单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25341	2024-08-09	Single-Cell Analysis Reveals Regulatory Gene Expression Dynamics Leading to Lineage Commitment in Early T Cell Development 2019-10-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.09.008 PMID:31629685	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了早期T细胞发育中导致谱系决定的调控基因表达动态	利用单细胞RNA测序和顺序多重单分子荧光原位杂交技术，首次详细定义了T细胞发育中的调控变化顺序	NA	揭示早期T细胞发育中的基因表达调控机制	早期T细胞发育过程中的基因表达和细胞分化	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），顺序多重单分子荧光原位杂交（seqFISH）	NA	基因表达数据	多个免疫表型定义的早期T细胞前体（ETP）群体
25342	2024-08-09	DeepImpute: an accurate, fast, and scalable deep neural network method to impute single-cell RNA-seq data 2019-10-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1837-6 PMID:31627739	研究论文	本文介绍了一种基于深度神经网络的单细胞RNA测序数据插补方法DeepImpute	DeepImpute利用dropout层和损失函数学习数据模式，实现了比其他六种公开可用方法更高的插补准确性	NA	开发一种准确、快速且可扩展的单细胞RNA测序数据插补方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度神经网络	基因表达数据	数万个单细胞
25343	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of human T cells reveals tissue and activation signatures in health and disease 2019-10-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12464-3 PMID:31624246	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了从肺、淋巴结、骨髓和血液中分离的人类T细胞的异质性及其在刺激后的功能反应	揭示了黏膜和淋巴组织中T细胞的组织特异性特征，以及不同组织中特定谱系的激活状态	NA	研究组织部位如何影响T细胞的持久性和功能	人类T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过50,000个静息和激活的T细胞
25344	2024-08-09	Multimodal Analysis of Cell Types in a Hypothalamic Node Controlling Social Behavior 2019-10-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.09.020 PMID:31626771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了控制社会行为的下丘脑腹内侧核（VMHvl）中的细胞类型	首次揭示了VMHvl中17种转录组类型（T-types），包括几种性二态性集群，并探讨了它们与轴突投射和行为激活的关系	研究发现只有少数VMHvl T-types与行为特异性激活和连接有明确对应关系	探究VMHvl中的细胞类型数量及其与连接性和行为功能的关系	下丘脑腹内侧核（VMHvl）中的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	CCA（典型相关分析）	RNA序列	约4,500个神经元（SMART-seq）和约78,000个神经元（10x）
25345	2024-08-09	Transcriptional Atlas of Intestinal Immune Cells Reveals that Neuropeptide α-CGRP Modulates Group 2 Innate Lymphoid Cell Responses 2019-10-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.09.004 PMID:31618654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小肠免疫细胞在稳态和2型炎症反应下的转录图谱，揭示了神经肽α-CGRP对2型先天淋巴细胞反应的调节作用。	首次揭示了α-CGRP通过神经信号传导抑制ILC2扩增并维持2型免疫机制的稳态。	NA	系统地表征小肠中2型炎症反应的免疫细胞响应。	小肠中的免疫细胞，特别是2型先天淋巴细胞（ILC2s）。	NA	2型炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	58,067个小肠免疫细胞样本
25346	2024-08-09	Transcriptional Networks of Microglia in Alzheimer's Disease and Insights into Pathogenesis 2019-10-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes10100798 PMID:31614849	综述	本文综述了阿尔茨海默病中微胶质细胞的转录网络分析及其在疾病发病机制中的作用	介绍了从微阵列到单细胞RNA测序（scRNA-seq）的技术进步，以及这些技术如何帮助揭示微胶质细胞在阿尔茨海默病中的基因表达网络	NA	探讨转录网络分析如何为阿尔茨海默病的发病机制和治疗提供新的见解	微胶质细胞在阿尔茨海默病中的转录网络	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
25347	2024-08-09	MetaCell: analysis of single-cell RNA-seq data using K-nn graph partitions 2019-10-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1812-2 PMID:31604482	研究论文	本文介绍了一种基于K-nn图划分的方法，用于将单细胞RNA测序数据集分割成互不相交且同质的元细胞组	与传统的聚类分析不同，该算法专注于获取粒度更细而非最大化的组	NA	旨在从生物学变异中分离出采样效应，以进行稳健的单细胞RNA测序数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	K-nn图划分算法	RNA测序数据	NA
25348	2024-08-09	A systematic evaluation of single cell RNA-seq analysis pipelines 2019-10-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12266-7 PMID:31604912	研究论文	本文通过模拟实验评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析流程中的多种方法	首次系统评估了多种scRNA-seq分析流程，并探讨了不同步骤间的相互作用	NA	评估不同scRNA-seq分析流程的性能，并确定影响分析结果的关键因素	scRNA-seq分析流程中的映射、插补、归一化和差异表达测试方法	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列	基于五种scRNA-seq文库协议和九种差异表达设置进行了约3000个流程的评估
25349	2024-08-09	Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development 2019-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1654-9 PMID:31619793	研究论文	本文通过单细胞转录组学和可及染色质分析研究了干细胞衍生的脑类器官，揭示了人类大脑发育的特定基因调控变化。	首次分析了人类、黑猩猩和猕猴脑类器官的细胞组成和分化轨迹，发现了人类神经发育的独特基因表达和染色质可及性变化。	NA	探究人类大脑发育的基因调控变化及其与黑猩猩和猕猴的差异。	人类、黑猩猩和猕猴的脑类器官。	数字病理学	NA	单细胞转录组学、可及染色质分析、单核RNA测序	NA	基因表达数据	多个个体的人类、黑猩猩和猕猴脑类器官
25350	2024-08-09	Tensor Decomposition-Based Unsupervised Feature Extraction Applied to Single-Cell Gene Expression Analysis 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00864 PMID:31608111	研究论文	本研究采用基于张量分解的无监督特征提取方法，用于整合人和小鼠中脑发育的单细胞RNA测序表达谱	提出了一种基于张量分解的无监督特征提取方法，能够选择不仅在人和小鼠之间一致的基因，还包括生物学上可靠的基因	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的解释性，通过无监督特征提取方法提高基因选择的准确性和生物学可靠性	人和小鼠中脑发育的单细胞RNA测序表达谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	张量分解	基因表达数据	NA
25351	2024-08-09	SCDevDB: A Database for Insights Into Single-Cell Gene Expression Profiles During Human Developmental Processes 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00903 PMID:31611909	研究论文	本文开发了一个名为SCDevDB的数据库，用于研究人类发育过程中单细胞基因表达谱	SCDevDB数据库不仅提供搜索和可视化功能，还考虑了收集的细胞群的生物学关系，并构建了24种不同的发育途径	NA	开发一个数据库，以深入研究人类发育过程中单细胞基因表达谱	人类发育过程中的单细胞基因表达谱	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	收集了10个人类单细胞RNA测序数据集，分为176个发育细胞群
25352	2024-08-09	Complement in Human Pre-implantation Embryos: Attack and Defense 2019, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2019.02234 PMID:31620138	研究论文	本文首次全面分析了人类胚胎植入前阶段补体分子的表达和沉积情况	揭示了补体激活在人类胚胎植入前阶段的发生，并展示了胚胎细胞自身表达和激活C3和C5的能力	NA	探讨补体系统在人类胚胎植入前阶段的免疫调节作用及其对妊娠结果的影响	人类胚胎植入前阶段的补体分子	NA	妊娠并发症	共聚焦显微镜，单细胞RNA测序	NA	图像，RNA	NA
25353	2024-08-09	Spatially resolved transcriptomics reveals plant host responses to pathogens 2019, Plant methods IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s13007-019-0498-5 PMID:31624491	研究论文	本文介绍了一种名为GaST-seq的微尺度空间转录组测序工作流程，用于研究植物组织小区域的表达谱，并比较了该方法与广泛使用的Illumina TruSeq方法的性能。	GaST-seq方法成本较低，易于采用，并能在空间实验中识别植物器官间的表达差异。	NA	研究植物对病原体的宿主反应	植物组织的空间转录组响应	数字病理学	NA	空间转录组测序	NA	转录组数据	涉及拟南芥叶片和白粉菌感染的样本
25354	2024-08-09	Single-Cell Sequencing Reveals the Relationship between Phenotypes and Genotypes of Klinefelter Syndrome 2019, Cytogenetic and genome research IF:1.7Q3 DOI:10.1159/000503737 PMID:31630146	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了克氏综合征（KS）患者与正常男性和女性对照组在外周血单个核细胞（PBMCs）中的基因表达差异	首次在单细胞水平上揭示了克氏综合征患者PBMCs中细胞类型的分子特征及其与临床表型的关联	研究样本仅限于一名中国男性克氏综合征患者，可能限制了结果的普遍性	探讨克氏综合征的基因型与表型之间的关系	克氏综合征患者的外周血单个核细胞	数字病理学	男性不育症	单细胞测序	NA	基因表达数据	共分析了24,439个细胞，分为5种免疫细胞类型
25355	2024-08-09	EPGA-SC : A Framework for de novo Assembly of Single-Cell Sequencing Reads 2021 Jul-Aug, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2019.2945761 PMID:31603794	研究论文	本文介绍了一种名为EPGA-SC的新框架，用于单细胞测序读取数据的从头组装	EPGA-SC通过分类读取、使用多组高精度配对末端读取以及开发新的算法来去除嵌合错误和扩展连续片段，以解决单细胞测序数据中的错误和偏差问题	EPGA-SC在处理极度不平衡和丰富错误类型的单细胞测序数据时，性能仍有提升空间	开发一种新的框架，用于提高单细胞测序数据组装的准确性和效率	单细胞测序读取数据的从头组装	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	七个数据集
25356	2024-08-09	Pathway-Based Single-Cell RNA-Seq Classification, Clustering, and Construction of Gene-Gene Interactions Networks Using Random Forests 2020-06, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2019.2944865 PMID:31581101	研究论文	本文提出了一种基于随机森林的通路分析框架，用于单细胞RNA测序数据的细胞群体分类和聚类，并构建基因-基因相互作用网络	首次利用机器学习技术研究功能通路在异质细胞群体分类中的应用，并提出了一种新的方法来构建基因-基因相互作用网络	NA	旨在通过通路分析更好地理解不同细胞群体的功能异质性，并识别驱动细胞功能异质性的重要基因	单细胞RNA测序数据中的细胞群体和基因相互作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	随机森林	基因表达数据	NA
25357	2024-08-09	SPARSim single cell: a count data simulator for scRNA-seq data 2020-03-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz752 PMID:31598633	研究论文	本文介绍了一种基于Gamma-多元超几何模型的scRNA-seq计数数据模拟器SPARSim	SPARSim能够生成在计数强度、变异性和稀疏性方面与真实数据相似的计数数据，表现优于现有的scRNA-seq模拟器Splat	NA	开发新的方法来处理scRNA-seq计数数据，并提供模拟数据以帮助这些新方法的开发	scRNA-seq计数数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	Gamma-多元超几何模型	计数数据	NA
25358	2024-08-09	Cancer classification of single-cell gene expression data by neural network 2020-03-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz772 PMID:31603465	研究论文	本文设计了一种基于神经网络的癌症分类器，能够识别21种癌症和正常组织，使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据进行训练和验证。	本文采用神经网络方法在癌症分类中表现优于支持向量机、k近邻和随机森林方法，并在单细胞RNA测序数据上应用了k近邻平滑转换。	NA	开发一种高效的癌症分类方法，以基于基因表达数据识别不同类型的癌症和正常组织。	21种癌症类型和正常组织。	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络（NN）	基因表达数据	7398个癌症样本和640个正常样本
25359	2024-08-09	bayNorm: Bayesian gene expression recovery, imputation and normalization for single-cell RNA-sequencing data 2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz726 PMID:31584606	研究论文	本文介绍了bayNorm，一种用于单细胞RNA测序数据缩放和推断的新型贝叶斯方法	bayNorm通过使用基于经验贝叶斯方法的先验估计，提高了差异表达分析的准确性和敏感性，并减少了批次效应	NA	开发一种高效且统一的单细胞RNA测序数据标准化、插补和批次效应校正方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	基因表达数据	使用公开可用的单细胞RNA测序数据集和模拟表达数据进行验证
25360	2024-08-09	SCSsim: an integrated tool for simulating single-cell genome sequencing data 2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz713 PMID:31584615	研究论文	本文介绍了一个名为SCSsim的集成工具，用于模拟单细胞基因组测序数据	SCSsim能够高效地模拟单细胞测序数据，包括模拟基因组变异和MALBAC技术放大，以及基于推断的测序概况生成测序读取	NA	开发一个能够有效模拟单细胞测序数据集的软件工具，以用于基准测试基于单细胞测序的生物信息学工具	单细胞测序数据集的模拟	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA