单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 2521 - 2540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2521 | 2025-04-06 |
Progesterone attenuates Th17-cell pathogenicity in autoimmune uveitis via Id2/Pim1 axis
2023-Jun-21, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02829-3
PMID:37344856
|
研究论文 | 本研究探讨了孕酮（PRG）通过Id2/Pim1轴减弱Th17细胞在自身免疫性葡萄膜炎（AU）中的致病性 | 首次通过单细胞RNA测序构建了PRG治疗的EAU模型小鼠的高维免疫图谱，揭示了PRG通过调节Th17/Treg平衡及Id2/Pim1轴缓解炎症的机制 | 研究仅使用动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探究孕酮治疗自身免疫性葡萄膜炎的作用机制 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型小鼠 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | EAU动物模型 | 基因表达数据 | 未明确提及样本数量 |
| 2522 | 2025-04-06 |
Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues
2023-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05795-1
PMID:36922587
|
research paper | 该研究开发了两种空间表观基因组和转录组联合分析技术，用于在小鼠和人类脑组织中同时检测染色质可及性、组蛋白修饰和基因表达 | 首次实现了空间分辨的全基因组表观组和转录组联合分析，能够在近单细胞分辨率下同时检测多种分子层信息 | 技术尚未应用于更广泛的生物样本和疾病模型 | 研究表观遗传机制如何控制组织中的转录表型和细胞动态 | 小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织 | 空间组学 | NA | 空间转录组学、空间表观组学、共测序技术 | NA | 空间组学数据（表观组+转录组） | 小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织样本 |
| 2523 | 2025-04-06 |
Ensembles of endothelial and mural cells promote angiogenesis in prenatal human brain
2022-09-29, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.09.004
PMID:36179668
|
研究论文 | 研究揭示了人类胎儿大脑中血管细胞成熟的关键机制及其与神经发生的相互作用 | 首次在妊娠中期人类大脑中发现内皮细胞和周细胞亚型的组合，并揭示其通过胶原蛋白、层粘连蛋白和中期因子等信号机制促进细胞间通讯和成熟 | 研究主要关注妊娠中期，未涵盖整个胎儿发育过程 | 探索人类胎儿大脑血管细胞成熟的机制及其与神经发生的相互作用 | 人类胎儿大脑中的血管细胞（内皮细胞和周细胞） | 发育生物学 | NA | 荧光激活细胞分选、单细胞转录组学、组织学和超微结构分析 | NA | 单细胞转录组数据、组织学图像、超微结构数据 | 妊娠中期人类胎儿大脑样本 |
| 2524 | 2025-04-06 |
Single-cell analysis identifies the interaction of altered renal tubules with basophils orchestrating kidney fibrosis
2022-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-022-01200-7
PMID:35552540
|
research paper | 该研究通过单细胞测序技术揭示了肾脏纤维化中肾小管细胞与嗜碱性粒细胞的相互作用机制 | 首次发现促纤维化肾小管细胞通过分泌CXCL1招募CXCR2嗜碱性粒细胞，并证实后者通过产生IL-6促进T17辅助T细胞募集从而驱动肾脏纤维化 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步扩展 | 阐明肾脏纤维化的免疫调控机制 | 肾脏纤维化模型小鼠及人类肾脏组织 | 单细胞生物学 | 慢性肾脏病 | 单细胞测序、免疫染色 | NA | 单细胞基因表达数据、批量基因表达数据、免疫组织化学数据 | 小鼠模型及人类肾脏组织样本（具体数量未明确说明） |
| 2525 | 2025-04-06 |
Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram
2021-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01264-7
PMID:34711971
|
研究论文 | 提出Tangram方法，用于将单细胞/单核RNA测序数据与空间数据对齐，以重建器官的生物图谱 | Tangram方法能够将sc/snRNA-seq数据与多种空间数据形式对齐，包括MERFISH、STARmap、smFISH、Spatial Transcriptomics (Visium)和组织学图像，支持多模态数据如SHARE-seq | 未提及具体样本量的限制或方法在特定数据集上的性能限制 | 克服现有技术在空间分辨率和基因通量上的限制，重建器官的生物图谱 | 健康小鼠脑组织 | 数字病理 | NA | sc/snRNA-seq, MERFISH, STARmap, smFISH, Spatial Transcriptomics (Visium), SHARE-seq | 深度学习 | 单细胞转录组数据、空间数据、组织学图像 | 未明确提及样本量 |
| 2526 | 2025-04-06 |
Human oral mucosa cell atlas reveals a stromal-neutrophil axis regulating tissue immunity
2021-07-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.05.013
PMID:34129837
|
research paper | 该研究通过单细胞转录组图谱揭示了口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的细胞景观，并发现了一种基质-中性粒细胞轴在调节组织免疫中的作用 | 首次构建了人类口腔黏膜的单细胞转录组图谱，揭示了基质细胞与中性粒细胞在牙周炎中的关键作用 | 研究样本可能不足以代表所有人群的口腔黏膜状态 | 理解口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的组织特异性病理生理学 | 健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织 | digital pathology | periodontitis | single-cell transcriptome sequencing | NA | transcriptome data | 健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织样本 |
| 2527 | 2025-04-06 |
A comprehensive survey of regulatory network inference methods using single cell RNA sequencing data
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa190
PMID:34020546
|
综述 | 本文综述了15种利用单细胞RNA测序数据进行调控网络推断的计算方法 | 全面评估了单细胞分辨率下基因调控网络推断方法的性能、对数据丢失的敏感性和时间复杂性 | 未涉及所有现有的单细胞数据分析方法，且主要基于模拟数据评估 | 帮助生命科学家选择合适的分析方法，并为计算科学家开发新方法提供参考 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2528 | 2025-04-06 |
Cell-type specific analysis of physiological action of estrogen in mouse oviducts
2021-05, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202002747R
PMID:33818810
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了雌激素在小鼠输卵管中各细胞类型中的生理作用 | 首次在单细胞水平上揭示了雌激素对输卵管不同细胞类型的差异性调控，并鉴定了可作为细胞和区域特异性标记的基因 | 研究主要基于小鼠模型，人类输卵管中的结果需要进一步验证 | 阐明雌激素如何调控输卵管微环境 | 小鼠输卵管中的上皮细胞、基质细胞和肌肉细胞 | 生殖生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交、细胞类型特异性基因敲除 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 使用卵巢切除-激素替代小鼠模型 |
| 2529 | 2025-04-06 |
The Nuclear Receptor ESRRA Protects from Kidney Disease by Coupling Metabolism and Differentiation
2021-02-02, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.011
PMID:33301705
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究肾脏疾病中细胞多样性和代谢与分化耦合的机制 | 揭示了肾脏疾病中近端小管细胞代谢与分化的耦合机制，并发现核受体ESRRA和PPARA在此过程中的保护作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类患者样本验证有限 | 探究肾脏疾病的发病机制及潜在治疗靶点 | 小鼠肾脏组织和人类患者样本中的近端小管细胞 | 单细胞测序 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型和人类患者样本 |
| 2530 | 2025-04-06 |
Single-Cell Profiling of Ebola Virus Disease In Vivo Reveals Viral and Host Dynamics
2020-11-25, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.10.002
PMID:33159858
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和CyTOF技术，研究埃博拉病毒感染期间猕猴外周免疫细胞的动态变化 | 首次在体内使用单细胞技术揭示埃博拉病毒感染的免疫细胞动态变化和病毒-宿主相互作用 | 研究仅使用猕猴作为模型，可能无法完全反映人类感染情况 | 揭示埃博拉病毒感染的免疫细胞动态变化和病毒-宿主相互作用 | 猕猴外周免疫细胞 | 病毒学 | 埃博拉病毒感染 | 单细胞转录组学, CyTOF | NA | 转录组数据, 蛋白质数据 | 100,000个转录组和15,000,000个蛋白质谱 |
| 2531 | 2025-04-05 |
Mechanistic insights into EIF6 as a target of Apigenin in alleviating chondrocyte senescence
2025-May, Experimental gerontology
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.exger.2025.112725
PMID:40049422
|
研究论文 | 本研究探讨了芹菜素通过上调EIF6表达缓解软骨细胞衰老的机制及其在膝骨关节炎治疗中的潜在应用 | 首次发现EIF6是芹菜素在膝骨关节炎中的潜在作用靶点，并揭示了其通过上调EIF6表达缓解软骨细胞衰老的新机制 | 研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证 | 探究芹菜素在膝骨关节炎中的作用靶点及分子机制 | SW1353细胞和人软骨组织 | 分子生物学 | 膝骨关节炎 | 网络药理学分析、孟德尔随机化分析(SMR)、分子对接、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2532 | 2025-04-05 |
Epigenetic reprogramming of the host immune system during acute HIV
2025-May-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000935
PMID:40178436
|
review | 探讨急性HIV感染期间宿主免疫系统表观遗传重编程的机制 | 揭示了HIV如何利用宿主表观遗传机制建立病毒持久性和逃避免疫清除 | 未提及具体研究样本量或实验设计的局限性 | 理解急性HIV感染期间表观遗传重编程对免疫失调的影响 | 宿主免疫系统在急性HIV感染期间的表观遗传变化 | NA | HIV感染 | 全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学、染色质可及性分析 | NA | 表观遗传数据、转录组数据 | NA |
| 2533 | 2025-04-05 |
Single-cell transcriptional profiling reveals cellular senescence and inflammatory persistence as key features of type 1 diabetes partial remission
2025-Apr-04, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.16384
PMID:40183401
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制 | 揭示了1型糖尿病部分缓解期免疫失调的先前未被识别的特征，包括细胞衰老和炎症持续性 | NA | 研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制 | 外周血单个核细胞，包括健康对照、新诊断的1型糖尿病患者和部分缓解期患者 | 生物医学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 健康对照、新诊断的1型糖尿病患者和部分缓解期患者的外周血单个核细胞 |
| 2534 | 2025-04-05 |
EXPRESS: Pediatric AML Prognostication with an m6A-Focused Lasso Model
2025-Apr-04, Journal of investigative medicine : the official publication of the American Federation for Clinical Research
IF:2.5Q3
DOI:10.1177/10815589251334964
PMID:40183482
|
research paper | 该研究通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了儿童急性髓系白血病（AML）中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了一个Lasso风险回归模型来评估不同AML亚组的预后 | 发现了儿童AML中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了Lasso风险回归模型用于预后评估 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能需要更多样本来验证模型的普遍适用性 | 探索m6A相关基因在儿童AML预后中的作用，并开发预测模型 | 儿童急性髓系白血病（AML）患者 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | Lasso回归模型 | RNA测序数据 | NA |
| 2535 | 2025-04-05 |
Synergistic effects of PA (S184N) and PB2 (E627K) mutations on the increased pathogenicity of H3N2 canine influenza virus infections in mice and dogs
2025-Apr-04, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01984-24
PMID:40183583
|
research paper | 研究H3N2犬流感病毒在小鼠和狗中致病性增强的协同突变机制 | 揭示了PA(S184N)和PB2(E627K)突变协同增强H3N2犬流感病毒对哺乳动物致病性的分子机制，并在单细胞水平阐明了其作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，在狗中的验证还需进一步扩展 | 阐明H3N2犬流感病毒适应哺乳动物的分子机制 | H3N2犬流感病毒及其在小鼠和狗中的致病性 | 病毒学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | 动物感染模型 | 基因序列数据、病毒滴度数据 | 小鼠和狗的肺组织样本 |
| 2536 | 2025-04-05 |
Lung-resident memory CD4+ T cells are dependent on Batf3
2025-Apr-04, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf035
PMID:40184040
|
research paper | 研究揭示了Batf3转录因子在肺驻留记忆CD4+ T细胞发育中的作用及其对过敏性炎症的影响 | 首次发现Batf3缺陷小鼠缺乏表达Cxcr6的肺驻留CD4+ T细胞亚群，并证明其对长期哮喘模型的影响 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证 | 探究肺驻留记忆T细胞积累的细胞和分子机制 | Batf3缺陷小鼠和野生型小鼠的肺驻留记忆CD4+ T细胞 | 免疫学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 2537 | 2025-04-05 |
BASELINE: A CRISPR Base Editing Platform for Mammalian-Scale Single-Cell Lineage Tracing
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.19.644238
PMID:40166145
|
研究论文 | 介绍了一种名为BASELINE的CRISPR碱基编辑平台，用于哺乳动物规模的单细胞谱系追踪 | 使用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器在50个合成靶位点生成高分辨率谱系树，信息记录量比现有技术提高50倍 | 未明确提及具体限制 | 开发一种高分辨率、大规模的细胞谱系追踪技术 | 哺乳动物细胞，特别是胰腺癌模型中的细胞 | 基因编辑 | 胰腺癌 | CRISPR碱基编辑，单细胞测序 | Cas12a腺嘌呤碱基编辑器 | 基因组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 2538 | 2025-04-05 |
NOTCH1 Mutation and Survival Analysis of Tislelizumab in Advanced or Metastatic Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Biomarker Analysis From the Randomized, Phase III, RATIONALE-302 Trial
2025-Apr-03, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology
IF:42.1Q1
DOI:10.1200/JCO-24-01818
PMID:40179324
|
research paper | 该研究通过基因组分析和转录组测序，探讨了NOTCH1突变作为预测食管鳞状细胞癌患者对tislelizumab治疗反应的生物标志物的潜力 | 首次将NOTCH1突变与tislelizumab治疗食管鳞状细胞癌的生存益处联系起来，并揭示了其潜在的分子机制 | 研究样本来自特定的临床试验(RATIONALE-302)，可能限制了结果的普遍性 | 寻找预测食管鳞状细胞癌患者对PD-1靶向治疗反应的可靠生物标志物 | 晚期或转移性食管鳞状细胞癌患者 | digital pathology | esophageal squamous cell carcinoma | 肿瘤基因组分析、转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | RATIONALE-302研究中的样本 |
| 2539 | 2025-04-05 |
Self-Supervised Graph Representation Learning for Single-Cell Classification
2025-Apr-03, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-025-00700-y
PMID:40180773
|
研究论文 | 提出了一种名为scSSGC的自监督图表示学习框架，用于单细胞RNA测序数据中的细胞分类 | 通过联合使用未标记细胞数据上的多个K-means聚类任务进行模型训练，缓解了标记数据有限的问题，并引入了局部增强图神经网络以捕捉细胞间潜在相互作用 | 未明确提及具体局限性 | 开发计算生物学方法以提高单细胞RNA测序数据中的细胞分类准确性和泛化能力 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 2540 | 2025-04-05 |
Scalable spatial transcriptomics through computational array reconstruction
2025-Apr-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02612-0
PMID:40181168
|
research paper | 提出了一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散和降维重建空间条形码位置 | 开发了一种无需成像设备的高保真、可扩展的空间转录组学方法，适用于厘米级组织 | 未提及方法在复杂组织或特定疾病模型中的验证情况 | 提高空间转录组学的可及性和通量，支持大规模研究 | 组织样本中的基因表达空间定位 | 空间转录组学 | NA | 分子扩散、降维 | NA | 基因表达数据 | 厘米级组织（具体样本数量未提及） |