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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2501 | 2025-10-06 |
Impact of integration on persistent homology clustering and biological signal detection in scRNA-seq data
2025-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.24.666637
PMID:40766507
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研究论文 | 本研究应用持久同调分析单细胞RNA测序数据,评估数据整合对拓扑特征和生物学信号检测的影响 | 首次将拓扑数据分析中的持久同调技术系统应用于评估scRNA-seq数据整合效果,提供了一种变形不变的结构模式捕捉框架 | 研究仅基于八种组织类型的数据集,未涵盖所有可能的生物条件和实验协议 | 评估数据整合对单细胞RNA测序数据拓扑特征和生物学可解释性的影响 | 八种不同组织类型的单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 拓扑数据分析 | 持久同调聚类 | 基因表达数据 | 涵盖八种组织类型的多个scRNA-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
2502 | 2025-10-06 |
Integrating 12 Spatial and Single Cell Technologies to Characterise Tumour Neighbourhoods and Cellular Interactions in three Skin Cancer Types
2025-Jul-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.25.666708
PMID:40766555
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研究论文 | 整合12种空间和单细胞技术系统表征三种皮肤癌类型的肿瘤微环境和细胞相互作用 | 首次整合12种互补空间单细胞技术构建正交验证的细胞特征、空间图谱和相互作用网络,发现黑色素细胞-成纤维细胞-T细胞共定位的癌症群落及CD44-FGF2等关键相互作用 | NA | 深入表征皮肤癌微环境并揭示细胞间相互作用机制 | 皮肤鳞状细胞癌(cSCC)、基底细胞癌(BCC)和黑色素瘤三种主要皮肤癌类型 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学、蛋白质组学、糖组学、配体-受体分析、遗传关联图谱 | NA | 空间转录组数据、蛋白质组数据、糖组数据、遗传数据 | 超过500,000个体遗传数据 | NA | 空间转录组学,单细胞技术,多组学整合 | Opal Polaris, RNAScope, Proximal Ligation Assay | 整合四种空间转录组平台,使用Opal Polaris、RNAScope和邻近连接分析进行验证 |
2503 | 2025-10-06 |
Chemical Perturbations Impacting Histone Acetylation Govern Colorectal Cancer Differentiation
2025-Jul-07, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.07.003
PMID:40633623
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研究论文 | 本研究通过化学表观遗传筛选发现HDAC1/2抑制可促进结直肠癌分化并抑制肿瘤生长 | 首次揭示HDAC1/2催化域抑制通过调控H3K27ac和H3K9ac组蛋白修饰促进结直肠癌分化的分子机制 | 研究主要基于体外模型,临床转化潜力仍需进一步验证 | 鉴定和表征结直肠癌分化的表观遗传调控因子 | 结直肠癌细胞系、小鼠模型和患者来源的类器官 | 表观遗传学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序、组蛋白修饰谱分析、质谱分析、遗传筛选 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据、组蛋白修饰数据 | 多种结直肠癌模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2504 | 2025-10-06 |
Platelet-Rich Plasma in Cardiovascular Regeneration: Mechanistic Insights, Technological Innovations, and Future Directions
2025-Jul, Reviews in cardiovascular medicine
IF:1.9Q3
DOI:10.31083/RCM39383
PMID:40776966
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综述 | 本文探讨富血小板血浆在心血管再生医学中的生物学机制、临床应用及技术创新 | 提出结合纳米技术靶向递送系统、CRISPR编辑外泌体和人工智能驱动的个性化治疗策略 | PRP成分因制备方法差异存在变异性,且存在安全性问题 | 推动PRP从经验性治疗向数据驱动型精准干预转变 | 心血管再生医学 | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,纳米技术,CRISPR基因编辑 | 人工智能 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2505 | 2025-10-06 |
Stem cell-derived small extracellular vesicles containing miR-27b-3p attenuated osteoarthritis through inhibition of leukaemia inhibitory factor
2025-Jul, Fundamental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.fmre.2023.02.005
PMID:40777809
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研究论文 | 本研究揭示人脐带间充质干细胞来源的小细胞外囊泡通过递送miR-27b-3p靶向抑制白血病抑制因子表达,从而缓解骨关节炎 | 首次发现U-sEVs优先被FLSs和SFCs摄取,并鉴定miR-27b-3p/LIF轴作为治疗骨关节炎的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化潜力需进一步验证 | 探究间充质干细胞来源小细胞外囊泡治疗骨关节炎的作用机制 | 小鼠骨关节炎模型、人脐带间充质干细胞、成纤维样滑膜细胞和软骨表层细胞 | 细胞治疗 | 骨关节炎 | miRNA测序, 单细胞RNA测序, RNA测序, 荧光素酶报告基因检测 | NA | 基因表达数据, 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, RNA测序 | NA | NA |
2506 | 2025-10-06 |
The revelation of UCHL1 in malignant epithelial cells of TNBC reinforcing cisplatin resistance by modulating ferroptosis based on single-cell transcriptome data
2025-Jul, Journal of clinical biochemistry and nutrition
IF:2.0Q3
DOI:10.3164/jcbn.24-206
PMID:40777820
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析揭示UCHL1在三阴性乳腺癌恶性上皮细胞中通过调控铁死亡增强顺铂耐药性的分子机制 | 首次在单细胞水平识别TNBC恶性上皮细胞中的耐药与敏感细胞簇,并发现UCHL1通过抑制铁死亡通路介导顺铂耐药的新机制 | 研究仅基于9个TNBC样本的单细胞数据,样本量有限;机制验证主要在细胞系中进行,缺乏体内实验验证 | 探索三阴性乳腺癌化疗耐药的关键分子机制 | 三阴性乳腺癌恶性上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9个TNBC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2507 | 2025-10-06 |
Elucidating brain transport pathways and cell type-dependent gene silencing of a durable lipid-siRNA conjugate administered into cerebrospinal fluid
2025-Jun-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf600
PMID:40598893
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研究论文 | 研究一种脂质-siRNA偶联物在大脑中的转运途径和细胞类型依赖性基因沉默效果 | 开发了新型L2-siRNA偶联物,能在脑脊液注射后有效转运至全脑,并实现长达5个月的持久基因沉默 | 研究主要在啮齿类动物模型中进行,尚未在更高等动物或人类中验证 | 探索脂质-siRNA偶联物在大脑中的转运机制和基因沉默效果 | 小鼠和大鼠的大脑组织及不同脑细胞类型 | 神经科学 | 中枢神经系统疾病 | 单细胞RNA测序,基因沉默技术 | NA | 基因表达数据,测序数据 | 小鼠和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2508 | 2025-10-06 |
Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC
2025-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585428
PMID:38562769
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研究论文 | 本研究通过整合空间多组学分析揭示了三阴性乳腺癌中黑人与白人患者肿瘤微环境的种族差异 | 首次结合成像质谱流式技术和空间转录组学系统比较不同种族TNBC患者的肿瘤微环境特征 | 样本量有限,研究结果需要在更大队列中验证 | 探究三阴性乳腺癌临床结局种族差异的生物学机制 | 自我认同为黑人和白人的三阴性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 成像质谱流式技术,空间转录组学 | NA | 图像,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2509 | 2025-10-06 |
Immunotherapy enhances the risk of tumor oxidative stress and metastasis in lung cancer with radiation pneumonitis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1629170
PMID:40777001
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研究论文 | 本研究揭示了放射性肺炎通过加剧肿瘤氧化应激和代谢紊乱促进肺癌免疫治疗耐药及转移的新机制 | 首次阐明放射性肺炎与免疫治疗协同作用通过氧化应激途径导致治疗抵抗和转移的生物学机制 | 主要基于小鼠模型,临床验证样本有限 | 探究放射性肺炎对肺癌免疫治疗疗效影响的分子机制 | 肺癌小鼠模型和多中心肺腺癌队列 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多中心肺腺癌队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2510 | 2025-10-06 |
Themis differentially regulates T follicular helper cell differentiation during early and late stages of chronic viral infection
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1638178
PMID:40777021
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研究论文 | 本研究揭示了Themis在慢性病毒感染期间对滤泡辅助性T细胞分化的双阶段调控作用 | 首次发现Themis在慢性病毒感染早期促进TFH细胞分化,而在晚期抑制其分化的时间依赖性调控机制 | 研究仅限于LCMV病毒感染模型,未在其他慢性病毒感染模型中验证 | 探究Themis在慢性病毒感染期间对CD4⁺ T细胞分化为TFH细胞的调控机制 | 野生型和Themis条件性基因敲除小鼠的CD4⁺ T细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,组织学分析,过继细胞转移 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2511 | 2025-10-06 |
Revolutionizing cervical cancer treatment: single-cell sequencing of TSPAN1+ tumor EPCs and immune checkpoints to assess drug sensitivity and optimize therapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1574174
PMID:40777026
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研究论文 | 通过单细胞测序和多组学分析研究宫颈癌肿瘤微环境中TSPAN1+肿瘤上皮细胞亚型与免疫检查点的相互作用及其对药物敏感性的影响 | 首次在宫颈癌中系统鉴定TSPAN1+肿瘤上皮细胞亚型,并揭示其与免疫检查点的相互作用对治疗反应的调控机制 | 研究样本量有限,需要更大规模验证;机制研究尚需进一步实验证实 | 优化宫颈癌个性化治疗策略 | 宫颈癌肿瘤微环境中的肿瘤上皮细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞测序, 多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
2512 | 2025-10-06 |
Blood samples collected under anesthesia can be used as a source of non-diseased controls for immune-based assays
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1618080
PMID:40777034
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研究论文 | 评估麻醉诱导后采集的血液样本是否适合作为免疫学研究的健康对照 | 首次系统评估吸入麻醉对儿童免疫系统即时影响,为使用麻醉期间采集的样本作为健康对照提供依据 | 样本量有限,仅针对特定麻醉方案(一氧化二氮和七氟醚),未评估其他麻醉药物或长期影响 | 研究麻醉诱导是否影响血液免疫细胞组成和功能,验证其作为健康对照样本的适用性 | 接受择期牙科手术的儿童血液样本 | 免疫学 | NA | 多参数流式细胞术, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 流式细胞数据, RNA测序数据 | 未明确具体样本数量(儿童血液样本) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台 | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
2513 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing combined with machine learning to identify glioma biomarkers and therapeutic targets
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1629102
PMID:40777122
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序和机器学习方法识别胶质瘤生物标志物和治疗靶点 | 首次将单细胞测序数据与机器学习结合,识别分化相关基因特征并揭示泛素化在胶质母细胞瘤中的重要作用 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索胶质瘤异质性,识别与胶质母细胞瘤复发相关的关键生物标志物 | 胶质瘤组织和细胞系 | 机器学习 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,转录组分析 | LASSO,SVM-RFE,加权相关网络分析 | 单细胞RNA测序数据,转录组数据 | 来自GEO数据库(GSE159416, GSE159605, GSE186057)和TCGA数据库的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2514 | 2025-10-06 |
Dual Roles of SIRT7 Inhibition by Oroxylin A Reprogram HSCs Fate: PRMT5 Succinylation-Driven Senescence and Ecto-Calreticulin-Dependent NK Cell Immune Clearance in Liver Fibrosis
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0808
PMID:40777599
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研究论文 | 本研究揭示了木蝴蝶素A通过抑制SIRT7的双重作用调控肝星状细胞命运的新机制 | 首次发现SIRT7抑制可通过PRMT5琥珀酰化依赖性降解诱导细胞衰老,同时通过外露钙网蛋白促进NK细胞免疫清除的双重调控机制 | 酶活性缺失突变体SIRT7(H187Y)仍能抑制ecto-CRT表达,表明该过程不依赖其去琥珀酰酶活性,具体机制仍需进一步研究 | 探究木蝴蝶素A在肝纤维化中通过调控SIRT7抑制肝星状细胞活化的分子机制 | 肝星状细胞(HSCs)、自然杀伤细胞(NK cells) | 分子生物学 | 肝纤维化 | 单细胞转录组测序、生物信息学分析、Western blotting、免疫荧光、免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 人类样本、动物模型和原代培养细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2515 | 2025-10-06 |
PCLDA: An interpretable cell annotation tool for single-cell RNA-sequencing data based on simple statistical methods
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.07.019
PMID:40778314
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研究论文 | 提出了一种基于简单统计方法的可解释单细胞RNA测序数据细胞注释工具PCLDA | 在保持原始假设、计算效率和可解释性的同时,通过两个新颖的增强模块显著提升了性能和鲁棒性 | NA | 开发准确、一致且可解释的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA, LDA | 基因表达数据 | 22个公共scRNA-seq数据集和35个不同的评估场景 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2516 | 2025-10-06 |
Thrombopoietin mimetic reduces mouse lung inflammation and fibrosis after radiation by attenuating activated endothelial phenotypes
2024-Nov-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.181330
PMID:39513364
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研究论文 | 本研究探讨了血小板生成素模拟物通过抑制内皮细胞活化减轻辐射诱导的小鼠肺损伤 | 首次发现血小板生成素模拟物能通过调节毛细血管内皮细胞表型减轻辐射诱导的肺损伤 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人体验证 | 评估血小板生成素模拟物对辐射诱导肺损伤的保护作用及机制 | 小鼠肺组织和原代肺微血管内皮细胞 | 病理生理学 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序,组织学分析 | NA | 基因表达数据,组织学图像 | 小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2517 | 2025-10-06 |
[Identification of prognostic genes in prostate cancer by single-cell sequencing combined with Mendelian randomization]
2024-Nov, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology
PMID:40783865
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研究论文 | 通过单细胞测序结合孟德尔随机化方法识别前列腺癌预后相关基因 | 首次将单细胞测序与孟德尔随机化方法相结合识别前列腺癌预后基因 | 样本量较小(仅4例前列腺癌单细胞数据),需要更大样本验证 | 识别前列腺癌发展和预后的关键基因 | 前列腺癌患者组织样本 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞测序, 孟德尔随机化, 差异表达分析, 富集分析 | 单变量COX回归 | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 临床数据 | 4例前列腺癌单细胞数据 + TCGA和GEO数据库前列腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2518 | 2025-10-06 |
Single Cell Profiling in the Sox10 Dom/+ Hirschsprung Mouse Implicates Hoxa6 in Enteric Neuron Lineage Allocation
2024-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613729
PMID:39345473
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Sox10 Dom/+小鼠模型,揭示了Hoxa6在肠神经系统神经元谱系分配中的作用 | 首次报道Hox基因参与肠神经元谱系多样化,发现Sox10 Dom/+突变导致新的祖细胞簇和神经元轨迹改变 | 研究仅限于小鼠模型,人类肠神经系统的直接适用性需要进一步验证 | 探究Sox10缺陷如何改变肠神经元亚型比例及其分子机制 | Sox10 +/+和Sox10 Dom/+同窝小鼠的肠神经系统祖细胞、发育中神经元和肠胶质细胞 | 单细胞生物学 | 先天性巨结肠症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 杂交链式反应(HCR) | NA | 单细胞转录组数据 | Sox10 +/+和Sox10 Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2519 | 2025-10-06 |
Cellular dynamics in pig-to-human kidney xenotransplantation
2024-Aug-09, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2024.05.003
PMID:38776915
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和纵向RNA测序分析猪到人肾脏异种移植中的细胞动态变化和免疫反应 | 首次在猪到人肾脏异种移植中应用纵向单细胞转录组分析,揭示了时间分辨的细胞动态变化和免疫反应 | 仅分析了两例异种移植案例,样本量有限 | 研究异种移植过程中移植肾脏与受体之间的相互作用和免疫反应 | 猪肾脏异种移植受体和移植肾脏组织 | 单细胞生物学 | 器官移植 | 单细胞RNA测序, 纵向RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 批量RNA测序数据 | 2例猪到人肾脏异种移植案例 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
2520 | 2025-10-06 |
B cells expressing mutated IGHV1-69-encoded antigen receptors related to virus neutralization show lymphoma-like transcriptomes in patients with chronic HCV infection
2024-08-01, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1097/HC9.0000000000000503
PMID:39082968
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研究论文 | 本研究通过分析慢性HCV感染患者的B细胞受体库和单细胞转录组,揭示了表达病毒中和性抗原受体的B细胞具有淋巴瘤样转录组特征 | 首次发现表达IGHV1-69编码的HCV中和性抗原受体的B细胞在慢性HCV感染患者中表现出持续的致癌转录组特征,即使病毒清除后仍长期存在 | 研究样本量有限,体外信号传导实验可能无法完全反映体内复杂环境 | 探究慢性HCV感染与B细胞异常增殖及淋巴瘤风险增加的机制关联 | 慢性HCV感染患者和经直接抗病毒治疗获得持续病毒学应答的患者 | 免疫学 | 丙型肝炎病毒感染 | B细胞受体测序,单细胞RNA测序,体外信号传导实验 | TKO模型 | 基因组测序数据,转录组数据 | 慢性HCV感染患者和HCV SVR患者的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |