单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 24981 - 25000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 24981 | 2024-08-09 |
OscoNet: inferring oscillatory gene networks
2020-Aug-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03561-y
PMID:32838730
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研究论文 | 本文提出了一种改进的优化方案OscoNet，用于从单细胞RNA-seq数据中识别振荡基因网络，并提供了一种校准良好的非参数假设检验方法来选择振荡基因 | OscoNet通过改进优化方案和提供非参数假设检验方法，提高了对振荡基因的检测灵敏度，并能更准确地恢复基因簇的真实细胞顺序 | NA | 旨在从单细胞数据中发现振荡基因网络 | 振荡基因及其在生物学中的作用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及合成数据和三个真实数据集 |
| 24982 | 2024-08-09 |
Isolation of Adipogenic and Fibro-Inflammatory Stromal Cell Subpopulations from Murine Intra-Abdominal Adipose Depots
2020-08-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/61610
PMID:32865529
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研究论文 | 本文描述了从成年小鼠的腹腔内脂肪库中分离脂肪生成和纤维炎症间质细胞亚群的方法 | 利用单细胞测序技术识别了功能上不同的纤维炎症和脂肪生成PDGFRβ+周围血管细胞亚群，并介绍了通过荧光激活细胞分选（FACS）或基于生物素化抗体的免疫磁珠技术分离这些细胞亚群的方法 | NA | 研究在生理或病理条件下，单独研究间质细胞亚群的功能特性，以扩展我们对脂肪组织重塑的当前认识 | 成年小鼠腹腔内脂肪库中的脂肪生成和纤维炎症间质细胞亚群 | NA | NA | 单细胞测序技术，荧光激活细胞分选（FACS），免疫磁珠技术 | NA | 细胞 | 成年小鼠的腹腔内脂肪库中的细胞亚群 |
| 24983 | 2024-08-09 |
Vascular underpinning of COVID-19
2020-08, Open biology
IF:4.5Q1
DOI:10.1098/rsob.200208
PMID:32847471
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研究论文 | 本文综述了COVID-19的血管基础，包括微血管炎症、细胞因子释放失调、血管通透性增加和促血栓形成状态，并探讨了SARS-CoV-2进入宿主血管细胞的途径及实验设计考虑。 | 首次整合了COVID-19的微血管炎症和细胞因子释放失调的信息，并探讨了SARS-CoV-2进入血管细胞的替代途径。 | NA | 理解COVID-19发病机制的血管基础，以改善治疗结果和降低死亡率。 | COVID-19的血管功能障碍、血栓形成和炎症调节。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织 | 多个器官的病人组织 |
| 24984 | 2024-08-09 |
Heterotypic cell-cell communication regulates glandular stem cell multipotency
2020-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2632-y
PMID:32848220
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研究论文 | 研究显示，在腺体上皮中，LCs的缺失会重新激活BSCs的多能性，并通过RNA测序揭示了BSCs在LCs缺失后激活的混合基底和腔细胞分化程序。 | 首次揭示了LCs与BCs之间的异型细胞间通讯对于维持腺体上皮干细胞谱系忠实性的重要性。 | NA | 探讨腺体上皮干细胞多能性的调控机制。 | 腺体上皮的基底细胞（BCs）和腔细胞（LCs）。 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠体内的多个上皮组织和体外器官培养模型。 |
| 24985 | 2024-08-09 |
Cellular diversity of the regenerating caudal fin
2020-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba2084
PMID:32851162
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研究论文 | 本文通过创建单细胞转录组图谱，研究了斑马鱼尾鳍再生过程中基因调控程序的动态变化。 | 首次系统性地描述了再生尾鳍中细胞的组成及其状态转换的分子定义。 | NA | 研究斑马鱼尾鳍再生过程中细胞多样性和基因调控程序的动态变化。 | 斑马鱼尾鳍再生过程中的细胞类型和基因表达模式。 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 包括受伤前和受伤后1/2/4天的尾鳍组织样本 |
| 24986 | 2024-08-09 |
Ischemia Reperfusion Injury Triggers CXCL13 Release and B-Cell Recruitment After Allogenic Kidney Transplantation
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.01204
PMID:32849490
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研究论文 | 本研究探讨了缺血再灌注损伤（IRI）在同种异体肾移植后是否会导致CXCL13水平上调及其对B细胞招募的影响 | 首次证明了IRI在肾移植中与CXCL13水平升高相关，并揭示了B细胞的招募与CXCL13表达的关系 | 研究仅在鼠模型中进行，结果的临床相关性需要进一步验证 | 探索IRI在肾移植中对CXCL13水平的影响及其机制 | CXCL13在肾移植中的表达及其对B细胞招募的作用 | NA | 肾移植 | 免疫组织化学研究，单细胞RNA测序分析 | NA | 细胞 | 研究使用了单侧和双侧肾IRI的鼠模型 |
| 24987 | 2024-08-09 |
Conventional and Computational Flow Cytometry Analyses Reveal Sustained Human Intrathymic T Cell Development From Birth Until Puberty
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.01659
PMID:32849574
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研究论文 | 本文通过常规和计算流式细胞术分析，研究了从出生到青春期人类胸腺内T细胞发育的持续性 | 建立了新的计算分析流程，该流程从单细胞转录组测序数据分析中改编而来，能够克服批次效应，同时分析多个样本，并通过子采样限制计算成本，依赖KNN图进行基于图的聚类 | 尽管使用了新的计算分析方法，但胸腺早期退化对T细胞发育的影响仍需进一步研究 | 研究胸腺退化对胸腺内免疫亚群频率的影响 | 从出生到14岁的人类胸腺样本 | NA | NA | 流式细胞术 | KNN图 | 细胞 | 从出生到14岁的多个胸腺样本 |
| 24988 | 2024-08-09 |
Characterization of the Bronchoalveolar Lavage Fluid by Single Cell Gene Expression Analysis in Healthy Dogs: A Promising Technique
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.01707
PMID:32849601
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研究论文 | 本研究利用单细胞mRNA测序技术（scRNA-seq）分析健康犬的支气管肺泡灌洗液（BALF）中的细胞异质性 | 首次在犬类中使用scRNA-seq技术研究BALF中的细胞亚群，并识别出14种不同的细胞集群 | NA | 验证scRNA-seq技术在犬类组织成分研究中的潜力 | 健康犬的支气管肺泡灌洗液中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 4只健康犬，共分析了5,710个细胞 |
| 24989 | 2024-08-09 |
Neural Regulation of Feeding Behavior
2020, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-15-7086-5_3
PMID:32852737
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研究论文 | 本文探讨了神经调节摄食行为的电路和细胞机制 | 采用了基因操作、光遗传学、病毒示踪和单细胞测序等先进技术，提供了关于中枢神经系统如何调节食物摄入的新见解 | NA | 研究能量平衡和摄食行为的协调机制 | 神经调节摄食行为的电路和细胞机制 | 神经科学 | 肥胖症，厌食症 | 基因操作，光遗传学，病毒示踪，单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 24990 | 2024-08-09 |
Reciprocal change in Glucose metabolism of Cancer and Immune Cells mediated by different Glucose Transporters predicts Immunotherapy response
2020, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.48954
PMID:32863946
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研究论文 | 研究通过分析RNA-seq和FDG正电子发射断层扫描（PET）数据，探讨了肺癌鳞状细胞癌（LUSC）中葡萄糖转运蛋白（GLUT）表达与免疫细胞富集分数（ImmuneScore）及免疫治疗反应之间的关系 | 首次探讨了GLUT3/GLUT1比率作为免疫代谢功能的代表，并研究了其与免疫治疗反应的关联 | 研究样本量有限，且仅限于肺癌鳞状细胞癌和黑色素瘤患者 | 探索肿瘤微环境中的葡萄糖代谢特性及其在免疫治疗反应中的潜在应用 | 肺癌鳞状细胞癌（LUSC）和黑色素瘤患者的肿瘤和免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, FDG正电子发射断层扫描 | NA | RNA-seq数据, 图像 | 63例肺癌鳞状细胞癌样本, 5例肺癌样本, 两个黑色素瘤队列 |
| 24991 | 2024-08-09 |
CIPHER-SC: Disease-Gene Association Inference Using Graph Convolution on a Context-Aware Network With Single-Cell Data
