单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2501	2025-06-18	Utilization of donor CLL-1 CAR-T cells for the treatment of relapsed of acute myeloid leukemia following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491341 PMID:39896798	research paper	评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病(AML)中的疗效和安全性	首次使用供体来源的CLL-1 CAR-T细胞治疗异基因HSCT后复发的AML患者，并探索了CD4+和CD8+ CAR-T细胞比例对副作用的影响	样本量较小(仅12例患者完成治疗)，且缺乏长期随访数据	评估供体CLL-1 CAR-T细胞治疗移植后复发AML的安全性和有效性	14例异基因HSCT后复发的AML患者(最终12例完成治疗)	细胞治疗	急性髓系白血病	CAR-T细胞治疗，scRNA-seq	NA	临床数据，单细胞转录组数据	12例完成治疗的AML患者
2502	2025-06-18	Advances in epigenetic studies of plant cadmium stress 2024, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2024.1489155 PMID:40520647	综述	本文综述了植物对镉胁迫的表观遗传响应及其机制，旨在为分析主要作物重金属胁迫的表观遗传机制提供理论见解	结合基因组学、单细胞测序、stereo-seq等先进技术与表观基因组学、植物遗传学和分子生物学技术，全面深入研究植物在镉暴露后的表观遗传变化	NA	分析植物对镉胁迫的表观遗传机制，为可持续农业和重金属污染土壤的生物修复提供理论支持	植物对镉胁迫的表观遗传响应	植物生物学	NA	基因组学、单细胞测序、stereo-seq、表观基因组学、植物遗传学和分子生物学技术	NA	NA	NA
2503	2025-06-18	Glutamine antagonist DRP-104 suppresses tumor growth and enhances response to checkpoint blockade in KEAP1 mutant lung cancer 2023-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.27.546750 PMID:37425844	research paper	研究新型谷氨酰胺拮抗剂DRP-104在KEAP1突变肺癌中抑制肿瘤生长并增强检查点阻断反应的效果	首次证明DRP-104通过抑制谷氨酰胺依赖性核苷酸合成和增强抗肿瘤T细胞反应来抑制KEAP1突变肿瘤生长，并与抗PD1疗法联合使用	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	开发针对KEAP1突变肺癌的靶向治疗方法	KEAP1突变肺癌	肿瘤学	肺癌	多模态单细胞测序和功能实验	NA	NA	患者来源的异种移植模型和抗原性原位肺癌模型
2504	2025-06-17	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-Aug, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用	首次揭示了AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫易感性的机制	研究主要基于小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞，人类临床相关性尚待验证	探究AEG-1在神经炎症和癫痫发病机制中的作用	小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序	小鼠炎症模型	基因表达数据	NA
2505	2025-06-17	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-Aug, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法描述了脊髓损伤后细胞肿胀性坏死的特征	首次绘制了脊髓损伤后肿胀性坏死相关基因的时空表达图谱	研究主要基于动物模型，人类样本验证不足	阐明肿胀性坏死在脊髓损伤中的作用机制	脊髓损伤后的细胞死亡过程	生物医学研究	脊髓损伤	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, TEM	NA	基因表达数据, 图像数据	大鼠脊髓损伤模型和LPS处理的PC12细胞系
2506	2025-06-17	Single-cell sequencing and machine learning reveal the role of dioxin-interacting genes in HCC prognosis and immune microenvironment 2025-Jul-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118484 PMID:40483782	研究论文	通过单细胞测序和机器学习揭示了二恶英相互作用基因在肝细胞癌预后和免疫微环境中的作用	结合单细胞和批量转录组分析及机器学习，识别了与免疫逃逸、代谢重编程和细胞周期调控相关的二恶英相互作用差异表达基因（DI-DEGs），并构建了预后模型	分子机制仍需进一步研究，实验验证仅限于体外	探究二恶英在肝细胞癌（HCC）发展中的分子机制及其对预后和免疫微环境的影响	肝细胞癌（HCC）患者和二恶英相互作用基因	数字病理学	肝癌	单细胞测序、批量转录组分析、机器学习、分子对接	机器学习模型	转录组数据	未明确提及具体样本数量
2507	2025-06-17	Plaque erosion risk and JAK2 V617F variant 2025-Jun-16, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf114 PMID:40053703	research paper	该研究探讨了JAK2 V617F变异与心肌梗塞（MI）两种机制——斑块侵蚀和斑块破裂之间的具体关联	首次明确了JAK2 V617F变异与斑块侵蚀风险之间的显著关联，并通过单细胞RNA测序揭示了中性粒细胞激活的潜在机制	研究样本主要来自单一中心，可能限制结果的普遍性	探究JAK2 V617F变异与心肌梗塞不同机制之间的关联	728例斑块侵蚀患者、919例斑块破裂患者和804例对照个体	心血管疾病研究	心血管疾病	数字滴PCR、单细胞RNA测序	逻辑回归分析	基因测序数据、临床数据	728例侵蚀病例、919例破裂病例和804例对照
