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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2501 | 2025-12-22 |
Serum Procalcitonin: A Novel Tumor Biomarker for Diagnosis and Follow-Up in Fibrolamellar Hepatocellular Carcinoma
2025-Nov-20, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.11.18.25340286
PMID:41332840
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研究论文 | 本研究探讨了血清降钙素原(PCT)作为纤维板层肝细胞癌(FLC)新型肿瘤生物标志物在诊断和治疗监测中的潜在作用 | 首次发现并验证了PCT在FLC患者血清和肿瘤组织中特异性高表达,可作为区分FLC与其他原发性肝癌的敏感且特异的生物标志物 | 样本量相对较小(18例FLC患者),且研究为观察性研究,需要更大规模的前瞻性研究进一步验证 | 评估PCT作为FLC诊断和随访生物标志物的潜力 | 纤维板层肝细胞癌(FLC)患者、肝细胞癌(HCC)患者、胆管癌(CCA)患者、肝硬化患者及相关肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序、空间转录组学、免疫组织化学 | NA | 血清样本、肿瘤组织样本 | 34份血清样本(来自18例FLC患者)、64例HCC患者、24例CCA患者、20例肝硬化患者;27例FLC肿瘤组织、331例HCC肿瘤组织、39例CCA肿瘤组织等 | NA | RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2502 | 2025-12-22 |
Insights into the relevance of targeting fibroblasts to control cancer
2025-Nov-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102395
PMID:41187743
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综述 | 本文总结并讨论了以癌症相关成纤维细胞为靶点控制癌症的新进展,并探讨了其异质性对未来治疗策略的影响 | 探讨了利用单细胞RNA测序等高通量技术结合AI平台解析CAF异质性,并前瞻性地讨论了针对CAF复杂起源的个性化治疗需求 | NA | 探讨靶向肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞以控制癌症的潜力和策略 | 癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,蛋白质组学 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2503 | 2025-12-22 |
Virus envelope glycoprotein targeting bispecific T cell engager protects mice from lethal severe fever with thrombocytopenia virus infection
2025-Nov-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102458
PMID:41260206
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术数据,揭示了T细胞缺陷与功能障碍在严重发热伴血小板减少综合征(SFTS)致死病例中的关键作用,并设计了一种靶向病毒包膜糖蛋白的双特异性T细胞衔接器(BiTE)抗体,在小鼠模型中有效治疗了致命的SFTSV感染 | 首次利用单细胞RNA测序和流式细胞术数据,系统分析了SFTS患者中T细胞(特别是CD4 T细胞)的细胞毒性受损和耗竭状态与致死后果的关联,并创新性地设计了靶向SFTSV包膜糖蛋白Gn的BiTE抗体,成功在小鼠模型中实现了对致命感染的救援 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行临床试验,且BiTE抗体的长期安全性和有效性需进一步评估 | 开发针对SFTSV的有效治疗干预措施,通过增强T细胞介导的免疫反应来消除病毒感染细胞 | SFTS患者和小鼠模型中的T细胞(特别是CD4和CD8 T细胞)以及SFTSV感染的细胞 | 免疫学与传染病学 | 严重发热伴血小板减少综合征(SFTS) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2504 | 2025-12-22 |
CD301b lectin expression in the breast tumor microenvironment augments tumor growth
2025-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.13.584829
PMID:41332518
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研究论文 | 本文研究了CD301b凝集素在乳腺癌微环境中的表达如何通过髓系细胞-肿瘤相互作用促进肿瘤生长 | 首次将肿瘤糖基化(Tn糖抗原)与CD301b凝集素信号传导联系起来,揭示了CD301b在调节乳腺癌免疫微环境中的关键作用,并指出其作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅来自单细胞RNA测序分析,缺乏直接的功能验证;未探讨CD301b在其他癌症类型中的普适性 | 探究糖基化-凝集素相互作用在乳腺癌进展中的具体机制,并识别潜在的免疫治疗靶点 | 小鼠三阴性乳腺癌模型和人类乳腺癌样本中的免疫细胞(特别是CD301b/CLEC10A表达的髓系细胞) | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,转录组分析,表型分析 | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2505 | 2025-12-22 |
Genetic Convergence Analysis of CRISPR Perturbations Deciphers Gene Functional Similarity
2025-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.13.688060
PMID:41292726
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研究论文 | 本文介绍了一种名为XConTest的两步交叉验证方法,用于评估CRISPR扰动之间的遗传收敛性,以量化基因功能相似性 | 提出了一种统计方法来量化CRISPR扰动之间的相似性,解决了现有方法大多启发式的问题,通过近似标准正态的检验统计量评估扰动对细胞表达谱的正交影响 | 未明确提及具体样本量或实验平台细节,可能依赖于现有数据集 | 开发统计方法以量化CRISPR扰动之间的遗传收敛性,从而解读基因功能相似性 | CRISPR扰动、基因功能相似性、下游基因表达 | 机器学习 | 自闭症、免疫相关疾病 | CRISPR筛选、单细胞RNA测序(Perturb-seq) | 统计检验方法(XConTest) | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2506 | 2025-12-22 |
Heimdall: A Modular Framework for Tokenization in Single-Cell Foundation Models
2025-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.09.687403
PMID:41292913
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研究论文 | 本文介绍了Heimdall,一个用于系统评估单细胞基础模型中标记化策略的模块化框架和开源工具包 | 提出首个全面框架,将单细胞基础模型分解为模块化组件,实现标记化策略的细粒度控制和归因,并系统评估其在跨分布转移场景下的影响 | 未明确说明样本量或具体数据集细节,可能限制了结果的普适性验证 | 系统评估单细胞基础模型中标记化策略对模型性能的影响,特别是在分布转移场景下 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2507 | 2025-12-22 |
D-dimer drives immune dysregulation in COVID-19 via chemokine modulation and inflammatory signaling
2025-Nov, Virus research
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.virusres.2025.199641
PMID:41083108
|
研究论文 | 本研究探讨了D-二聚体在COVID-19中通过调节趋化因子和炎症信号通路驱动免疫失调的作用 | 揭示了D-二聚体作为血栓炎症反应的潜在驱动因子,不仅作为临床生物标志物,还通过上调趋化因子(如CXCL5、CXCL6)和富集IL-17、PI3K-Akt等炎症通路来调节免疫微环境 | 体外实验使用THP-1细胞系,可能无法完全模拟体内复杂免疫环境;样本来自上海地区,可能存在地域局限性 | 探究D-二聚体在COVID-19免疫调节中的作用机制 | COVID-19患者(轻症和重症)及SARS-CoV-2阴性对照参与者 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、体外细胞刺激实验 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据 | 356名参与者(包括轻症和重症COVID-19患者及阴性对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2508 | 2025-12-22 |
Age-Related Changes in Myeloid Cells and Their Impact on Subcutaneous Melanoma Growth in Mice
2025-Nov, Aging and cancer
DOI:10.1002/aac2.70006
PMID:41409350
|
研究论文 | 本研究探讨了衰老如何通过改变Gr-1+髓系细胞的功能来影响小鼠皮下黑色素瘤的生长及免疫治疗反应 | 揭示了衰老背景下Gr-1+髓系细胞功能增强(如CD8+ T细胞抑制、活性氧产生和胞外陷阱形成)与黑色素瘤生长加速及免疫治疗反应差异之间的关联,并首次证明髓过氧化物酶(MPO)在此过程中的关键驱动作用 | 研究主要在YUMM1.7黑色素瘤细胞系和小鼠模型中进行,结论可能不适用于所有黑色素瘤亚型或人类情况;研究聚焦于Gr-1+髓系细胞,其他免疫细胞类型的影响未全面探讨 | 表征衰老如何改变Gr-1+髓系细胞功能及其对黑色素瘤生长和免疫治疗反应的影响 | 2月、6月和12月龄的野生型小鼠及同基因型髓过氧化物酶缺陷小鼠,以及多种YUMM黑色素瘤细胞系(特别是YUMM1.7) | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、细胞功能分析(CD8+ T细胞抑制、活性氧检测、胞外陷阱形成评估) | 小鼠皮下黑色素瘤模型 | 单细胞转录组数据、流式细胞术数据、肿瘤生长测量数据 | 多个年龄组(2、6、12月龄)的野生型和MPO缺陷型小鼠,使用多种YUMM黑色素瘤细胞系进行肿瘤生长评估 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2509 | 2025-12-22 |
LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf056
PMID:40591483
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LEGEND的计算方法,用于整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,以识别细胞类型和组织域水平的共表达基因群 | LEGEND通过创新的层次聚类算法整合scRNA-seq和SRT数据,最大化簇内冗余和簇间互补性,从而更精细地捕捉基因共表达和空间一致性模式 | NA | 识别跨组织域和细胞类型的共表达基因,以揭示生物或病理过程中的共功能基因 | 单细胞RNA测序和空间转录组学数据中的基因共表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 层次聚类算法 | 转录组测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2510 | 2025-12-22 |
Integrative exome sequencing and machine learning identify MICB and interferon pathway genes as contributors to SSc risk
2025-Aug, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.05.009
PMID:40514331
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研究论文 | 本研究通过整合外显子组测序、机器学习、单细胞RNA测序和表达数量性状位点分析,识别了系统性硬化症的新风险基因位点和致病通路 | 采用进化作用-机器学习框架整合多组学数据,首次发现MICB和干扰素通路基因在系统性硬化症风险中的关键作用 | 研究主要基于高加索和欧洲血统人群,结果可能不适用于其他种族群体 | 识别系统性硬化症的蛋白质编码变异和致病通路 | 系统性硬化症患者和对照组的遗传与表达数据 | 机器学习 | 系统性硬化症 | 外显子组测序, 单细胞RNA测序, 表达数量性状位点分析 | 机器学习 | 遗传数据, 表达数据 | 初始GWAS包括2,559例病例和893例对照,复制阶段包括9,846例病例和18,333例对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2511 | 2025-12-22 |
Single-cell and spatial transcriptomics of stricturing Crohn's disease highlights a fibrosis-associated network
2025-Jul, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02225-y
PMID:40562913
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研究论文 | 本研究结合单细胞和空间转录组学技术,分析了克罗恩病(CD)狭窄病变中的纤维化相关网络 | 首次在CD狭窄病变中配对应用单细胞和空间转录组学,揭示了免疫细胞、炎症成纤维细胞等关键亚群的空间共定位,并将基因表达与肠道生物地理学及遗传风险位点关联 | 样本量相对有限(61个样本来自31名患者),且未涉及长期随访或治疗干预效果评估 | 探究克罗恩病狭窄病变的纤维化机制和细胞网络 | 克罗恩病患者和非炎症性肠病患者的肠道组织样本 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | 61个样本来自21名CD患者和10名非IBD患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2512 | 2025-12-22 |
Single-cell RNA-seq data normalization: A benchmarking study
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0335102
PMID:41411311
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研究论文 | 本研究对六种广泛使用的单细胞RNA测序数据标准化方法进行了全面的基准测试分析 | 从细胞聚类、差异表达分析和计算资源需求三个角度,结合七个真实数据集和四个模拟数据集,系统评估了不同标准化方法的性能 | NA | 评估单细胞RNA测序数据标准化方法的性能,为学者选择合适的工具提供参考 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七个真实数据集和四个模拟数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 2513 | 2025-12-22 |
MEGF8-driven metabolic reprogramming and immune evasion define a high-risk subtype of endometriosis-associated ovarian cancer
2025, American journal of translational research
IF:1.7Q4
DOI:10.62347/AOPY5249
PMID:41415082
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研究论文 | 本研究通过整合转录组和临床数据,识别了与子宫内膜异位症相关的卵巢癌预后生物标志物,并构建了一个8基因预后模型 | 首次通过共识聚类识别了卵巢癌的三种分子亚型,并发现亚型A具有'双重恶性表型',同时构建了包含MEGF8的8基因预后模型,揭示了MEGF8通过代谢重编程和免疫逃逸促进肿瘤进展的新机制 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性临床研究验证,且体外实验未能完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 识别子宫内膜异位症相关卵巢癌的预后生物标志物并探索其分子机制 | 卵巢癌患者(来自TCGA-OC和GSE53963数据库)及卵巢癌细胞 | 生物信息学与计算生物学 | 卵巢癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、LASSO回归、Cox回归、体外功能验证 | 预后模型(基于LASSO和Cox回归)、共识聚类 | 转录组数据、临床数据、单细胞RNA测序数据 | 来自TCGA-OC和GSE53963数据库的卵巢癌患者样本,以及GSE184880单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2514 | 2025-12-22 |
Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneity among AT2 epithelial cells in the lung adenocarcinoma microenvironment
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1735459
PMID:41415280
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肺腺癌微环境中AT2上皮细胞的异质性及其在肿瘤发生中的作用 | 首次在早期肺腺癌患者中通过单细胞RNA测序全面描绘AT2细胞的转录组景观,并识别出与预后相关的关键基因和调控网络 | 样本量较小(仅3名患者),且仅针对早期肺腺癌,可能无法代表所有疾病阶段 | 阐明肺腺癌微环境中细胞类型特异性转录组景观及肿瘤微环境对疾病的影响 | 肺腺癌组织及匹配的邻近正常组织中的细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3名早期肺腺癌患者的肿瘤和正常组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2515 | 2025-12-22 |
Complementary strategies in pancreatic cancer precision medicine: therapeutic prediction and immune modulation
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1718911
PMID:41415544
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综述 | 本文综述了胰腺导管腺癌精准医学的最新进展,包括类器官药物筛选平台、mRNA免疫疗法和整合诊断技术 | 整合了患者来源类器官的药物敏感性预测、个性化mRNA新抗原疫苗以及空间转录组学和液体活检的实时分子监测,代表了互补的精准医学策略 | 各方法已展示独立临床价值,但它们的整合仍是未来重要方向,目前尚未形成全面框架 | 探讨胰腺导管腺癌精准医学中的治疗预测和免疫调节策略 | 胰腺导管腺癌(PDAC) | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学,液体活检,药物敏感性测试 | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2516 | 2025-12-22 |
Investigation for atherosclerotic plaque rupture with thrombosis in mice based on single-cell sequencing and bioinformatics analysis
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1658170
PMID:41415585
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和生物信息学分析,探索了小鼠动脉粥样硬化斑块破裂伴血栓形成的关键基因和调控通路 | 首次结合单细胞RNA测序和生物信息学分析,识别了动脉粥样硬化斑块破裂伴血栓形成中的关键基因和细胞亚群,并提出了新的生物标志物 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;样本量未明确说明,可能影响统计效力 | 探索动脉粥样硬化斑块破裂伴血栓形成过程中的关键基因,为临床治疗提供新研究方向 | 小鼠动脉粥样硬化斑块破裂伴血栓形成模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2517 | 2025-12-22 |
Multi-omics analysis unveils the role of lipid metabolism-derived acylation modifications in POAG and its potential implications
2025 Jan-Dec, Therapeutic advances in ophthalmology
IF:2.3Q2
DOI:10.1177/25158414251405373
PMID:41416255
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了脂质代谢衍生的酰化修饰在原发性开角型青光眼中的作用及其潜在机制 | 首次整合孟德尔随机化、转录组学、机器学习与单细胞测序,系统揭示了脂质代谢衍生的酰化修饰(如棕榈酰化、肉豆蔻酰化)通过ALAS2和PLCE1基因驱动POAG发病的新机制 | 研究主要基于公共数据库(GEO、GWAS)和体外样本,缺乏大规模临床队列验证,且机制细节需进一步实验证实 | 探索脂质代谢衍生的酰化修饰在原发性开角型青光眼发病中的作用及分子机制 | 原发性开角型青光眼相关的脂质代谢特征、酰化修饰基因及人小梁网样本 | 多组学分析 | 青光眼 | 多组学整合分析(孟德尔随机化、转录组学、单细胞测序)、机器学习 | 机器学习特征选择模型 | 基因组、转录组、单细胞测序数据 | 基于公共数据库(GEO、GWAS、PubChem)及人小梁网单细胞测序样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 2518 | 2025-12-22 |
Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block
2024-Dec-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203152
PMID:39628450
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了海胆胚胎中细胞在缺失微球细胞后的重编程过程,并发现信号时序对色素细胞恢复的关键作用 | 首次利用单细胞RNA测序技术实时追踪胚胎细胞在转命运过程中的基因调控状态转变,并揭示Delta信号在Nodal信号之前表达可克服重编程障碍 | 研究仅针对海胆胚胎模型,未验证其他动物胚胎中的普适性 | 探究胚胎调节性发育中细胞替代能力的分子机制 | 海胆胚胎细胞(特别是微球细胞缺失后的早期内胚层细胞) | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,但涉及多个时间点的海胆胚胎细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2519 | 2025-12-21 |
Inhibition of microglial Slc2a5 attenuates ischemic brain injury
2026-Feb, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2025.156429
PMID:41205649
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研究论文 | 本研究揭示了小胶质细胞中Slc2a5介导的果糖代谢途径在急性缺血性脑卒中(AIS)早期进展中的关键作用及其神经保护机制 | 首次发现小胶质细胞Slc2a5(果糖转运蛋白)通过调控果糖代谢加剧AIS脑损伤,并阐明其通过PKM2介导小胶质细胞向神经保护亚群分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化仍需验证;机制研究集中在PKM2通路,可能存在其他调控途径 | 探究小胶质细胞果糖代谢在急性缺血性脑卒中病理机制中的作用,寻找潜在治疗靶点 | 小胶质细胞、小鼠AIS模型 | 神经科学 | 急性缺血性脑卒中 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq)、条件性基因敲除、体外实验 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、病理表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2520 | 2025-12-21 |
A cell-type-specific regulon controlling monoterpene indole alkaloid biosynthesis with feedback and feedforward activation loops
2026-Jan, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.70712
PMID:41208325
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,探究了两种植物中单萜吲哚生物碱生物合成基因的细胞类型特异性及其调控网络 | 首次在两种远缘植物物种中,通过单细胞RNA-seq数据揭示了MYB和bHLH转录因子在细胞类型特异性MIA生物合成中的共同调控机制,并构建了包含反馈和前馈激活环路的基因调控网络 | 研究主要基于单细胞RNA-seq数据,可能未完全覆盖所有调控因子或细胞类型,且实验验证主要依赖于过表达分析 | 探究单萜吲哚生物碱生物合成基因的细胞类型特异性及其转录调控机制 | 两种植物物种:Catharanthus roseus和Camptotheca acuminata | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 来自C. acuminata茎部的单细胞RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |