单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2521	2025-03-13	The tumor coagulome as a potential biological determinant of postsurgical recurrence of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oral health IF:3.0Q1 DOI:10.3389/froh.2025.1554739 PMID:40065838	研究论文	本研究探讨了肿瘤凝血组作为口腔鳞状细胞癌（OSCC）术后复发的潜在生物学决定因素	首次将肿瘤凝血组与OSCC术后复发联系起来，并识别了与复发相关的七个凝血相关基因	研究主要依赖于转录组数据分析，未进行实验验证	研究肿瘤凝血组在OSCC术后复发中的作用	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者	数字病理学	口腔癌	RNA-seq	机器学习	转录组数据	TCGA等来源的85个基因的RNA-seq数据
2522	2025-03-13	Augmenting the human interactome for disease prediction through gene networks inferred from human cell atlas 2025, Animal cells and systems IF:2.5Q1 DOI:10.1080/19768354.2025.2472002 PMID:40066175	研究论文	本文介绍了一种名为scNET的框架，用于从单细胞转录组数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，并展示了其在增强人类相互作用组以更准确预测疾病基因方面的应用	开发了scNET框架，通过dropout填补、元细胞形成和数据转换等方法解决了单细胞数据推断网络时的噪声和稀疏性问题，显著提高了疾病基因预测的准确性	虽然scNET框架在数据预处理方面有所改进，但单细胞数据的噪声和稀疏性仍然是挑战，且需要进一步验证其在不同数据集上的普适性	通过从单细胞基因表达数据中推断细胞类型特异性的共表达网络，增强人类相互作用组，以提高疾病基因预测的准确性	单细胞转录组数据	网络医学	NA	单细胞转录组测序	scNET	单细胞基因表达数据	覆盖多种细胞类型和组织的单细胞图谱数据，整合了超过850K的推断链接
2523	2025-03-13	Molecular Profiling Defines Three Subtypes of Synovial Sarcoma 2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404510 PMID:39257029	研究论文	本文通过RNA和靶向DNA测序对55名患者的91个肿瘤进行了分析，定义了滑膜肉瘤的三种分子亚型	首次通过分子分析定义了滑膜肉瘤的三种亚型，并揭示了这些亚型与临床预后的关联	样本量相对较小，且未涉及所有可能的滑膜肉瘤亚型	阐明驱动滑膜肉瘤表型多样性的基因组事件	滑膜肉瘤患者及其肿瘤样本	基因组学	滑膜肉瘤	RNA测序、靶向DNA测序、蛋白质组分析、单细胞RNA测序	NA	RNA序列、DNA序列、蛋白质组数据、单细胞RNA序列	55名患者的91个肿瘤样本
2524	2025-03-13	Characterization of HPV6/11-reactive T-cell subsets in papillomas of patients with juvenile-onset recurrent respiratory papillomatosis and identification of HPV11 E7-specific candidate TCR clonotypes 2024-Oct-22, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00677-24 PMID:39258910	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和RNA微阵列技术，分析了青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者乳头状瘤中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征，并鉴定了HPV11 E7特异性候选TCR克隆型	首次在JORRP乳头状瘤组织中鉴定出HPV11 E7特异性候选TCR克隆型，并揭示了IFN-γ+ CD8+记忆T细胞在抗HPV6/11 T细胞免疫中的重要性	研究样本量有限，且未进行体内实验验证候选TCR克隆型的治疗效果	研究JORRP患者乳头状瘤中HPV6/11反应性T细胞亚群的特征，并探索其在免疫治疗中的应用	青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）患者的乳头状瘤组织	免疫学	青少年复发性呼吸道乳头状瘤病（JORRP）	单细胞RNA测序，RNA微阵列	NA	RNA测序数据，微阵列数据	未明确说明样本数量，但涉及JORRP患者的乳头状瘤组织
2525	2025-03-13	Autophagy unrelated transcriptional mechanisms of hydroxychloroquine resistance revealed by integrated multi-omics of evolved cancer cells 2024-Sep-19, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2024.2402191 PMID:39299930	研究论文	本文通过多组学方法揭示了羟基氯喹（HCQ）耐药性的转录机制，与自噬无关	揭示了HCQ耐药性的转录机制，发现染色体凝聚和分离的破坏是主要机制，而非自噬或溶酶体	研究仅限于OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞，可能不适用于其他类型的癌细胞	研究HCQ耐药性的分子机制，以更好地定位重新利用的药物在肿瘤学中的应用	OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞	肿瘤学	卵巢癌, 结直肠癌	RNA-seq, exome-seq, scRNA-seq, CRISPR-Cas9	NA	基因组数据, 转录组数据	OVCAR3和CCL218细胞系
2526	2025-03-13	TRANSCRIPTOMIC DIFFERENCES IN PERIPHERAL MONOCYTE POPULATIONS IN SEPTIC PATIENTS BASED ON OUTCOME 2024-Aug-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002379 PMID:38713581	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和通路分析，探讨了脓毒症患者外周血单核细胞群体在转录组水平上的差异，以揭示不同临床结果背后的免疫反应机制	首次在单细胞水平上分析了脓毒症患者外周血单核细胞的转录组差异，并发现与TNF-α产生相关的基因表达模式，为慢性危重病的治疗提供了潜在靶点	研究样本量未明确，且未涉及其他免疫细胞类型的影响	揭示脓毒症患者不同临床结果背后的免疫反应机制，并为慢性危重病的治疗提供潜在靶点	脓毒症患者的外周血单核细胞群体	转录组学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确
2527	2025-03-13	Machine learning identifies activation of RUNX/AP-1 as drivers of mesenchymal and fibrotic regulatory programs in gastric cancer 2024-06-25, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278565.123 PMID:38777607	研究论文	本研究利用ATAC-seq和RNA-seq数据，通过机器学习方法识别了胃癌中调控间质和纤维化程序的关键转录因子	首次使用机器学习方法结合ATAC-seq和RNA-seq数据，系统地识别了胃癌中间质和上皮状态的调控转录因子，并揭示了DNA拷贝数变异对这些转录因子的影响	研究主要基于细胞系和原发肿瘤数据，未涉及更多临床样本的验证	探索胃癌中间质和上皮状态的调控机制，识别关键转录因子及其在胃癌异质性和进展中的作用	胃癌细胞系和原发肿瘤	机器学习	胃癌	ATAC-seq, RNA-seq	机器学习	基因表达数据, 表观基因组数据	多个胃癌细胞系和原发肿瘤样本
2528	2025-03-13	Human inherited PD-L1 deficiency is clinically and immunologically less severe than PD-1 deficiency 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231704 PMID:38634869	研究论文	本文报道了两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹，该变异导致PD-L1功能丧失，并探讨了PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	首次报道了人类遗传性PD-L1缺乏的临床和免疫学特征，并与PD-1缺乏进行了对比，揭示了PD-L1缺乏不会导致致命性自身免疫病	研究样本量较小，仅涉及两名患者，可能限制了结果的普遍性	探讨PD-L1缺乏与PD-1缺乏在临床和免疫学上的差异	两名携带CD274基因剪接位点变异的兄弟姐妹	免疫学	1型糖尿病	流式细胞术免疫表型分析、单细胞RNA测序	NA	血液白细胞	两名患者
2529	2025-03-13	Single-cell transcriptomics of the human parasite Schistosoma mansoni first intra-molluscan stage reveals tentative tegumental and stem-cell regulators 2024-03-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55790-3 PMID:38472267	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了人类寄生虫曼氏血吸虫在软体动物宿主内的第一阶段发育，揭示了可能的表皮和干细胞调控因子	首次使用单细胞转录组学技术对曼氏血吸虫在软体动物宿主内的发育阶段进行详细分析，识别了六个细胞群及其关键生物过程	研究局限于曼氏血吸虫的特定发育阶段，未涵盖整个生命周期	探索曼氏血吸虫在软体动物宿主内发育阶段的细胞和分子机制	曼氏血吸虫的母孢子囊	单细胞转录组学	血吸虫病	10X Genomics Chromium平台	NA	单细胞RNA测序数据	曼氏血吸虫母孢子囊的单细胞悬浮液
2530	2025-03-13	From local to global gene co-expression estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Jan-29, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujae001 PMID:38465983	研究论文	本文探讨了一种先进的网络估计技术，用于在单细胞水平上表征基因关系，称为细胞特异性基因网络	提出了平均局部密度差距（aLDG）这一新的单变量依赖度量，能够累积局部依赖并检测任何非线性、非单调关系	未明确提及具体限制	研究基因关系的局部依赖性，并提出新的统计方法来更好地估计这些关系	单细胞RNA测序数据中的基因关系	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2531	2025-03-13	Aryl hydrocarbon receptor and IL-13 signaling crosstalk in human keratinocytes and atopic dermatitis 2024, Frontiers in allergy IF:3.3Q2 DOI:10.3389/falgy.2024.1323405 PMID:38344408	研究论文	本文研究了芳烃受体（AHR）和IL-13信号在人类角质形成细胞和特应性皮炎（AD）中的相互作用	揭示了AHR通过基因组范围内的转录调控效应调节IL-13下游信号的新机制	研究主要基于体外HaCaT细胞模型，尚未在体内模型中验证	探讨AHR在AD中的作用机制及其与IL-13信号的相互作用	人类角质形成细胞和特应性皮炎患者皮肤样本	生物医学	特应性皮炎	RNA测序、单细胞RNA测序、Western blot、ELISA、qRT-PCR	NA	基因表达数据	人类活检样本和HaCaT细胞模型
2532	2025-03-13	Single-cell analysis identifies Ifi27l2a as a novel gene regulator of microglial inflammation in the context of aging and stroke 2023-Feb-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2557290/v1 PMID:36824976	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别出Ifi27l2a作为调控老年和卒中背景下小胶质细胞炎症反应的新基因	首次发现Ifi27l2a基因在老年和卒中背景下对小胶质细胞功能和神经炎症的调控作用	研究主要基于小鼠模型和体外培养的小胶质细胞，人类样本验证有限	探索调控小胶质细胞功能的基因，以发现新的治疗干预手段	老年小鼠脑组织、卒中模型、小胶质细胞培养物、人类尸检样本	生物医学	卒中	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	老年小鼠脑组织、卒中模型、小胶质细胞培养物、人类尸检样本
2533	2025-03-13	Improved detection of tumor suppressor events in single-cell RNA-Seq data 2020, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-020-00151-y PMID:33083012	研究论文	本文提出了一种名为SCIRA的计算策略，用于在单细胞RNA-Seq数据中推断组织特异性转录因子的调控活性，并识别肿瘤抑制事件	SCIRA工具提高了在单细胞分辨率下检测肿瘤抑制事件的敏感性，尤其是在差异表达无法检测到的情况下	高丢失率是单细胞RNA-Seq数据中的一个挑战，可能影响结果的准确性	研究组织特异性转录因子在癌症中的失活情况，并识别肿瘤抑制事件	单细胞RNA-Seq数据中的癌症细胞	生物信息学	肺癌	单细胞RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	吸烟者的正常非纤毛肺上皮细胞
2534	2025-03-13	Single-cell sperm transcriptomes and variants from fathers of children with and without autism spectrum disorder 2020, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-020-0117-4 PMID:32133155	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了自闭症谱系障碍（ASD）患儿父亲和正常儿童父亲的精子转录组和变异	首次使用10× Chromium单细胞测序技术对超过65,000个单精子进行转录组分析，揭示了不同干细胞池产生的精子中的突变簇	样本量较小，仅包括六名精子捐赠者，其中两名是ASD患儿的父亲，四名是正常儿童的父亲	研究自闭症谱系障碍（ASD）与父亲精子中RNA和突变的关系	六名精子捐赠者，包括两名ASD患儿的父亲和四名正常儿童的父亲	单细胞测序	自闭症谱系障碍	10× Chromium单细胞测序技术，RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	超过65,000个单精子，来自六名精子捐赠者
2535	2025-03-12	USP7 - A novel target for controlling periodontal inflammation through modulation of macrophage polarization 2025-Jun, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2025.106981 PMID:39946796	研究论文	本文研究了泛素特异性蛋白酶7（USP7）及其抑制剂P5091在牙周炎中调控巨噬细胞极化的作用	首次揭示了USP7在牙周炎巨噬细胞极化中的调控作用，并探讨了其抑制剂P5091的潜在治疗价值	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨USP7及其抑制剂P5091在牙周炎中调控巨噬细胞极化的作用	牙周炎组织、RAW264.7细胞和小鼠模型	生物医学	牙周炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot	小鼠模型	基因表达数据	牙周炎组织和正常对照组织、RAW264.7细胞
2536	2025-03-12	Deciphering the Vulnerability of Pollen to Heat Stress for Securing Crop Yields in a Warming Climate 2025-Apr, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15315 PMID:39722468	review	本文综述了热应激如何影响花粉发育的基因调控网络，并探讨了这些变化对花粉发育各阶段的影响	利用单细胞RNA测序等基因组技术揭示热应激引发的基因调控重编程，提出花粉选择作为提高作物耐热性的关键策略	NA	研究热应激对花粉发育的影响，以提高作物在气候变暖条件下的耐热性	花粉	植物生物学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR/Cas系统	NA	基因组数据	NA
2537	2025-03-12	Single-cell transcriptomics reveals the immune mechanisms by which tonsillectomy improves clinical outcomes of recurrent Immuoglobulin A nephropathy after kidney transplant 2025-Apr, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2025.02.010 PMID:39985963	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了扁桃体切除术改善肾移植后复发性免疫球蛋白A肾病（IgANR）临床效果的免疫机制	首次通过单细胞转录组学分析揭示了扁桃体切除术对IgANR患者B细胞表型和功能的影响，特别是IGHA1表达下调、记忆B细胞失活及相关通路的改变	样本量较小，仅分析了29名IgANR患者的扁桃体组织和外周血单核细胞（PBMCs）	探讨扁桃体切除术在IgANR治疗中的细胞和分子机制	29名IgANR患者的扁桃体组织和外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	免疫球蛋白A肾病	流式细胞术、单细胞mRNA测序	NA	单细胞转录组数据	29名IgANR患者的扁桃体组织和3份PBMC样本
2538	2025-03-12	SARS-CoV-2 infection of human lung ALI cultures reveals basal cells as relevant targets 2025-Mar-11, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf125 PMID:40065723	研究论文	本文通过病毒复制分析、单细胞RNA测序和光谱显微镜技术，研究了SARS-CoV-2在人类鼻和支气管上皮细胞的气液界面培养物中的感染情况，揭示了基底细胞在病毒传播和免疫反应中的关键作用	研究发现基底细胞是SARS-CoV-2感染的重要靶点，并揭示了其在病毒传播和上皮免疫反应中的关键作用，同时验证了局部应用Camostat mesylate对抑制病毒复制和免疫激活的有效性	研究主要基于体外培养的细胞模型，可能无法完全反映体内复杂的生理环境	研究SARS-CoV-2在上呼吸道感染中的细胞靶点及其对上皮免疫反应的影响	人类鼻和支气管上皮细胞的气液界面培养物	病毒学	COVID-19	病毒复制分析、单细胞RNA测序、光谱显微镜	NA	RNA测序数据、显微镜图像	人类鼻和支气管上皮细胞的气液界面培养物
2539	2025-03-12	Novel cell-to-cell communications between macrophages and fibroblasts regulate obesity-induced adipose tissue fibrosis 2025-Mar-10, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0762 PMID:40063503	研究论文	本研究通过单细胞分析技术探讨了肥胖诱导的脂肪组织中巨噬细胞和成纤维细胞之间的细胞间通讯，揭示了Mincle信号在调节脂肪组织纤维化中的作用	发现了表达Mincle的巨噬细胞亚群，并揭示了其通过分泌Osm抑制脂肪组织成纤维细胞中胶原基因表达的机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探讨肥胖诱导的脂肪组织纤维化过程中巨噬细胞和成纤维细胞之间的细胞间通讯机制	饮食诱导的肥胖小鼠的脂肪组织	细胞生物学	肥胖	单细胞转录组分析、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	饮食诱导的肥胖小鼠
2540	2025-03-12	Mitochondrial fatty acid oxidation regulates adult muscle stem cell function through modulating metabolic flux and protein acetylation 2025-Mar-10, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00397-1 PMID:40065099	研究论文	本文揭示了线粒体脂肪酸氧化（FAO）在卫星细胞完整性和功能中的作用	首次发现线粒体脂肪酸氧化在卫星细胞激活、增殖和肌源性承诺过程中的逐步富集，并揭示了Cpt2缺失对卫星细胞代谢和再生的影响	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨不同能量来源对卫星细胞代谢和功能的贡献	骨骼肌中的卫星细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA