单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2501	2024-11-06	Multiple Machine Learning Identifies Key Gene PHLDA1 Suppressing NAFLD Progression 2024-Nov-04, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02164-6 PMID:39496918	研究论文	本研究通过多重机器学习策略识别出关键基因PHLDA1，该基因在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）进展中起抑制作用	本研究首次通过多重机器学习策略识别出PHLDA1基因，并验证其在NAFLD进展中的抑制作用	本研究主要基于细胞和小鼠模型进行验证，尚未在人体临床试验中验证PHLDA1的疗效	识别和验证新的NAFLD生物标志物，以促进其预测、预防和个性化治疗	NAFLD相关基因和免疫细胞	机器学习	非酒精性脂肪肝病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CIBERSORT分析	多种机器学习模型	基因表达数据	三个NAFLD数据集中的23个重叠差异表达基因（DEGs），以及细胞和小鼠NAFLD模型
2502	2024-11-06	The study of Alzheimer's disease risk diagnosis based on natural killer cell marker genes in the multi-omics data 2024-Nov-03, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877241295316 PMID:39497294	研究论文	研究基于自然杀伤细胞标记基因的多组学数据进行阿尔茨海默病风险诊断	提出了一种新的特征选择算法ADGCN，并基于17个特征基因构建了诊断模型	NA	识别与阿尔茨海默病相关的特征基因，构建诊断模型并探索其潜在的生物学机制	自然杀伤细胞标记基因	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	ADGCN-XGBoost	多组学数据	NA
2503	2024-11-06	Single-cell transcriptomics reveals IRF7 regulation of the tumor microenvironment in isocitrate dehydrogenase wild-type glioma 2024-Nov, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.754 PMID:39492838	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组测序分析了IDH突变型和野生型胶质瘤患者的细胞亚群基因表达调控网络，揭示了IRF7在IDH野生型胶质瘤微环境中的调控作用	首次系统地建立了IDH转录活性在胶质瘤中的单细胞水平调控机制，并绘制了相应的细胞图谱	NA	探讨IDH突变型和野生型胶质瘤的基因表达调控网络及其在肿瘤微环境中的作用	IDH突变型和野生型胶质瘤患者的细胞亚群	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组测序	机器学习模型	RNA	IDH突变型和野生型胶质瘤患者
2504	2024-11-06	Seq-Scope: repurposing Illumina sequencing flow cells for high-resolution spatial transcriptomics 2024-Oct-31, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01065-0 PMID:39482362	研究论文	Seq-Scope利用Illumina测序平台进行高分辨率、高内容的空间转录组分析	Seq-Scope通过重新利用Illumina测序平台，克服了传统空间转录组技术的低分辨率、有限转录覆盖、复杂流程、可扩展性差和高成本等问题，提供亚微米级分辨率、高捕获效率、快速周转时间和精确的组织病理学注释	NA	开发一种高分辨率、高内容的空间转录组分析方法	组织切片的空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	多个组织切片，面积为7 mm × 7 mm或更大
2505	2024-11-06	Identification of immune feature genes and intercellular profiles in diabetic cardiomyopathy 2024-Oct-15, World journal of diabetes IF:4.2Q1 DOI:10.4239/wjd.v15.i10.2093 PMID:39493556	研究论文	研究探讨了糖尿病心肌病（DCM）中的免疫分子机制，并基于免疫特征基因构建了诊断和预后模型	首次识别出Proenkephalin（Penk）和retinol binding protein 7（Rbp7）作为潜在的DCM生物标志物，并揭示了间质细胞与免疫细胞之间的异常表型转换和信号交流	NA	探讨糖尿病心肌病中的免疫分子机制并构建诊断和预后模型	糖尿病心肌病患者的免疫特征基因和细胞间相互作用	数字病理学	心血管疾病	RNA测序（RNA-seq）、单样本基因集富集分析（ssGSEA）、实时定量聚合酶链反应和蛋白质印迹技术	机器学习	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据	验证队列中的样本数量未明确提及
2506	2024-11-06	Loss of Smek1 Induces Tauopathy and Triggers Neurodegeneration by Regulating Microtubule Stability 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202400584 PMID:39206808	研究论文	研究探讨了Smek1在tauopathy中防止神经退行性变的作用	首次证明Smek1缺乏通过加剧tau病理和线粒体功能障碍以年龄依赖性方式逐渐诱导神经退行性变	NA	研究Smek1在tauopathy和神经退行性变中的生理和病理作用	Smek1在tauopathy中的作用及其对神经退行性变的影响	NA	阿尔茨海默病	单细胞测序	NA	蛋白质相互作用分析	Smek1敲除小鼠和shSmek1细胞
2507	2024-11-06	Myeloid Cells and Sensory Nerves Mediate Peritendinous Adhesion Formation via Prostaglandin E2 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405367 PMID:39207041	研究论文	研究探讨了骨髓细胞和感觉神经通过前列腺素E2介导腱周粘连形成的机制	首次通过单细胞RNA测序分析结合条件性敲除小鼠模型，揭示了COX2在骨髓细胞和EP4基因在感觉神经中的作用，以及PGE2在腱修复中的复杂作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的单细胞RNA测序，可能无法完全反映人类临床情况	阐明前列腺素E2在腱周粘连形成和腱修复中的复杂作用	骨髓细胞、感觉神经、腱周粘连、腱修复	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠样本，以及八种条件性敲除小鼠