2022 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2020.3017547
PMID:32809944
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研究论文 | 本文介绍了一种基于图卷积的疾病-基因关联推断方法CIPHER-SC，该方法利用单细胞转录组数据构建了一个上下文感知网络，实现了端到端的训练架构 | 引入了单细胞转录组数据，构建了上下文感知网络，实现了无偏差的数据整合和端到端的训练架构 | NA | 推断疾病-基因关联，揭示疾病发病机制，并为治疗提供帮助 | 疾病-基因关联 | 机器学习 | NA | 图卷积 | 图卷积网络 | 单细胞转录组数据 | 涉及三个不同的测试集进行五折交叉验证 |
| 24992 | 2024-08-09 |
LncAS2Cancer: a comprehensive database for alternative splicing of lncRNAs across human cancers
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa179
PMID:32820322
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研究论文 | 本文开发了一个名为LncAS2Cancer的综合数据库，收集了大量RNA测序和单细胞RNA测序样本，涵盖超过30种癌症类型，用于研究长链非编码RNA（lncRNA）在癌症中的选择性剪接模式。 | LncAS2Cancer数据库首次专注于癌症相关lncRNA的选择性剪接，提供了丰富的剪接模式和注释信息，有助于识别新的癌症相关lncRNA异构体。 | NA | 开发一个全面的数据库，以研究lncRNA在人类癌症中的选择性剪接模式及其功能影响。 | lncRNA的选择性剪接模式及其在人类癌症中的功能角色。 | NA | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 5335个大量RNA测序样本和1826个单细胞RNA测序样本 |
| 24993 | 2024-08-09 |
FOXI1 expression in chromophobe renal cell carcinoma and renal oncocytoma: a study of The Cancer Genome Atlas transcriptome-based outlier mining and immunohistochemistry
2021-Apr, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-020-02900-x
PMID:32812119
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研究论文 | 本研究利用The Cancer Genome Atlas（TCGA）的转录组数据，结合基因表达综合数据库和单细胞RNA测序数据，分析了FOXI1在正常肾组织和不同肾肿瘤中的mRNA表达，并通过免疫组化验证了FOXI1在肾间介细胞（ICs）、透明细胞癌（chRCC）和肾嗜酸细胞瘤（RO）中的表达水平。 | 首次详细研究了FOXI1在肾肿瘤中的表达模式，并发现其在ICs、chRCCs和ROs中的显著上调表达，表明FOXI1可能是IC相关肿瘤的潜在生物标志物。 | 研究主要基于TCGA数据库和有限的组织样本，可能存在样本选择偏倚。 | 探讨FOXI1在肾肿瘤中的表达及其作为诊断标志物的潜力。 | FOXI1在正常肾组织和不同肾肿瘤中的mRNA表达及免疫组化染色。 | 数字病理学 | 肾癌 | 转录组分析、免疫组化 | NA | 基因表达数据、组织切片图像 | 367例不同类型的肾肿瘤组织 |
| 24994 | 2024-08-09 |
Skin is a potential host of SARS-CoV-2: A clinical, single-cell transcriptome-profiling and histologic study
2020-Dec, Journal of the American Academy of Dermatology
IF:12.8Q1
DOI:10.1016/j.jaad.2020.08.057
PMID:32822795
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24995 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptional Analyses Identify Lineage-Specific Epithelial Responses to Inflammation and Metaplastic Development in the Gastric Corpus
2020-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.027
PMID:32835664
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了慢性胃炎中胃体上皮细胞在炎症和化生发展中的谱系特异性反应。 | 本研究首次将Gkn3 mRNA作为小鼠胃体化生的特异性标记，并扩展了胃化生的定义，包括胃体中的GKN3阳性细胞。 | NA | 研究慢性萎缩性胃炎导致胃化生和胃腺癌风险增加的机制。 | 胃体上皮细胞，特别是粘液颈部细胞和主细胞在慢性胃炎中的转录程序。 | 数字病理学 | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | BALB/c小鼠（对照组）和TxA23小鼠的胃体上皮细胞，以及B6小鼠和人类患者的胃组织样本。 |
| 24996 | 2024-08-09 |
Integrative analysis of scRNA-seq and GWAS data pinpoints periportal hepatocytes as the relevant liver cell types for blood lipids
2020-11-04, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaa188
PMID:32821946
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研究论文 | 本文通过整合脂质特征的全基因组关联研究（GWAS）和肝脏单细胞转录组数据，识别了对血液脂质水平最相关的肝脏细胞类型 | 本文创新地使用了分层连锁不平衡得分回归方法，结合细胞类型特异性表达基因集（CT-SEGS）来确定与复杂性状和疾病最相关的细胞类型 | NA | 旨在通过整合GWAS和单细胞转录组数据，识别与血液脂质水平最相关的肝脏细胞类型 | 人类和小鼠的肝脏细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS） | NA | 基因表达数据 | 40种人类和小鼠的肝脏细胞类型 |
| 24997 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals the regenerative potential of thyroid follicular epithelial cells in metastatic thyroid carcinoma
2020-10-22, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2020.06.050
PMID:32811644
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了甲状腺癌转移中甲状腺滤泡上皮细胞的再生潜能 | 发现了一组罕见的表达干细胞样基因的甲状腺滤泡上皮细胞，并证实这些细胞在甲状腺癌转移再生中起重要作用 | NA | 探讨甲状腺癌转移中甲状腺滤泡上皮细胞的再生机制 | 甲状腺癌转移中的甲状腺滤泡上皮细胞 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及小鼠和人体样本 |
| 24998 | 2024-08-09 |
Dynamics of Cardiac Neutrophil Diversity in Murine Myocardial Infarction
2020-10-09, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.120.317200
PMID:32811295
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研究论文 | 研究了小鼠心肌梗死后血液和心脏中中性粒细胞多样性的动态变化 | 首次在单细胞水平上详细描述了心肌梗死后中性粒细胞多样性和基因表达的动态变化，并揭示了缺血心脏中中性粒细胞局部组织特异性的过程 | NA | 描述心肌梗死后循环和心脏中性粒细胞多样性的动态变化 | 小鼠心肌梗死后血液和心脏中的中性粒细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学结合细胞表面表位检测 | NA | 转录组数据 | 在心肌梗死后第1天、第3天和第5天收集的样本 |
| 24999 | 2024-08-09 |
A cell atlas of adult muscle precursors uncovers early events in fibre-type divergence in Drosophila
2020-10-05, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.201949555
PMID:32815271
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序实验构建了果蝇第三龄幼虫翅盘相关肌细胞前体的细胞图谱，揭示了间接飞行肌和直接飞行肌肌细胞前体在转录水平上的早期分化事件 | 首次揭示了果蝇间接飞行肌和直接飞行肌肌细胞前体的不同转录特征，并发现了新的肌细胞分化标记基因Amalgam | NA | 理解果蝇肌肉多样化的早期转录事件 | 果蝇的间接飞行肌和直接飞行肌肌细胞前体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 第三龄幼虫翅盘相关肌细胞前体 |
| 25000 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-sequencing reports growth-condition-specific global transcriptomes of individual bacteria
2020-10, Nature microbiology
IF:20.5Q1
DOI:10.1038/s41564-020-0774-1
PMID:32807892
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研究论文 | 本文利用改进的poly(A)-independent单细胞RNA测序技术，捕捉了Salmonella和Pseudomonas细菌在不同生长条件下的全基因组转录谱 | 首次成功应用单细胞RNA测序技术于原核生物，实现了对个体细菌在不同生长条件下的全基因组转录谱的准确捕捉 | 目前仅限于Salmonella和Pseudomonas两种细菌，对其他细菌种类的适用性有待验证 | 研究细菌在不同生长条件下的转录异质性，为理解细菌的表型多样性提供参考 | Salmonella和Pseudomonas细菌在不同生长条件下的转录谱 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 个体Salmonella和Pseudomonas细菌 |