨组蛋白甲基化在山羊卵母细胞成熟中的作用机制	山羊的卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	4516个差异表达基因
25474	2024-08-09	Critical Role of Cytosolic DNA and Its Sensing Adaptor STING in Aortic Degeneration, Dissection, and Rupture 2020-01-07, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.119.041460 PMID:31887080	研究论文	本文研究了细胞质DNA及其感应适配器STING在主动脉退化、撕裂和破裂中的关键作用	首次揭示了细胞质DNA和STING信号通路在主动脉退化和散发型主动脉夹层形成中的关键机制	NA	识别驱动主动脉退化的机制，以开发有效的药物治疗预防疾病进展	主动脉平滑肌细胞和巨噬细胞中的细胞质DNA及STING通路的激活	NA	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	组织样本	来自散发型升主动脉夹层患者的主动脉组织样本及Stinggt/gt小鼠模型
25475	2024-08-09	Arterial Sca1+ Vascular Stem Cells Generate De Novo Smooth Muscle for Artery Repair and Regeneration 2020-01-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.11.010 PMID:31883835	研究论文	本文通过细胞命运图谱和单细胞RNA测序技术，识别了动脉壁外膜层的Sca1血管干细胞（VSCs），并研究了其在严重损伤后迁移至中膜层并生成新的平滑肌细胞（SMCs）的过程。	首次提供了遗传学证据，证明Sca1 VSCs能够生成SMCs，并在血管修复中发挥关键作用。	NA	研究血管干细胞在动脉修复和再生中的作用。	动脉壁中的Sca1血管干细胞及其在损伤后的行为。	NA	NA	细胞命运图谱，单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25476	2024-08-09	Outer Radial Glia-like Cancer Stem Cells Contribute to Heterogeneity of Glioblastoma 2020-01-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.11.015 PMID:31901251	研究论文	本研究通过单细胞转录组学创建了胶质母细胞瘤肿瘤细胞图谱，并发现肿瘤内存在多种癌症干细胞（GSC）亚型，其中包括类似外侧放射状胶质细胞（oRG）的侵袭性细胞群。	首次发现胶质母细胞瘤中的oRG样细胞表现出特征性的有丝分裂体细胞转移行为，并揭示了PTPRZ1在有丝分裂体细胞转移和胶质母细胞瘤侵袭中的作用。	NA	旨在揭示胶质母细胞瘤异质性的驱动因素及其与肿瘤侵袭的关系。	胶质母细胞瘤及其癌症干细胞亚型。	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
25477	2024-08-09	Single-cell Digital Twins for Cancer Preclinical Investigation 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0159-4_15 PMID:31893381	研究论文	本文介绍了一种名为单细胞通量平衡分析（scFBA）的新计算框架，旨在建立数字代谢双胞胎，以更好地利用实验室患者细胞模型	提出了scFBA框架，能够量化单细胞水平的通量，并结合单细胞RNA-seq数据，描绘单细胞代谢表型，并识别代谢亚群	目前仅限于描述细胞样本中的总体通量分布，忽略了可能的异质性行为	旨在通过量化单细胞水平的通量来分层癌症异质性亚群	癌症异质性亚群的代谢表型	生物信息学	癌症	单细胞RNA-seq	scFBA	单细胞数据	未具体说明
25478	2024-08-09	Neuron-glia interaction through Serotonin-BDNF-NGFR axis enables regenerative neurogenesis in Alzheimer's model of adult zebrafish brain 2020-01, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000585 PMID:31905199	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析，揭示了在阿尔茨海默病模型中，血清素-脑源性神经营养因子-神经生长因子受体轴在成年斑马鱼大脑神经再生中的作用	发现了血清素通过下调脑源性神经营养因子的表达抑制神经干细胞增殖，而脑源性神经营养因子通过神经生长因子受体A/核因子κB信号增强神经干细胞可塑性和神经发生	研究仅在斑马鱼模型中进行，尚未在哺乳动物模型中验证	探讨阿尔茨海默病中神经再生的分子机制	成年斑马鱼大脑中的神经干细胞和神经发生	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	成年斑马鱼大脑样本
25479	2024-08-09	A Single Cell but Many Different Transcripts: A Journey into the World of Long Non-Coding RNAs 2020-Jan-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21010302 PMID:31906285	综述	本文综述了长非编码RNA（lncRNAs）的分类及其在单细胞分析中的新发现	介绍了单细胞RNA测序和荧光放大技术在lncRNA功能研究中的应用	NA	收集关于lncRNA分类的最新信息及其在单细胞分析中的功能新发现	长非编码RNA（lncRNAs）及其在细胞中的表达和亚细胞定位	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25480	2024-08-09	scRNA-seq assessment of the human lung, spleen, and esophagus tissue stability after cold preservation 2019-12-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1906-x PMID:31892341	研究论文	本研究评估了冷保存对新鲜健康脾脏、食管和肺组织的影响，通过单细胞RNA测序分析了这些组织在72小时内的稳定性。	研究提供了24小时内组织保存的稳健协议，这对Human Cell Atlas或临床研究的样本收集物流大有裨益。	研究观察到72小时后肺T细胞比例下降，线粒体读数百分比增加，以及脾脏中背景环境RNA读数的污染增加，这些是细胞类型特异性的。	评估冷保存对人类脾脏、食管和肺组织稳定性的影响，并为Human Cell Atlas提供高质量的单细胞转录组数据。	新鲜健康的脾脏、食管和肺组织。	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	240,000个高质量单细胞转录组，来自至少5个供体的全基因组序列