单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25401	2024-08-09	The quiescent fraction of chronic myeloid leukemic stem cells depends on BMPR1B, Stat3 and BMP4-niche signals to persist in patients in remission 2021-01-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2019.232793 PMID:32001529	研究论文	本文研究了BMP信号通路在慢性髓性白血病（CML）患者骨髓中残留白血病干细胞持续存在中的作用	首次揭示了BMPR1B+细胞在粘附于基质细胞时表现出静止状态，并且这种静止状态是由治疗诱导的	NA	探讨BMP信号通路在CML患者治疗后残留白血病干细胞持续存在中的作用	慢性髓性白血病患者的白血病干细胞	NA	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25402	2024-08-09	Single-cell alternative splicing analysis reveals dominance of single transcript variant 2020-05, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2020.01.014 PMID:31981701	研究论文	本文通过分析多个单细胞RNA测序数据集，揭示了单细胞中单一转录变体的主导现象	本文首次揭示了单细胞中单一转录变体的主导现象，并解释了细胞群体中转录变体多样性的主要来源	NA	研究单细胞中转录变体的表达模式	单细胞中的转录变体	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
25403	2024-08-09	Reconstructed Single-Cell Fate Trajectories Define Lineage Plasticity Windows during Differentiation of Human PSC-Derived Distal Lung Progenitors 2020-04-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.12.009 PMID:32004478	研究论文	本文通过体外培养人多能干细胞（PSCs）并使用时间序列单细胞RNA测序技术，研究了肺远端祖细胞分化为肺泡上皮2型细胞（AEC2s）的过程	开发了一种连续状态隐马尔可夫模型来识别诱导早期多能NKX2-1祖细胞失去肺命运的信号时间点和类型	NA	研究人多能干细胞衍生的肺远端祖细胞在分化过程中的细胞命运轨迹和分化窗口	肺泡上皮2型细胞（AEC2s）和人多能干细胞（PSCs）衍生的肺远端祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	隐马尔可夫模型	RNA序列	NA
25404	2024-08-09	Cellular and molecular basis of liver regeneration 2020-04, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2019.12.004 PMID:31980376	综述	本文综述了肝脏再生的细胞和分子基础的最新进展	结合谱系追踪和全基因组研究，使用单细胞RNA测序技术，深入理解肝脏再生的细胞和分子生物学机制	讨论了围绕肝脏再生的一些矛盾证据和争议	回顾肝脏再生协调的一般原则，并探讨相关的机制和信号	肝脏细胞及其在再生过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组、转录组和蛋白质组数据	NA
25405	2024-08-09	Macrophage subsets in atherosclerosis as defined by single-cell technologies 2020-04, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.5392 PMID:32003464	综述	本文综述了单细胞技术在定义动脉粥样硬化中巨噬细胞亚群方面的最新进展	利用单细胞技术如时间飞行流式细胞术和单细胞RNA测序，全面绘制动脉粥样硬化斑块中各种细胞类型及其表型	NA	探讨单细胞技术在定义动脉粥样硬化中巨噬细胞亚群的应用	动脉粥样硬化中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	涉及小鼠和人类的动脉粥样硬化斑块
25406	2024-08-09	Cytokeratin 5 alters β-catenin dynamics in breast cancer cells 2020-03, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-020-1164-0 PMID:31988452	研究论文	研究探讨了细胞角蛋白5（CK5）在雌激素受体阳性乳腺癌细胞中对β-连环蛋白动态的影响	首次揭示了CK5与β-连环蛋白的相互作用及其对乳腺癌细胞的影响，并提出了阻断这种相互作用可能逆转CK5阳性乳腺癌细胞的有害特性	研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在临床试验中验证	探究CK5在乳腺癌干细胞中的调控作用及其与β-连环蛋白的相互作用	雌激素受体阳性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	免疫沉淀-质谱法	NA	RNA测序	涉及多个乳腺癌细胞系和乳腺癌患者来源的异种移植模型
25407	2024-08-09	Epigenetic Heterogeneity and Mitotic Heritability Prime Endothelial Cell Gene Induction 2020-03-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.1900744 PMID:31996458	研究论文	本文研究了人类内皮细胞在TNF-α刺激后VCAM1表达的异质性，发现这种异质性与细胞内信号传导的随机性无关，而是由预先存在的、通过有丝分裂代代相传的启动子DNA甲基化异质状态引起的。	首次揭示了内皮细胞中可遗传的表观遗传异质性在炎症信号传导中的基本作用，并强调了这种异质性作为亚稳态表位的重要性。	NA	探讨成熟分化初级细胞类型对外界刺激反应异质性的潜在机制。	人类内皮细胞的VCAM1表达异质性及其表观遗传调控机制。	数字病理学	NA	DNA甲基化测序	NA	基因表达数据	NA
25408	2024-08-09	Lineage tracing on transcriptional landscapes links state to fate during differentiation 2020-02-14, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaw3381 PMID:31974159	研究论文	本文利用表达的DNA条形码在时间上克隆追踪转录组，研究了造血过程中的命运决定	本文识别了具有潜在命运状态的转录组连续景观，并揭示了单核细胞分化的两条路径，以及细胞内在命运偏差的存在	NA	研究细胞分化过程中分子差异与成熟细胞类型生成能力之间的关联	造血过程中的细胞命运决定	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
25409	2024-08-09	A molecular basis for the T cell response in HLA-DQ2.2 mediated celiac disease 2020-02-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1914308117 PMID:31974305	研究论文	本文通过结构证据解释了HLA-DQ2.2在乳糜泻中的作用机制，特别是单个多态性残基如何影响其与特定麸质表位的结合。	首次展示了HLA-DQ2.2与特定麸质表位结合的晶体结构，并揭示了其与T细胞受体结合的独特策略。	NA	探讨HLA-DQ2.2在乳糜泻发病机制中的分子基础。	HLA-DQ2.2分子及其在乳糜泻中的作用机制。	NA	乳糜泻	单细胞测序	NA	晶体结构	两例乳糜泻患者来源的T细胞受体
25410	2024-08-09	Silencing Trisomy 21 with XIST in Neural Stem Cells Promotes Neuronal Differentiation 2020-02-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.12.015 PMID:31978324	研究论文	本文研究了XIST RNA在分化神经细胞中诱导的染色体21沉默，以及其在唐氏综合征患者细胞中的应用	首次证明XIST RNA在分化神经细胞中可以触发染色体21的广泛沉默，并纠正了三体神经干细胞向神经元的分化缺陷	目前认为XIST需要多能性的自然环境来启动染色体沉默，这可能限制了其在非多能细胞中的应用	探讨XIST在唐氏综合征神经生物学中的作用及其治疗潜力	唐氏综合征患者来源的细胞和神经干细胞	NA	唐氏综合征	单细胞转录组学	NA	RNA	具体样本数量未提及
25411	2024-08-09	Pro-efferocytic nanoparticles are specifically taken up by lesional macrophages and prevent atherosclerosis 2020-02, Nature nanotechnology IF:38.1Q1 DOI:10.1038/s41565-019-0619-3 PMID:31988506	研究论文	本文开发了一种基于单壁碳纳米管的巨噬细胞特异性纳米疗法，用于预防动脉粥样硬化	利用单壁碳纳米管装载化学抑制剂，特异性作用于病变巨噬细胞，减少动脉粥样硬化斑块负担，同时避免了对健康组织的非特异性清除	NA	开发一种新的巨噬细胞特异性纳米疗法，以克服现有疗法的毒性问题	动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	apoE缺陷小鼠
25412	2024-08-09	netNMF-sc: leveraging gene-gene interactions for imputation and dimensionality reduction in single-cell expression analysis 2020-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.251603.119 PMID:31992614	研究论文	本文介绍了一种名为netNMF-sc的算法，该算法利用基因间相互作用信息进行单细胞表达数据的插补和降维分析	netNMF-sc算法通过网络正则化的非负矩阵分解，利用基因间相互作用的先验知识，鼓励已知相互作用的基因对在低维表示中彼此接近	NA	提高单细胞RNA测序数据分析中细胞聚类和基因间协方差估计的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	基因表达数据	NA
25413	2024-08-09	SHARP: hyperfast and accurate processing of single-cell RNA-seq data via ensemble random projection 2020-02, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.254557.119 PMID:31992615	研究论文	本文介绍了一种基于集成随机投影的算法SHARP，用于高效处理大规模单细胞RNA测序数据	SHARP算法在处理大规模数据时速度更快且保持高聚类准确性和鲁棒性	NA	开发一种能够有效处理大规模单细胞RNA测序数据的新算法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成随机投影	基因表达数据	1000万细胞
25414	2024-08-09	Chromatin mapping and single-cell immune profiling define the temporal dynamics of ibrutinib response in CLL 2020-Jan-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-14081-6 PMID:31996669	研究论文	本研究通过结合免疫表型分析、单细胞转录组测序和染色质图谱，分析了慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者在接受伊布替尼治疗期间的时间动态变化	研究揭示了伊布替尼治疗CLL的细胞和分子层面的时间依赖性效应，并建立了一种基于表观基因组/转录组的治疗监测方法	NA	定义伊布替尼治疗CLL的潜在调控动态	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者	NA	慢性淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序，染色质图谱	NA	基因表达数据，染色质数据	多个CLL患者样本
25415	2024-08-09	Single-cell transcriptomics identifies CD44 as a marker and regulator of endothelial to haematopoietic transition 2020-Jan-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-14171-5 PMID:31996681	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析和抗体筛选，识别CD44作为内皮细胞向造血细胞转变（EHT）的标记物和调节因子	首次确定CD44作为EHT的标记物，并证明通过抑制CD44与其配体透明质酸的相互作用可以阻断EHT	NA	阐明内皮细胞向造血细胞转变过程中的中间步骤和相关细胞的身份	内皮细胞向造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的转变过程	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
25416	2024-08-09	Single-cell transcriptional diversity is a hallmark of developmental potential 2020-01-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aax0249 PMID:31974247	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据，开发了一种计算框架CytoTRACE，用于预测细胞分化状态	提出了一种新的计算框架CytoTRACE，用于从单细胞RNA测序数据中预测分化状态，并在多种组织类型和生物体中表现优于先前方法	NA	研究细胞分化潜力及其在不同组织和生物体中的应用	单细胞RNA测序数据中的细胞分化状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	计算框架	RNA测序数据	近19,000个注释基因集和52个实验确定的发育轨迹
25417	2024-08-09	scMAGeCK links genotypes with multiple phenotypes in single-cell CRISPR screens 2020-01-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-1928-4 PMID:31980032	研究论文	本文介绍了一种名为scMAGeCK的计算框架，用于在单细胞CRISPR筛选中识别与多种表达型表型相关的基因组元件	scMAGeCK超越现有方法，能够识别与细胞增殖相关的已知和新功能基因及增强子，并实现基因型-表型网络的无偏构建	NA	研究基因型与表型之间的关系	单细胞CRISPR筛选中的基因组元件	生物信息学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	计算框架	基因组数据, 表达数据	小鼠胚胎干细胞
25418	2024-08-09	Cellular diversity and lineage trajectory: insights from mouse single cell transcriptomes 2020-01-24, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.179788 PMID:31980483	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析小鼠胚胎发育中的细胞多样性和谱系轨迹方面的应用	文章介绍了单细胞技术与计算方法的最新进展，这些方法能够在没有明确引入遗传标记的情况下推断细胞的分化谱系	分析和解释这些多组学数据仍面临挑战，需要进一步的方法学发展	探讨单细胞实验和计算方法在小鼠胚胎发育研究中的应用，并强调其在细胞身份、多样性和谱系分化方面的关键见解	小鼠胚胎发育中的细胞多样性和谱系轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	大量单细胞样本
25419	2024-08-09	Single-cell analysis reveals new evolutionary complexity in uveal melanoma 2020-01-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-14256-1 PMID:31980621	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了8个原发性和3个转移性葡萄膜黑色素瘤样本中的59,915个肿瘤和非瘤细胞，揭示了肿瘤细胞的新亚克隆基因组复杂性和转录状态，以及肿瘤浸润免疫细胞的先前未被识别的多样性。	发现了葡萄膜黑色素瘤中肿瘤细胞的新亚克隆基因组复杂性和转录状态，以及肿瘤浸润免疫细胞的多样性，特别是CD8 T细胞主要表达LAG3而不是PD1或CTLA4。	NA	探究葡萄膜黑色素瘤的肿瘤微环境，并寻找潜在的免疫治疗靶点。	葡萄膜黑色素瘤的原发性和转移性样本中的肿瘤和非瘤细胞。	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	59,915个肿瘤和非瘤细胞，来自8个原发性和3个转移性样本
25420	2024-08-09	Snake Venom Gland Organoids 2020-01-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.11.038 PMID:31978343	研究论文	本研究建立了来自多种蛇类的长期扩展的毒腺类器官，并利用单细胞RNA测序分析了这些类器官和原始组织的细胞类型。	首次将类器官技术扩展到爬行动物的组织，并描述了一个实验上可操作的蛇毒腺模型系统。	NA	扩展类器官技术至爬行动物组织，并建立蛇毒腺的实验模型。	蛇毒腺类器官及其细胞类型。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多种蛇类的毒腺组织