单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25441	2024-08-09	Single-cell sequencing techniques from individual to multiomics analyses 2020-09, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-020-00499-2 PMID:32929221	综述	本文综述了单细胞测序技术在个体和多组学层面的应用	介绍了多种单细胞组学方法及其应用，并探讨了多层数据集的计算整合方法	NA	旨在深入理解每个细胞的基本分子特征及其与疾病相关的分子特征	单细胞的基因组、表观基因组和转录组	基因组学	NA	单细胞测序技术	NA	基因组数据、表观基因组数据、转录组数据	大量单细胞
25442	2024-08-09	Single-cell transcriptomics in cancer: computational challenges and opportunities 2020-09, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-020-0422-0 PMID:32929226	综述	本文综述了单细胞转录组学在癌症研究中的计算挑战与机遇	探讨了单细胞转录组学数据在癌症研究中的新兴计算分析方法及其应用	讨论了未来计算方法学发展的挑战与机遇	旨在揭示驱动癌症发展、发病机制和临床结果的细胞类型和状态	单细胞转录组学数据及其在癌症研究中的应用	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
25443	2024-08-09	Malignant cell-specific CXCL14 promotes tumor lymphocyte infiltration in oral cavity squamous cell carcinoma 2020-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-001048 PMID:32958684	研究论文	研究CXCL14在口腔鳞状细胞癌中通过促进淋巴细胞浸润抑制肿瘤生长的机制	发现CXCL14在恶性细胞中的表达与肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的增加和肿瘤生长的抑制相关，表明CXCL14可能通过免疫介导的机制抑制肿瘤生长	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要在人体中进一步验证	探讨CXCL14介导的口腔鳞状细胞癌肿瘤生长抑制的潜在机制	口腔鳞状细胞癌中的恶性细胞和淋巴细胞浸润	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用了来自口腔鳞状细胞癌的单细胞RNA测序数据，以及C57BL/6小鼠模型
25444	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals the immune escape and drug resistance mechanisms of mantle cell lymphoma 2020-08-15, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2020.0073 PMID:32944402	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了套细胞淋巴瘤的免疫逃逸和药物抗性机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了套细胞淋巴瘤中多种细胞亚群的免疫逃逸和药物抗性机制	研究仅基于单一患者样本，可能存在样本代表性不足的问题	探索套细胞淋巴瘤的免疫逃逸和药物抗性机制	套细胞淋巴瘤中的细胞亚群及其免疫逃逸和药物抗性相关基因	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	约4000个骨髓细胞
25445	2024-08-09	Identification of hub genes in diabetic kidney disease via multiple-microarray analysis 2020-Aug, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-20-5171 PMID:32953797	研究论文	本研究通过重新分析三个mRNA微阵列数据集，包括一个单细胞RNA测序数据集，旨在识别与糖尿病肾病相关的关键基因，并增进对糖尿病肾病发病机制的理解。	本研究利用单细胞RNA测序数据集进行多微阵列分析，识别了17个关键基因，丰富了细胞水平上糖尿病肾病发病机制的理解，并为诊断和治疗提供了候选靶点。	NA	识别与糖尿病肾病相关的关键基因，增进对糖尿病肾病发病机制的理解。	糖尿病肾病的关键基因及其在发病机制中的作用。	生物信息学	糖尿病肾病	mRNA微阵列分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个数据集：GSE131882, GSE30122, GSE30529
25446	2024-08-09	Percutaneous liver biopsy: another option of hepatic sample collection approach in single-cell sequencing studies? 2020-Aug, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm.2020.04.23 PMID:32953833	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25447	2024-08-09	Understanding Diseases from Single-Cell Sequencing and Methylation 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_1 PMID:32949386	review	本书综述了单细胞测序和甲基化在疾病中的作用，并探讨了单细胞测序和甲基化的疾病特异性改变	本书强调了单细胞测序和甲基化方法在临床实践和应用中的重要性，以及其在非癌疾病中的潜在价值	NA	旨在应用单细胞测序和甲基化测量进行临床诊断和治疗，并理解这些参数的临床价值	单细胞测序和甲基化在疾病中的应用	digital pathology	pulmonary disease	single-cell sequencing, methylation sequencing	NA	DNA, RNA	NA
25448	2024-08-09	Methods for Single-Cell Isolation and Preparation 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_2 PMID:32949387	研究论文	本文综述了当前用于基于测序的下游分析的单细胞分离方法的最新技术，并讨论了它们的优缺点	介绍了多种单细胞分离方法，并允许转录组学与细胞电生理或形态学参数的相关性分析	需要仔细选择合适的方法以避免数据错误或偏差，可能导致误解	提供单细胞分离方法的广泛概述，并详细讨论关键参数	单细胞分离技术及其在测序基础下游分析中的应用	生命科学	NA	单细胞测序	NA	细胞	NA
25449	2024-08-09	Single-Cell Sequencing of T cell Receptors: A Perspective on the Technological Development and Translational Application 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_3 PMID:32949388	综述	本文综述了T细胞受体（TCR）的单细胞测序技术发展及其在自身免疫性疾病中的转化应用	介绍了单细胞测序技术在研究TCR库中的应用，改变了TCR库的调查和分析方式	在技术上仍存在挑战，如如何序列化TCR并提供与免疫系统中大量TCR库相关的概念性背景	探讨TCR的生物学特性、信号传导及其在自身免疫中的意义，并讨论单细胞测序平台在自身免疫性疾病中的应用	T细胞受体（TCR）及其在免疫反应中的作用	生物技术	自身免疫性疾病	单细胞测序	NA	序列数据	NA
25450	2024-08-09	Application of Single-Cell RNA Sequencing in Pancreatic Cancer and the Endocrine Pancreas 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_12 PMID:32949397	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在胰腺癌和内分泌胰腺研究中的应用	scRNA-seq技术能深入分析胰腺和胰腺癌中的细胞异质性，特别是在细胞类型特异性分子识别和癌细胞与间质微环境相互作用的检测方面	NA	综述scRNA-seq策略在胰腺转录组学和胰腺癌研究中的最新进展	胰腺癌和内分泌胰腺	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
25451	2024-08-09	Single-Cell Sequencing in Genitourinary Malignancies 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_13 PMID:32949398	研究论文	本文综述了单细胞测序（SCS）在泌尿生殖系统恶性肿瘤中的应用，包括其在肾细胞癌、膀胱癌和前列腺癌中的研究进展	SCS技术革新了对肿瘤异质性、肿瘤微环境、免疫浸润、癌症干细胞（CSCs）、循环肿瘤细胞（CTCs）和克隆进化的理解	NA	探讨SCS技术在泌尿生殖系统恶性肿瘤中的应用及其未来发展	肾细胞癌、膀胱癌和前列腺癌	数字病理学	泌尿生殖系统恶性肿瘤	单细胞测序（SCS）	NA	基因组数据	NA
25452	2024-08-09	Single Cell RNA Sequencing in Human Disease: Renal, Pancreatic, and Viral Diseases 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_16 PMID:32949401	综述	本章讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在探索病毒感染以及肾脏和胰腺疾病中的具体应用	scRNA-seq技术已推进对肺部和心脏疾病、移植免疫学、癌症等多种疾病的研究	本综述并非详尽无遗	探讨scRNA-seq在人类疾病中的应用，特别是肾脏、胰腺和病毒性疾病	病毒感染、肾脏和胰腺疾病	数字病理学	肾脏疾病、胰腺疾病、病毒性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞表达模式	NA
25453	2024-08-09	Single-Cell Sequencing in Human Genital Infections 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_17 PMID:32949402	综述	本文综述了单细胞测序技术在人类生殖器感染研究中的应用	单细胞测序技术为研究药物抗性克隆、细胞间变异、获得性药物抗性突变、病原体在不同感染阶段的转录多样性、识别稀有细胞类型以及研究生殖器感染病原体的不同细胞状态提供了新的可能性	本文讨论了单细胞测序技术在人类生殖器感染研究中的局限性和挑战	探讨单细胞测序技术在人类生殖器感染研究中的应用及其局限性	人类生殖器感染及其相关病原体	NA	生殖器感染	单细胞测序	NA	细胞	NA
