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当前共找到 37592 篇文献,本页显示第 2501 - 2520 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
2501 2026-02-17
Single-Cell RNA-Seq Profiling of Transposable Element Expression in Human Peripheral Blood Cells During Viral Infections
2026-Jan-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序数据,分析了人类外周血单个核细胞在流感病毒、HIV和SARS-CoV-2感染期间非长末端重复转座元件的表达特征 首次在单细胞分辨率下系统揭示了不同病毒感染中非长末端重复转座元件的细胞特异性表达模式,并发现其可用于区分疾病严重程度、预测进展和评估疗效 研究样本量相对有限(98名患者),且需要进一步研究转座元件参与抗病毒防御的具体机制以确认其作为生物标志物或治疗靶点的潜力 探究病毒感染期间人类外周血细胞中转座元件的表达特征及其在抗病毒免疫中的作用 人类外周血单个核细胞(PBMCs),特别是前体细胞毒性T淋巴细胞(T CD8+ Naive细胞) 单细胞转录组学 病毒感染(流感、HIV、COVID-19) 单细胞RNA测序 生物信息学分析(共表达网络分析) 单细胞RNA测序数据 98名患者(涵盖流感病毒、HIV和SARS-CoV-2感染队列) NA 单细胞RNA-seq NA NA
2502 2026-02-17
IL-17 Cytokines Induce IκBζ in Dermal Fibroblasts to Promote Pro-Inflammatory Gene Expression in Psoriasis
2026-Jan-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本研究揭示了IL-17细胞因子通过诱导真皮成纤维细胞中的IκBζ表达,促进银屑病中促炎基因的表达 首次系统性地在真皮成纤维细胞中表征了IκBζ的调控机制,并利用空间转录组学技术验证其在银屑病皮损中的表达模式 研究主要基于体外细胞模型,体内功能验证尚需进一步深入 探究IκBζ在真皮成纤维细胞中的调控作用及其在银屑病发病机制中的贡献 人类真皮成纤维细胞及银屑病患者的皮肤活检组织 数字病理学 银屑病 空间转录组学, qPCR, Western blotting, siRNA敲低 NA 转录组数据, 蛋白质数据 NA NA 空间转录组学 CosMx™ NA
2503 2026-02-17
Identification and characterization of fibroblast-related biomarkers and pro-inflammatory subpopulations in periodontitis by integrated transcriptomic and single-cell analysis
2026-Jan-26, Scientific reports IF:3.8Q1
研究论文 本研究通过整合转录组学和单细胞RNA测序数据,识别了牙周炎中成纤维细胞相关的生物标志物和促炎亚群,并构建了诊断模型 首次整合批量转录组和单细胞RNA测序数据,使用LASSO回归识别出六个成纤维细胞相关基因(FRGs),并发现CXCL13⁺成纤维细胞这一促炎亚群,为牙周炎提供了新的诊断和治疗靶点 研究主要基于公共数据集(GSE10334、GSE16134、GSE173078),样本来源和数量可能有限,且实验验证仅通过qRT-PCR、IHC和FISH进行,需要进一步的功能性研究来确认这些基因和亚群的具体作用机制 探索牙周炎中成纤维细胞相关的生物标志物和促炎亚群,以开发潜在的治疗策略 牙周炎组织中的成纤维细胞 数字病理学 牙周炎 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量转录组学、qRT-PCR、免疫组化(IHC)、荧光原位杂交(FISH) LASSO回归、诊断模型、列线图 转录组数据、单细胞RNA测序数据 基于多个公共数据集(GSE10334、GSE16134、GSE173078),具体样本数量未在摘要中明确说明 NA 单细胞RNA测序 NA NA
2504 2026-02-17
The Landscape of Ferroptosis-Related Gene Signatures as Molecular Stratification in Triple-Negative Breast Cancer
2026-Jan-23, Diagnostics (Basel, Switzerland)
研究论文 本研究通过转录组和蛋白质组数据分析,揭示了三阴性乳腺癌中铁死亡相关基因的分子分层特征 首次在三阴性乳腺癌中系统描绘了铁死亡相关基因的分子分层景观,并构建了铁死亡指数作为预后标志 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证其生物学机制和临床转化价值 探索铁死亡相关基因在三阴性乳腺癌中的分子分层和预后价值 三阴性乳腺癌患者的转录组和蛋白质组数据 生物信息学 乳腺癌 转录组测序,蛋白质组分析,单细胞RNA测序 LASSO回归模型,Cox回归模型 基因表达数据,蛋白质表达数据 来自METABRIC、TCGA、GEO和CPTAC数据库的多中心样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2505 2026-02-17
scIRT: Imputation and Dimensionality Reduction for Single-Cell RNA-Seq Data by Combining NMF with SMOTE
2026-Jan-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2
研究论文 本文提出了一种名为scIRT的迭代插补流程,结合SMOTE和NMF技术,用于单细胞RNA测序数据的插补和降维 通过结合合成少数类过采样技术(SMOTE)和非负矩阵分解(NMF),同时实现数据插补和降维,提高了单细胞RNA测序数据的处理性能 NA 开发一种预处理工具,以改善单细胞RNA测序数据的质量,便于下游分析如细胞类型聚类和可视化 单细胞RNA测序数据 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NMF, SMOTE 基因表达矩阵 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2506 2026-02-17
Dynamic single-cell transcriptomics reveals lsamp-guided neural network formation in male S. japonicum driving female reproduction
2026-Jan-22, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞转录组学揭示了日本血吸虫雄性个体中lsamp基因引导的神经网络形成如何驱动雌性生殖成熟 首次构建了日本血吸虫高分辨率单细胞转录组图谱,发现雄性特异性N4.3神经元亚型及其关键基因lsamp在神经网络形成和雌雄互作中的作用 研究主要基于转录组数据,功能验证可能有限,且样本仅涵盖四个发育阶段 探究血吸虫雌雄配对过程中细胞动态和神经调控机制 日本血吸虫(Schistosoma japonicum)雄性和雌性个体 单细胞转录组学 血吸虫病 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 104,671个细胞,来自雄性和雌性日本血吸虫的四个发育阶段 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2507 2026-02-17
Evaluating deconvolution methods using real bulk RNA-expression data for robust prognostic insights across cancer types
2026-Jan-21, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 本研究提出了一种基于真实批量RNA表达数据的新框架,用于评估五种去卷积方法,并识别出ReCIDE和BayesPrism作为稳健方法,同时发现基质癌症相关成纤维细胞(mCAF)作为跨多种癌症的预后标志物 引入了一个新颖的真实数据框架,利用18个真实批量RNA表达队列来评估去卷积方法,并基于三种创新基准场景(与scRNA-seq的一致性、跨队列可重复性、预后相关性可重复性)进行验证 传统伪批量基准在真实世界设置中可能不可靠,因为绝对细胞比例未知 评估去卷积方法在真实批量RNA表达数据中的性能,以提供精准肿瘤学的可操作工具并指导转化研究中的方法选择 18个真实批量RNA表达队列(5,891个样本)涵盖九种癌症类型,以及TCGA和GEO队列 自然语言处理 肺癌 批量RNA测序,单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA RNA表达数据 5,891个样本 NA 批量RNA-seq,单细胞RNA-seq NA NA
2508 2026-02-17
CCL14, identified by multi-omics approach, serves as a novel indicator of disease severity and progression in lymphangioleiomyomatosis
2026-Jan-20, Orphanet journal of rare diseases IF:3.4Q2
研究论文 本研究通过多组学方法鉴定出CCL14是淋巴管平滑肌瘤病(LAM)疾病严重程度和进展的新型生物标志物 首次通过整合血浆蛋白质组学和单细胞RNA测序,系统揭示了CCL14在LAM中的表达模式、细胞来源及其在疾病微环境中的调控网络,并验证了其作为预测疾病进展的临床潜力 样本量相对有限(尤其是单细胞测序部分),且为观察性研究,需要更大规模的前瞻性队列验证CCL14的临床预测价值 探索CCL14在淋巴管平滑肌瘤病(LAM)中的生物学功能及其作为疾病生物标志物的临床价值 淋巴管平滑肌瘤病(LAM)患者和健康对照者的血浆样本及肺组织样本 生物信息学与多组学整合分析 淋巴管平滑肌瘤病 蛋白质组学分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq), ELISA 生物信息学通路富集分析, CellPhoneDB细胞互作分析 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 临床表型数据 单细胞测序:6名LAM患者和5名健康供体的肺组织;ELISA验证:53名LAM患者和25名对照的血浆样本 NA 单细胞RNA-seq, 血浆蛋白质组学 NA NA
2509 2026-02-17
Dysregulated TGFβ-ERK Signaling Drives Aberrant Extracellular Matrix Production in Noonan Syndrome-Associated Pulmonary Valve Stenosis
2026-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用人iPSC瓣膜分化平台,揭示了Noonan综合征相关肺动脉瓣狭窄中TGFβ-ERK信号失调驱动细胞外基质异常产生的分子机制 首次建立人iPSC瓣膜分化平台模拟NS相关PVS,结合单细胞转录组学和磷酸化蛋白质组学揭示TGFβ信号通路异常激活是导致ECM病理改变的核心机制 研究样本量有限(仅两个NS婴儿瓣膜组织验证),iPSC模型可能无法完全模拟体内复杂微环境 阐明Noonan综合征相关肺动脉瓣狭窄的分子发病机制 CRISPR编辑的iPSC衍生的瓣膜间质细胞亚型(纤维层和海绵层VICs),NS婴儿的狭窄肺动脉瓣组织 发育生物学与疾病建模 先天性心脏病(肺动脉瓣狭窄) iPSC分化、CRISPR基因编辑、单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学(质谱)、组织病理学分析 人iPSC疾病模型 单细胞转录组数据、磷酸化蛋白质组数据、组织病理图像 CRISPR编辑的多种基因型iPSC系,两个NS婴儿的肺动脉瓣组织样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2510 2026-02-17
Multimodal single-cell and spatial profiling reveals altered T cell-mediated immunity and B-cell follicular architecture in non-metastatic lymph nodes of patients with aggressive non-small cell lung cancer
2026-Jan-18, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本研究通过多模态单细胞和空间分析,揭示了侵袭性非小细胞肺癌患者非转移性区域淋巴结中T细胞介导的免疫和B细胞滤泡结构的改变 首次结合CITE-seq、scRNA-seq和成像质谱流式细胞术,在侵袭性NSCLC患者的非转移性区域淋巴结中识别出免疫抑制微环境和B细胞滤泡结构异常 样本量较小(36个淋巴结来自11名患者),且仅针对非转移性淋巴结进行研究,可能未涵盖转移性淋巴结的免疫特征 探究侵袭性非小细胞肺癌患者非转移性区域淋巴结中的免疫失调机制 非小细胞肺癌患者的区域淋巴结 数字病理学 肺癌 CITE-seq, scRNA-seq, 成像质谱流式细胞术 NA 单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据、空间成像数据 36个淋巴结来自11名患者 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
2511 2026-02-17
Uniform pre-processing of bacterial single-cell RNA-seq
2026-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本文介绍了一种针对细菌单细胞RNA测序数据的统一预处理方法,通过改进kallisto-bustools工具套件以适应细菌基因组的特性 将原本用于真核生物scRNA-seq的kallisto-bustools工具套件进行优化,使其能够处理细菌的操纵子结构和更短的基因长度分布,实现了细菌scRNA-seq数据的高效准确量化 未明确说明该方法在具体细菌种类或实验条件下的性能限制,也未与其他预处理方法进行广泛比较 开发一种统一、高效的细菌单细胞RNA测序数据预处理方法,以促进微生物单细胞转录组学的标准化分析 细菌单细胞RNA测序数据 自然语言处理 NA 单细胞RNA测序 NA 测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2512 2026-02-17
Defects in tissue-resident macrophages lead to smaller eardrums and abnormal neurovascular networks with increased middle-ear infection
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究揭示了组织驻留巨噬细胞在耳鼓膜发育和神经血管网络形成中的关键作用 首次发现耳鼓膜组织驻留巨噬细胞的异质性来源,并证明其缺失会导致耳鼓膜变小、神经血管网络异常及中耳感染风险增加 NA 探究组织驻留巨噬细胞在耳鼓膜发育和先天免疫保护中的作用 小鼠耳鼓膜组织驻留巨噬细胞 单细胞测序 中耳感染 命运图谱、单细胞RNA测序、巨噬细胞耗竭 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
2513 2026-02-17
Spatiotemporal transcriptomic and metabolomic landscapes of wild soybean seed development reveal regulatory mechanisms of nutrient accumulation
2026-Jan-12, Plant communications IF:9.4Q1
研究论文 本研究结合空间转录组学和代谢组学,解析了野生大豆种子发育中期细胞分化和营养积累的时空动态机制 首次在野生大豆中整合空间转录组学和代谢组学,揭示了胚胎中背腹侧薄壁细胞在蛋白质和脂质代谢途径上的空间差异,并鉴定出关键调控基因GsMAPK23-4 研究仅聚焦于野生大豆种子发育中期阶段,未涵盖整个发育过程,且功能验证仅基于敲除突变体 揭示野生大豆种子发育过程中细胞分化和营养积累的时空调控机制,以提升大豆产量和品质 野生大豆(Glycine soja)种子 空间转录组学 NA 空间转录组学, 代谢组学 NA 转录组数据, 代谢组数据 未明确指定样本数量,但基于野生大豆种子发育中期阶段 NA 空间转录组学 NA NA
2514 2026-02-17
Quantifying uncertainty in RNA velocity
2026-Jan-06, Biometrics IF:1.4Q2
研究论文 本文提出了一种贝叶斯分层模型来估计RNA速度,通过结合马尔可夫链蒙特卡洛和共识方法进行全贝叶斯推断,实现了校准良好的不确定性量化 首次在RNA速度估计中引入时间依赖性转录速率和非平凡初始条件,并讨论了模型参数的可识别性,包括潜在时间的较大值,这是以往未涉及的 模型可能仍受限于单细胞RNA测序数据的固有噪声和稀疏性,且计算复杂度较高 量化单细胞RNA测序数据中RNA速度的不确定性,以提取更可靠的动态信息 小鼠胚胎干细胞 单细胞组学 NA 单细胞RNA测序 贝叶斯分层模型 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2515 2026-02-17
Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Regulatory Functions of Copines Family Genes in Testicular Cancer Progression
2026, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
研究论文 本研究基于单细胞转录组数据,揭示了Copines家族基因在睾丸癌不同细胞亚群中的表达模式及其通过调控PI3K-Akt信号通路和细胞周期驱动癌症进展的潜在分子机制 首次在单细胞水平上系统分析Copines家族基因在睾丸癌中的表达和调控功能,并识别出关键信号通路如PI3K-Akt,为精准治疗提供了新靶点 研究基于单细胞转录组数据,未进行实验验证,且样本量未明确说明,可能限制结论的普适性 探究Copines家族基因在睾丸癌细胞亚群中的表达模式及其调控癌症进展的机制 睾丸癌的单细胞转录组数据,包括NK/T细胞、肿瘤细胞、B细胞和巨噬细胞等亚群 数字病理学 睾丸癌 单细胞RNA测序 聚类分析、差异表达分析、功能富集分析、伪时间分析 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2516 2026-02-17
Prognostic Value and Immune Characterization of Genes Associated with Childhood Acute Leukemia applying Single-Cell RNA Sequencing
2026, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
研究论文 本研究整合单细胞和批量转录组数据,识别儿童急性淋巴细胞白血病中的关键B细胞亚群和分子标志物,并构建预后风险模型 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,识别cALL中与增殖相关的B细胞C2亚群,并基于四个标记基因构建具有高预测精度的预后模型 研究样本量较小(仅2名cALL患者和3名健康对照),且仅针对B细胞起源的cALL,未涵盖其他亚型 探究儿童急性淋巴细胞白血病的免疫特征,并开发预后预测模型 儿童急性淋巴细胞白血病患者及健康儿童的骨髓样本 数字病理学 白血病 单细胞RNA测序,批量RNA测序 Cox回归,LASSO回归 RNA测序数据 2名cALL患者和3名健康儿童的骨髓样本(单细胞数据),511名cALL样本(批量数据) NA 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq NA NA
2517 2026-02-17
Oral immunotherapy directs systemic transcriptomic changes in children with hen's egg allergy
2025-Dec, Asian Pacific journal of allergy and immunology IF:2.3Q3
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了儿童鸡蛋过敏患者口服免疫治疗前后的系统免疫表型和转录组变化 首次在儿童鸡蛋过敏口服免疫治疗中应用单细胞RNA测序技术,揭示了治疗相关的系统免疫细胞转录组变化和T细胞亚群动态 样本量较小(16名儿童),且仅分析了治疗前后的两个时间点,缺乏长期随访数据 探究鸡蛋过敏儿童的系统免疫表型及口服免疫治疗期间的转录组变化 被诊断为鸡蛋过敏的3-12岁儿童 自然语言处理 过敏性疾病 单细胞RNA测序 NA 转录组数据 16名鸡蛋过敏儿童 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2518 2026-02-17
Decoding Dendritic Cell Subtypes via Integrated Radiogenomics: A Stacked Ensemble Model for Predicting Immunotherapy Response in NSCLC
2025-Nov-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2
研究论文 本研究开创了一个整合单细胞RNA测序、影像组学和深度学习的多模态框架,用于解码树突状细胞介导的非小细胞肺癌抗PD-1治疗反应机制 首次将单细胞转录组学、影像组学和深度学习通过堆叠集成学习模型相结合,用于预测NSCLC免疫治疗反应,并识别出六个与树突状细胞亚型相关的关键标志基因 研究样本量有限,且结果需要在更大规模的前瞻性队列中进行验证 预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂(抗PD-1)的治疗反应 非小细胞肺癌患者的肿瘤样本(来自应答者和无应答者) 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序,影像组学分析,机器学习 LSTM, ResNet50, 堆叠集成学习模型 单细胞转录组数据,临床数据,影像数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
2519 2026-02-17
From plasma proteomics Mendelian randomization to neuropathological validation: The potential role of CTSH-GRN-TMEM106B and TREM2-IL-34 networks of microglia in Alzheimer's disease
2025-Nov-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1
研究论文 本研究通过双向孟德尔随机化分析、单细胞转录组数据整合及神经病理学验证,揭示了外周生物标志物与阿尔茨海默病之间的因果关联,并识别出小胶质细胞中CTSH-GRN-TMEM106B和TREM2-IL-34相关网络在疾病发生发展中的潜在作用 采用双向孟德尔随机化框架,结合单细胞转录组数据和神经病理学验证,系统性地建立了外周血浆/脑脊液蛋白与阿尔茨海默病之间的因果关联,并构建了与小胶质细胞功能相关的蛋白互作网络 研究主要基于遗传工具变量和相关性分析,虽然进行了神经病理学验证,但仍需进一步的功能实验来证实这些蛋白网络在AD中的具体分子机制 阐明外周生物标志物与阿尔茨海默病中枢神经系统之间的因果关联及潜在机制 阿尔茨海默病患者及对照个体的血浆蛋白、脑脊液蛋白、大脑蛋白质组数据以及前额叶皮层单细胞转录组数据 生物信息学与计算生物学 阿尔茨海默病 孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序,免疫组织化学,免疫荧光,蛋白质-蛋白质相互作用分析 NA 蛋白质组数据,单细胞转录组数据,遗传数据,组织图像数据 分析涉及734种血浆蛋白、151种脑脊液蛋白、1296种大脑蛋白,并使用AD患者死后脑组织样本进行验证 NA 单细胞RNA-seq NA NA
2520 2026-02-17
Paraptosis landscape reveals distinct prognoses and immune microenvironments in osteosarcoma: Experimental validation of key regulator TNK2
2025-Nov-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1
研究论文 本研究通过生物信息学方法描绘了骨肉瘤中类凋亡相关基因的图谱,并分析了其与预后及免疫微环境的关系,同时通过实验验证了关键调控因子TNK2的功能 首次在骨肉瘤中系统描绘类凋亡相关基因的图谱,揭示了其与预后和免疫微环境的关联,并通过单细胞RNA测序和功能实验验证了TNK2在类凋亡调控中的关键作用 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,实验验证部分仅限于细胞功能学实验,缺乏体内模型和临床样本的进一步验证 阐明骨肉瘤中类凋亡相关基因的分子特征及其对预后和免疫微环境的影响,识别关键调控因子 骨肉瘤患者队列(TARGET和GSE21257数据集)及骨肉瘤细胞系 生物信息学 骨肉瘤 生物信息学分析、单细胞RNA测序、细胞功能实验(增殖、活力、迁移实验) LASSO-Cox回归模型、共识聚类 基因表达数据(RNA-seq)、单细胞RNA测序数据 TARGET和GSE21257两个患者队列(具体样本数未明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
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