单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27897 篇文献，本页显示第 25421 - 25440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25421 | 2024-08-09 |
Single-cell ATAC-seq signal extraction and enhancement with SCATE
2020-07-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02075-3
PMID:32620137
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研究论文 | 本文介绍了一种新的统计框架SCATE，用于提高单细胞ATAC-seq数据中个体顺式调控元件（CREs）活性估计的准确性 | SCATE框架能够自适应地整合来自共同激活的CREs、相似细胞和公开可用的调控组数据的信息，从而显著提高个体CREs活性估计的准确性 | NA | 旨在提高单细胞ATAC-seq数据分析的准确性 | 单细胞ATAC-seq数据中的顺式调控元件（CREs）活性 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序（scATAC-seq） | 统计框架 | 单细胞数据 | NA |
| 25422 | 2024-08-09 |
Cell-by-Cell Deconstruction of Stem Cell Niches
2020-07-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.06.013
PMID:32619515
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综述 | 本文综述了利用单细胞测序技术对干细胞微环境的细胞和转录组构成进行高分辨率分析的研究，并讨论了这些分析如何从根本上推进我们对微环境因素如何塑造干细胞生物学和活性的理解。 | 利用单细胞测序技术对干细胞微环境进行高分辨率分析，深入探讨了干细胞与微环境之间的相互作用及其在病理状态下的失调机制。 | NA | 深入理解干细胞微环境的构成及其在病理状态下的失调机制，以促进更有效的治疗策略的开发。 | 干细胞及其微环境的细胞和转录组构成。 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25423 | 2024-08-09 |
RainDrop: Rapid activation matrix computation for droplet-based single-cell RNA-seq reads
2020-Jul-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03593-4
PMID:32611394
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RainDrop的软件工具，用于快速处理基于液滴的单细胞RNA测序数据，生成基因-细胞计数矩阵 | RainDrop在处理大规模单细胞RNA测序数据时，相比现有的Cell Ranger和Alevin工具，具有显著的加速效果 | NA | 开发高效的软件工具以处理大规模单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 约8000个细胞，7.84亿条读取序列 |
| 25424 | 2024-08-09 |
Flexible experimental designs for valid single-cell RNA-sequencing experiments allowing batch effects correction
2020-07-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16905-2
PMID:32612268
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研究论文 | 本文通过数学证明，在两种更灵活且现实的设计——参考面板设计和链式设计下，单细胞RNA测序实验中的真实生物变异可以从批次效应中分离出来。 | 开发了Batch effects correction with Unknown Subtypes for scRNA-seq data (BUSseq)，这是一个遵循scRNA-seq实验数据生成机制的可解释贝叶斯分层模型，能够同时校正批次效应、聚类细胞类型、填补由丢弃事件引起的缺失数据，并检测差异表达基因，无需预先的归一化步骤。 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序实验中的批次效应和丢弃事件问题。 | 单细胞RNA测序实验中的批次效应和丢弃事件。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 贝叶斯分层模型 | RNA测序数据 | NA |
| 25425 | 2024-08-09 |
Breathing fresh air into respiratory research with single-cell RNA sequencing
2020-Jun-30, European respiratory review : an official journal of the European Respiratory Society
IF:9.0Q1
DOI:10.1183/16000617.0060-2020
PMID:32620586
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在呼吸研究中的应用及其对呼吸生物学从发育到疾病的深入理解 | scRNA-seq技术能够保留细胞异质性信息，为呼吸研究提供了无偏见的转录组调查 | NA | 探讨scRNA-seq技术在呼吸研究中的应用及未来发展方向 | 呼吸系统的细胞异质性及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 25426 | 2024-08-09 |
Coverage-dependent bias creates the appearance of binary splicing in single cells
2020-06-29, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.54603
PMID:32597758
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序中选择性剪接呈现二态性模式的现象，并揭示这一现象主要由技术限制引起 | 通过模拟和分析人类及小鼠的单细胞RNA-seq数据，揭示了低基因表达和低捕获效率如何扭曲观察到的isoform分布，从而产生二元剪接结果的假象 | 主要关注技术限制对单细胞RNA测序结果的影响，未涉及其他可能的生物学因素 | 解释单细胞RNA测序中选择性剪接呈现二态性模式的原因 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 概率模拟器 | RNA-seq数据 | 涉及人类和小鼠的单细胞样本 |
| 25427 | 2024-08-09 |
An efficient single-cell transcriptomics workflow for microbial eukaryotes benchmarked on Giardia intestinalis cells
2020-Jun-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06858-7
PMID:32600266
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研究论文 | 本研究测试了Smart-seq2单细胞RNA测序协议的不同修改版本，以建立一个更稳健和成本效益更高的流程，用于原生生物。 | 通过添加冷冻-解冻循环和减少反应体积，提高了转录本的回收率，并测试了其他成本降低的修改。 | 减少反应体积导致检测到的基因数量显著减少，其他修改并未显著改变基因检测。 | 开发一个更高效和成本效益更高的单细胞RNA测序流程，用于研究原生生物的多样性和细胞生物学。 | 使用Giardia intestinalis作为实验对象，测试Smart-seq2协议的不同修改版本。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | Smart-seq2 | 转录组数据 | 使用Giardia intestinalis细胞进行实验 |
| 25428 | 2024-08-09 |
NASQAR: a web-based platform for high-throughput sequencing data analysis and visualization
2020-Jun-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03577-4
PMID:32600310
|
研究论文 | NASQAR是一个基于网络的高通量测序数据分析和可视化平台 | NASQAR为非编程专家提供了一个多功能且直观的工具箱，使他们能够轻松高效地探索、分析和可视化转录组数据 | NA | 开发新的软件库和工具，以应对高通量测序数据量和种类的快速增长 | 高通量测序数据 | 生物信息学 | NA | 高通量测序 | NA | 序列数据 | NA |
| 25429 | 2024-08-09 |
mitch: multi-contrast pathway enrichment for multi-omics and single-cell profiling data
2020-Jun-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-06856-9
PMID:32600408
|
研究论文 | 本文介绍了mitch，一个用于多对比基因集富集分析的R包，适用于多组学和单细胞分析数据 | mitch采用rank-MANOVA统计方法，能识别在多个对比中共同富集的基因集，并具有独特的可视化功能，可探索多达20个对比的富集情况 | NA | 开发和验证一个能够处理和可视化多对比基因集富集分析的工具 | 多对比RNA表达分析、综合多组学、工具基准测试和单细胞RNA测序 | 生物信息学 | NA | 基因集富集分析 | rank-MANOVA | 多组学数据、单细胞数据 | NA |
| 25430 | 2024-08-09 |
Female reproductive tract has low concentration of SARS-CoV2 receptors
2020-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.06.20.163097
PMID:32607512
|
研究论文 | 研究探讨了女性生殖器官中SARS-CoV2受体的表达情况 | 首次通过单细胞测序数据分析了女性生殖组织中SARS-CoV2受体的表达，发现这些组织中受体表达较低 | 研究仅基于单细胞测序数据，未涉及临床样本的直接检测 | 探究SARS-CoV2在女性生殖系统中的感染风险 | 女性生殖器官如子宫、肌层、卵巢、输卵管和乳腺上皮 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 涉及子宫、肌层、卵巢、输卵管和乳腺上皮的单细胞测序数据 |
| 25431 | 2024-08-09 |
Genome-wide kinetic properties of transcriptional bursting in mouse embryonic stem cells
2020-06, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aaz6699
PMID:32596448
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠胚胎干细胞中转录爆发的动力学特性 | 揭示了转录爆发动力学受启动子和基因体结合蛋白（包括多梳抑制复合物2和转录延伸因子）以及Akt/MAPK信号通路调控的分子机制 | NA | 阐明哺乳动物细胞中转录爆发动力学的调控机制 | 小鼠胚胎干细胞中的转录爆发动力学 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9 | NA | RNA | 大量小鼠胚胎干细胞样本 |
| 25432 | 2024-08-09 |
Erratum: Author Correction: Immune cell profiling of COVID-19 patients in the recovery stage by single-cell sequencing
2020, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-00187-5
PMID:32595980
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25433 | 2024-08-09 |
Cell Type-Specific Expression Analysis of the Inner Ear: A Technical Report
2021-09, The Laryngoscope
DOI:10.1002/lary.28765
PMID:32579737
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技术报告 | 本文比较了三种主要的细胞类型特异性分析方法在耳部研究中的应用 | 介绍了新的可视化和分析复杂表达数据的平台gEAR | 需要根据组织来源、细胞类型和生物学问题选择合适的实验方法 | 描述和比较现有的耳部细胞类型特异性分析工具，以支持研究设计中的决策 | 耳部细胞的多样性及其在发育和功能中的分子机制 | NA | 听力损失 | 荧光激活细胞分选(FACS)、核糖体和RNA下拉技术、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 使用已发表和原始数据进行比较 |
| 25434 | 2024-08-09 |
SMNN: batch effect correction for single-cell RNA-seq data via supervised mutual nearest neighbor detection
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa097
PMID:32591778
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研究论文 | 本文提出了一种名为SMNN的方法，用于通过监督互最近邻检测来校正单细胞RNA测序数据的批次效应 | SMNN方法利用单细胞聚类标签信息，提高了批次效应校正的有效性，特别是在生物差异与批次效应不正交的现实场景中 | NA | 解决在整合来自多个批次的单细胞RNA测序数据时批次效应校正的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | SMNN | 基因表达数据 | NA |
| 25435 | 2024-08-09 |
Runx2 Regulates Mouse Tooth Root Development Via Activation of WNT Inhibitor NOTUM
2020-11, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1002/jbmr.4120
PMID:32569388
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研究论文 | 本研究揭示了Runx2在牙齿根部发育中的作用及其通过激活WNT抑制因子NOTUM调控根部祖细胞分化的机制 | 首次阐明了Runx2在牙齿根部发育中的功能，并揭示了其在调控根部祖细胞分化中的具体作用机制 | NA | 探究Runx2在牙齿根部发育中的作用及其调控机制 | 小鼠牙齿根部发育及Runx2在其中的作用 | NA | NA | bulk和单细胞RNA测序分析 | NA | RNA | NA |
| 25436 | 2024-08-09 |
LRSK: a low-rank self-representation K-means method for clustering single-cell RNA-sequencing data
2020-10-01, Molecular omics
IF:3.0Q3
DOI:10.1039/d0mo00034e
PMID:32572422
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研究论文 | 本文提出了一种新的自适应联合聚类框架，名为低秩自表示K均值方法（LRSK），用于从单细胞RNA测序数据中学习数据表示矩阵和聚类指示矩阵 | 本文创新性地使用低秩表示来反映细胞间的潜在关系，并采用增强拉格朗日乘子（ALM）优化算法来解决问题 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据聚类的有效性和准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 肝癌 | RNA-seq | K均值 | 测序数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 25437 | 2024-08-09 |
IL22BP Mediates the Antitumor Effects of Lymphotoxin Against Colorectal Tumors in Mice and Humans
2020-10, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.06.033
PMID:32585307
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研究论文 | 研究IL22BP在调节淋巴毒素对结直肠肿瘤的抗肿瘤效应中的作用 | 首次探讨了IL22BP在人类和鼠类结直肠癌中的表达及其与淋巴毒素信号的关系 | NA | 研究IL22BP在结直肠癌发生中的作用及其与淋巴毒素信号的关系 | 人类和鼠类的结直肠肿瘤组织 | NA | 结直肠癌 | 定量聚合酶链反应, 流式细胞术, 免疫组织化学, 单细胞测序 | NA | 组织 | 1475个组织核心样本 |
| 25438 | 2024-08-09 |
Molecular identification of Cryptococcus gattii from cerebrospinal fluid using single-cell sequencing: A case study
2020-10, The Journal of infection
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.jinf.2020.06.040
PMID:32590007
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术从脑脊液中鉴定出Cryptococcus gattii，为一名31岁男性隐球菌脑膜炎患者提供了病因诊断 | 这是首次使用单细胞测序技术在常规检测失败后检测并鉴定真菌病原体 | NA | 验证单细胞测序技术在临床样本中精确检测微观可见但无法培养的病原体的潜力 | Cryptococcus gattii真菌病原体 | NA | 隐球菌脑膜炎 | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | 一名患者 |
| 25439 | 2024-08-09 |
Identification of immune and non-immune cells in regenerating axolotl limbs by single-cell sequencing
2020-09-15, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2020.112149
PMID:32562784
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术，研究了墨西哥钝口螈（axolotl）肢体再生过程中免疫和非免疫细胞的识别 | 首次在墨西哥钝口螈肢体再生过程中，通过单细胞测序技术详细识别了多种细胞类型，包括红细胞、血小板、中性粒细胞、B细胞、T细胞和髓样细胞等 | 研究主要集中在细胞类型的识别，对于这些细胞在肢体再生中的具体功能和相互作用尚未深入探讨 | 旨在揭示墨西哥钝口螈肢体再生过程中免疫和非免疫细胞的身份、行为和功能 | 墨西哥钝口螈的外周白细胞和推测的巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | k-means聚类 | 细胞 | 外周白细胞样本包含7889个细胞，外周白细胞和推测的巨噬细胞样本包含4998个细胞，断肢后1天和6天的细胞样本分别包含8272和9906个细胞 |
| 25440 | 2024-08-09 |
Anti-human TREM2 induces microglia proliferation and reduces pathology in an Alzheimer's disease model
2020-09-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20200785
PMID:32579671
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research paper | 研究抗人TREM2抗体AL002c在阿尔茨海默病模型中的作用 | 首次展示了抗人TREM2激动性单克隆抗体AL002c在阿尔茨海默病模型中的应用，显示出减少病理变化和改善行为的效果 | NA | 探索抗人TREM2抗体AL002c在阿尔茨海默病治疗中的潜力 | 阿尔茨海默病模型小鼠 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | CV-和R47H-转基因小鼠 |