单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 34772 篇文献，本页显示第 2501 - 2520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2501 | 2025-11-26 |
LETM2 regulates mitochondrial function and autophagy in diabetic foot ulcers: implications for oxidative stress and therapeutic targeting
2025-Nov-22, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01748-1
PMID:41272316
|
研究论文 | 本研究通过分析糖尿病足溃疡的RNA测序数据，发现LETM2基因在维持线粒体功能和自噬中的关键作用 | 首次通过整合单细胞RNA测序数据识别LETM2作为糖尿病足溃疡中线粒体功能障碍的关键调控基因，并验证其在氧化应激条件下的功能 | 研究主要基于体外细胞模型，需要进一步体内实验验证；样本量有限 | 探索糖尿病足溃疡中线粒体功能障碍的分子机制和潜在治疗靶点 | 糖尿病足溃疡患者样本、人脐静脉内皮细胞 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | RNA测序、单细胞RNA测序、siRNA敲低、功能富集分析 | LASSO、SVM-RFE | 转录组数据、单细胞数据 | 多个公共数据集(GSE134431、GSE80178、GSE245703)和机构内部队列 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2502 | 2025-11-26 |
Selective AMPKβ1 activation induces fetal hemoglobin in human erythroid cells and sickle cell mice via the noncanonical NRF2 pathway
2025-Nov-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adx1144
PMID:41259521
|
研究论文 | 本研究通过选择性激活AMPKβ1诱导镰状细胞病中的胎儿血红蛋白表达 | 首次发现AMPKβ1亚型在红细胞谱系中占主导地位，并通过非经典NRF2通路诱导胎儿血红蛋白 | 研究主要基于体外细胞实验和动物模型，尚未进行人体临床试验 | 开发通过AMPKβ1激活诱导胎儿血红蛋白的新型治疗方法 | 镰状细胞病患者来源的红细胞和Townes镰状细胞病小鼠模型 | 分子生物学 | 镰状细胞病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 镰状细胞病患者来源的红细胞和Townes小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2503 | 2025-11-26 |
HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes
2025-Nov-21, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0645
PMID:41269209
|
研究论文 | 本研究通过分析头颈部鳞状细胞癌中HPV整合事件，揭示了与不良临床结局相关的下游剪接事件和基因表达比率 | 首次基于RNA特征而非DNA特征对HPV整合阳性患者进行风险分层，发现剪接融合转录本和HPV基因表达比率可作为预后生物标志物 | 研究样本量相对有限，且来自多个队列可能存在批次效应 | 探究HPV整合在头颈部癌症中的致癌机制及其与临床结局的关系 | 261例HPV相关头颈部鳞状细胞癌样本 | 癌症基因组学 | 头颈部癌症 | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据，单细胞RNA-seq数据 | 261例HPV相关HNSCC样本（包括62例新密歇根大学队列） | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2504 | 2025-11-26 |
Spatial transcriptomics reveals immune-stromal crosstalk within the synovium of patients with juvenile idiopathic arthritis
2025-Nov-21, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198074
PMID:41269758
|
研究论文 | 通过空间转录组学揭示幼年特发性关节炎患者滑膜中免疫细胞与基质细胞的空间互作网络 | 开发了新的空间共定位分析流程，首次在亚细胞分辨率下解析JIA滑膜微环境，发现NOTCH信号介导的内皮-成纤维细胞互作和CXCL9-CXCR3信号轴等新型微解剖结构 | 样本仅来自活动期JIA患者，未包含疾病不同阶段或治疗后的对照样本 | 解析幼年特发性关节炎滑膜组织的空间分子结构 | 幼年特发性关节炎患者的滑膜组织 | 空间转录组学 | 幼年特发性关节炎 | 空间转录组测序 | 空间共定位分析流程 | 空间转录组数据 | 活动期JIA患者滑膜组织（具体样本数未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | 亚细胞分辨率空间转录组分析 |
| 2505 | 2025-11-26 |
Single-cell sequencing reveals a senescent immune landscape in bone marrow lesions inducing articular cartilage damage in osteoarthritis
2025-Nov-21, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00467-4
PMID:41272390
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示骨关节炎中骨髓病变区域存在衰老免疫景观，并通过细胞间通讯促进关节软骨损伤 | 首次在单细胞水平揭示骨髓病变区域的免疫细胞衰老特征及其通过TNF信号介导的骨髓-软骨串扰机制 | 研究样本量有限，机制验证主要在OA小鼠模型中进行 | 探索骨关节炎中骨髓病变诱导关节软骨损伤的细胞分子机制 | 骨髓组织和关节软骨组织 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 非BML区域和BML区域的骨髓组织，完整和损伤区域的关节软骨组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2506 | 2025-11-26 |
Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues
2025-Nov-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64990-y
PMID:41266321
|
研究论文 | 对三种商业成像空间转录组平台在FFPE组织中的技术性能进行系统性基准测试 | 首次在包含17种肿瘤和16种正常组织的组织芯片上对三种主流iST平台进行综合性能比较 | 研究基于组织芯片样本，可能无法完全代表完整组织切片的情况 | 评估成像空间转录组平台在FFPE组织中的技术性能 | FFPE组织样本，包含17种肿瘤和16种正常组织类型 | 空间转录组学 | 多种肿瘤类型 | 成像空间转录组技术 | NA | 空间转录组数据，图像数据 | 组织芯片包含33种组织类型（17种肿瘤+16种正常） | 10X Genomics, Vizgen, Nanostring | 成像空间转录组学 | 10X Xenium, Vizgen MERSCOPE, Nanostring CosMx | 三种商业成像空间转录组平台在FFPE组织上的应用 |
| 2507 | 2025-11-26 |
Piscis: A loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning
2025-Nov-19, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101448
PMID:41265398
|
研究论文 | 提出一种名为Piscis的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测 | 开发了SmoothF1损失函数，可近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微分性用于深度学习训练 | NA | 开发自动化的斑点检测算法以改进空间转录组学图像分析 | 荧光显微镜图像中的RNA转录本斑点 | 计算机视觉 | NA | RNA荧光原位杂交 | 深度学习 | 图像 | 358张手动标注的实验RNA FISH图像和240张合成图像 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2508 | 2025-11-26 |
Genital herpes shedding episodes associate with altered spatial organization and activation of mucosal immune cells
2025-Nov-18, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.197491
PMID:41252205
|
研究论文 | 本研究探讨了HSV-2感染期间生殖器疱疹脱落对阴道黏膜免疫细胞空间组织和活化的影响 | 首次结合空间转录组学和免疫细胞定位分析揭示活动性HSV-2脱落期间阴道黏膜免疫细胞的动态变化 | 研究样本量有限，且主要关注黏膜局部免疫反应 | 研究HSV-2对宫颈阴道道免疫系统的影响机制 | 232名HSV-2血清阳性和阴性参与者的宫颈阴道组织和血液样本 | 空间转录组学 | 生殖器疱疹 | 流式细胞术,免疫荧光成像,可溶性免疫因子分析,空间转录组学 | NA | 组织样本,血液样本,基因表达数据,图像数据 | 232名参与者 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2509 | 2025-11-26 |
Cannabidiol exerts anti-inflammatory effects but maintains T effector memory cell differentiation in humans
2025-Nov-18, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.198590
PMID:41252210
|
研究论文 | 本研究通过单细胞水平分析探讨了在稳定状态下联合他克莫司治疗时，大麻二酚对人类免疫细胞的调节作用 | 首次在CBD稳态联合他克莫司治疗条件下，在单细胞水平系统评估CBD对人类免疫细胞的调节作用 | 样本量较小（23名参与者），且为体外研究，临床意义需进一步验证 | 明确大麻二酚在人类免疫系统中的调节作用机制 | 23名接受口服CBD治疗参与者的外周血单个核细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序,流式细胞术,细胞因子检测,质谱分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞计数数据 | 23名参与者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2510 | 2025-11-26 |
[Neural regulation mechanism in bone regeneration]
2025-Nov-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
|
综述 | 本文系统阐述了神经系统在骨再生过程中的调控机制，重点关注神经肽在骨组织中的核心作用 | 提出'神经-骨骼'调控轴概念，系统梳理交感与副交感神经系统在骨再生中的相反调控作用 | 神经肽之间的相互作用网络尚未完全阐明，需要更先进的模型和技术进行深入研究 | 探讨骨再生过程中的神经调控机制 | 骨骼系统与神经系统的相互作用，特别是神经肽在骨再生中的功能 | 骨再生医学 | 退行性骨病，创伤性骨损伤 | 单细胞测序，三维生物打印骨模型，类器官技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2511 | 2025-11-26 |
Depletion of microenvironmental syndecan-2 impairs hematopoietic stem cell self-renewal and cytokine responses
2025-Nov-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.07.687077
PMID:41279398
|
研究论文 | 本研究探讨骨髓微环境中syndecan-2对造血干细胞自我更新能力的调控作用 | 首次揭示间充质基质细胞表达的syndecan-2通过细胞外在机制支持造血干细胞自我更新 | 研究主要聚焦小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证 | 阐明骨髓微环境表达的syndecan-2在造血和造血干细胞自我更新中的功能 | 小鼠骨髓造血干细胞、间充质基质细胞和内皮细胞 | 干细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序、竞争性移植实验、共培养实验 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据、转录组数据 | 转基因小鼠模型和细胞系共培养系统 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2512 | 2025-11-26 |
Epigenetic repression of hepatocyte FoxO1 disrupts local immune homeostasis and promotes liver inflammation
2025-Nov-04, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001590
PMID:41190981
|
研究论文 | 本研究揭示了肝细胞FoxO1通过JMJD1C维持的表观遗传调控在肝脏免疫稳态中的关键作用 | 首次发现JMJD1C通过调控Foxo1启动子区H3K9二甲基化抑制其转录，从而破坏局部免疫稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 阐明肝细胞FoxO1在肝脏免疫稳态和炎症中的作用机制 | 人类肝脏样本、肝细胞特异性Foxo1敲除小鼠、酒精性肝炎和血吸虫病肝病小鼠模型 | 分子生物学 | 肝脏炎症疾病 | 单细胞RNA测序、CUT&Tag分析、转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 多种肝脏疾病患者样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2513 | 2025-11-26 |
A New Model of Gastric Pre-neoplasia Induced by Aberrant ADAR1-mediated Double-stranded RNA Signaling
2025-Nov-04, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101673
PMID:41197768
|
研究论文 | 本研究通过构建胃壁细胞特异性敲除ADAR1的小鼠模型，揭示了异常双链RNA信号在胃前瘤形成中的关键作用 | 首次建立了由ADAR1介导的双链RNA信号异常驱动的胃前瘤形成遗传模型，并发现线粒体双链RNA在此过程中的富集现象 | 研究主要基于小鼠模型，在人类中的直接适用性需要进一步验证 | 明确双链RNA信号在胃上皮细胞中的失调如何影响胃前瘤形成 | ADAR1基因敲除小鼠胃壁细胞及相关的信号通路 | 分子病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫电子显微镜,dsRNA免疫沉淀 | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据,组织学图像,免疫学数据 | Adar1ΔPC小鼠及多种基因型对照小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2514 | 2025-11-26 |
Distinct Sarcoma Microenvironments Predict Benefit from Addition of Pembrolizumab to Preoperative Radiotherapy and Surgery in SU2C-SARC032
2025-Nov-04, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.11.01.25339299
PMID:41282894
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析识别了两种不同的肉瘤微环境，揭示了帕博利珠单抗联合术前放疗对不同微环境亚型患者的疗效机制 | 首次构建了UPS和LPS的单细胞RNA-seq图谱，发现两种相反的肿瘤微环境均能从帕博利珠单抗治疗中获益，并阐明了不同的免疫应答机制 | 研究样本量有限，仅针对特定肉瘤亚型，需要更大规模的验证研究 | 精确识别能从帕博利珠单抗联合术前放疗中获益的肉瘤患者 | III期未分化多形性肉瘤和去分化/多形性脂肪肉瘤患者 | 数字病理学 | 肉瘤 | bulk RNA-seq, 流式细胞术, 飞行时间细胞术, 单细胞RNA-seq, 数字细胞术 | NA | RNA测序数据, 细胞计数数据 | 65,786个细胞来自UPS和LPS肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 2515 | 2025-11-26 |
Endocrine disruptors and male infertility: multi-omics identification of key genes in non-obstructive azoospermia
2025-Nov, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03664-6
PMID:40956397
|
研究论文 | 通过多组学方法识别环境内分泌干扰物与男性非梗阻性无精子症相关的关键基因 | 整合转录组学、毒理基因组学和孟德尔随机化分析，首次系统识别EDC相关基因在NOA中的因果作用 | 研究主要基于公共数据库和生物信息学分析，需要进一步实验验证 | 探索环境内分泌干扰物导致男性不育的基因机制 | 非梗阻性无精子症患者及相关基因 | 生物信息学 | 男性不育症 | 转录组分析,孟德尔随机化,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据,基因组数据 | GEO数据库数据集及单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组分析 | NA | NA |
| 2516 | 2025-11-26 |
Monod: model-based discovery and integration through fitting stochastic transcriptional dynamics to single-cell sequencing data
2025-Nov, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02832-x
PMID:41203866
|
研究论文 | 提出一种基于物理模型的方法Monod，通过拟合随机转录动力学来分析单细胞RNA测序数据 | 利用单细胞数据中的新生和成熟RNA计数，在生物物理转录模型下进行有意义的整合，揭示传统方法无法识别的转录调控 | NA | 开发新方法以区分单细胞RNA测序数据的生物学和技术层面，同时揭示基础调控过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机转录动力学模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2517 | 2025-11-26 |
Comment on "Melanoma microsatellites exhibit a metastatic signature by spatial transcriptomics and overexpress mediators of immune evasion"
2025-Nov, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-025-04305-0
PMID:41091168
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2518 | 2025-11-26 |
Spatial analysis reveals the cellular microenvironments and mechanisms of inflammation and kidney injury in acute interstitial nephritis
2025-Oct-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.29.684811
PMID:41278888
|
研究论文 | 通过空间分析技术揭示急性间质性肾炎中细胞微环境、炎症机制和肾损伤的分子通路 | 首次使用高分辨率成像质谱流式和单细胞空间转录组学识别CXCL9-CXCR3轴为AIN的特异性免疫特征，并发现烟酰胺磷酸核糖转移酶协调代谢-炎症微环境 | 研究样本仅限于人类肾活检组织，样本量未明确说明 | 阐明急性间质性肾炎的发病机制并识别潜在治疗靶点 | 人类肾活检组织（包括AIN、非免疫性急性肾小管损伤和参考组织） | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 成像质谱流式技术, 单细胞空间转录组学 | NA | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 成像质谱流式 | NA | NA |
| 2519 | 2025-11-26 |
Subclinical Fields of BRAF V600E-Mutant Melanocytes Populate Human Skin and Are Enriched Around Melanoma and Naevi
2025-Oct-28, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf412
PMID:41148046
|
研究论文 | 本研究在黑色素瘤高风险人群的正常皮肤中发现普遍存在BRAF V600E突变黑色素细胞亚临床区域 | 首次证实正常皮肤中存在BRAF V600E突变黑色素细胞区域，这些区域在肿瘤邻近皮肤中密度更高、频率更高 | 样本主要来自高风险澳大利亚人群，样本量为97例 | 确定BRAF V600E突变黑色素细胞是否常见于高风险成人非病变皮肤 | 高风险澳大利亚黑色素瘤队列的非病变皮肤样本及新生儿包皮来源的黑色素母细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 免疫组织化学,液滴数字PCR,单细胞RNA测序 | NA | 组织切片,基因表达数据 | 97例非病变皮肤样本及新生儿包皮黑色素母细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2520 | 2025-11-26 |
Cardiomyocyte-specific plakophilin-2 loss is sufficient to induce aging and senescence of nonmyocytes. Relevance to arrhythmogenic cardiomyopathy
2025-Oct-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.22.682160
PMID:41279511
|
研究论文 | 本研究通过心肌细胞特异性PKP2敲除模型，首次证实仅心肌细胞中plakophilin-2缺失足以诱导非心肌细胞衰老和心脏整体早衰 | 首次将细胞衰老和早衰机制与桥粒性心律失常心肌病相关联，揭示了心肌细胞基因缺陷通过旁分泌机制引发非心肌细胞衰老的新路径 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；衰老机制的具体信号通路尚未完全阐明 | 探究PKP2缺陷是否仅通过心肌细胞即可引发非心肌细胞衰老和心脏早衰 | 心肌细胞特异性PKP2敲除小鼠模型中的心肌细胞和非心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心律失常性心肌病 | 多重成像、细胞因子阵列、表观遗传时钟、空间转录组学、扩展显微镜、结构照明显微镜 | 基因敲除小鼠模型 | 图像、转录组、蛋白质组、表观遗传数据 | PKP2cKO小鼠模型，具体数量未明确说明 | NA | 空间转录组学、多重免疫组化 | NA | NA |