单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
25021	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq revealed profound immune alteration in the peripheral blood of patients with bacterial infection 2021-Feb, International journal of infectious diseases : IJID : official publication of the International Society for Infectious Diseases IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.ijid.2020.11.205 PMID:33278616	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了细菌感染患者外周血中免疫细胞的变化	开发了名为PBMCode的条形码分析框架，揭示了细菌感染下外周血中免疫细胞群和细胞状态的详细变化	需要在未来研究中进一步关注宿主对细菌感染反应的复杂性	更好地理解人类宿主对细菌感染的反应，以改善人类健康	细菌感染患者外周血中的免疫细胞	NA	细菌感染	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	外周血单个核细胞（PBMCs）
25022	2024-08-09	Gene Regulatory Network Analysis and Engineering Directs Development and Vascularization of Multilineage Human Liver Organoids 2021-01-20, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.11.002 PMID:33290741	研究论文	本文展示了通过整合分析和工程化基因调控网络（GRNs）在多谱系人肝类器官中指导成熟和血管形态发生的方法	通过过表达PROX1和ATF5，结合靶向CRISPR介导的转录激活内源性CYP3A4，重新编程组织GRN，改善了原生肝功能	NA	研究如何通过基因调控网络的分析和工程化促进人肝类器官的发育和血管化	多谱系人肝类器官	NA	NA	CRISPR	NA	RNA-seq	NA
25023	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of human breast tumour-infiltrating immune cells reveals a γδ T-cell subtype associated with good clinical outcome 2021-01, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202000680 PMID:33268347	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人类乳腺癌肿瘤浸润性免疫细胞中的γδ T细胞亚型，发现一种与良好临床结果相关的γδ T细胞亚型	本研究首次在乳腺癌肿瘤中鉴定出一种与改善总体癌症生存率相关的γδ T细胞亚型	NA	探索γδ T细胞在癌症免疫治疗中的潜在应用	人类乳腺癌肿瘤浸润性γδ T细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康成人供体的外周血γδ T细胞和乳腺癌患者的肿瘤活检样本
25024	2024-08-09	Analysis of canine myeloid-derived suppressor cells (MDSCs) utilizing fluorescence-activated cell sorting, RNA protection mediums to yield quality RNA for single-cell RNA sequencing 2021-Jan, Veterinary immunology and immunopathology IF:1.4Q2 DOI:10.1016/j.vetimm.2020.110144 PMID:33278779	研究论文	本研究通过荧光激活细胞分选（FACS）和RNA保护介质优化犬类髓源抑制细胞（MDSC）的单细胞RNA测序	本研究优化了MDSC的FACS分选策略，并使用了RiboLock™和RNAlater™来保护RNA质量，提高了RNA完整性，从而改善了单细胞RNA测序的数据质量	由于正常样本中细胞数量较少，未进行进一步的通路分析	优化犬类MDSC的FACS分选和RNA保护方法，以提高单细胞RNA测序的数据质量	犬类髓源抑制细胞（MDSC）	数字病理学	口腔黑色素瘤	荧光激活细胞分选（FACS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	两个样本，一个来自正常犬，另一个来自未治疗的口腔黑色素瘤犬
25025	2024-08-09	Single-cell analysis reveals the purification and maturation effects of glucose starvation in hiPSC-CMs 2021-01-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.11.076 PMID:33279112	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了葡萄糖饥饿对人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）纯化和成熟的影响。	首次全面评估了葡萄糖饥饿对hiPSC-CMs转录异质性的影响，并揭示了其对心肌细胞纯化和成熟的作用。	NA	探讨葡萄糖饥饿处理对hiPSC-CMs纯化和成熟的影响。	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
25026	2024-08-09	Diversification of molecularly defined myenteric neuron classes revealed by single-cell RNA sequencing 2021-01, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-00736-x PMID:33288908	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，在小鼠小肠的肠神经系统（ENS）中定义了12种肠神经元类别的分子分类	揭示了神经元多样化的一个新原理，即通过二元神经发生分支和随后的有丝分裂后分化产生不同神经元类别	NA	探索肠神经系统中神经元类型的多样性及其在发育过程中的形成机制	小鼠小肠的肠神经系统中的神经元	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
25027	2024-08-09	Tutorial: guidelines for the computational analysis of single-cell RNA sequencing data 2021-01, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-020-00409-w PMID:33288955	教程	本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的计算分析流程	提供了最佳实践指南和实用指南	NA	为实验人员提供数据分析指南，为生物信息学家提供新计算方法的概述	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	大量单个细胞
25028	2024-08-09	Single-Cell Sequencing of Developing Human Gut Reveals Transcriptional Links to Childhood Crohn's Disease 2020-12-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.11.010 PMID:33290721	研究论文	本研究通过单细胞测序技术深入分析了6-10周龄人类胚胎肠道的发育过程，并探讨了其与儿童克罗恩病之间的转录联系	首次生成了6-10周龄人类胚胎肠道的深度单细胞图谱，并揭示了与儿童克罗恩病相关的转录因子重激活现象	NA	探讨人类胚胎肠道发育的转录特征及其与儿童克罗恩病的关系	6-10周龄人类胚胎肠道细胞及儿童克罗恩病组织	数字病理学	克罗恩病	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
25029	2024-08-09	Shifts of Immune Cell Populations Differ in Response to Different Effectors of Beige Remodeling of Adipose Tissue 2020-Dec-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101765 PMID:33294778	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了白色脂肪组织在Adrb3和冷诱导的米色重塑过程中的细胞动态变化。	揭示了Adrb3和冷诱导的米色重塑过程中细胞组成和转录状态的显著变化，并发现冷刺激导致免疫细胞从髓系向淋巴系转移。	NA	探讨不同效应因子诱导的米色脂肪组织重塑过程中免疫细胞群的变化。	白色脂肪组织在Adrb3和冷诱导的米色重塑过程中的细胞动态变化。	NA	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
25030	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Dissects the Replicating Process of Pancreatic Beta Cells in Partial Pancreatectomy Model 2020-Dec-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101774 PMID:33294783	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了部分胰腺切除模型中胰腺β细胞的复制过程的转录动态	首次通过单细胞RNA测序揭示了胰腺β细胞复制过程中的基因表达异质性和细胞周期转换	NA	探究成人胰腺中β细胞质量恢复的分子机制	胰腺β细胞的复制过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠胰腺组织
25031	2024-08-09	Single-Cell Sequencing-Enabled Hexokinase 2 Assay for Noninvasive Bladder Cancer Diagnosis and Screening by Detecting Rare Malignant Cells in Urine 2020-12-15, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.0c04282 PMID:33269906	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞测序的己糖激酶2（HK2）检测方法，用于非侵入性膀胱癌诊断和筛查	该方法通过检测尿液中罕见的恶性细胞，提高了膀胱癌诊断的敏感性和特异性	需要进一步研究以验证该方法在更大规模人群中的应用效果	开发一种非侵入性且敏感的膀胱癌诊断方法	尿液中的恶性细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序（SCS）	NA	细胞	训练集包含8名尿路上皮癌患者的385个细胞样本，验证集包含384名患者，健康组包含846名健康个体
25032	2024-08-09	Neuronal differentiation strategies: insights from single-cell sequencing and machine learning 2020-12-08, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.193631 PMID:33293292	假设性文章	本文探讨了利用单细胞测序技术和机器学习改进神经元分化策略的方法	提出了一种结合单细胞测序技术和机器学习的选择编程因子序列的方法，以改善神经元分化过程	当前的分化协议通常导致部分分化的细胞或产生多种细胞类型的混合	克服现有神经元分化方法的低效率，提高分化协议的效果	神经元分化过程中的编程因子选择	机器学习	NA	单细胞测序	机器学习	基因表达数据	NA
25033	2024-08-09	Thymic iNKT single cell analyses unmask the common developmental program of mouse innate T cells 2020-12-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20073-8 PMID:33288744	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了超过10,000个胸腺不变自然杀伤T细胞的分化过程，揭示了这些细胞的成熟、功能和命运决策	研究发现胸腺不变自然杀伤T细胞与黏膜相关不变T细胞之间存在共同的转录谱，并揭示了Hivep3转录因子在早期前体中的表达及其对iNKT细胞增殖、分化和功能的影响	NA	研究胸腺中不变自然杀伤T细胞的分化过程及其共同发育程序	胸腺不变自然杀伤T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过10,000个胸腺不变自然杀伤T细胞
25034	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of a Postmenopausal Normal Breast Tissue Identifies Multiple Cell Types That Contribute to Breast Cancer 2020-Dec-04, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers12123639 PMID:33291647	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了来自绝经后正常乳腺组织的3193个单细胞，识别出多种与乳腺癌相关的细胞类型	首次全面分析了绝经后正常乳腺组织中的非上皮细胞类型，并探讨了这些细胞类型在乳腺癌中的潜在作用	研究样本仅来自单一的绝经后乳腺组织，可能无法代表所有乳腺组织的情况	探究绝经后正常乳腺组织中的细胞组成及其在乳腺癌中的作用	绝经后正常乳腺组织中的单细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3193个单细胞
25035	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals CD16- monocytes as key regulators of human monocyte transcriptional response to Toxoplasma 2020-12-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-78250-0 PMID:33273621	研究论文	本研究使用单细胞双RNA测序技术（scDual-Seq）首次全面定义了人类单核细胞与弓形虫相互作用中的转录反应	首次使用单细胞双RNA测序技术在单细胞水平上全面定义了人类单核细胞与弓形虫的相互作用	NA	深入理解人类单核细胞与弓形虫相互作用的分子机制，以加速开发新型人类弓形虫病控制策略	人类单核细胞与弓形虫的相互作用	数字病理学	弓形虫病	单细胞双RNA测序（scDual-Seq）	NA	转录组数据	涉及单个单核细胞样本
25036	2024-08-09	Tumor-promoting macrophages prevail in malignant ascites of advanced gastric cancer 2020-12, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-020-00538-y PMID:33277616	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了胃癌恶性腹水中的肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞的细胞特征	首次揭示了胃癌恶性腹水中巨噬细胞的非炎症特性，并展示了这些特性与胃癌预后的关联	样本量较小，仅分析了四个恶性腹水样本和一个脑脊液样本	探索胃癌恶性腹水中细胞的特征，以优化治疗策略	胃癌恶性腹水中的肿瘤细胞、巨噬细胞和间皮细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	分析了180个细胞，包括肿瘤细胞、巨噬细胞和间皮细胞
25037	2024-08-09	Alternative Polyadenylation: a new frontier in post transcriptional regulation 2020-Nov-25, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-020-00249-6 PMID:33292571	综述	本文综述了选择性多聚腺苷酸化（APA）这一重要的转录后调控机制，及其在RNA加工、细胞功能和疾病调控中的作用	介绍了现代高通量技术如下一代测序（NGS）和单细胞测序技术在APA研究中的应用	APA的许多生物学过程仍未知，需要进一步研究	综述APA的当前知识及其调控机制，并探讨APA研究的未来方向	选择性多聚腺苷酸化及其调控因子	NA	NA	下一代测序（NGS）	NA	NA	NA
25038	2024-08-09	Osteopontin Links Myeloid Activation and Disease Progression in Systemic Sclerosis 2020-11-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2020.100140 PMID:33294861	研究论文	本文探讨了骨桥蛋白（OPN）在系统性硬化症（SSc）患者中与髓系细胞激活和疾病进展的关系	首次证明了免疫复合物（ICs）通过激活人单核细胞并促进肺成纤维细胞迁移，部分通过OPN分泌，以及OPN与单核细胞集落刺激因子和白细胞介素-6的相互作用	NA	揭示系统性硬化症中肺纤维化的潜在机制	系统性硬化症患者的肺纤维化	NA	系统性硬化症	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA	系统性硬化症患者的肺组织和血清样本
25039	2024-08-09	DSAVE: Detection of misclassified cells in single-cell RNA-Seq data 2020, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0243360 PMID:33270740	研究论文	本文开发了一种名为DSAVE的方法，用于评估单细胞转录组聚类的纯度并识别错误分类的细胞	DSAVE方法利用下采样消除采样噪声差异，并使用基于对数似然度的度量来帮助识别错误分类的细胞	NA	评估单细胞转录组聚类的纯度并识别错误分类的细胞	单细胞RNA测序数据中的错误分类细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
25040	2024-08-09	Ultra-fast scalable estimation of single-cell differentiation potency from scRNA-Seq data 2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa987 PMID:33244588	研究论文	本文介绍了一种名为Correlation of Connectome and Transcriptome (CCAT)的单细胞分化潜能评估方法，该方法能够快速准确地处理大规模scRNA-Seq数据	CCAT方法在处理大规模数据时比现有最先进方法快100倍，且具有更高的鲁棒性和较低的计算成本	NA	开发一种快速且准确的算法来评估单细胞RNA-Seq数据中的分化潜能	单细胞RNA-Seq数据中的分化潜能	生物信息学	NA	scRNA-Seq	CCAT	RNA-Seq数据	超过200万个细胞