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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2501 | 2026-04-01 |
Cell neighborhood topology directs rare cell population identification
2026-Mar-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71180-x
PMID:41912521
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RareQ的快速可扩展框架,用于通过单细胞组学数据评估每个细胞的k近邻邻域的紧密性来检测稀有细胞 | 提出了一种基于细胞邻域拓扑结构的新方法RareQ,该方法在准确度、灵敏度和效率方面优于现有方法,并能识别模态特异性和共享的稀有细胞 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种高效识别稀有细胞的方法,以增强对组织结构和疾病机制的理解 | 单细胞组学数据和空间转录组学数据中的稀有细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞组学 | NA | 单细胞组学数据、空间转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2502 | 2026-04-01 |
AI-guided multi-omics analysis identifies NPC1-modulated susceptibility to SARS-CoV-2 infection under PM2.5 exposure
2026-Mar-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71196-3
PMID:41912520
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研究论文 | 本研究通过AI引导的多组学分析,揭示了PM2.5暴露下NPC1基因调控SARS-CoV-2感染易感性的分子机制 | 利用微调的单细胞转录组学基础模型,首次整合AI引导的转录组学、流行病学、GWAS、功能基因组学和体外验证,系统解码了环境暴露对健康的影响 | 机制研究主要在体外实验中进行,需要更多体内实验和临床数据进一步验证 | 阐明PM2.5暴露如何增加SARS-CoV-2感染风险的分子机制 | PM2.5暴露与SARS-CoV-2感染的关联机制 | 机器学习 | SARS-CoV-2感染 | 单细胞转录组学、全基因组关联研究(GWAS)、功能基因组学分析 | 基础模型(微调) | 转录组数据、流行病学数据、遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2503 | 2026-04-01 |
Identification of rheumatoid arthritis manganese metabolism-related diagnostic biomarkers through bulk and single-cell RNA sequencing analysis
2026-Mar-30, Clinical rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1007/s10067-026-08081-3
PMID:41913032
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研究论文 | 本研究通过整合批量与单细胞RNA测序分析,识别了与锰代谢相关的类风湿关节炎诊断生物标志物 | 首次系统性地探索了锰代谢失调与类风湿关节炎发病机制之间的联系,并通过机器学习算法筛选出高诊断准确性的锰代谢相关基因 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,缺乏前瞻性临床验证,且锰代谢在自身免疫病中的具体机制仍需进一步实验阐明 | 识别类风湿关节炎中与锰代谢相关的诊断生物标志物,并探索其病理机制 | 类风湿关节炎患者的基因表达数据及单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序, 机器学习算法 | LASSO, SVM, RF | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的类风湿关节炎患者数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2504 | 2026-04-01 |
Stromal NNMT Overexpression as an Independent Prognostic Biomarker in Lung Adenocarcinoma and Breast Carcinoma
2026-Mar-30, Carcinogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/carcin/bgag020
PMID:41913584
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研究论文 | 本研究探讨了烟酰胺N-甲基转移酶(NNMT)在泛癌基质中的表达谱和预后意义,并在肺腺癌和乳腺癌中进行了重点验证 | 首次将NNMT作为基质特异性独立预后生物标志物在肺腺癌和乳腺癌中进行验证,并利用单细胞RNA测序数据揭示其在基质细胞(尤其是成纤维细胞)中的高表达 | 研究主要基于数据库分析和回顾性临床队列,需要进一步的前瞻性研究验证NNMT的临床实用性 | 评估NNMT在癌症基质中的表达及其作为预后生物标志物的潜力 | 肺腺癌和乳腺癌患者,以及泛癌分析中的多种癌症类型 | 数字病理学 | 肺癌, 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 数据库分析 | Cox回归分析, 生存曲线分析 | mRNA表达数据, 蛋白质表达数据, 临床数据 | 来自独立临床队列的患者样本,具体数量未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2505 | 2026-04-01 |
