单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25441	2024-08-09	Functional Heterogeneity within the Developing Zebrafish Epicardium 2020-03-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.023 PMID:32084358	research paper	本研究探讨了斑马鱼心脏发育过程中心外膜的异质性和不同心外膜亚群的功能多样性	通过单细胞RNA测序揭示了三个具有特定遗传程序和独特空间分布的心外膜亚群，并揭示了每个亚群的特定功能	NA	深入了解心外膜细胞在心脏发育中如何建立功能性心外膜及其与其他心血管细胞类型的交流机制	斑马鱼心脏发育中的心外膜及其亚群	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
25442	2024-08-09	Ascl2-Dependent Cell Dedifferentiation Drives Regeneration of Ablated Intestinal Stem Cells 2020-03-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.12.011 PMID:32084390	研究论文	研究探讨了肠道干细胞（ISCs）在LGR5干细胞被清除后通过细胞去分化进行再生的机制	揭示了ASCL2依赖的去分化过程在肠道干细胞再生中的关键作用，并通过单细胞RNA测序分析了去分化的转录路径	NA	研究肠道干细胞在清除后的再生机制	肠道干细胞及其再生过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25443	2024-08-09	Distinct Mesenchymal Cell Populations Generate the Essential Intestinal BMP Signaling Gradient 2020-03-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.01.008 PMID:32084389	研究论文	本研究通过结合全装高分辨率显微镜与集合和单细胞RNA测序，识别了三种不同的PDGFRA间质细胞类型，揭示了它们在肠道BMP信号梯度形成中的作用	首次详细描述了肠道间质细胞的精细解剖、分子和功能细节，以及这些细胞在组织自我更新所需的信号梯度中的细胞基础	NA	揭示肠道间质细胞结构及其在组织自我更新中的作用	肠道间质细胞及其在BMP信号梯度中的作用	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
25444	2024-08-09	Functionally distinct subgroups of oligodendrocyte precursor cells integrate neural activity and execute myelin formation 2020-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-019-0581-2 PMID:32066987	研究论文	本研究通过整合单个OPC克隆的谱系形成、单细胞转录组学、钙成像和神经活动调控，揭示了斑马鱼脊髓中的OPC可以分为两个功能不同的亚群	首次展示了OPC亚群在响应神经元方面的功能多样性，并揭示了活动对特定OPC亚群增殖的调控作用	NA	探讨少突胶质细胞前体细胞（OPC）的异质性是否反映了不同功能亚型的细胞	少突胶质细胞前体细胞（OPC）及其在斑马鱼脊髓中的功能亚群	神经科学	NA	单细胞转录组学、钙成像	NA	转录组数据、钙信号数据	NA
25445	2024-08-09	New insights into the early mechanisms of epileptogenesis in a zebrafish model of Dravet syndrome 2020-03, Epilepsia IF:6.6Q1 DOI:10.1111/epi.16456 PMID:32096222	研究论文	本研究通过CRISPR/Cas9技术在斑马鱼模型中引入突变，探索Dravet综合征早期癫痫发生机制及5HT2受体激动剂芬氟拉明的潜在疾病修饰作用。	首次在斑马鱼模型中揭示Dravet综合征早期发病机制，并提供芬氟拉明可能的疾病修饰证据。	NA	确定Dravet综合征新生儿脑发育期间癫痫发作的最早细胞缺陷，并研究芬氟拉明的潜在疾病修饰活性。	斑马鱼模型中的Dravet综合征。	数字病理学	癫痫	CRISPR/Cas9	NA	单细胞RNA测序	15个突变斑马鱼样本，16个野生型样本
25446	2024-08-09	Advanced maternal age alters expression of maternal effect genes that are essential for human oocyte quality 2020-02-25, Aging DOI:10.18632/aging.102864 PMID:32096767	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了母亲年龄对人类卵子质量的影响，并识别了受高龄影响的基因	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了高龄母亲卵子中差异表达的基因，并验证了关键基因对卵子质量和早期胚胎发育的影响	研究样本量较小，仅包括来自IVF或ICSI患者的六个年轻卵子和六个高龄卵子	探讨母亲年龄对人类卵子质量的影响及其分子机制	人类成熟卵子的基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	6个年轻卵子和6个高龄卵子
25447	2024-08-09	Linked optical and gene expression profiling of single cells at high-throughput 2020-02-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-01958-9 PMID:32093753	研究论文	本文介绍了一种高吞吐量的单细胞光学和基因表达联合分析平台	该平台能够同时进行数千个细胞的荧光和基因表达测量，并能隔离稀有细胞亚群，进行多种测量分析	NA	开发一种高吞吐量的单细胞光学和基因表达联合分析平台	单细胞的DNA、RNA变化以及抗体荧光与基因表达的相关性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	图像和文本	数千个细胞
25448	2024-08-09	Metabolic Changes Accompanying Spermatogonial Stem Cell Differentiation 2020-02-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.014 PMID:32097651	综述	本文通过分析最近发表的小鼠和人类睾丸scRNA-seq数据库，比较了不同阶段精原干细胞的代谢基因表达谱	首次探讨了精原干细胞分化过程中伴随的代谢变化	NA	探讨精原干细胞分化过程中的代谢变化及其与外部微环境的关系	精原干细胞及其分化过程中的代谢变化	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠和人类睾丸样本
25449	2024-08-09	A cell atlas of human thymic development defines T cell repertoire formation 2020-02-21, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aay3224 PMID:32079746	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，构建了人类胸腺在生命周期中的细胞图谱，并重构了T细胞分化轨迹和T细胞受体（TCR）重组动力学	本文首次在人类胸腺中识别并定位了CD8αα T细胞群体、胸腺成纤维细胞亚型和激活的树突状细胞状态，并揭示了TCR重组和选择的偏倚	NA	定义人类胸腺发育中的T细胞谱系形成	人类胸腺中的T细胞分化和选择过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	跨生命周期的人类胸腺样本
25450	2024-08-09	Persistent features of intermittent transcription 2020-02-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-60094-3 PMID:32081955	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞RNA测序数据参数化方法，用于估计基因激活概率及其峰值转录率，并应用于成年小鼠不同组织的单细胞mRNA计数分析。	提出了一种新的参数化方法来估计基因激活概率和峰值转录率，这些参数不依赖于计数波动背后的机制。	研究结果可能受到实验过程中固有的技术噪声的影响。	探索基因表达异质性并分析不同组织中基因转录的持久特征。	单细胞RNA测序数据和成年小鼠不同组织的基因表达。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年小鼠不同组织的单细胞mRNA计数
25451	2024-08-09	A deep adversarial variational autoencoder model for dimensionality reduction in single-cell RNA sequencing analysis 2020-Feb-21, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-3401-5 PMID:32085701	研究论文	本文提出了一种基于对抗变分自编码器（DR-A）的单细胞RNA测序数据降维方法	DR-A利用了一种新颖的基于对抗变分自编码器的框架，适用于无监督学习任务，能够提供更准确的低维表示	NA	克服单细胞RNA测序数据高维度和大量丢失事件的挑战，实现有效的数据降维	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	对抗变分自编码器	RNA测序数据	NA
25452	2024-08-09	Defining the emergence of myeloid-derived suppressor cells in breast cancer using single-cell transcriptomics 2020-02-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aay6017 PMID:32086381	研究论文	本研究使用单细胞转录组学技术，通过比较携带乳腺肿瘤的小鼠与野生型小鼠的脾脏髓系细胞，确定了乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）的分子特征	本研究揭示了MDSCs通过异常的中性粒细胞成熟轨迹在脾脏中出现，并赋予其免疫抑制细胞状态，同时确定了MDSCs特异的基因签名和表面标记CD84，以改进乳腺癌中MDSCs的检测和富集	NA	确定乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）的分子特征	乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）及其与正常髓系细胞的差异	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	14,646个单细胞转录组
25453	2024-08-09	Tracing tumorigenesis in a solid tumor model at single-cell resolution 2020-02-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14777-0 PMID:32080185	研究论文	本研究利用单细胞转录组和表位分析，结合通路和谱系分析，从发育角度研究了小鼠唾液腺鳞状细胞癌模型中的肿瘤发生过程	提供了全面的细胞图谱，并描述了肿瘤特异性细胞的发育轨迹，强调了使用定义的遗传模型系统的力量	NA	理解肿瘤起始、进展和转移的基础	小鼠唾液腺鳞状细胞癌模型中的肿瘤发生过程	数字病理学	唾液腺鳞状细胞癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
25454	2024-08-09	Tracking intratumoral heterogeneity in glioblastoma via regularized classification of single-cell RNA-Seq data 2020-Feb-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-3390-4 PMID:32070274	研究论文	本文提出了一种基于稀疏逻辑回归的分类方法，用于分析胶质母细胞瘤（GBM）的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据，以识别区分不同细胞群体（肿瘤细胞和正常细胞）的基因特征	通过网络基础的twiner正则化方法，识别肿瘤核心和从肿瘤边缘起源的浸润性肿瘤细胞之间共享的基因签名，作为潜在的疾病生物标志物	NA	旨在识别区分胶质母细胞瘤克隆的基因，以及在不同胶质母细胞瘤肿瘤克隆（包括迁移细胞）中发挥相似作用的基因，从而为治疗研究提供潜在目标	胶质母细胞瘤（GBM）的细胞和分子异质性	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	稀疏逻辑回归	RNA测序数据	NA
25455	2024-08-09	Exploring and analysing single cell multi-omics data with VDJView 2020-02-18, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-020-0696-z PMID:32070336	研究论文	开发了一种名为VDJView的工具，用于同时分析和可视化单细胞多组学数据，包括基因表达、免疫受体和临床元数据	VDJView是一个易于使用的R shiny网络应用程序，集成了多种基因表达和TCR分析工具，能够处理来自板式分类或高通量单细胞平台的数据	NA	开发一种工具，使没有深厚生物信息学技能的研究人员能够分析免疫单细胞RNA测序数据，并加速假设测试、数据解释和细胞异质性的发现	单细胞RNA测序数据，包括基因表达、TCR序列、表面蛋白定量和抗原特异性	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	分析了多个10X scRNA-seq数据集，包括150,000个CD8+ T细胞和563个单细胞（板式分类）来自11个受试者
25456	2024-08-09	Prospective isolation of chondroprogenitors from human iPSCs based on cell surface markers identified using a CRISPR-Cas9-generated reporter 2020-02-18, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-020-01597-8 PMID:32070421	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9技术编辑的COL2A1-GFP报告基因hiPSC细胞系，结合表面标记筛选，鉴定并分离出表达CD146、CD166和PDGFRβ的人诱导多能干细胞来源的软骨祖细胞，以提高软骨分化的纯度和效率。	本研究首次鉴定并分离出表达特定表面标记的hiPSC来源的软骨祖细胞，这些细胞具有高软骨形成潜力，为软骨组织工程或疾病模型研究提供了纯化的细胞来源。	NA	本研究旨在通过鉴定和利用细胞表面标记来纯化和提高人诱导多能干细胞软骨分化的效率和纯度。	人诱导多能干细胞（hiPSCs）及其软骨祖细胞。	再生医学	骨关节炎	CRISPR-Cas9技术，单细胞RNA测序	NA	细胞表面标记，RNA序列	本研究涉及的细胞群体中，表达CD146、CD166和PDGFRβ的软骨祖细胞占16.8%。
25457	2024-08-09	A Highly Conserved Circular RNA Is Required to Keep Neural Cells in a Progenitor State in the Mammalian Brain 2020-02-18, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.083 PMID:32075758	研究论文	研究了高度保守的环状RNA circSLC45A4在维持哺乳动物大脑神经前体细胞状态中的作用	首次揭示了circSLC45A4在维持神经前体细胞状态中的关键作用	NA	探讨circSLC45A4在神经前体细胞维持中的功能	人类神经母细胞瘤细胞系和小鼠大脑发育过程中的神经前体细胞	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	涉及人类神经母细胞瘤细胞系和小鼠大脑发育过程中的细胞
25458	2024-08-09	Kernel Differential Subgraph Analysis to Reveal the Key Period Affecting Glioblastoma 2020-02-17, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom10020318 PMID:32079293	研究论文	本文开发了一种探索核心差异子图（KDS）的标准（CKDS），并应用于模拟数据集和三个单细胞RNA测序数据集，以揭示影响胶质母细胞瘤发展的关键分化期。	提出了新的CKDS算法，考虑了KDS的连通性、规模、节点拓扑差异及基因功能相关性，并在模拟数据集上表现优于现有方法。	NA	探索胶质母细胞瘤的机制，并识别导致剧烈变化的核心差异子图（KDS）。	胶质母细胞瘤、胎儿人类皮质神经元和神经分化过程。	生物信息学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CKDS算法	基因网络数据	三个单细胞RNA测序数据集，包括胶质母细胞瘤、胎儿人类皮质神经元和神经分化。
25459	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing in Human Retinal Degeneration Reveals Distinct Glial Cell Populations 2020-02-13, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9020438 PMID:32069977	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了一位70岁视网膜退化患者的视网膜组织，并与对照组进行比较，识别了不同的胶质细胞群。	首次在人类视网膜退化背景下，通过单细胞RNA测序技术揭示了胶质细胞的独特转录组特征。	研究样本量较小，仅基于一位患者的视网膜组织进行分析。	探讨视网膜退化疾病中胶质细胞的分子特征。	视网膜退化患者的视网膜组织及对照组的视网膜组织。	数字病理学	视网膜退化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5个样本（1个视网膜退化患者和4个对照患者）
25460	2024-08-09	Inferring TF activation order in time series scRNA-Seq studies 2020-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007644 PMID:32069291	研究论文	本文开发了一种名为CSHMM-TF的方法，该方法结合了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的概率建模和将转录因子（TFs）分配到模型中特定激活点的能力，以分析时间序列单细胞表达数据。	CSHMM-TF方法能够识别控制每条路径的TFs及其激活顺序，并改善了不利用TF-基因相互作用的先前方法。	NA	开发一种新的方法来分析时间序列单细胞表达数据，特别是利用转录因子和其目标信息。	时间序列单细胞RNA测序数据和转录因子在细胞过程中的激活顺序。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	连续状态隐马尔可夫模型（CSHMM）	基因表达数据	多个小鼠和人类数据集