25454	2024-08-09	Values of Single-Cell RNA Sequencing in Development of Cerebral Cortex 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_19 PMID:32949404	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在研究大脑皮层细胞复杂性、集群和特定功能中的应用	本文提出了将scRNA-seq扩展到单个神经元细胞的代谢谱，并整合转录组与分子和功能表型，以深入理解大脑发育和疾病发生的分子机制	大脑样本易受干扰和混杂因素影响，需要开发更先进的计算系统生物学方法来克服单细胞信号检测中的固有干扰和技术差异	研究单细胞RNA测序在理解大脑皮层发育和神经疾病发病机制中的应用	大脑皮层细胞的异质性和转录组变化	数字病理学	神经疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
25455	2024-08-09	scTree: An R package to generate antibody-compatible classifiers from single-cell sequencing data 2020, Journal of open source software DOI:10.21105/joss.02061 PMID:32954206	研究论文	介绍了一个名为scTree的R包，用于从单细胞测序数据中生成抗体兼容的分类器	scTree工具旨在为使用R编程语言和scRNA-seq分析程序的生物学家提供一组最小的基因，以便用于下游实验	NA	开发一个工具，帮助生物学家从单细胞测序数据中选择用于下游实验的最小基因集	单细胞RNA测序数据中的基因选择	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
25456	2024-08-09	Sources of variation in cell-type RNA-Seq profiles 2020, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0239495 PMID:32956417	研究论文	研究了影响细胞类型特异性RNA-Seq表达谱变异的因素	评估了不同归一化方法对变异的影响，并探讨了UMI-based单细胞RNA-Seq与bulk RNA-Seq之间的差异	技术变异和组织来源的差异对细胞类型比例解卷积有混杂效应	探究影响细胞类型特异性基因表达谱变异的主要因素	bulk RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据中的B细胞和T细胞	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	多个公开可用的bulk和单细胞RNA-Seq数据集
25457	2024-08-09	Human kidney organoids produce functional renin 2021-01, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2020.08.008 PMID:32918942	研究论文	本文利用人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官研究了肾素及其在肾脏中的作用	首次展示了人肾脏类器官能够产生功能性肾素，并探讨了其在再生医学中的应用潜力	NA	开发用于研究肾素调节及其对肾脏生理学意义的人类模型	人诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官	再生医学	NA	单细胞测序、免疫组化、功能性检测	NA	细胞	NA
25458	2024-08-09	Investigating Inter- and Intrasample Diversity of Single-Cell RNA Sequencing Datasets 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0849-4_10 PMID:32926367	研究论文	本文提供了一个实用指南，用于计算单细胞RNA测序数据集的样本间和样本内多样性指标	将统计学和生态学中常用的多样性指标应用于单细胞分辨率下样本异质性的量化和比较	NA	探讨肿瘤异质性的来源及其对不良结果的影响	单细胞RNA测序数据集的样本间和样本内多样性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个不同样本
25459	2024-08-09	L2,1-Extreme Learning Machine: An Efficient Robust Classifier for Tumor Classification 2020-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2020.107368 PMID:32919230	研究论文	本文提出了一种基于L2,1范数的新型极端学习机方法，用于提高肿瘤分类的鲁棒性	引入L2,1范数在损失函数中以提高方法的鲁棒性，并减少噪声和异常值的影响	NA	提高极端学习机在肿瘤分类中的鲁棒性	癌症样本和单细胞RNA测序数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	极端学习机（ELM）	基因表达数据	五个UCI数据集以及TCGA数据集和scRNA-seq数据集
25460	2024-08-09	The Stress-Like Cancer Cell State Is a Consistent Component of Tumorigenesis 2020-11-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.08.018 PMID:32910905	research paper	本研究通过结合斑马鱼黑色素瘤模型、空间转录组学和人类样本，验证了肿瘤发生过程中存在一种应激样癌细胞状态	首次通过多种模型和方法验证了应激样癌细胞状态的存在，并发现其在肿瘤发生早期即已出现，且具有更高的肿瘤种植能力和药物抗性	研究主要集中在应激样癌细胞状态的验证和特性分析，未深入探讨其具体机制和治疗应用	验证肿瘤发生过程中应激样癌细胞状态的存在及其特性	应激样癌细胞状态及其在肿瘤发生中的作用	digital pathology	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	包括斑马鱼模型和人类样本