Local transcriptional covariation produces accurate estimates of cell phenotype
2026-Mar-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag135
PMID:41915021
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研究论文 | 本文提出了一种名为Sceodesic的新方法,利用黎曼流形结构分析单细胞RNA测序数据中的局部基因共表达模式,以更准确地估计细胞表型 | 首次将微分几何中的对数欧几里得度量应用于基因共表达矩阵分析,能够发现局部(细胞状态层面)而非全局的基因共变模式 | 未明确说明方法对数据规模和质量的敏感性,也未与其他新兴的局部共变分析方法进行系统比较 | 开发一种数学框架来更准确地从scRNA-seq数据中表征细胞状态 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 黎曼流形分析(基于对数欧几里得度量) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2506 | 2026-04-01 |
Tumor-infiltrating immature innate lymphoid cells in colorectal cancer are biased toward ILC1/tissue-resident NK cell differentiation
2026-Mar-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-71085-9
PMID:41896575
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术分析了结直肠癌及其腹膜转移中的肿瘤浸润先天淋巴样细胞,揭示了其向ILC1/组织驻留NK细胞分化的偏向性 | 首次在结直肠癌及其腹膜转移中鉴定出两个未成熟的先天淋巴样细胞群体(早期NK和幼稚ILC),并证明幼稚ILC在体外可被诱导分化为ILC1/组织驻留NK样细胞 | 样本量相对较小(单细胞RNA测序仅11例患者),且研究主要基于转录组分析,功能验证实验有限 | 探究结直肠癌及其腹膜转移中肿瘤浸润先天淋巴样细胞的组成、分化和功能 | 结直肠癌患者、结直肠癌腹膜转移患者的肿瘤样本以及健康结肠组织 | 单细胞组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,分化实验 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 单细胞RNA测序11例患者,流式细胞术8例患者,分化实验24例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2507 | 2026-04-01 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics analysis reveals MYCN-UBE2C-TFRC signaling endows ferroptosis resistance in neuroectodermal tumors
2026-Mar-26, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-025-3233-3
PMID:41915328
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学分析,揭示了MYCN-UBE2C-TFRC信号轴赋予神经外胚层肿瘤铁死亡抵抗的机制 | 首次发现了MYCN通过调控UBE2C表达,进而介导TFRC的泛素化降解,从而减少铁流入并赋予肿瘤细胞铁死亡抵抗的新机制 | NA | 探究MYCN扩增肿瘤中铁死亡抵抗的分子机制 | 神经外胚层肿瘤 | 数字病理学 | 神经外胚层肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, CUT&Tag, 深度覆盖质谱蛋白质组学 | NA | 基因组数据, 表观基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2508 | 2026-04-01 |
Evaluating the Utilities of Foundation Models in Single-Cell Data Analysis
2026-Mar-23, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202514490
PMID:41869863
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研究论文 | 本文通过八个下游任务的综合实验,评估了基础模型在单细胞测序数据分析中的性能,并提出了scEval框架用于评估训练过程 | 首次对十个单细胞基础模型进行系统性性能评估和比较,提出了scEval评估框架,并为单细胞基础模型的预训练和微调提供了指导方针 | 研究发现单细胞基础模型并非在所有任务中都优于任务特定方法,这挑战了开发单细胞分析基础模型的必要性 | 评估基础模型在单细胞测序数据分析中的效用和性能 | 单细胞测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型(包括scGPT, Geneformer, CellFM等) | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2509 | 2026-04-01 |
Visinin-like protein 1 disrupts calcium homeostasis and promotes atrial fibrillation in human and rodent models
2026-Mar-23, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-026-02615-6
PMID:41872178
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研究论文 | 本研究通过整合人类心房颤动患者和啮齿动物模型的转录组学与电生理学数据,揭示了视锥蛋白样蛋白1在破坏钙稳态和促进心房颤动中的关键作用,并验证了其作为治疗靶点的潜力 | 首次在心肌细胞中发现并证实VILIP-1通过依赖豆蔻酰化的运输机制增加钠钙交换体1的表面丰度,从而破坏钙稳态并诱发心房颤动,并发现两种FDA批准药物可通过靶向VILIP-1或其豆蔻酰化来减轻房颤易感性 | 研究主要基于动物模型和体外机制探索,在人类患者中的直接干预效果和长期安全性仍需进一步临床验证 | 探究视锥蛋白样蛋白1在心房颤动发生发展中的作用机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 人类心房颤动患者的心房组织、起搏诱导的大鼠心房颤动模型以及心房心肌细胞 | 心血管疾病研究 | 心房颤动 | bulk RNA测序、单细胞转录组学、电生理学分析 | NA | 转录组数据、电生理数据 | 人类AF患者和啮齿动物AF模型(具体数量未明确说明) | NA | bulk RNA-seq, single-cell transcriptomics | NA | NA |
| 2510 | 2026-04-01 |
A cell atlas of multiple liver organoids and the fetal liver based on scRNA-seq
2026-Mar-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.114955
PMID:41736863
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研究论文 | 本研究通过整合多个肝脏类器官和人类胎儿肝脏的单细胞RNA测序数据,构建了一个包含217,025个高质量细胞的统一肝脏类器官细胞图谱 | 首次构建了跨多个培养方案的肝脏类器官综合细胞图谱,并系统比较了类器官与胎儿组织之间的差异 | 类器官在造血谱系代表性方面存在不足 | 理解肝脏类器官生长过程中的细胞特征和调控网络,以促进肝脏发育和功能研究 | 肝脏类器官和人类胎儿肝脏 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 217,025个高质量细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2511 | 2026-04-01 |
Chemoradiation Reprograms Tumor Cells and the Immune Microenvironment in Cervical Cancer
2026-Mar-20, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-3776
PMID:41860764
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研究论文 | 本研究通过整合RNA测序和单细胞转录组学,分析了宫颈癌在放化疗过程中的肿瘤细胞和免疫微环境变化,并探讨了MDM2抑制作为克服治疗抵抗的潜在策略 | 首次在宫颈癌中结合多队列纵向研究、RNA测序和单细胞转录组学,系统揭示了放化疗对肿瘤细胞和免疫微环境的动态重编程作用,并验证了MDM2抑制在增强放疗效果和重塑免疫景观中的新作用 | 研究主要基于临床前模型,尚未在大型临床试验中验证MDM2抑制与放化疗联合的疗效和安全性 | 探索宫颈癌放化疗过程中的细胞和分子变化机制,并寻找克服治疗抵抗的新靶点 | 人类宫颈肿瘤组织及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 宫颈癌 | RNA测序, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多队列纵向研究样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2512 | 2026-04-01 |
Epigenetic and Transcriptional Regulatory Networks Underlying Psoriasis Pathogenesis
2026-Mar-17, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2026.03.003
PMID:41856313
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综述 | 本文深入综述了表观遗传调控在银屑病发病机制中的作用,包括DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA等关键机制 | 将表观遗传学定位为连接遗传风险、环境触发因素和治疗进展的桥梁,并探讨了靶向表观遗传调控因子和表观基因组编辑技术(如CRISPR融合系统)作为精准治疗策略的转化潜力 | 临床前模型的预测价值有限,且表观遗传谱存在可变性 | 探讨表观遗传和转录调控网络在银屑病发病机制中的作用 | 银屑病的表观遗传调控机制,包括DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA | NA | 银屑病 | 表观遗传学分析,包括DNA甲基化、组蛋白修饰和非编码RNA研究 | NA | NA | NA | NA | 单细胞表观基因组学,空间转录组学 | NA | NA |
| 2513 | 2026-04-01 |
TNFRSF21 Orchestrates Epithelial Keratinization and Tight Junction Integrity in Periodontitis-Associated Oral Mucosal Repair
2026-Mar-17, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL48371
PMID:41914294
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研究论文 | 本研究探讨了TNFRSF21在牙周炎相关口腔黏膜修复中调控上皮角化和紧密连接完整性的关键作用 | 首次揭示TNFRSF21通过调控角蛋白表达和与APP相互作用,在牙周炎上皮修复中的核心调控机制 | 研究主要基于体外模型和小鼠实验,临床转化仍需进一步验证 | 阐明TNFRSF在牙周炎发病和进展中的作用,并探索上皮角化修复机制以开发临床治疗策略 | 牙周炎患者的牙龈组织、体外角化模型、小鼠皮肤伤口模型 | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫共沉淀 | NA | RNA测序数据、蛋白质相互作用数据 | 健康个体和牙周炎患者的牙龈组织、小鼠伤口模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2514 | 2026-04-01 |
T cell development from expanded hematopoietic progenitors reveals initiation control by Lmo2 and Flt3L priming
2026-Mar-13, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adw7765
PMID:41824555
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研究论文 | 本研究通过优化血清自由扩增系统,探索了小鼠T细胞发育的最早阶段,揭示了Lmo2和Flt3L在T细胞程序启动中的调控作用 | 开发了一种血清自由扩增系统用于造血干细胞和祖细胞样细胞,结合单细胞RNA测序验证了其正常T细胞分化能力,并首次揭示了Lmo2作为祖细胞和白血病相关因子显著抑制T细胞程序启动 | 研究仅基于小鼠模型,分化速度较新鲜祖细胞慢,且仅测试了23个转录因子的功能 | 探究小鼠T细胞发育的最早阶段及其调控机制 | 小鼠造血干细胞和祖细胞样细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,CRISPR敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2515 | 2026-04-01 |
Spatial Transcriptomics of Early Tooth Morphogenesis in Formalin-fixed Paraffin-embedded Mouse Embryonic Tissue
2026-03-13, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/70340
PMID:41911219
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研究论文 | 本文描述了一种适用于空间转录组学应用的、针对小鼠胚胎颅面组织的收集、固定和石蜡包埋的分步协议 | 开发了一种优化的方法,用于处理福尔马林固定石蜡包埋组织,以保持RNA完整性和组织形态,适用于高分辨率空间分析,并兼容测序和基于图像的空间转录组学平台 | 该方法主要针对小鼠胚胎组织,可能在其他物种或组织类型中需要进一步优化,且依赖于特定的空间转录组学平台 | 理解正常牙齿发育的调控机制,以及先天性牙齿疾病如牙齿发育不全、牙本质发育不全和釉质发育不全的病理基础 | 小鼠胚胎颅面组织,特别是早期牙齿形态发生过程中的细胞群 | 空间转录组学 | 先天性牙齿疾病 | 空间转录组学技术 | NA | 空间基因表达数据和组织图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2516 | 2026-04-01 |
Histological, ultrastructural, and single-cell profiling reveal immune-mediated remodeling in gallbladder inflammation
2026-Mar-05, Cell and tissue research
IF:3.2Q3
DOI:10.1007/s00441-026-04057-6
PMID:41781757
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研究论文 | 本研究通过组织学、超微结构和单细胞分析,揭示了胆囊炎症中免疫介导的重塑过程 | 首次结合单细胞RNA测序与超微结构分析,定义了急性与慢性胆囊炎症中不同的免疫-基质程序 | 样本量相对较小(41例患者),且未探讨炎症状态的时间动态变化 | 阐明急性与慢性胆囊炎症的细胞和结构特征,并连接上皮、免疫和基质改变 | 胆囊组织及血液样本,来自41名患者(包括12例急性胆囊炎和29例慢性胆石症) | 数字病理学 | 胆囊疾病 | 单细胞RNA测序,组织病理学,免疫组织化学,透射电子显微镜,靶向细胞因子表达分析 | NA | 单细胞转录组数据,组织图像,血液样本 | 41例患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2517 | 2026-04-01 |
Organization and evolution of sex-biased gene expression in Drosophila adult sexual circuits
2026-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.02.28.708756
PMID:41846957
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术,探究了果蝇成年性行为电路中性别偏向基因表达的组织结构和进化模式 | 首次在细胞分辨率下,结合性别决定基因作为分子标记,系统分析了果蝇性行为电路的转录组景观和进化动态 | 研究主要基于转录组数据,未直接验证基因表达变化与行为表型的因果关系 | 探究性行为电路如何从共享发育蓝图进化以满足性别特异性适应需求 | 果蝇成年性行为电路中的细胞类型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2518 | 2026-04-01 |
Functional Type I and Type II interferon crosstalk restricts progenitor exhausted CD8 T cells through spatial exclusion and checkpoint enforcement
2026-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.01.708869
PMID:41847035
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研究论文 | 本研究揭示了在慢性病毒感染中,I型和II型干扰素通过空间排斥和检查点强化协同限制前体耗竭CD8 T细胞(Tpex)的机制 | 发现了一种先前未被识别的、空间编码的干扰素调控回路,该回路通过将Tpex隔离在富含PDL1的B细胞生态位并抑制T细胞来源的IFNγ来限制其扩增 | 研究主要基于慢性LCMV感染模型,在其他慢性感染或肿瘤环境中的普适性有待验证 | 探究I型和II型干扰素在慢性感染中如何协同调控CD8 T细胞的命运 | 慢性LCMV感染模型中的前体耗竭CD8 T细胞(Tpex)及其与免疫微环境的相互作用 | 免疫学 | 慢性病毒感染 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2519 | 2026-04-01 |
Oligodendrocyte Precursor Cells Shape Retinogeniculate Refinement Via a CHD8-Dependent Phagocytic Pathway
2026-Mar-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.3.64
PMID:41914968
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研究论文 | 本研究揭示了少突胶质前体细胞(OPCs)在视觉发育关键期通过CHD8依赖的吞噬通路清除多余突触,从而塑造视网膜膝状体精细化的机制 | 首次鉴定OPCs为视觉发育关键期的主要突触吞噬细胞,并发现CHD8通过直接调控吞噬相关基因转录驱动此过程,将自闭症高风险基因与突触修剪功能异常联系起来 | 研究主要聚焦于小鼠视觉系统发育特定窗口期,其机制在其它脑区或发育阶段的普适性仍需验证 | 识别视觉发育关键期负责突触清除的主要胶质吞噬细胞,并阐明其调控的分子机制 | 小鼠背外侧膝状体核(dLGN)的胶质细胞和突触 | 神经科学 | 自闭症 | 三维成像、单细胞测序、基因组占据分析、体内电生理学评估 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 图像、转录组数据、电生理记录 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2520 | 2026-04-01 |
Osteoarthritis and chondrosarcoma: Bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing and molecular docking
2026-Mar, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University
IF:2.1Q3
DOI:10.17219/acem/205134
PMID:41669898
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和分子对接技术,分析了骨关节炎和软骨肉瘤的细胞异质性及分子机制,以识别潜在治疗靶点 | 结合单细胞RNA测序与分子对接方法,首次在单细胞水平对比骨关节炎和软骨肉瘤的细胞亚群分布和基因表达差异,并探索天然化合物与DAP3蛋白的相互作用 | 研究基于公开数据集,可能受样本来源和技术限制;分子对接结果为计算模拟,需实验验证 | 探究骨关节炎和软骨肉瘤的细胞异质性、分子机制及潜在治疗靶点 | 骨关节炎和软骨肉瘤的细胞亚群,包括神经元、软骨细胞和免疫细胞 | 生物信息学 | 骨关节炎, 软骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 分子对接 | t-SNE, UMAP | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |