单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25181	2024-08-09	Design and application of single-cell RNA sequencing to study kidney immune cells in lupus nephritis 2020-04, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-019-0232-6 PMID:31853010	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了狼疮性肾炎中的肾脏免疫细胞	采用单细胞RNA测序技术对狼疮性肾炎患者的肾脏活检样本进行详细细胞群特征分析，并探讨了非侵入性监测肾脏免疫激活的可能性	NA	揭示狼疮性肾炎中导致组织损伤的免疫机制	狼疮性肾炎患者的肾脏免疫细胞和实质细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	生物样本	多个地点和不同人群的肾脏活检样本
25182	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Disease-Defining T-cell Subsets in the Tumor Microenvironment of Classic Hodgkin Lymphoma 2020-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0680 PMID:31857391	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，揭示了经典霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中定义疾病的T细胞亚群	首次在单细胞分辨率下对霍奇金淋巴瘤特异性免疫微环境进行表型分析，并发现了一种新的霍奇金淋巴瘤相关T细胞亚群，该亚群表达抑制性受体LAG3，具有免疫抑制功能	NA	研究霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中细胞成分及其空间关系，以理解细胞间的相互作用及治疗靶点	霍奇金淋巴瘤肿瘤微环境中的T细胞亚群	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	从22个霍奇金淋巴瘤组织样本和5个反应性淋巴结中获取超过127,000个细胞
25183	2024-08-09	Single-cell RNA-seq analysis identifies meniscus progenitors and reveals the progression of meniscus degeneration 2020-03, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2019-215926 PMID:31871141	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）识别膝关节半月板细胞的不同亚群，并揭示半月板退化的机制	首次通过scRNA-seq技术识别出半月板前体细胞，并揭示了半月板退化的新机制	NA	探究半月板细胞的异质性及其退化机制	人类健康及退化半月板细胞	数字病理学	关节疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	包括健康和退化的半月板细胞的多个样本
25184	2024-08-09	Highly multiplexed single-cell RNA-seq by DNA oligonucleotide tagging of cellular proteins 2020-01, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0372-z PMID:31873215	研究论文	本文描述了一种通用的单细胞RNA测序样本多重化方法，通过将识别DNA寡核苷酸附着到固定细胞的细胞蛋白上来进行化学标记	该方法能够揭示从大量实验或临床样本中细胞群体结构和转录状态的变化，这些变化无法通过整体测量来辨别	NA	建立一种高效的方法，用于从大型实验或临床样本中以单细胞RNA测序的深度和分辨率调查细胞群体	单细胞RNA测序中的细胞群体结构和转录状态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	96个多重化样本
25185	2024-08-09	Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial target in glioblastoma 2020-01, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-019-0694-x PMID:31873309	研究论文	本文通过质谱流式细胞术和单细胞RNA测序分析了94名代表五种不同癌症类型的患者，识别出胶质母细胞瘤中独特的CD73巨噬细胞群体，并探讨了CD73作为联合治疗靶点的重要性。	本文首次识别出胶质母细胞瘤中持续存在的CD73巨噬细胞群体，并通过反向转化研究证实CD73缺失可提高抗CTLA-4和抗PD-1治疗下的生存率。	临床试验中联合免疫检查点策略的机制合理性尚不明确，且研究仅限于特定肿瘤类型。	旨在识别肿瘤特异性免疫调节靶点，以改进免疫检查点疗法在胶质母细胞瘤中的应用。	94名代表五种不同癌症类型的患者，特别是胶质母细胞瘤、前列腺癌和结直肠癌患者。	数字病理学	脑癌	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	94名患者
25186	2024-08-09	Autoencoder-based cluster ensembles for single-cell RNA-seq data analysis 2019-Dec-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3179-5 PMID:31870278	研究论文	本文提出了一种基于自编码器的聚类集成框架，用于单细胞RNA测序数据分析	该框架通过随机子空间投影和自编码器压缩，结合集成聚类方法，显著提高了细胞类型特异性聚类的性能	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器	基因表达数据	多个复杂样本或组织中的单个细胞
25187	2024-08-09	scDC: single cell differential composition analysis 2019-Dec-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3211-9 PMID:31870280	研究论文	本文介绍了scDC方法，用于单细胞差异组成分析，通过bootstrap重采样进行细胞类型组成的差异分析	scDC方法通过bootstrap重采样捕捉每个受试者细胞类型比例的不确定性，并使用偏差校正和加速的bootstrap置信区间进行估计	NA	开发一种方法来估计细胞类型组成中的不确定性	单细胞差异组成分析	单细胞测序	NA	单细胞测序	GLM和GLMM模型	单细胞RNA测序数据	模拟数据集和合成数据集，每个条件有2到5个受试者
25188	2024-08-09	scReClassify: post hoc cell type classification of single-cell rNA-seq data 2019-Dec-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-6305-x PMID:31874628	研究论文	本文提出了一种半监督学习框架scReClassify，用于单细胞RNA测序数据的后验细胞类型识别	scReClassify能够从可能包含错误标签的初始细胞类型注释中，通过PCA降维和半监督学习方法，准确地识别并重新分类错误分类的细胞	NA	开发一种工具，用于改进单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	半监督学习	基因表达数据	涉及多种组织和生物系统的模拟和真实实验数据
25189	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveal a Correlation between Genome Architecture and Gene Family Evolution in Ciliates 2019-12-24, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.02524-19 PMID:31874915	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了纤毛虫基因组结构与其基因家族进化之间的关系	首次针对未培养的纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea进行单细胞转录组学分析，揭示了基因组结构与蛋白质进化模式的相关性	研究主要集中在未培养的纤毛虫类群，可能无法完全代表所有纤毛虫的基因组进化情况	进一步评估纤毛虫基因家族的进化，并探讨基因组结构与分子进化模式之间的关系	纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea的单细胞转录组	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	43个单细胞转录组，来自33种纤毛虫，代表10个类别
25190	2024-08-09	Human Primordial Germ Cells Are Specified from Lineage-Primed Progenitors 2019-12-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.083 PMID:31875561	研究论文	本文研究了人类多能干细胞在体外转化为生殖细胞的过程，特别是原始生殖细胞（PGCs）的形成和特性	发现人类原始生殖细胞（hPGC）的形成始于受精后第12天，并通过单细胞RNA测序揭示了hPGC样细胞（hPGCLCs）的形成涉及从多能状态向过渡状态的重置，随后分化为谱系预定的TFAP2A前体细胞	NA	探讨人类原始生殖细胞的形成机制及其在体外生殖细胞生成中的作用	人类原始生殖细胞（hPGC）及其前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25191	2024-08-09	Feature selection and dimension reduction for single-cell RNA-Seq based on a multinomial model 2019-12-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1861-6 PMID:31870412	研究论文	本文针对单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据，提出了一种基于多项式模型的特征选择和降维方法	本文提出的多项式方法，包括广义主成分分析（GLM-PCA）和基于偏差的特征选择，在下游聚类评估中优于当前实践	NA	改进单细胞RNA测序数据的特征选择和降维方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	GLM-PCA	基因表达数据	NA
25192	2024-08-09	Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression 2019-12-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1874-1 PMID:31870423	研究论文	本文提出了一种基于正则化负二项回归的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化和方差稳定化模型框架	本文提出的方法通过使用细胞测序深度作为广义线性模型中的协变量，从正则化负二项回归的Pearson残差中成功去除技术特征的影响，同时保留生物异质性	NA	解决scRNA-seq数据中技术因素导致的细胞间变异问题，以区分生物异质性和技术效应	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	正则化负二项回归	分子计数数据	NA
25193	2024-08-09	Cell shape determines gene expression: cardiomyocyte morphotypic transcriptomes 2019-12-23, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-019-0765-7 PMID:31872302	研究论文	本研究通过单细胞形态分型策略和单细胞RNA测序，探讨了心肌细胞形态变化对基因表达的影响	首次揭示了细胞形态本身对心肌细胞基因表达的影响，并识别了与异常形态相关的特定基因表达变化和信号通路	NA	填补关于细胞形态变化是否影响基因表达的知识空白	心肌细胞的形态和基因表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	个体心肌细胞
25194	2024-08-09	M3S: a comprehensive model selection for multi-modal single-cell RNA sequencing data 2019-Dec-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3243-1 PMID:31861972	研究论文	本文开发了一个名为M3S的R包，用于多模态单细胞RNA测序数据的最优统计模型选择	M3S能够从11种常用模型中选择最适合每个基因表达分布的最简约模型，并进行参数估计和差异基因表达测试	NA	开发一个工具来确定不同实验设计和平台生成的单细胞RNA测序数据的最合适统计模型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计模型	RNA测序数据	NA
25195	2024-08-09	scRNA-seq in medulloblastoma shows cellular heterogeneity and lineage expansion support resistance to SHH inhibitor therapy 2019-12-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13657-6 PMID:31863004	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和谱系追踪技术分析了髓母细胞瘤中的细胞多样性及其对SHH抑制剂治疗的反应	首次展示了即使在具有单一通路激活突变的肿瘤中，多样化的机制驱动肿瘤生长，并导致对靶向抑制剂治疗的早期抵抗	研究仅在转基因、髓母细胞瘤易感的小鼠模型中进行，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨髓母细胞瘤中的细胞异质性及其对SHH抑制剂治疗的抵抗机制	髓母细胞瘤中的细胞多样性和对SHH通路抑制剂的反应	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	转基因、髓母细胞瘤易感的小鼠
25196	2024-08-09	Genotype-free demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq 2019-12-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1852-7 PMID:31856883	研究论文	介绍了一种无需预先知道样本基因型或标签条形码的单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中的样本解复用方法scSplit	scSplit利用scRNA-seq数据本身推断的遗传差异来解复用合并样本，并能将聚类映射回原始样本	NA	开发一种新的方法来解复用单细胞RNA测序实验中的合并样本	scRNA-seq数据中的合并样本	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用了模拟、合并和多个体合并的数据集
25197	2024-08-09	Single-Cell Expression Variability Implies Cell Function 2019-12-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9010014 PMID:31861624	研究论文	本文通过分析来自淋巴母细胞系、肺气道上皮细胞和皮肤成纤维细胞的单细胞RNA测序数据，研究了基因表达的细胞间变异性（scEV）及其对多细胞生物体的功能意义	本文支持“变异即功能”假说，认为scEV对于细胞类型特异性及更高层次的系统功能是必需的	NA	探讨单细胞基因表达变异性的功能重要性及其对多细胞生物体的意义	淋巴母细胞系、肺气道上皮细胞和皮肤成纤维细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	分析了来自淋巴母细胞系（465个高变异基因）、肺气道上皮细胞（466个高变异基因）和皮肤成纤维细胞（364个高变异基因）的多个scRNA-seq数据集
25198	2024-08-09	Discrimination of Dormant and Active Hematopoietic Stem Cells by G0 Marker Reveals Dormancy Regulation by Cytoplasmic Calcium 2019-12-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.061 PMID:31851939	研究论文	本文通过生成一种可视化静息细胞的G标记（GM）小鼠系，区分了静息造血干细胞（HSCs）中的休眠和活跃状态，并揭示了细胞质钙浓度与HSCs休眠状态的关联	首次通过GM小鼠系区分休眠和活跃的HSCs，并发现细胞质钙浓度与HSCs休眠状态的关联	NA	研究休眠和活跃造血干细胞之间的关系及其调控机制	造血干细胞（HSCs）的休眠和活跃状态	NA	NA	单细胞RNA测序，高通量小分子筛选	NA	基因表达谱	小鼠系中的造血干细胞群体
25199	2024-08-09	Isolation of Region-specific Microglia from One Adult Mouse Brain Hemisphere for Deep Single-cell RNA Sequencing 2019-12-03, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/60347 PMID:31868174	研究论文	本文提供了一种从成年小鼠大脑半球特定区域快速分离小胶质细胞的详细方案，并展示了如何利用这些分离的小胶质细胞进行基于平板的高深度单细胞RNA测序	本文介绍了从特定脑区分离小胶质细胞的方法，并展示了如何利用这些细胞进行高深度单细胞RNA测序，有助于进一步解析小胶质细胞的异质性	NA	研究小胶质细胞在不同发育和病理条件下的异质性	小胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	单个成年小鼠大脑半球
25200	2024-08-09	Latent transcriptional variations of individual Plasmodium falciparum uncovered by single-cell RNA-seq and fluorescence imaging 2019-12, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1008506 PMID:31856180	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和荧光成像技术，揭示了单个恶性疟原虫在晚期无性和有性阶段的潜在转录变异	首次通过单细胞RNA测序和荧光成像技术，详细描绘了恶性疟原虫在无性和有性阶段的转录变异，并发现了一组先前未定义的性别特异性基因	NA	探索恶性疟原虫在无性和有性阶段的转录变异及其对宿主适应性的影响	恶性疟原虫的单细胞转录变异	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个单细胞样本