2508	2025-06-17	Decoding meningioma prognosis with multi-omics: macrophage diversity, immune-CNV interplay, and novel SPP1-targeted strategies 2025-Jun-16, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-05116-8 PMID:40522564	研究论文	通过多组学方法解码脑膜瘤预后，探索巨噬细胞多样性、免疫-CNV相互作用及新型SPP1靶向策略	首次结合DNA甲基化和单细胞转录组学对脑膜瘤进行分子分型，揭示了SPP1在巨噬细胞功能和预后中的关键调控作用	样本量相对有限（302对样本），且需要进一步实验验证SPP1靶向治疗的效果	探索脑膜瘤的分子分型及其与预后的关系，寻找潜在治疗靶点	302对脑膜瘤样本	数字病理	脑膜瘤	DNA甲基化测序、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq(scRNA-seq)	SCISSOR、scRank	基因组数据、转录组数据	302对脑膜瘤样本
2509	2025-06-17	Identification of potential drug targets for erectile dysfunction with single-cell RNA sequencing: A Mendelian randomization study 2025-Jun-15, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70082 PMID:40518741	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法，识别了勃起功能障碍（ED）的潜在药物靶点	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，发现了两个新的ED药物靶点，并验证了它们在特定细胞类型中的表达	研究依赖于现有的eQTL数据和ED统计摘要，可能受到样本来源和数量的限制	识别勃起功能障碍的新药物靶点，以改善当前治疗效果不佳的问题	勃起功能障碍患者	生物医学研究	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）、分子对接	NA	基因表达数据、SNP数据	eQTLGen Consortium的31,684个体；两个ED队列共325,158个体（7,329 ED病例，317,829对照）
2510	2025-06-17	Advances in single-cell omics: Transformative applications in basic and clinical research 2025-Jun-14, Current opinion in cell biology IF:6.0Q1 DOI:10.1016/j.ceb.2025.102548 PMID:40517461	综述	本文综述了单细胞组学技术在基础和临床研究中的变革性应用	展示了单细胞组学技术在揭示细胞互作、疾病机制和治疗反应中的新见解，特别是在癌症和神经发育障碍等异质性疾病中	NA	探讨单细胞组学技术在生物学和临床应用中的关键作用	单细胞RNA测序、空间转录组学和多组学整合技术在复杂组织解析中的应用	生物信息学	癌症、神经发育障碍	单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学整合	NA	单细胞组学数据	NA
2511	2025-06-17	Single cell RNA-sequencing reveals BHLHE40 and NDRG1 as key regulatory molecules modulating the trophoblastic senescence in preeclampsia 2025-Jun-11, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.06.009 PMID:40517485	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了BHLHE40和NDRG1在调节子痫前期滋养层细胞衰老中的关键作用	首次发现BHLHE40和NDRG1是调节子痫前期滋养层细胞衰老的关键分子，并验证了其临床预测价值	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要更多体内实验验证	探究子痫前期滋养层细胞衰老的分子机制和关键调控靶点	子痫前期患者的胎盘组织和LPS诱导的子痫前期大鼠模型	生物信息学	子痫前期	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP检测, 批量转录组测序, WGCNA分析	nomogram预测模型	基因表达数据	多个GEO数据集(GSE173193, GSE24129, GSE75010)和实验验证样本
2512	2025-06-17	Role and Validation of Lactylation-Related Gene Markers in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Jun, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-025-05216-1 PMID:40131629	研究论文	本研究探讨了乳酰化相关基因标记在绝经后骨质疏松症中的作用及其验证	首次结合单细胞RNA测序和转录组数据，利用多组学数据和机器学习算法识别与PMOP因果相关的基因及诊断基因	研究样本来源和数量未明确说明，可能影响结果的普适性	探究乳酰化相关基因在绝经后骨质疏松症发展中的具体作用及其作为诊断标志物的潜力	绝经后骨质疏松症患者	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 转录组分析, 孟德尔随机化(MR)分析	多种机器学习算法组合	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	NA
2513	2025-06-17	Genetic and genomic insights into male reproductive tract development 2025-Jun, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2025.03.024 PMID:40174856	综述	本文回顾了男性生殖道（MRT）发育的遗传和基因组分析，强调了单细胞测序在发现细胞类型和细胞过程中的应用	利用单细胞测序技术揭示了MRT发育中的细胞类型和过程，并系统性地整理了与MRT发育相关的表型术语和基因	小鼠数据与人类数据在表型术语和基因关联上存在差异，需要进一步的知识协调	理解男性生殖道发育的遗传基础及其与成年后医疗结果的关系	男性生殖道发育相关的基因和表型	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及269个独特基因和35个表型术语
2514	2025-06-17	Longitudinal single-cell analysis reveals RUNX1T1 as an early driver in treatment-induced neuroendocrine transdifferentiation 2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.14.653660 PMID:40463134	研究论文	通过纵向单细胞分析揭示了RUNX1T1作为治疗诱导神经内分泌转分化的早期驱动因素	首次在患者来源的异种移植模型中识别出一个新的早期中间过渡细胞状态，并发现RUNX1T1作为神经内分泌转分化的关键转录调节因子	研究仅基于单一患者来源的异种移植模型，可能限制了结果的普适性	探索治疗诱导神经内分泌前列腺癌(t-NEPC)发展过程中的时间动态和分子驱动因素	前列腺腺癌向神经内分泌癌转分化过程	癌症生物学	前列腺癌	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	患者来源的异种移植模型(PDX)	单细胞转录组数据	7个时间点的样本(从去势前到复发NEPC)
2515	2025-06-17	Spatial transcriptomics highlights B cells as key contributors to a complete and durable response to chemo-immunotherapy in a patient with resectable NSCLC 2025-May-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011563 PMID:40350207	research paper	该研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示B细胞在可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫疗法产生完全和持久反应中的关键作用	利用空间转录组学结合单细胞RNA测序和血清蛋白质组分析，首次揭示了B细胞在不同成熟状态下的关键作用，并观察到治疗后原发肿瘤中三级淋巴结构的形成	研究仅基于一个病例，样本量有限，需要更大规模的研究验证结果	探索可切除非小细胞肺癌患者对化疗免疫疗法产生完全和持久反应的分子机制	一名可切除非小细胞肺癌伴同步脑转移的患者	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, single-cell RNA-sequencing, serum proteomic profiling	NA	transcriptomic data, proteomic data	1名患者（包括治疗前脑转移灶和治疗后原发肺肿瘤组织）
2516	2025-06-17	Hepatic stellate cell heterogeneity: Functional aspects and therapeutic implications 2025-May-08, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001386 PMID:40338161	综述	本文综述了肝星状细胞（HSCs）在健康和疾病肝脏中的异质性及其功能	整合了单细胞测序、空间转录组学及临床前和临床数据，提供了对HSC异质性的最新理解	NA	探讨HSC异质性在肝脏稳态和疾病中的作用及其治疗潜力	肝星状细胞（HSCs）及其与肝细胞、内皮细胞、巨噬细胞/单核细胞、T细胞和肿瘤细胞的相互作用	NA	肝病	单细胞测序, 空间转录组学	NA	NA	NA
2517	2025-06-17	Revolutionizing cancer treatment: Navigating the intricate landscape of cellular signaling networks 2025-May, Advances in clinical and experimental medicine : official organ Wroclaw Medical University IF:2.1Q3 DOI:10.17219/acem/205024 PMID:40418208	研究论文	探讨癌症治疗中细胞信号网络的动态重连及其对治疗抵抗的影响	利用单细胞多组学、空间转录组学和AI驱动的网络建模等创新技术解析癌症的适应性机制	未提及具体研究样本大小或数据类型的限制	通过整合系统生物学与计算和实验方法，设计能够克服癌症进化适应性的适应性疗法	肿瘤细胞、非编码基因组和微环境之间的动态交互	系统生物学	癌症	单细胞多组学、空间转录组学、AI驱动的网络建模	AI-powered network modeling	多组学数据	NA
2518	2025-06-17	Single-cell chromatin accessibility landscape profiling reveals the diversity of epigenetic regulation in the rat nervous system 2025-Jan-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04432-y PMID:39856121	研究论文	通过单细胞ATAC-seq技术分析大鼠神经系统中的染色质可及性，揭示细胞类型特异性调控元件及其在脑功能中的作用	首次在大鼠神经系统多个脑区生成单细胞染色质可及性图谱，并整合RNA-seq数据构建少突胶质前体细胞中以Jun转录因子为中心的基因调控网络	研究仅针对成年大鼠，未涵盖发育阶段或其他物种	解析哺乳动物神经系统的表观遗传调控多样性	16个大鼠脑区的174,593个高质量细胞核	表观遗传学	神经系统疾病	scATAC-seq, 单核RNA-seq	基因调控网络(GRN)	表观基因组数据	174,593个细胞核(来自16个脑区)
2519	2025-06-17	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种计算方法来整合scHi-C和scRNA-seq数据，以精确定义3D调控和生物背景依赖的细胞亚群	首次在单细胞分辨率上整合了3D染色质结构和基因表达数据，定义了新的拓扑整合亚群（TISPs）和拓扑保守关联域（CAD）	研究主要基于乳腺癌细胞模型系统，可能在其他癌症类型中的适用性有待验证	探索3D染色质结构在单细胞分辨率上对细胞异质性的调控机制	乳腺癌细胞	计算生物学	乳腺癌	scHi-C, scRNA-seq	MUDI算法	单细胞测序数据	公开可用的和新生成的scHi-C和scRNA-seq数据
2520	2025-06-17	Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561724 PMID:39386437	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）和匹配的正常乳腺组织，揭示了基因型与表型之间的复杂关系及其对上皮组成的影响	利用单细胞RNA测序和推断的拷贝数变异（CNV）分析DCIS病变，揭示了肿瘤内克隆异质性与基因表达差异的关联，并发现特定细胞状态比例的改变与癌症进展相关	研究主要基于临床标本和档案样本，可能受到样本数量和质量的限制	探究导管原位癌（DCIS）生长及进展为浸润性癌症的机制	导管原位癌（DCIS）病变和匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数变异（CNV）分析、系统发育分析	NA	RNA-seq数据	临床标本和档案样本中的DCIS病变及正常乳腺组织