2508	2024-11-06	Hypoxic Upregulation of IER2 Increases Paracrine GMFG Signaling of Endoplasmic Reticulum Stress-CAF to Promote Chordoma Progression via Targeting ITGB1 2024-Oct, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405421 PMID:39207055	研究论文	研究揭示了缺氧环境下IER2上调通过靶向ITGB1促进脊索瘤进展的分子机制	首次阐明了缺氧微环境通过IER2上调促进脊索瘤进展的分子机制，并揭示了ERS-CAF通过IER2/GMFG/ITGB1轴调节SPP1巨噬细胞加剧脊索瘤进展	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	揭示脊索瘤中ERS-CAF亚群的致癌机制	脊索瘤中的ERS-CAF亚群及其在肿瘤进展中的作用	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、GeoMx数字空间分析仪、数据独立采集蛋白质组学、批量RNA测序、多重定量免疫荧光	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	多个脊索瘤样本
2509	2024-11-06	Single-cell genomics details the maturation block in BCP-ALL and identifies therapeutic vulnerabilities in DUX4-r cases 2024-09-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021705 PMID:38968149	研究论文	本文利用多模态单细胞测序技术，详细描述了B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）的成熟阻滞现象，并识别了DUX4重排（DUX4-r）亚型的治疗脆弱性	首次通过多模态单细胞测序技术，详细描绘了不同BCP-ALL亚型的转录组、表观遗传和免疫表型特征，并发现了DUX4-r亚型的多谱系启动和PI3K/AKT信号通路的激活	研究样本仅限于23例儿童BCP-ALL病例，可能无法完全代表所有BCP-ALL患者的情况	揭示BCP-ALL的生物学特性和治疗脆弱性，为开发新的治疗策略提供依据	B细胞前体急性淋巴细胞白血病（BCP-ALL）及其DUX4重排（DUX4-r）亚型	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	转录组、表观遗传和免疫表型数据	23例儿童BCP-ALL病例
2510	2024-11-06	NK cells with adhesion defects and reduced cytotoxic functions are associated with a poor prognosis in multiple myeloma 2024-09-19, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023023529 PMID:38875515	研究论文	研究分析了多发性骨髓瘤患者中NK细胞的粘附缺陷和细胞毒性功能降低与预后不良的关系	通过单细胞RNA测序分析了多发性骨髓瘤患者和健康供体中NK细胞的转录组变化，发现MM患者中CD56dim NK细胞亚群减少，而晚期NK细胞亚群增加，这些细胞具有低CD16和CD226表达和较差的细胞毒性功能	研究样本量较小，且仅限于特定患者群体，可能影响结果的普适性	探讨多发性骨髓瘤患者中NK细胞的功能变化及其与预后的关系	多发性骨髓瘤患者和健康供体中的NK细胞	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	10名多发性骨髓瘤患者和10名年龄/性别匹配的健康供体
2511	2024-11-06	CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia 2024-09-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021680 PMID:38776511	研究论文	研究探讨了急性髓系白血病中CD8+ T细胞的分化、功能障碍与治疗反应之间的关系	首次发现早期记忆CD8+ T细胞与治疗反应相关，并展示了两种不同的终端分化状态	研究主要基于高维流式细胞术和单细胞转录组学，可能需要更多临床验证	揭示急性髓系白血病中CD8+ T细胞的分化动态及其与治疗反应的关系	急性髓系白血病患者的CD8+ T细胞	NA	血液肿瘤	高维流式细胞术、单细胞转录组学	NA	细胞数据	未明确具体数量，但涉及多个独立数据集的整合
2512	2024-11-06	Upregulated expression of ubiquitin ligase TRIM21 promotes PKM2 nuclear translocation and astrocyte activation in experimental autoimmune encephalomyelitis 2024-Sep-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98181 PMID:39264698	研究论文	研究揭示了泛素连接酶TRIM21通过促进PKM2核转位和星形胶质细胞活化在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的作用	首次揭示了TRIM21通过泛素化介导的机制调控PKM2核转位，从而影响星形胶质细胞活化和神经炎症	NA	探讨代谢重编程在星形胶质细胞活化中的作用及其分子机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型中的星形胶质细胞	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	RNA	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠及小鼠原代星形胶质细胞
2513	2024-11-06	HA-1-targeted T-cell receptor T-cell therapy for recurrent leukemia after hematopoietic stem cell transplantation 2024-09-05, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024105 PMID:38683966	研究论文	本文报道了一项针对复发性白血病的HA-1靶向T细胞受体T细胞疗法的I期临床试验	开发了一种新的TCR-T产品，靶向HA-1抗原，用于治疗或巩固治疗复发性白血病和骨髓增生性肿瘤	研究未设计评估疗效，且样本量较小	评估HA-1 TCR-T在造血干细胞移植后治疗复发性白血病的可行性和安全性	复发性白血病和骨髓增生性肿瘤患者	NA	白血病	T细胞受体（TCR）基因转移	NA	RNA测序	9名造血干细胞移植后复发性白血病患者
2514	2024-11-06	Activation of cGAS/STING Drives Inflammation and Cellular Senescence of Macrophages in Ovarian Endometrioma Induced by Endometriotic Cyst Fluid 2024-Sep, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202300711 PMID:38864247	研究论文	研究探讨了卵巢子宫内膜异位囊肿液对卵巢功能的影响及其机制	发现cGAS/STING信号通路的激活在卵巢子宫内膜异位囊肿液诱导的炎症和细胞衰老中的作用，并验证了STING抑制剂H-151的缓解效果	NA	探讨卵巢子宫内膜异位囊肿液对卵巢功能的影响及其分子和细胞机制	卵巢子宫内膜异位囊肿液、卵巢功能、巨噬细胞	NA	卵巢疾病	单细胞测序	NA	临床样本	NA
2515	2024-11-06	Loss of NLRP6 increases the severity of kidney fibrosis 2024-Sep, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31347 PMID:38934623	研究论文	研究探讨了NLRP6在慢性肾脏疾病（CKD）中的作用及其在肾脏纤维化中的分子机制	首次揭示了NLRP6在肾脏纤维化中的保护作用，并阐明了其通过调节p38 MAPK信号通路影响纤维化进程的机制	研究主要基于小鼠模型和细胞培养，缺乏人类临床数据的支持	探讨NLRP6在慢性肾脏疾病中的作用及其分子机制	NLRP6在肾脏纤维化中的作用及其分子机制	NA	肾脏疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	野生型和Nlrp6缺陷小鼠，以及培养的近端小管细胞
2516	2024-11-06	Expression patterns of keratin family members during tooth development and the role of keratin 17 in cytodifferentiation of stratum intermedium and stellate reticulum 2024-Sep, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31387 PMID:39014890	研究论文	研究分析了角质蛋白家族成员在牙齿发育过程中的时空表达模式，并探讨了角质蛋白17在中间层和星网状结构细胞分化中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析了角质蛋白家族成员在牙齿发育过程中的表达模式，并揭示了角质蛋白17在中间层细胞分化中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨角质蛋白家族成员在牙齿发育中的表达模式及其在细胞分化中的作用	角质蛋白家族成员在牙齿发育中的表达及其对细胞分化的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自出生后第1天小鼠臼齿的单细胞RNA测序数据
2517	2024-11-06	Adaptation to ex vivo culture reduces human hematopoietic stem cell activity independently of the cell cycle 2024-08-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021426 PMID:38805639	研究论文	研究了人类造血干细胞在体外培养中的适应过程及其对细胞功能的影响	证明了造血干细胞在体外功能丧失与细胞周期进展无关，并提出了通过抑制JAK/STAT信号通路来改善干细胞长期再植功能的方法	研究主要集中在早期G1阶段的造血干细胞，未涵盖所有细胞周期阶段	探讨造血干细胞在体外培养中的功能丧失机制及其与细胞周期的关系	人类长期造血干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2518	2024-11-06	Integrative single-cell chromatin and transcriptome analysis of human plasma cell differentiation 2024-08-01, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023023237 PMID:38643512	研究论文	本文通过整合单细胞染色质和转录组分析，揭示了人类浆细胞分化的时空表观遗传和转录程序	本文首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）结合，解析了浆细胞分化的轨迹，并识别了关键的转录因子	本文主要依赖于体外培养系统，可能无法完全反映体内浆细胞分化的复杂性	揭示驱动浆细胞分化早期阶段的时空表观遗传和转录程序	人类浆细胞分化过程中的表观遗传和转录变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞数据	未具体说明样本数量
2519	2024-11-06	Enhanced prostatic Esr1+ luminal epithelial cells in the absence of SRD5A2 2024-07, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6283 PMID:38606616	研究论文	研究探讨了在缺乏SRD5A2的情况下，前列腺腔上皮细胞的异质性变化及其对前列腺发育的影响	发现了SRD5A2缺失后，ESR1+腔上皮细胞比例增加及其增殖表型的变化，揭示了SRD5A2独立的分化途径	研究主要基于小鼠模型和人类前列腺活检分析，可能存在种属差异	探究SRD5A2缺失对前列腺细胞异质性的影响及其在良性前列腺增生中的作用机制	小鼠前列腺细胞和人类前列腺活检样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类前列腺活检样本
2520	2024-11-06	Deciphering the spatiotemporal transcriptional and chromatin accessibility of human retinal organoid development at the single-cell level 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109397 PMID:38510120	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次在单细胞水平上解析了人视网膜类器官发育的时空转录组和染色质可及性	首次在单细胞水平上提供了视网膜类器官发育的时空转录组数据，并结合单细胞ATAC测序揭示了细胞类型特异的转录因子结合位点	研究主要集中在视网膜类器官的早期发育阶段，可能无法完全代表真实的人类视网膜发育过程	研究人视网膜类器官发育的分子机制	人视网膜类器官的早期发育	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、单细胞ATAC测序	NA	转录组数据	多个视网膜类器官样本