单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27901 篇文献，本页显示第 25221 - 25240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 25221 | 2024-08-09 |
Conventional and Computational Flow Cytometry Analyses Reveal Sustained Human Intrathymic T Cell Development From Birth Until Puberty
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.01659
PMID:32849574
|
研究论文 | 本文通过常规和计算流式细胞术分析，研究了从出生到青春期人类胸腺内T细胞发育的持续性 | 建立了新的计算分析流程，该流程从单细胞转录组测序数据分析中改编而来，能够克服批次效应，同时分析多个样本，并通过子采样限制计算成本，依赖KNN图进行基于图的聚类 | 尽管使用了新的计算分析方法，但胸腺早期退化对T细胞发育的影响仍需进一步研究 | 研究胸腺退化对胸腺内免疫亚群频率的影响 | 从出生到14岁的人类胸腺样本 | NA | NA | 流式细胞术 | KNN图 | 细胞 | 从出生到14岁的多个胸腺样本 |
| 25222 | 2024-08-09 |
Characterization of the Bronchoalveolar Lavage Fluid by Single Cell Gene Expression Analysis in Healthy Dogs: A Promising Technique
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.01707
PMID:32849601
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研究论文 | 本研究利用单细胞mRNA测序技术（scRNA-seq）分析健康犬的支气管肺泡灌洗液（BALF）中的细胞异质性 | 首次在犬类中使用scRNA-seq技术研究BALF中的细胞亚群，并识别出14种不同的细胞集群 | NA | 验证scRNA-seq技术在犬类组织成分研究中的潜力 | 健康犬的支气管肺泡灌洗液中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 4只健康犬，共分析了5,710个细胞 |
| 25223 | 2024-08-09 |
Neural Regulation of Feeding Behavior
2020, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-15-7086-5_3
PMID:32852737
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研究论文 | 本文探讨了神经调节摄食行为的电路和细胞机制 | 采用了基因操作、光遗传学、病毒示踪和单细胞测序等先进技术，提供了关于中枢神经系统如何调节食物摄入的新见解 | NA | 研究能量平衡和摄食行为的协调机制 | 神经调节摄食行为的电路和细胞机制 | 神经科学 | 肥胖症，厌食症 | 基因操作，光遗传学，病毒示踪，单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 25224 | 2024-08-09 |
Reciprocal change in Glucose metabolism of Cancer and Immune Cells mediated by different Glucose Transporters predicts Immunotherapy response
2020, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.48954
PMID:32863946
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研究论文 | 研究通过分析RNA-seq和FDG正电子发射断层扫描（PET）数据，探讨了肺癌鳞状细胞癌（LUSC）中葡萄糖转运蛋白（GLUT）表达与免疫细胞富集分数（ImmuneScore）及免疫治疗反应之间的关系 | 首次探讨了GLUT3/GLUT1比率作为免疫代谢功能的代表，并研究了其与免疫治疗反应的关联 | 研究样本量有限，且仅限于肺癌鳞状细胞癌和黑色素瘤患者 | 探索肿瘤微环境中的葡萄糖代谢特性及其在免疫治疗反应中的潜在应用 | 肺癌鳞状细胞癌（LUSC）和黑色素瘤患者的肿瘤和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, FDG正电子发射断层扫描 | NA | RNA-seq数据, 图像 | 63例肺癌鳞状细胞癌样本, 5例肺癌样本, 两个黑色素瘤队列 |
| 25225 | 2024-08-09 |
CIPHER-SC: Disease-Gene Association Inference Using Graph Convolution on a Context-Aware Network With Single-Cell Data
2022 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2020.3017547
PMID:32809944
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图卷积的疾病-基因关联推断方法CIPHER-SC，该方法利用单细胞转录组数据构建了一个上下文感知网络，实现了端到端的训练架构 | 引入了单细胞转录组数据，构建了上下文感知网络，实现了无偏差的数据整合和端到端的训练架构 | NA | 推断疾病-基因关联，揭示疾病发病机制，并为治疗提供帮助 | 疾病-基因关联 | 机器学习 | NA | 图卷积 | 图卷积网络 | 单细胞转录组数据 | 涉及三个不同的测试集进行五折交叉验证 |
| 25226 | 2024-08-09 |
LncAS2Cancer: a comprehensive database for alternative splicing of lncRNAs across human cancers
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa179
PMID:32820322
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研究论文 | 本文开发了一个名为LncAS2Cancer的综合数据库，收集了大量RNA测序和单细胞RNA测序样本，涵盖超过30种癌症类型，用于研究长链非编码RNA（lncRNA）在癌症中的选择性剪接模式。 | LncAS2Cancer数据库首次专注于癌症相关lncRNA的选择性剪接，提供了丰富的剪接模式和注释信息，有助于识别新的癌症相关lncRNA异构体。 | NA | 开发一个全面的数据库，以研究lncRNA在人类癌症中的选择性剪接模式及其功能影响。 | lncRNA的选择性剪接模式及其在人类癌症中的功能角色。 | NA | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 5335个大量RNA测序样本和1826个单细胞RNA测序样本 |
| 25227 | 2024-08-09 |
FOXI1 expression in chromophobe renal cell carcinoma and renal oncocytoma: a study of The Cancer Genome Atlas transcriptome-based outlier mining and immunohistochemistry
2021-Apr, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-020-02900-x
PMID:32812119
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研究论文 | 本研究利用The Cancer Genome Atlas（TCGA）的转录组数据，结合基因表达综合数据库和单细胞RNA测序数据，分析了FOXI1在正常肾组织和不同肾肿瘤中的mRNA表达，并通过免疫组化验证了FOXI1在肾间介细胞（ICs）、透明细胞癌（chRCC）和肾嗜酸细胞瘤（RO）中的表达水平。 | 首次详细研究了FOXI1在肾肿瘤中的表达模式，并发现其在ICs、chRCCs和ROs中的显著上调表达，表明FOXI1可能是IC相关肿瘤的潜在生物标志物。 | 研究主要基于TCGA数据库和有限的组织样本，可能存在样本选择偏倚。 | 探讨FOXI1在肾肿瘤中的表达及其作为诊断标志物的潜力。 | FOXI1在正常肾组织和不同肾肿瘤中的mRNA表达及免疫组化染色。 | 数字病理学 | 肾癌 | 转录组分析、免疫组化 | NA | 基因表达数据、组织切片图像 | 367例不同类型的肾肿瘤组织 |
| 25228 | 2024-08-09 |
Skin is a potential host of SARS-CoV-2: A clinical, single-cell transcriptome-profiling and histologic study
2020-Dec, Journal of the American Academy of Dermatology
IF:12.8Q1
DOI:10.1016/j.jaad.2020.08.057
PMID:32822795
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25229 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptional Analyses Identify Lineage-Specific Epithelial Responses to Inflammation and Metaplastic Development in the Gastric Corpus
2020-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.027
PMID:32835664
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了慢性胃炎中胃体上皮细胞在炎症和化生发展中的谱系特异性反应。 | 本研究首次将Gkn3 mRNA作为小鼠胃体化生的特异性标记，并扩展了胃化生的定义，包括胃体中的GKN3阳性细胞。 | NA | 研究慢性萎缩性胃炎导致胃化生和胃腺癌风险增加的机制。 | 胃体上皮细胞，特别是粘液颈部细胞和主细胞在慢性胃炎中的转录程序。 | 数字病理学 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | BALB/c小鼠（对照组）和TxA23小鼠的胃体上皮细胞，以及B6小鼠和人类患者的胃组织样本。 |
| 25230 | 2024-08-09 |
Integrative analysis of scRNA-seq and GWAS data pinpoints periportal hepatocytes as the relevant liver cell types for blood lipids
2020-11-04, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaa188
PMID:32821946
|
研究论文 | 本文通过整合脂质特征的全基因组关联研究（GWAS）和肝脏单细胞转录组数据，识别了对血液脂质水平最相关的肝脏细胞类型 | 本文创新地使用了分层连锁不平衡得分回归方法，结合细胞类型特异性表达基因集（CT-SEGS）来确定与复杂性状和疾病最相关的细胞类型 | NA | 旨在通过整合GWAS和单细胞转录组数据，识别与血液脂质水平最相关的肝脏细胞类型 | 人类和小鼠的肝脏细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS） | NA | 基因表达数据 | 40种人类和小鼠的肝脏细胞类型 |
| 25231 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals the regenerative potential of thyroid follicular epithelial cells in metastatic thyroid carcinoma
2020-10-22, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2020.06.050
PMID:32811644
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了甲状腺癌转移中甲状腺滤泡上皮细胞的再生潜能 | 发现了一组罕见的表达干细胞样基因的甲状腺滤泡上皮细胞，并证实这些细胞在甲状腺癌转移再生中起重要作用 | NA | 探讨甲状腺癌转移中甲状腺滤泡上皮细胞的再生机制 | 甲状腺癌转移中的甲状腺滤泡上皮细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及小鼠和人体样本 |
| 25232 | 2024-08-09 |
Dynamics of Cardiac Neutrophil Diversity in Murine Myocardial Infarction
2020-10-09, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.120.317200
PMID:32811295
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研究论文 | 研究了小鼠心肌梗死后血液和心脏中中性粒细胞多样性的动态变化 | 首次在单细胞水平上详细描述了心肌梗死后中性粒细胞多样性和基因表达的动态变化，并揭示了缺血心脏中中性粒细胞局部组织特异性的过程 | NA | 描述心肌梗死后循环和心脏中性粒细胞多样性的动态变化 | 小鼠心肌梗死后血液和心脏中的中性粒细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学结合细胞表面表位检测 | NA | 转录组数据 | 在心肌梗死后第1天、第3天和第5天收集的样本 |
| 25233 | 2024-08-09 |
A cell atlas of adult muscle precursors uncovers early events in fibre-type divergence in Drosophila
2020-10-05, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.201949555
PMID:32815271
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序实验构建了果蝇第三龄幼虫翅盘相关肌细胞前体的细胞图谱，揭示了间接飞行肌和直接飞行肌肌细胞前体在转录水平上的早期分化事件 | 首次揭示了果蝇间接飞行肌和直接飞行肌肌细胞前体的不同转录特征，并发现了新的肌细胞分化标记基因Amalgam | NA | 理解果蝇肌肉多样化的早期转录事件 | 果蝇的间接飞行肌和直接飞行肌肌细胞前体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 第三龄幼虫翅盘相关肌细胞前体 |
| 25234 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-sequencing reports growth-condition-specific global transcriptomes of individual bacteria
2020-10, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-020-0774-1
PMID:32807892
|
研究论文 | 本文利用改进的poly(A)-independent单细胞RNA测序技术，捕捉了Salmonella和Pseudomonas细菌在不同生长条件下的全基因组转录谱 | 首次成功应用单细胞RNA测序技术于原核生物，实现了对个体细菌在不同生长条件下的全基因组转录谱的准确捕捉 | 目前仅限于Salmonella和Pseudomonas两种细菌，对其他细菌种类的适用性有待验证 | 研究细菌在不同生长条件下的转录异质性，为理解细菌的表型多样性提供参考 | Salmonella和Pseudomonas细菌在不同生长条件下的转录谱 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 个体Salmonella和Pseudomonas细菌 |
| 25235 | 2024-08-09 |
A single-cell transcriptome atlas of marsupial embryogenesis and X inactivation
2020-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2629-6
PMID:32814901
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了有袋类动物灰短尾负鼠的胚胎发育和X染色体失活过程 | 首次对有袋类动物进行单细胞RNA测序研究，揭示了早期X染色体失活和印迹X染色体失活的机制 | NA | 探索有袋类动物胚胎发育和X染色体失活的分子机制 | 有袋类动物灰短尾负鼠的胚胎 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 25236 | 2024-08-09 |
Analysis of circulating breast cancer cell heterogeneity and interactions with peripheral blood mononuclear cells
2020-10, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.23242
PMID:32822091
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析乳腺癌患者循环肿瘤细胞与外周血单个核细胞的相互作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了循环肿瘤细胞的异质性及其与外周血单个核细胞的相互作用 | 研究样本仅来自乳腺癌患者，可能限制了结果的普遍性 | 揭示循环肿瘤细胞与外周血单个核细胞的相互作用，为预测疾病进展提供信息 | 乳腺癌患者的循环肿瘤细胞和外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自乳腺癌患者的外周血样本 |
| 25237 | 2024-08-09 |
Elevated Calprotectin and Abnormal Myeloid Cell Subsets Discriminate Severe from Mild COVID-19
2020-09-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.08.002
PMID:32810439
|
研究论文 | 研究通过高维流式细胞术和单细胞RNA测序分析COVID-19患者的外周血细胞，探讨疾病严重程度与先天性髓样细胞反应的关系 | 发现严重COVID-19病例中非经典CD14CD16单核细胞消失，HLA-DR经典单核细胞积累及大量钙卫蛋白释放，以及免疫抑制性中性粒细胞的积累 | 研究结果需要前瞻性评估 | 探究COVID-19疾病严重程度与先天性髓样细胞反应的关系及预测高风险患者的标志物 | COVID-19患者的外周血细胞 | NA | COVID-19 | 高维流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 25238 | 2024-08-09 |
Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Revealed by Single-Cell RNA Sequencing
2020-09-03, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.07.017
PMID:32822576
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了30名接受靶向治疗的转移性肺癌患者在治疗前后的49个临床活检样本，揭示了肺癌细胞在治疗诱导下的进化过程及其对肿瘤微环境的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了治疗诱导的肺癌细胞进化及其对肿瘤微环境的影响，发现了新的可靶向的致癌基因和治疗后的细胞状态转变 | 研究样本仅限于转移性肺癌患者，且样本数量相对有限 | 探讨治疗诱导的肺癌细胞进化及其对临床结果的影响 | 转移性肺癌细胞及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 49个临床活检样本，来自30名患者 |
| 25239 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics identifies a distinct luminal progenitor cell type in distal prostate invagination tips
2020-09, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-020-0642-1
PMID:32807988
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，鉴定并描述了一种独特的远端前列腺内陷尖端的管腔前体细胞类型 | 首次鉴定出一种名为Luminal-C的独特管腔细胞类型，并证实其在体外和体内具有较强的器官形成和上皮管道再生能力 | NA | 旨在识别前列腺干细胞/前体细胞并阐明前列腺上皮细胞谱系层次结构，以理解前列腺癌的起始机制 | 小鼠和人类的前列腺细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 35,129个小鼠前列腺细胞和11,374个人类前列腺细胞 |
| 25240 | 2024-08-09 |
Tuning parameters of dimensionality reduction methods for single-cell RNA-seq analysis
2020-08-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02128-7
PMID:32831127
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研究论文 | 本文通过系统地改变五种方法的可调参数，评估了它们在单细胞RNA测序数据降维中的性能 | 提出了两种自动调整参数的策略，以优化需要参数调整的方法的性能 | 未提及 | 评估不同参数设置对单细胞RNA测序数据降维方法性能的影响 | 五种单细胞RNA测序数据降维方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA, ZinbWave, DCA, scVI | 单细胞RNA测序数据 | 150万次实验 |