单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25381	2024-08-09	Transcriptional Programs Define Intratumoral Heterogeneity of Ewing Sarcoma at Single-Cell Resolution 2020-02-11, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.049 PMID:32049009	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序数据和时间分辨的EWSR1-FLI1结合位点及开放染色质区域的映射，揭示了Ewing肉瘤内转录程序异质性的来源	首次详细描述了EWSR1-FLI1活性驱动的特定和直接增强子驱动程序，并揭示了Ewing肉瘤肿瘤内异质性的来源	NA	探究Ewing肉瘤细胞如何驱动转录程序的异质性	Ewing肉瘤细胞及其转录程序的异质性	数字病理学	Ewing肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种细胞类型和模型系统
25382	2024-08-09	CLEAR: coverage-based limiting-cell experiment analysis for RNA-seq 2020-02-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-020-02247-6 PMID:32039730	研究论文	本文介绍了一种名为CLEAR的工作流程，用于从限制细胞RNA测序（lcRNA-seq）数据中识别可靠定量的转录本，以进行差异表达基因（DEG）分析	CLEAR算法填补了lcRNA-seq数据预处理中的一个重要空白，有助于转录组分析和DEG分析	NA	开发和评估一种新的算法CLEAR，用于从lcRNA-seq数据中选择稳健/低噪声的转录本	从慢性淋巴细胞白血病（CLL）的CD5+和CD5-细胞中提取的总RNA，以及来自小鼠齿状回（DG）的FACS分选细胞	数字病理学	白血病	RNA测序	NA	文本	涉及慢性淋巴细胞白血病（CLL）的CD5+和CD5-细胞，以及来自小鼠齿状回（DG）的FACS分选细胞
25383	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of immune cells in gastric cancer patients 2020-02-10, Aging DOI:10.18632/aging.102774 PMID:32039830	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了胃癌患者中T细胞的异质性，并识别了不同的免疫细胞亚型及其异质转录因子，描绘了它们的发展轨迹	研究发现了在胃癌组织中，IRF8转录因子在CD8肿瘤浸润淋巴细胞中的下调现象，以及血液中CD8 T细胞IRF8水平较低的胃癌患者往往处于更晚期疾病阶段	NA	探索胃癌患者中免疫细胞的异质性，为胃癌的靶向免疫治疗提供理论基础	胃癌患者的T细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
25384	2024-08-09	An optimized workflow for single-cell transcriptomics and repertoire profiling of purified lymphocytes from clinical samples 2020-02-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-58939-y PMID:32042039	研究论文	本文探讨了从临床样本中纯化淋巴细胞的单细胞转录组学和 repertoire 分析的优化工作流程	本文比较了十种细胞计数、活力改善和淋巴细胞富集方法，发现基于台盼蓝的自动计数器高估了细胞活力，而先进的样本清洁程序显著影响了总细胞产量，同时仅适度增加了细胞活力	本文未提及具体的局限性	建立适用于临床环境的单细胞转录组学工作流程，以促进这项新兴免疫监测技术从实验室到临床的转化	从少量血液中提取的冷冻保存样本的单细胞基因表达和 repertoire 分析	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达和克隆型 repertoire	少量血液样本
25385	2024-08-09	The Repertoire of Serous Ovarian Cancer Non-genetic Heterogeneity Revealed by Single-Cell Sequencing of Normal Fallopian Tube Epithelial Cells 2020-02-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2020.01.003 PMID:32049047	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了正常输卵管上皮细胞中的非遗传异质性在浆液性卵巢癌中的作用	首次通过正常输卵管上皮细胞的分子特征来准确测量浆液性卵巢癌中的非遗传异质性	NA	研究浆液性卵巢癌中的非遗传异质性及其对患者生存的影响	浆液性卵巢癌和正常输卵管上皮细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	转录组数据	约6,000个输卵管上皮细胞和约1,700个肿瘤样本
25386	2024-08-09	A claustrum in reptiles and its role in slow-wave sleep 2020-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-1993-6 PMID:32051589	研究论文	本文通过单细胞转录组学和病毒追踪连接性技术，在澳大利亚鬃狮蜥（Pogona vitticeps）中发现了哺乳动物扣带回的同源结构，并研究了其在慢波睡眠中产生尖波的作用。	首次在爬行动物中发现扣带回的同源结构，并揭示了其在慢波睡眠中产生尖波的作用及其广泛的脑区连接性。	NA	研究爬行动物中扣带回的同源结构及其在慢波睡眠中的功能。	澳大利亚鬃狮蜥和龟类中的扣带回结构及其功能。	神经科学	NA	单细胞转录组学，病毒追踪	NA	转录组数据	涉及澳大利亚鬃狮蜥和龟类样本
25387	2024-08-09	Very rapid cloning, expression and identifying specificity of T-cell receptors for T-cell engineering 2020, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0228112 PMID:32040512	研究论文	本文介绍了一种快速克隆、表达和鉴定T细胞受体特异性的平台，用于T细胞工程。	本文创新地结合了全外显子测序、转录组测序和单细胞RNA测序数据，建立了识别TCRαβs识别抗原的平台。	NA	开发一种快速识别肿瘤反应性TCRs的平台，用于T细胞的生物工程。	T细胞受体（TCRαβ）的克隆、表达和特异性鉴定。	生物工程	NA	全外显子测序、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因数据	数百个单个T细胞
25388	2024-08-09	The application of single-cell sequencing technology in the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma 2019-Dec, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm.2019.11.116 PMID:32042806	研究论文	本文综述了单细胞测序技术在肝细胞癌诊断和治疗中的应用	单细胞测序技术能够揭示传统组织学无法检测到的细胞间的遗传异质性	NA	探讨单细胞测序技术在肝细胞癌临床诊断、治疗和预后中的应用	肝细胞癌的肿瘤细胞异质性	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因组、转录组和表观基因组数据	NA
25389	2024-08-09	Evolving Transcriptomic Profiles From Single-Cell RNA-Seq Data Using Nature-Inspired Multiobjective Optimization 2021 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2020.2971993 PMID:32031947	研究论文	本文提出了一种基于自然启发多目标优化的进化多目标盲压缩感知（EMOBCS）方法，用于从单细胞RNA-seq数据中提取转录组谱	引入了基于人工蜂群的多目标盲压缩感知，通过提出秩概率模型和两种新的搜索策略，优化了两个目标函数，以无偏的方式合作卷积框架	NA	解决现有算法在处理单细胞RNA-seq数据时遇到的高维度和过早收敛问题	单细胞RNA-seq数据中的转录组谱	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	EMOBCS	RNA-seq数据	10个单细胞RNA-seq数据集及一个案例研究
25390	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of human skin identifies novel fibroblast subpopulation and enrichment of immune subsets in atopic dermatitis 2020-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.01.042 PMID:32035984	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了特应性皮炎患者皮肤中细胞群的详细图谱，并发现了新的成纤维细胞亚群及免疫子集的富集情况	本研究首次在特应性皮炎患者的病变和非病变皮肤样本中发现了独特的COL6A5+COL18A1+成纤维细胞亚群，并揭示了其与免疫细胞的潜在相互作用	研究样本量较小，仅包括5名特应性皮炎患者和7名健康对照者	构建特应性皮炎患者与健康对照者皮肤细胞的高分辨率图谱，并评估细胞组成和细胞特异性基因表达的变异性	特应性皮炎患者的皮肤样本与健康对照者的皮肤样本	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	转录组	5名特应性皮炎患者（4个病变样本和5个非病变样本）和7名健康对照者
25391	2024-08-09	The Transcriptome of Hepatic Fibrosis Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2020-05, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.31155 PMID:32017148	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
25392	2024-08-09	CellCoal: Coalescent Simulation of Single-Cell Sequencing Samples 2020-05-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaa025 PMID:32027371	研究论文	本文介绍了CellCoal软件工具，用于单细胞测序基因型的合并模拟	CellCoal能够模拟具有不同人口统计历史的体细胞群体中单细胞样本的历史，并生成在多种突变模型、测序读取计数和基因型似然性下的单核苷酸变异	NA	研究单细胞层面的不同体细胞进化过程，并评估专门用于单细胞测序数据分析的生物信息学工具	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	合并模拟	基因型数据	NA
25393	2024-08-09	γδ T-cell Receptors Derived from Breast Cancer-Infiltrating T Lymphocytes Mediate Antitumor Reactivity 2020-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0513 PMID:32019779	研究论文	本文通过分子和功能分析，研究了直接接触乳腺癌肿瘤细胞的肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞（γδ TIL）的T细胞受体（TCR），发现γδ TILs可以通过其独特的γδ TCR配对介导肿瘤反应性，并可能成为工程化免疫细胞用于过继细胞疗法的有价值工具。	本文通过单细胞测序重建匹配的Vδ2 TCRγ和TCRδ对，发现γδ TILs对乳腺癌和其他肿瘤类型具有活性，且这种反应性模式依赖于TCRγ和TCRδ链，而不依赖于通过其他先天免疫受体的额外共刺激。	NA	研究肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞的T细胞受体在乳腺癌中的分子和功能特性及其抗肿瘤反应性。	肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞及其T细胞受体在乳腺癌中的作用。	免疫学	乳腺癌	单细胞测序	NA	分子数据	来自乳腺癌病变组织的档案材料中的肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞
25394	2024-08-09	Dissecting the spatial bone marrow microenvironment of hematopoietic stem cells 2020-03, Current opinion in oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1097/CCO.0000000000000605 PMID:32022758	研究论文	本文综述了利用先进成像技术和单细胞测序方法，对骨髓微环境中造血干细胞（HSCs）及其微环境细胞类型的精确识别和空间分布的研究进展	采用体积成像技术和单细胞RNA测序及质谱流式细胞术，以前所未有的分辨率解析骨髓微环境的复杂性	尽管研究广泛，但与HSCs物理关联的骨髓细胞群的确切身份仍存在争议	确定在稳态和应激状态下，与HSCs直接相邻的骨髓细胞类型，以揭示驱动HSC维持和再生的细胞和分子信号	骨髓微环境中的造血干细胞及其微环境细胞类型	数字病理学	NA	体积成像技术，单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	图像	NA
25395	2024-08-09	Determining sequencing depth in a single-cell RNA-seq experiment 2020-02-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14482-y PMID:32034137	研究论文	本文提出了一种数学框架，用于确定单细胞RNA测序实验中的最佳测序深度	提出了通过经验贝叶斯开发的优化估计器，而非广泛使用的插件估计器	NA	确定单细胞RNA测序实验中的最佳测序深度	单细胞RNA测序实验中的测序深度分配问题	基因组学	NA	单细胞RNA测序	数学框架	RNA序列数据	NA
25396	2024-08-09	Microglia Heterogeneity in the Single-Cell Era 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.010 PMID:32023447	综述	本文综述了单细胞技术时代下小胶质细胞的空间、时间和功能多样性	利用新型单细胞技术，如飞行时间质谱流式细胞术和单细胞RNA测序，揭示了小胶质细胞在不同环境下的依赖性异质性	NA	总结当前关于小胶质细胞在发育、稳态和疾病中的多样性的知识	小胶质细胞的空间、时间和功能多样性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
25397	2024-08-09	Cell Lineage Tracing Identifies Hormone-Regulated and Wnt-Responsive Vaginal Epithelial Stem Cells 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.003 PMID:32023462	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究阴道上皮细胞的多样性，并发现Axin2标记的基底细胞具有自我更新能力，对激素补充有响应，且Wnt/β-catenin信号通路对其增殖和分化至关重要	首次通过单细胞RNA测序定义了阴道上皮细胞的多样性，并鉴定出一种激素抵抗型的阴道上皮干细胞，这些细胞在激素补充下能扩展并重建整个阴道上皮	NA	研究阴道上皮细胞的维持机制及其对女性生殖健康的重要性	阴道上皮细胞及其干细胞特性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
25398	2024-08-09	Heterogeneity of Satellite Cells Implicates DELTA1/NOTCH2 Signaling in Self-Renewal 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.12.100 PMID:32023464	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和体内成像技术，研究了卫星细胞在肌肉再生过程中的自我更新和分化平衡机制	首次揭示了卫星细胞中Notch2受体表达的亚群，并证明了DLL1和NOTCH2信号对卫星细胞自我更新的必要性	NA	探究卫星细胞及其前体细胞如何在肌肉再生中平衡分化和自我更新	卫星细胞及其在肌肉再生中的作用	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个单细胞样本
25399	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Comparison of Human Fetal Retina, hPSC-Derived Retinal Organoids, and Long-Term Retinal Cultures 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.007 PMID:32023475	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术比较了人类胎儿视网膜、人诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官和长期视网膜培养物的发展	首次详细比较了胎儿视网膜、视网膜类器官和视网膜球在不同发育阶段的基因表达差异	研究主要集中在基因表达差异上，未涉及细胞功能和相互作用的深入分析	研究人类视网膜的发育过程，并为视网膜疾病的体外模型开发提供资源	人类胎儿视网膜、人诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官和长期视网膜培养物	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	至少6个月的视网膜球培养物
25400	2024-08-09	Reproducibility of Methods to Detect Differentially Expressed Genes from Single-Cell RNA Sequencing 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.01331 PMID:32010190	研究论文	本研究评估了9种用于单细胞RNA测序数据差异表达基因检测工具的可重复性	本研究首次系统比较了专为单细胞RNA测序数据设计的工具与传统批量细胞RNA测序方法在单细胞数据上的表现	研究仅使用了三种真实数据集和一种模拟数据集进行比较，可能无法全面反映所有情况下的表现	评估不同方法在单细胞RNA测序数据中检测差异表达基因的可重复性	9种差异表达分析工具在单细胞RNA测序数据中的表现	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三种真实数据集和一种模拟数据集