单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25161	2024-08-09	Ligand-receptor interaction atlas within and between tumor cells and T cells in lung adenocarcinoma 2020, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.42080 PMID:32549766	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和基因表达数据，分析了肺腺癌中肿瘤细胞与T细胞之间的配体-受体相互作用，并构建了一个基于这些相互作用的机器学习模型来预测肺腺癌患者的预后。	首次系统地分析了肺腺癌中肿瘤细胞与T细胞之间的配体-受体相互作用，并构建了一个有效的机器学习模型来预测患者的预后。	NA	揭示肺腺癌中肿瘤细胞与T细胞之间的功能性相互作用，并探索这些相互作用对肿瘤微环境及癌症进展的潜在机制。	肺腺癌患者的肿瘤细胞、上皮细胞和T细胞。	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	基因表达数据	39,692个细胞
25162	2024-08-09	Interactions of Hematopoietic Stem Cells with Bone Marrow Niche 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2020_298 PMID:32504296	研究论文	本文探讨了造血干细胞（HSCs）与骨髓微环境（niche）的相互作用	应用小鼠模型、高级成像技术、高通量单细胞RNA测序和单细胞质谱流式技术深入研究了HSCs与niche细胞的通信	NA	研究HSCs与骨髓微环境中三种重要细胞类型的相互作用	造血干细胞（HSCs）与骨髓微环境中的间充质干细胞（MSCs）、成骨细胞（OBs）和内皮细胞（ECs）	NA	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞质谱流式技术	NA	细胞	使用C57BL/6小鼠的股骨和胫骨中的骨髓
25163	2024-08-09	Single-cell RNA analysis on ACE2 expression provides insights into SARS-CoV-2 potential entry into the bloodstream and heart injury 2020-12, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.29802 PMID:32510598	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，分析了健康和纤维化肺部以及正常和衰竭成人心脏中ACE2的细胞类型特异性表达，探讨了SARS-CoV-2通过血液进入心脏的可能性及其对心脏损伤的影响。	首次揭示了纤维化肺部中ACE2主要在动脉血管细胞中表达，为SARS-CoV-2通过血液传播提供了可能途径，并发现衰竭心脏中ACE2表达的 cardiomyocytes 比例较高，提示SARS-CoV-2可能通过血液攻击心脏细胞。	NA	探讨SARS-CoV-2如何从肺部传播到其他器官，特别是通过血液进入心脏的可能性及其对心脏损伤的影响。	健康和纤维化肺部、正常和衰竭成人心脏中的ACE2表达。	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	健康和纤维化肺部、正常和衰竭成人心脏的细胞样本
25164	2024-08-09	Single-cell transcriptomic architecture and intercellular crosstalk of human intrahepatic cholangiocarcinoma 2020-11, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2020.05.039 PMID:32505533	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了8个人类肝内胆管癌（ICC）及其邻近样本的细胞，揭示了ICC的转录组全景和细胞间通信网络。	研究首次详细描述了人类ICC的单细胞转录组结构和细胞间对话，特别是发现了肿瘤相关成纤维细胞（vCAFs）与ICC细胞之间的相互作用。	研究主要集中在细胞水平的分析，未来研究可能需要进一步的功能性实验来验证这些发现的生物学意义。	阐明驱动肝内胆管癌进展的机制，并开发治疗策略。	人类肝内胆管癌及其邻近组织的细胞。	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	56,871个单细胞
25165	2024-08-09	Macrophage Subpopulation Dynamics Shift following Intravenous Infusion of Mesenchymal Stromal Cells 2020-09-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2020.05.022 PMID:32531238	研究论文	本文研究了静脉注射间充质基质细胞（MSCs）后巨噬细胞亚群动态变化及其对伤口愈合的影响	首次揭示了MSCs通过系统性影响巨噬细胞亚群，促进伤口愈合的机制，而不需要MSCs直接作用于局部	NA	探讨MSCs静脉注射后对巨噬细胞亚群的影响及其在伤口愈合中的作用	间充质基质细胞（MSCs）和巨噬细胞亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25166	2024-08-09	Bulk and single-cell gene expression analyses reveal aging human choriocapillaris has pro-inflammatory phenotype 2020-09, Microvascular research IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.mvr.2020.104031 PMID:32531351	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序分析了婴儿和成人供体的脉络膜基因表达，揭示了随着年龄增长，人类脉络膜出现促炎表型的现象。	本研究首次结合批量和单细胞RNA测序技术，详细分析了不同年龄段脉络膜基因表达的变化，特别是在单细胞水平上观察到了脉络膜内皮细胞中特定基因的差异表达。	研究样本量较小，可能影响结果的普遍性和可靠性。	探究年龄相关性黄斑变性（AMD）中脉络膜血管的结构和基因表达变化。	婴儿和成人供体的脉络膜。	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	RNA测序	NA	基因表达数据	批量实验中婴儿4例，成人13例；单细胞实验中婴儿2例，成人6例。
25167	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Human, Macaque, and Mouse Testes Uncovers Conserved and Divergent Features of Mammalian Spermatogenesis 2020-08-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.05.010 PMID:32504559	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，比较了人、猕猴和鼠的睾丸中主要生殖细胞和体细胞类型的转录特征，揭示了哺乳动物精子发生过程中的保守和差异特征	首次在人、猕猴和鼠中使用单细胞RNA测序技术，系统比较了精子发生过程中的转录特征，为理解灵长类生殖细胞发育和体外配子发生提供了丰富的数据基础	NA	探讨人、猕猴和鼠在精子发生过程中的分子标记和细胞状态的保守性和差异性	人、猕猴和鼠的睾丸中的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人、猕猴和鼠的睾丸样本
25168	2024-08-09	Distinct iNKT Cell Populations Use IFNγ or ER Stress-Induced IL-10 to Control Adipose Tissue Homeostasis 2020-08-04, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2020.05.017 PMID:32516575	研究论文	研究通过单细胞RNA测序发现脂肪组织中的iNKT细胞群，这些细胞群根据NK1.1表达分为两类功能性群体，分别产生IL-10和IFNγ，以维持代谢稳态	首次揭示了脂肪组织iNKT细胞通过产生IL-10和IFNγ来控制代谢稳态的机制，并发现了NK1.1 iNKT细胞在限制病理性巨噬细胞扩张中的新作用	NA	探究脂肪组织iNKT细胞如何通过不同途径维持代谢稳态	脂肪组织中的iNKT细胞及其在代谢稳态中的作用	免疫学	代谢疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个脂肪组织iNKT细胞群
25169	2024-08-09	A novel recombinant cccDNA-based mouse model with long term maintenance of rcccDNA and antigenemia 2020-08, Antiviral research IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.antiviral.2020.104826 PMID:32502604	研究论文	本文通过结合Cre/loxP介导的重组和腺相关病毒（AAV）载体递送策略，建立了一种新型重组共价闭合环状DNA（rcccDNA）小鼠模型，用于研究HBV的cccDNA持久性。	该研究首次成功建立了能够长期维持肝内rcccDNA的小鼠模型，并通过多种检测方法验证了其持久性和稳定性。	尽管该模型能够模拟HBV感染的免疫耐受状态，但所测试的三种抗HBV药物均未能降低rcccDNA水平。	旨在开发一种适用于研究HBV cccDNA持久性和干预策略的小鼠模型。	研究对象为HBV的cccDNA及其在体内的持久性和免疫反应。	NA	肝炎	Cre/loxP介导的重组技术，腺相关病毒（AAV）载体递送	小鼠模型	DNA	实验涉及的小鼠数量未在摘要中明确提及
25170	2024-08-09	Single-cell RNA-seq Analysis Reveals That Prenatal Arsenic Exposure Results in Long-term, Adverse Effects on Immune Gene Expression in Response to Influenza A Infection 2020-08-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaa080 PMID:32514536	研究论文	本研究探讨了孕期砷暴露对成年后流感A病毒感染免疫反应的长期影响	首次直接证明孕期饮用水中砷暴露会导致成年小鼠对流感A病毒感染的超炎症反应，并伴随显著的肺损伤	NA	研究孕期砷暴露对成年后流感A病毒感染免疫反应的影响	C57BL/6J小鼠	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	孕期暴露于100 ppb 亚砷酸钠的小鼠，成年后感染流感A病毒(H1N1)
25171	2024-08-09	Single-cell transcriptional profiling identifies a cluster of potential metastasis-associated UBE2C+ cells in immature ovarian teratoma 2020-07-30, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.05.144 PMID:32505346	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了一名2岁儿童的未成熟卵巢畸胎瘤及其肝转移的细胞和分子事件	首次在未成熟卵巢畸胎瘤中发现UBE2C+上皮细胞簇，并探讨了其在肿瘤转移中的潜在作用	研究样本仅来自一名患者，可能限制了结果的普遍性	解析未成熟卵巢畸胎瘤的疾病异质性，并识别与转移相关的细胞和分子事件	未成熟卵巢畸胎瘤及其转移的细胞和分子机制	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5976个细胞
25172	2024-08-09	Human CNS barrier-forming organoids with cerebrospinal fluid production 2020-07-10, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaz5626 PMID:32527923	研究论文	本文介绍了构建具有选择性屏障和类脑脊液分泌功能的人类脉络丛类器官的方法	首次成功构建了具有选择性屏障和类脑脊液分泌功能的人类脉络丛类器官，并展示了其在预测新化合物中枢神经系统渗透性方面的应用	NA	研究人类脉络丛类器官的构建及其在预测新化合物中枢神经系统渗透性中的应用	人类脉络丛类器官及其分泌的类脑脊液	NA	NA	单细胞转录组学和蛋白质组学分析	NA	转录组和蛋白质组数据	NA
25173	2024-08-09	BATMAN: Fast and Accurate Integration of Single-Cell RNA-Seq Datasets via Minimum-Weight Matching 2020-Jun-26, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101185 PMID:32504875	研究论文	本文提出了一种名为BATMAN的新型单细胞RNA测序数据集整合方法，通过最小权重匹配实现快速准确的整合	BATMAN方法在多个模拟和真实数据集上显著优于现有工具，能够有效校正批次效应并保持数据集的局部结构	NA	提高单细胞RNA测序实验的效率和准确性	单细胞RNA测序数据集的整合	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	最小权重匹配	基因表达数据	多个数据集中的大量单细胞样本
25174	2024-08-09	Hepatocyte-specific TAK1 deficiency drives RIPK1 kinase-dependent inflammation to promote liver fibrosis and hepatocellular carcinoma 2020-06-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2005353117 PMID:32513687	研究论文	本文研究了肝细胞特异性TAK1缺乏通过RIPK1激酶依赖的炎症促进肝纤维化和肝细胞癌的作用及机制	首次报道了RIPK1激酶在肝细胞特异性TAK1缺乏引起的炎症中的作用，并提出了通过抑制RIPK1激酶来减少肝纤维化和肝细胞癌发展的治疗策略	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨RIPK1激酶在肝纤维化和肝细胞癌发展中的作用及其机制	肝细胞特异性TAK1缺乏和RIPK1激酶在肝纤维化和肝细胞癌中的作用	生物医学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	老鼠模型
25175	2024-08-09	A flexible network-based imputing-and-fusing approach towards the identification of cell types from single-cell RNA-seq data 2020-Jun-11, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-03547-w PMID:32527285	研究论文	本文提出了一种基于网络的插补与融合框架NetImpute，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型	该框架通过整合多种生物网络数据，利用统计方法检测噪声数据并开发新的插补模型，以估计真实数据值，并提出一种综合方法来识别细胞类型	NA	提高从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	插补模型	基因表达数据	NA
25176	2024-08-09	Selective Induction of Human Autonomic Neurons Enables Precise Control of Cardiomyocyte Beating 2020-06-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-66303-3 PMID:32528170	研究论文	本研究开发了一种逐步化学诱导方法，用于诱导类似交感神经和副交感神经的自主神经系统（ANS）神经元	首次有效地从人多能干细胞（hPSCs）中诱导出副交感神经元，并实现了对心肌细胞搏动率的精确控制	NA	开发一种新的化学诱导方法，以诱导出具有特定功能的交感神经和副交感神经元	人多能干细胞（hPSCs）衍生的交感神经和副交感神经元	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据	NA
25177	2024-08-09	PRMT1-p53 Pathway Controls Epicardial EMT and Invasion 2020-06-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.107739 PMID:32521264	研究论文	本研究揭示了蛋白精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在心外膜细胞侵袭和分化中的关键作用	首次阐明了PRMT1-p53通路在心外膜细胞命运转变中的分子机制	NA	探讨PRMT1-p53通路在心脏发育中的作用	心外膜细胞及其衍生的细胞系	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	特定的心外膜细胞系
25178	2024-08-09	The regulation and pharmacological modulation of immune complex induced type III IFN production by plasmacytoid dendritic cells 2020-06-05, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-020-02186-z PMID:32503683	研究论文	研究系统性红斑狼疮（SLE）患者中，免疫复合物诱导的浆细胞样树突状细胞（pDCs）产生III型干扰素（IFN）的调控及药物调节机制	首次探讨了RNA-IC在pDCs中诱导III型IFN产生的方式，并研究了NK细胞、B细胞及多种促炎细胞因子对此过程的增强作用	NA	探讨RNA-IC如何诱导pDCs产生III型IFN及其调控机制	系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞（PBMCs）或免疫细胞亚群	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（ddSEQ技术）	NA	RNA	健康献血者及SLE患者的PBMCs或免疫细胞亚群
25179	2024-08-09	Detecting differential alternative splicing events in scRNA-seq with or without Unique Molecular Identifiers 2020-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007925 PMID:32502143	研究论文	本文提出了一种名为SCATS的方法，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中进行差异剪接分析，该方法能够在低覆盖度下通过考虑技术噪声实现高灵敏度	SCATS方法能够处理带有或不带有唯一分子标识符（UMIs）的scRNA-seq数据，并且通过分组来自同一异构体的'外显子'，即使在低测序深度下也能检测剪接事件	NA	研究单细胞RNA测序技术中的差异剪接事件	单细胞RNA测序数据中的差异剪接事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	SCATS	RNA测序数据	使用了模拟和真实的单细胞RNA测序数据集进行评估
25180	2024-08-09	Epithelial barriers in allergy and asthma 2020-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.04.010 PMID:32507228	综述	本文综述了上皮屏障在过敏和哮喘中的作用及其在呼吸道炎症病理生理学中的重要性	利用单细胞转录组学揭示了可能与慢性呼吸道疾病相关的新的上皮细胞类型	NA	探讨上皮屏障缺陷在2型驱动慢性呼吸道炎症中的作用及当前临床诊断和治疗挑战	上皮屏障在过敏性鼻炎、慢性鼻窦炎和哮喘中的功能障碍	NA	过敏性鼻炎, 慢性鼻窦炎, 哮喘	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA